genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.28.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8130763--8130832	30	2.3	29	83	13	81	58	2	5	32	1.36
8130911--8130982	23	3.1	23	83	11	85	48	0	2	48	1.16
8131129--8131212	28	2.9	27	77	12	80	33	0	1	65	1.00
8131580--8131621	17	2.4	17	88	4	57	16	4	9	69	1.33
8132167--8132222	15	3.5	15	71	19	51	50	1	0	48	1.11
8152201--8152257	28	2.0	28	100	0	114	24	21	21	33	1.97
8153028--8153097	35	2.0	35	97	0	131	20	12	31	35	1.90
8162546--8162586	2	21.0	2	95	5	75	48	0	0	51	1.00
8164465--8164517	23	2.3	23	77	3	63	41	3	0	54	1.18
8168235--8168286	25	2.1	25	100	0	104	48	3	0	48	1.20
8168851--8168922	28	2.5	29	86	4	101	43	2	19	34	1.66
8171407--8171523	33	3.6	33	81	3	130	29	27	12	29	1.93
8171440--8171651	33	6.5	32	80	5	129	31	22	10	34	1.89
8171440--8171646	98	2.1	98	80	1	227	31	22	10	34	1.89
8171440--8171646	65	3.2	65	75	8	170	31	22	10	34	1.89
8172796--8172821	13	2.0	13	100	0	52	46	7	7	38	1.61
8176315--8176362	20	2.4	20	89	0	69	8	27	33	31	1.86
8190773--8190844	19	3.6	19	82	10	99	23	20	12	43	1.86
8190767--8190851	41	2.1	41	100	0	170	28	20	11	40	1.87
8190821--8190916	33	3.0	32	80	7	106	32	19	9	38	1.84
8191255--8191296	18	2.3	18	80	8	50	9	23	7	59	1.53
8191455--8191503	25	2.0	25	91	0	80	32	18	6	42	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8193247--8193352	52	2.0	52	100	0	212	34	11	33	19	1.88
8194547--8194582	2	18.0	2	100	0	72	50	50	0	0	1.00
8200045--8200080	15	2.4	15	95	0	63	36	19	11	33	1.87
8201975--8202038	23	2.8	23	80	4	67	32	18	21	26	1.97
8201999--8202055	23	2.3	23	88	8	78	31	17	21	29	1.96
8214380--8214448	34	2.0	34	100	0	138	26	23	17	33	1.96
8215720--8215766	22	2.1	22	100	0	94	46	0	21	31	1.51
8218500--8218561	26	2.4	26	81	13	74	48	0	1	50	1.10
8220108--8220329	112	2.0	112	94	0	390	29	12	29	27	1.93
8228936--8229064	55	2.3	55	79	0	141	25	26	27	20	1.99
8230976--8231054	39	2.0	40	80	11	92	31	2	3	62	1.27
8244292--8244371	33	2.7	27	72	22	70	22	26	25	26	2.00
8244292--8244362	33	2.1	34	84	7	92	23	26	22	26	2.00
8244292--8244390	28	3.4	28	74	17	76	24	25	23	27	2.00
8249716--8249811	23	4.3	24	73	15	80	37	23	19	18	1.94
8251114--8251142	14	2.0	15	93	6	51	3	20	6	68	1.27
8251196--8251223	12	2.3	12	100	0	56	60	0	0	39	0.97
8255097--8255139	20	2.0	20	86	8	59	44	16	13	25	1.85
8255559--8255785	42	5.4	43	76	5	212	31	27	14	26	1.95
8255559--8255828	127	2.1	125	83	4	337	31	27	14	27	1.95
8255572--8255765	85	2.3	83	76	3	190	30	27	14	27	1.95
8258927--8259008	40	2.0	40	100	0	164	35	21	19	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8260442--8260480	17	2.2	18	86	13	55	17	0	0	82	0.68
8260579--8260629	14	3.9	14	80	15	54	35	0	0	64	0.94
8260579--8260608	7	4.3	7	91	0	51	30	0	0	70	0.88
8260583--8260629	25	1.9	24	91	4	76	34	0	0	65	0.93
8261624--8261681	21	2.8	21	81	5	55	44	34	1	18	1.60
8261651--8261703	7	7.4	7	78	4	52	49	30	0	20	1.50
8261666--8261711	22	2.1	22	91	0	74	45	34	2	17	1.61
8261657--8261703	14	3.3	15	85	14	64	48	31	0	19	1.49
8262162--8262188	14	1.9	14	100	0	54	70	0	7	22	1.12
8267107--8267141	19	1.9	19	88	11	56	68	0	0	31	0.90
8267410--8267453	21	2.0	21	86	8	61	38	18	6	36	1.77
8267423--8267472	18	2.5	21	78	21	70	36	18	8	38	1.80
8267433--8267487	19	2.9	19	94	2	94	38	16	9	36	1.80
8267838--8268019	45	4.1	45	82	1	213	26	28	12	32	1.93
8267984--8268253	78	3.5	78	92	1	425	25	24	18	31	1.98
8280043--8280077	19	1.9	19	88	11	56	68	0	0	31	0.90
8280345--8280390	23	2.0	22	87	4	65	36	17	6	39	1.76
8280369--8280423	18	2.9	19	94	5	103	36	16	10	36	1.84
8282194--8282224	6	5.2	6	96	0	53	19	16	48	16	1.81
8284697--8284740	2	22.5	2	90	4	72	54	0	0	45	0.99
8285095--8285147	23	2.2	24	83	3	63	60	0	7	32	1.25
8290034--8290142	54	2.0	54	98	0	209	34	8	13	43	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8290295--8290325	16	1.9	16	93	0	53	54	3	0	41	1.16
8290409--8290451	20	2.1	20	86	4	59	39	0	4	55	1.20
8295852--8295897	21	2.1	23	92	8	78	36	0	0	63	0.95
8295857--8295908	21	2.4	21	81	12	61	38	0	1	59	1.08
8302189--8302230	2	21.0	2	95	0	75	52	0	0	47	1.00
8302256--8302313	26	2.3	25	87	3	80	36	0	3	60	1.14
8302276--8302321	14	3.1	15	75	12	51	41	0	0	58	0.98
8302371--8302416	19	2.4	19	77	3	56	58	6	0	34	1.24
8303279--8303311	2	17.0	2	93	6	59	48	0	0	51	1.00
8303897--8303936	19	2.2	19	90	4	64	65	2	0	32	1.06
8303902--8303942	18	2.2	19	86	4	57	68	2	0	29	1.03
8307464--8307491	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
8308891--8308929	18	2.1	19	85	4	53	56	2	0	41	1.13
8308876--8308944	19	3.6	18	69	18	50	57	4	0	37	1.18
8311241--8311272	17	1.9	17	93	6	57	75	3	18	3	1.08
8312687--8312735	2	24.5	2	100	0	98	48	0	0	51	1.00
8316971--8317052	41	2.0	41	100	0	164	21	12	24	41	1.87
8319230--8319267	19	2.0	19	94	0	67	34	28	10	26	1.90
8320739--8320787	2	24.5	2	95	0	89	51	2	0	46	1.12
8321670--8321716	25	1.9	25	91	4	78	46	0	8	44	1.33
8331665--8331723	31	1.9	31	85	0	82	42	6	15	35	1.73
8332010--8332087	31	2.6	30	84	11	97	42	3	6	47	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8333391--8333450	14	4.2	14	89	4	93	35	10	18	36	1.84
8333391--8333450	29	2.1	28	93	3	102	35	10	18	36	1.84
8333922--8334007	22	4.0	22	72	13	88	44	22	5	27	1.75
8334952--8335012	32	1.9	32	93	0	104	49	18	4	27	1.68
8334952--8335025	32	2.5	30	85	10	91	50	18	4	27	1.65
8336516--8336550	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
8337020--8337049	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
8338280--8338442	81	2.0	81	100	0	326	23	23	15	37	1.93
8349725--8349770	20	2.4	18	82	7	56	13	13	0	73	1.09
8358090--8358151	31	2.0	31	84	6	81	33	12	6	46	1.68
8359250--8359307	29	2.0	29	100	0	116	37	10	27	24	1.88
8361108--8361198	44	2.1	44	85	0	119	45	12	14	28	1.80
8361438--8361639	102	2.0	102	97	0	377	26	23	15	33	1.95
8362029--8362056	12	2.3	12	100	0	56	7	42	0	50	1.30
8375105--8375144	21	1.9	21	84	0	53	32	2	20	45	1.64
8378486--8378551	20	3.3	19	75	8	60	42	4	1	51	1.31
8379142--8379176	17	2.1	17	88	0	52	0	22	0	77	0.78
8379602--8379748	79	1.9	75	87	5	213	57	18	8	15	1.64
8380316--8380346	14	2.1	15	94	5	55	87	6	0	6	0.68
8383950--8383983	17	2.0	17	88	0	50	23	2	5	67	1.26
8396726--8396759	7	4.9	7	92	0	59	82	2	0	14	0.79
8402991--8403024	18	1.9	18	94	5	61	58	5	8	26	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8405709--8405740	14	2.3	14	94	0	55	37	3	28	31	1.73
8413564--8413668	46	2.2	48	86	6	142	35	14	24	25	1.93
8433713--8433747	18	1.9	18	100	0	70	28	17	11	42	1.83
8446229--8446398	46	3.7	45	73	14	141	22	18	27	31	1.97
8446223--8446393	93	1.8	93	86	2	245	21	18	28	31	1.97
8455409--8455629	119	1.8	121	83	4	295	30	19	9	40	1.83
8457771--8457807	16	2.3	16	100	0	74	37	8	16	37	1.78
8462298--8462335	20	2.0	20	85	10	53	42	0	0	57	0.98
8471217--8471269	2	27.5	2	83	7	65	45	1	0	52	1.11
8473541--8473572	3	10.7	3	93	0	55	0	34	0	65	0.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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