genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.267.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79847145--79847211	30	2.2	31	86	2	91	47	4	17	29	1.67
79849671--79849704	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
79850263--79850328	28	2.4	28	82	5	80	27	9	28	34	1.87
79856808--79856848	21	1.9	22	85	14	59	36	26	2	34	1.70
79863481--79863514	2	17.0	2	93	0	59	50	2	0	47	1.16
79863842--79863998	35	4.5	35	89	0	233	31	12	25	29	1.93
79863844--79864016	35	4.9	35	87	1	150	30	15	24	30	1.95
79863844--79864036	70	2.8	70	85	0	208	30	13	24	31	1.94
79865830--79866010	91	2.0	90	97	1	299	36	3	18	41	1.67
79869648--79869720	29	2.5	30	84	2	94	49	19	19	12	1.79
79872840--79872880	22	1.9	22	95	5	75	17	29	43	9	1.80
79873961--79874127	45	3.6	46	82	12	150	22	29	18	29	1.97
79874053--79874178	47	2.7	45	79	9	119	21	29	21	27	1.98
79876008--79876057	24	2.1	24	88	0	73	48	4	18	30	1.66
79876199--79876246	5	9.6	5	100	0	96	81	0	0	18	0.70
79881442--79881523	31	2.7	30	75	7	78	30	12	15	41	1.84
79883392--79883420	11	2.6	11	100	0	58	6	20	10	62	1.50
79885131--79885184	26	2.1	26	92	0	90	27	5	3	62	1.34
79886161--79886273	27	4.2	26	81	7	127	38	23	23	15	1.93
79886161--79886273	54	2.1	54	85	3	147	38	23	23	15	1.93
79888213--79888245	17	1.9	17	88	11	50	36	18	12	33	1.88
79900961--79901064	53	2.0	53	92	0	172	32	21	15	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79903897--79903934	19	2.0	19	94	0	67	15	7	34	42	1.76
79910180--79910351	43	4.0	43	74	13	147	30	27	18	23	1.98
79910326--79910408	41	2.0	41	100	0	166	34	21	16	26	1.95
79914060--79914139	40	2.0	40	97	0	151	27	3	25	43	1.71
79919843--79919917	28	2.7	28	85	0	96	24	13	16	46	1.82
79923950--79924024	29	2.6	29	89	4	107	26	16	32	25	1.96
79931264--79931300	2	19.0	2	94	5	67	48	0	0	51	1.00
79931839--79931913	29	2.6	29	89	4	107	26	16	32	25	1.96
79931949--79931975	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
79933808--79933842	16	2.2	16	89	0	52	40	2	5	51	1.40
79940690--79940716	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
79941233--79941284	3	17.3	3	100	0	104	65	0	0	34	0.93
79947112--79947148	5	7.6	5	85	14	51	21	0	0	78	0.75
79960782--79960852	35	2.0	35	100	0	142	40	16	19	22	1.91
79961712--79961758	16	2.8	17	81	12	62	76	0	23	0	0.78
79961943--79962058	58	2.0	58	94	0	205	46	4	24	25	1.70
79962376--79962415	20	2.0	20	100	0	80	45	5	25	25	1.73
79965252--79965283	11	3.1	11	82	17	50	37	18	0	43	1.51
79966119--79966151	17	1.9	17	88	11	50	69	12	18	0	1.18
79967341--79967394	27	2.0	27	82	13	67	35	20	1	42	1.63
79969931--79969971	14	2.9	15	78	10	50	19	0	12	68	1.21
79982117--79982214	47	2.1	47	98	0	187	35	34	13	16	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79982120--79982193	22	3.2	22	69	23	71	39	33	9	17	1.82
79983245--79983338	39	2.4	39	85	0	125	45	20	5	28	1.72
79985433--79985473	15	2.7	15	96	0	73	46	9	31	12	1.74
79987032--79987056	13	1.9	13	100	0	50	36	16	8	40	1.77
79996186--79996288	39	2.7	38	84	4	127	48	7	6	36	1.59
80003023--80003157	29	4.7	29	86	3	155	23	31	15	29	1.95
80002969--80003158	58	3.3	58	77	4	179	24	33	16	26	1.96
80011130--80011264	29	4.7	29	86	3	155	23	31	15	29	1.95
80011076--80011265	58	3.3	58	77	4	179	24	33	16	26	1.96
80023261--80023397	46	3.1	44	82	10	154	25	29	17	27	1.97
80029266--80029449	40	4.6	40	78	4	147	22	24	29	23	1.99
80037299--80037482	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
80037339--80037527	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
80040649--80040715	34	2.0	34	91	2	109	26	20	22	29	1.99
80042311--80042468	27	5.9	27	90	3	239	31	8	20	40	1.82
80042311--80042488	27	6.7	26	84	6	196	29	8	21	41	1.82
80042311--80042488	54	3.3	53	86	4	225	29	8	21	41	1.82
80042800--80042863	28	2.3	28	88	0	92	26	35	17	20	1.94
80044716--80044868	39	3.9	40	79	1	139	24	28	23	23	1.99
80044761--80044862	40	2.6	39	87	1	132	20	29	25	24	1.99
80052715--80052917	40	5.1	40	81	9	229	25	21	28	25	1.99
80056914--80057016	43	2.4	43	86	0	116	36	21	13	28	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80062075--80062142	31	2.2	31	86	0	91	45	10	11	32	1.74
80063795--80063848	27	2.0	27	96	0	99	31	12	22	33	1.92
80070385--80070431	3	16.3	3	78	8	53	38	0	2	59	1.09
80072342--80072382	16	2.5	17	84	11	59	53	0	0	46	1.00
80072684--80072738	25	2.1	28	90	10	89	45	1	3	49	1.30
80074166--80074206	22	1.9	22	90	5	66	17	12	26	43	1.84
80074251--80074434	43	4.3	43	89	4	273	28	29	18	23	1.98
80074245--80074434	87	2.2	88	89	3	305	29	29	17	23	1.97
80074245--80074448	86	2.4	88	87	3	306	29	28	16	25	1.97
80075868--80075898	15	2.1	14	94	5	53	35	6	0	58	1.24
80079382--80079429	22	2.2	22	100	0	96	47	8	0	43	1.33
80082420--80082463	23	2.0	23	86	4	63	47	6	6	38	1.57
80082482--80082522	17	2.4	17	84	15	50	56	0	4	39	1.21
80083346--80083385	15	2.6	15	88	4	53	35	0	20	45	1.51
80088854--80088893	17	2.3	18	83	8	57	60	12	7	20	1.56
80090246--80090310	21	3.2	20	74	21	62	70	3	4	21	1.19
80090290--80090319	15	1.9	16	93	6	53	73	0	0	26	0.84
80090290--80090322	8	4.1	8	88	11	50	72	0	0	27	0.85
80090290--80090337	25	2.0	24	83	4	60	70	0	4	25	1.04
80090407--80090444	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
80090694--80090749	20	2.6	21	80	13	60	30	5	1	62	1.28
80091585--80091618	15	2.3	15	89	0	50	17	11	0	70	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80091828--80091876	14	3.4	14	78	13	55	36	14	8	40	1.75
80093071--80093117	17	2.6	18	76	6	51	51	6	14	27	1.67
80093163--80093200	17	2.2	17	86	9	51	7	7	15	68	1.37
80095229--80095302	36	2.0	37	86	2	105	32	24	12	31	1.92
80098523--80098568	3	15.3	3	100	0	92	67	0	32	0	0.91
80100627--80100669	19	2.3	18	80	11	52	44	0	0	55	0.99
80100629--80100687	25	2.4	25	82	0	64	42	0	0	57	0.98
80107607--80107650	12	3.6	12	81	3	52	72	2	25	0	0.96
80109426--80109468	21	2.1	21	87	8	63	16	4	23	55	1.59
80120578--80120662	27	3.1	27	62	18	68	30	9	18	41	1.82
80120567--80120678	54	2.1	54	100	0	224	32	10	19	37	1.86
80120587--80120672	27	3.2	27	63	18	70	27	12	17	41	1.86
80120721--80120760	19	2.1	19	100	0	80	57	0	15	27	1.38
80122210--80122254	19	2.2	19	84	11	54	31	0	8	60	1.28
80125096--80125291	105	1.9	101	81	6	232	24	26	17	31	1.97
80136384--80136581	105	1.9	105	86	2	281	17	13	16	52	1.75
80139027--80139157	63	2.1	62	84	1	163	24	22	21	32	1.98
80141371--80141489	56	2.1	56	86	4	161	38	10	5	45	1.62
80142180--80142228	18	2.9	17	85	8	64	63	0	2	34	1.06
80143769--80143838	23	3.2	23	78	15	76	58	1	4	35	1.26
80143946--80143982	16	2.4	15	86	4	56	43	24	5	27	1.76
80144242--80144376	9	15.0	9	71	13	66	32	2	1	62	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80144281--80144348	19	3.7	18	79	14	61	33	1	1	63	1.13
80144317--80144406	19	4.7	19	69	10	60	32	1	2	64	1.13
80144281--80144406	29	4.4	29	73	13	84	33	1	1	63	1.13
80144973--80145024	25	2.1	25	100	0	104	30	15	0	53	1.42
80146388--80146454	35	1.9	35	84	3	91	40	16	13	29	1.87
80147873--80147930	3	19.3	3	100	0	116	32	0	0	67	0.91
80149100--80149132	3	10.7	3	93	6	57	63	0	0	36	0.95
80149131--80149175	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
80149405--80149459	23	2.4	24	85	11	71	25	1	10	61	1.39
80151042--80151080	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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