genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   

This is table  83  of  328  ( 39316 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23106135--23106195	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
23106245--23106363	24	5.0	24	88	5	170	28	21	22	26	1.99
23106245--23106363	47	2.5	48	89	5	170	28	21	22	26	1.99
23106555--23106618	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
23108096--23108154	26	2.2	26	75	3	64	28	20	13	37	1.91
23113077--23113486	208	2.0	208	93	0	696	33	14	17	34	1.90
23118697--23118913	46	4.7	46	88	1	283	39	14	23	22	1.91
23118648--23118913	138	2.0	130	83	7	336	38	14	24	22	1.92
23122130--23122225	5	18.2	5	72	21	56	18	4	1	76	1.01
23122133--23122185	25	2.2	24	86	3	70	15	3	0	81	0.83
23122132--23122224	18	4.7	20	79	12	86	18	4	1	76	1.01
23122130--23122225	6	16.0	6	73	8	70	18	4	1	76	1.01
23127326--23127432	55	1.9	55	86	3	153	13	32	29	24	1.93
23135312--23135361	24	2.1	24	92	7	84	24	18	40	18	1.91
23135706--23135926	120	1.8	120	93	2	336	39	9	19	30	1.84
23143958--23143995	18	2.1	19	85	5	51	21	13	0	65	1.26
23147821--23147938	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
23147789--23147952	71	2.3	71	98	0	319	34	17	28	18	1.94
23154864--23154904	18	2.3	18	83	8	57	14	26	41	17	1.88
23155012--23155068	26	2.2	26	90	0	87	29	19	14	36	1.91
23160245--23160296	25	2.1	25	85	7	70	15	25	15	44	1.85
23161427--23161455	15	1.9	15	100	0	58	31	13	13	41	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23161578--23161616	20	2.0	20	85	10	53	20	7	2	69	1.26
23174190--23174258	24	2.8	24	82	10	68	20	7	2	69	1.25
23177589--23177630	17	2.6	17	85	10	54	40	0	0	59	0.97
23181472--23181523	26	2.0	26	100	0	104	34	7	19	38	1.80
23187635--23187666	13	2.5	13	100	0	64	12	56	0	31	1.37
23192576--23192600	13	1.9	13	100	0	50	16	28	40	16	1.89
23194830--23194872	6	7.3	6	92	5	61	27	0	0	72	0.85
23194831--23194872	11	3.7	11	87	6	57	28	0	0	71	0.86
23205047--23205082	17	2.1	18	89	5	56	19	19	38	22	1.93
23207064--23207109	24	1.9	24	86	0	65	56	2	17	23	1.52
23209298--23209363	33	2.0	33	100	0	132	36	9	6	48	1.60
23210000--23210043	17	2.6	17	96	0	79	11	52	11	25	1.70
23211684--23211714	2	15.5	2	93	0	53	48	3	0	48	1.17
23212117--23212167	21	2.4	21	81	15	61	23	5	9	60	1.50
23214749--23214810	21	3.0	20	77	15	63	58	4	4	32	1.40
23214788--23214881	17	5.7	17	70	18	65	59	0	8	31	1.27
23214790--23214894	17	6.8	15	70	27	53	60	0	7	31	1.24
23215042--23215077	14	2.6	14	91	8	56	50	0	8	41	1.33
23216930--23217040	57	1.9	59	88	3	172	36	9	17	36	1.83
23216933--23217057	57	2.2	58	83	2	162	40	10	15	34	1.81
23219697--23219724	7	4.0	7	100	0	56	28	0	14	57	1.38
23226755--23226889	60	2.2	60	84	8	168	25	25	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23226755--23226853	28	3.4	27	70	20	74	25	28	20	26	1.99
23229314--23229357	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
23231425--23231457	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
23233294--23233331	19	2.0	19	100	0	76	31	10	31	26	1.90
23235102--23235214	43	2.6	42	83	5	111	31	26	16	24	1.96
23235143--23235252	44	2.6	42	81	4	121	31	23	20	24	1.98
23241676--23241815	43	3.3	43	74	9	117	32	25	15	26	1.95
23245206--23245333	43	3.0	43	81	6	161	24	17	25	32	1.97
23245221--23245337	43	2.8	42	83	7	164	25	17	24	31	1.97
23245970--23246051	33	2.4	34	80	8	96	24	2	30	42	1.67
23245978--23246053	34	2.3	33	79	6	82	22	2	30	44	1.66
23252879--23252954	35	2.2	35	83	9	93	39	1	5	53	1.32
23254666--23254735	26	2.7	26	80	2	70	38	7	20	34	1.80
23257832--23257960	27	4.8	27	86	0	168	42	20	12	24	1.86
23257832--23257949	54	2.2	54	92	0	191	44	21	12	21	1.85
23261797--23261929	56	2.4	56	93	0	221	32	24	16	26	1.96
23269079--23269116	18	2.1	18	100	0	76	44	0	15	39	1.47
23269141--23269241	52	1.9	52	84	4	132	26	21	26	24	2.00
23274377--23274533	46	4.0	38	83	15	212	36	16	24	22	1.94
23274453--23274664	46	4.6	46	87	3	268	40	15	22	21	1.90
23274450--23274664	93	2.4	91	87	4	292	40	14	23	21	1.91
23277872--23278122	46	5.9	40	84	14	294	37	16	24	21	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23277951--23278166	46	4.7	46	91	0	315	39	15	23	21	1.91
23283244--23283459	46	4.7	46	91	0	315	39	15	23	21	1.91
23283194--23283459	138	2.0	130	87	5	379	39	15	23	21	1.92
23289096--23289177	6	13.3	6	71	19	62	46	17	18	18	1.85
23289105--23289177	31	2.4	31	88	0	110	46	16	19	17	1.84
23289394--23289445	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
23289692--23290011	27	11.8	27	86	4	385	42	6	19	31	1.77
23290032--23290157	27	4.7	27	80	8	132	27	9	24	38	1.86
23290004--23290157	54	2.9	54	79	4	177	27	10	24	38	1.88
23290005--23290157	27	5.7	26	76	9	121	27	9	24	38	1.87
23294926--23295037	27	4.1	27	82	7	129	16	24	22	37	1.93
23294926--23295037	54	2.1	54	86	3	154	16	24	22	37	1.93
23298561--23298732	93	1.8	93	92	0	290	27	29	20	21	1.98
23298553--23298728	46	3.8	46	78	10	196	28	28	20	21	1.98
23301101--23301189	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
23301101--23301180	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
23301112--23301189	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
23304081--23304252	93	1.8	93	94	0	308	27	30	21	20	1.98
23304073--23304248	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
23305703--23305790	6	14.3	6	73	17	74	48	14	17	19	1.81
23305703--23305790	19	4.8	18	74	16	74	48	14	17	19	1.81
23305712--23305790	31	2.5	31	87	0	113	49	13	17	18	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23305909--23305968	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
23306007--23306055	26	1.9	25	83	4	62	34	22	24	18	1.96
23306290--23306619	27	12.2	27	90	0	480	38	8	22	30	1.84
23306604--23306714	27	4.2	25	77	15	82	28	9	20	41	1.83
23306612--23306765	54	2.9	54	77	6	161	27	10	23	38	1.87
23306640--23306765	27	4.8	25	76	14	101	28	9	23	38	1.86
23306834--23306917	26	3.2	26	100	0	168	13	39	22	25	1.90
23307654--23307760	45	2.4	45	88	1	169	25	16	28	29	1.97
23312371--23312498	46	2.8	46	81	3	150	21	19	25	34	1.96
23319847--23319973	46	2.7	46	86	3	175	21	20	26	31	1.98
23326593--23326639	21	2.3	21	96	3	87	29	21	19	29	1.97
23343061--23343111	26	2.0	26	84	7	68	37	23	15	23	1.93
23350568--23350594	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
23356299--23356366	32	2.1	32	83	0	82	19	36	22	22	1.95
23362108--23362472	46	7.7	48	74	14	228	27	19	29	23	1.98
23366924--23367088	43	3.8	43	70	12	115	30	26	16	26	1.97
23368171--23368195	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
23379687--23379720	10	3.5	10	92	4	52	2	5	0	91	0.51
23379687--23379720	9	3.8	9	92	7	52	2	5	0	91	0.51
23379846--23380075	118	2.0	117	92	0	379	28	30	17	22	1.97
23380835--23380925	43	2.1	42	84	6	112	19	12	35	32	1.89
23381033--23381103	16	4.4	15	78	18	72	80	0	4	15	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23381034--23381103	20	3.1	23	80	16	92	81	0	4	14	0.84
23394855--23394938	43	2.0	43	83	4	107	53	14	13	19	1.72
23397827--23397857	15	2.1	15	100	0	62	45	0	22	32	1.53
23403908--23403935	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
23411480--23411514	5	7.0	5	96	0	52	5	74	20	0	1.02
23411476--23411514	10	3.9	10	93	0	51	7	71	20	0	1.10
23413354--23413393	2	20.0	2	94	0	71	47	0	2	50	1.14
23418481--23418609	57	2.3	56	82	6	145	48	6	18	26	1.73
23418593--23418619	6	4.5	6	100	0	54	62	0	18	18	1.32
23428094--23428137	21	2.1	21	100	0	88	45	9	18	27	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328