genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.268.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80151576--80151766	40	4.7	39	84	5	238	34	27	14	24	1.94
80151576--80151766	80	2.4	80	87	5	269	34	27	14	24	1.94
80159234--80159422	40	4.7	40	84	2	245	32	27	17	22	1.96
80163279--80163342	23	2.8	22	74	6	65	42	0	0	57	0.98
80163644--80163688	18	2.5	18	85	0	54	48	0	0	51	1.00
80163955--80163987	17	1.9	17	88	11	50	60	6	0	33	1.21
80163954--80163987	11	3.1	11	86	0	50	61	5	0	32	1.20
80165404--80165433	14	2.2	13	94	5	51	90	0	10	0	0.47
80177695--80177764	20	3.5	20	76	7	79	40	17	8	34	1.80
80181727--80181782	21	2.8	21	86	5	71	82	3	12	1	0.88
80182615--80182666	23	2.3	22	77	12	52	57	1	5	34	1.33
80190039--80190158	56	2.1	56	82	8	138	30	16	19	34	1.94
80191714--80191775	30	2.1	30	93	0	106	25	12	17	43	1.85
80195153--80195234	42	2.1	38	86	9	110	30	13	1	54	1.46
80199214--80199287	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
80199155--80199287	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
80207083--80207156	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
80207024--80207156	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
80211566--80211590	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
80213250--80213299	10	5.0	10	79	13	50	24	8	2	66	1.29
80213260--80213299	20	2.0	20	90	9	64	25	7	2	65	1.32
80214032--80214108	41	1.9	41	94	2	138	27	11	2	58	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80214779--80214854	39	1.9	39	94	0	134	35	10	19	34	1.86
80231404--80231666	79	3.3	80	85	9	353	25	22	26	25	2.00
80231404--80231666	39	6.7	40	87	7	328	25	22	26	25	2.00
80239633--80239897	119	2.2	121	81	8	328	25	21	26	26	1.99
80239633--80239897	40	6.7	40	86	6	310	25	21	26	26	1.99
80239636--80239930	80	3.7	78	80	8	287	27	20	26	26	1.99
80248116--80248157	21	2.0	21	85	4	57	45	7	11	35	1.69
80248451--80248524	27	2.7	28	81	6	89	29	8	29	32	1.86
80250210--80250310	27	3.7	27	71	0	85	45	12	20	20	1.84
80259241--80259281	22	1.9	21	85	5	55	12	29	43	14	1.82
80260490--80260708	49	4.6	48	75	15	204	23	28	20	28	1.99
80260460--80260756	49	6.2	49	70	14	183	22	28	19	28	1.98
80268624--80268696	27	2.7	27	89	4	103	30	9	30	30	1.89
80268624--80268712	27	3.3	27	85	6	101	32	8	30	28	1.88
80268847--80268925	27	2.9	27	78	0	86	41	13	22	21	1.89
80271144--80271193	21	2.3	22	83	13	68	22	44	0	34	1.53
80271201--80271261	25	2.4	25	83	5	79	16	36	21	26	1.94
80271799--80271846	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
80276033--80276121	42	2.1	42	93	0	151	52	12	5	29	1.61
80276146--80276185	19	2.2	18	95	4	71	42	15	2	40	1.60
80280060--80280099	19	2.2	18	95	4	71	42	15	2	40	1.60
80285429--80285502	36	2.1	36	100	0	148	31	13	9	45	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80289823--80289861	18	2.1	19	86	13	55	23	12	0	64	1.28
80299909--80299935	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
80302379--80302454	40	1.9	40	86	5	109	17	11	34	36	1.86
80302531--80302562	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
80304442--80304473	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
80304443--80304473	9	3.3	9	95	4	53	80	0	0	19	0.71
80308877--80308908	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
80308878--80308908	14	2.2	14	100	0	62	80	0	0	19	0.71
80310417--80310531	60	1.9	60	85	3	160	42	5	13	39	1.66
80310861--80310923	27	2.2	30	75	16	71	52	1	3	42	1.27
80310992--80311049	20	2.8	20	82	10	73	36	1	0	62	1.06
80315539--80315592	24	2.2	24	96	3	99	33	0	7	59	1.25
80317111--80317151	22	1.9	21	85	14	57	0	21	4	73	1.02
80321424--80321526	50	2.0	51	94	1	181	41	21	8	28	1.82
80321940--80321987	13	3.7	13	82	0	60	31	4	12	52	1.58
80323029--80323063	16	2.2	16	90	10	54	25	17	14	42	1.86
80323560--80323614	17	3.2	17	81	0	65	18	3	5	72	1.18
80325647--80325753	56	1.9	55	90	1	169	42	9	10	38	1.71
80327866--80327973	56	1.9	55	94	1	189	42	11	7	38	1.68
80329232--80329271	20	2.0	20	85	9	55	42	0	0	57	0.98
80337156--80337242	22	4.2	21	76	15	83	47	0	1	51	1.08
80343374--80343412	19	2.1	19	85	9	53	56	0	7	35	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80343813--80343837	13	1.9	13	100	0	50	36	24	0	40	1.55
80350154--80350197	22	2.0	22	95	0	79	38	29	4	27	1.76
80354633--80354800	45	3.7	45	88	1	248	44	12	20	23	1.85
80354626--80354819	45	4.3	45	83	3	239	44	12	21	22	1.85
80354625--80354819	90	2.2	90	86	3	277	44	12	21	22	1.85
80364922--80364966	19	2.3	20	85	7	58	44	15	17	22	1.86
80368805--80368986	39	4.6	39	81	8	208	26	26	21	24	1.99
80368786--80368991	40	5.2	40	81	9	235	26	26	21	25	1.99
80369698--80369729	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
80370846--80370904	27	2.2	27	96	0	109	50	13	22	13	1.76
80374104--80374146	6	7.2	6	83	0	59	76	0	6	16	0.99
80375154--80375343	40	4.7	40	83	10	217	22	29	23	25	1.99
80375958--80375995	2	19.5	2	89	5	60	47	0	2	50	1.15
80382891--80383074	40	4.5	40	81	12	180	23	27	21	27	1.99
80385915--80385968	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
80386222--80386396	49	3.5	49	85	3	251	26	18	25	30	1.98
80386217--80386398	100	1.8	100	96	0	337	25	18	25	30	1.98
80399824--80399861	19	2.0	19	85	10	51	68	0	7	23	1.16
80402735--80402953	49	4.5	49	91	3	345	30	9	31	29	1.88
80403062--80403170	37	2.9	37	98	0	209	26	17	33	22	1.96
80406500--80406773	39	7.0	38	88	2	287	29	28	22	18	1.97
80406524--80406753	117	2.0	118	86	4	331	29	29	22	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80406517--80406773	78	3.3	79	85	4	317	29	28	23	19	1.98
80409062--80409308	40	6.2	40	90	2	365	23	21	29	26	1.99
80417226--80417467	40	6.1	40	92	0	369	22	21	28	26	1.99
80433048--80433092	20	2.2	20	88	0	63	48	4	11	35	1.59
80435360--80435400	15	2.7	15	88	3	55	31	0	9	58	1.31
80438115--80438154	21	2.0	21	90	5	64	10	32	30	27	1.89
80439797--80439858	3	20.7	3	96	0	115	67	0	32	0	0.91
80445016--80445113	51	2.0	49	85	4	133	61	2	3	33	1.23
80447918--80447965	16	2.9	16	82	14	62	54	0	0	45	0.99
80448427--80448498	33	2.2	34	82	9	96	50	15	5	29	1.66
80450959--80451020	31	2.0	31	96	0	115	35	24	3	37	1.72
80453611--80453662	20	2.8	18	78	21	63	51	3	1	42	1.31
80453740--80453767	14	2.0	14	100	0	56	35	35	14	14	1.86
80462206--80462425	46	5.0	46	84	9	278	21	24	15	39	1.92
80462338--80462413	38	2.0	38	100	0	152	21	26	18	34	1.96
80464506--80464557	11	4.7	11	76	9	52	63	3	0	32	1.12
80467403--80467622	46	5.0	46	84	9	278	21	24	15	39	1.92
80467535--80467610	38	2.0	38	100	0	152	21	26	18	34	1.96
80469759--80469810	11	4.7	11	76	9	52	63	3	0	32	1.12
80472605--80472736	29	4.6	28	77	6	113	23	14	31	30	1.94
80480652--80480754	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
80482040--80482150	52	2.2	53	95	4	201	36	10	19	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80492645--80492686	22	1.9	22	85	0	57	61	14	0	23	1.32
80493005--80493071	28	2.2	31	84	10	86	71	7	5	14	1.28
80493954--80493986	17	1.9	17	93	0	57	33	0	3	63	1.10
80496949--80496998	10	5.0	10	81	13	59	22	8	2	68	1.26
80500712--80500777	21	3.0	23	80	12	77	18	6	0	75	1.00
80500744--80500792	21	2.3	21	92	0	80	28	2	2	67	1.13
80502514--80502563	10	5.0	10	81	13	59	22	8	2	68	1.26
80503282--80503315	17	1.9	18	88	5	52	29	11	2	55	1.50
80503661--80503858	98	2.0	98	95	1	353	40	25	13	20	1.88
80517404--80517438	2	18.0	2	94	5	63	51	0	0	48	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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