genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.135.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39329076--39329100	7	3.6	7	100	0	50	12	0	28	60	1.32
39330556--39330684	46	2.8	46	96	0	231	30	29	20	19	1.97
39334368--39334592	124	1.8	124	85	1	317	30	9	24	35	1.88
39334587--39334716	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
39339794--39339861	21	3.3	20	66	25	52	41	8	27	22	1.83
39339785--39339864	41	2.0	41	97	0	151	43	10	27	18	1.82
39341581--39341715	43	3.1	43	77	7	132	25	17	25	32	1.96
39347871--39348041	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
39355973--39356143	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
39358857--39359001	71	2.1	70	97	1	272	30	29	8	31	1.88
39363960--39364089	40	3.2	40	82	2	172	24	27	23	24	2.00
39363976--39364126	40	3.8	39	81	6	153	22	27	23	27	1.99
39363960--39364126	80	2.1	79	83	7	205	23	26	22	26	2.00
39366063--39366115	6	8.7	6	82	2	52	79	0	7	13	0.93
39371257--39371289	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
39372811--39372985	40	4.4	40	91	0	278	29	28	19	23	1.98
39380066--39380235	40	4.2	40	90	0	277	29	27	19	23	1.98
39383644--39383706	24	2.6	24	100	0	126	34	26	17	20	1.95
39385756--39385837	40	2.0	40	97	0	155	18	12	37	31	1.87
39386628--39386815	27	7.0	27	88	0	234	35	18	20	25	1.96
39387122--39387192	33	2.2	33	94	0	124	26	22	26	23	2.00
39388393--39388502	42	2.6	42	78	7	125	30	21	20	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39390164--39390205	20	2.1	20	86	8	59	40	0	16	42	1.48
39390357--39390430	23	3.3	22	81	12	80	20	28	17	33	1.95
39393132--39393176	21	2.2	20	88	7	65	24	13	33	28	1.93
39394243--39394276	18	1.9	18	88	5	52	41	5	17	35	1.74
39397365--39397395	16	1.9	16	93	0	53	45	12	22	19	1.84
39401452--39401560	41	2.6	43	80	11	111	24	20	28	26	1.99
39403546--39403731	40	4.7	40	87	7	229	26	21	26	25	1.99
39403599--39403750	40	3.8	40	87	6	116	26	21	26	25	1.99
39410535--39410729	79	2.5	79	84	11	274	28	21	25	25	1.99
39410535--39410729	39	4.9	40	88	8	260	28	21	25	25	1.99
39410587--39410756	39	4.3	39	88	8	158	28	20	25	25	1.99
39419053--39419204	39	3.9	39	89	0	232	25	20	30	24	1.99
39419054--39419205	78	1.9	79	93	1	261	25	20	30	24	1.99
39419054--39419235	39	4.6	39	86	0	220	24	21	30	23	1.99
39423429--39423586	42	3.7	42	77	9	142	25	17	26	29	1.98
39426216--39426435	39	5.6	39	87	2	300	23	30	21	24	1.99
39426216--39426436	76	2.8	78	86	4	302	23	31	21	24	1.98
39431889--39432032	39	3.7	40	84	0	175	23	29	22	23	1.99
39434910--39434996	9	9.7	9	85	5	104	41	21	10	26	1.85
39435086--39435140	28	1.9	29	88	3	85	23	1	25	49	1.60
39435616--39435680	27	2.4	27	89	0	103	33	18	23	24	1.96
39435817--39435895	27	3.0	27	92	1	124	21	22	21	34	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39436057--39436121	28	2.3	28	78	0	67	26	21	21	30	1.98
39442596--39442771	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
39442592--39442763	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
39445723--39445801	15	5.4	15	77	10	83	10	17	13	58	1.63
39445714--39445800	29	3.0	29	81	8	95	10	17	16	56	1.67
39448185--39448360	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
39448181--39448352	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
39451747--39451952	40	5.2	40	89	3	294	23	22	27	26	2.00
39459920--39460125	40	5.2	40	91	4	305	24	23	27	25	2.00
39459920--39460102	79	2.3	79	92	3	298	23	23	27	25	2.00
39462509--39462570	27	2.3	27	80	0	70	35	22	9	32	1.87
39462520--39462650	27	4.9	27	87	1	192	29	24	9	37	1.86
39462651--39462750	27	3.7	27	87	0	137	42	23	9	26	1.83
39462734--39462875	27	5.3	27	79	5	144	33	19	19	26	1.96
39462707--39462843	54	2.5	54	79	11	138	35	21	17	25	1.95
39462737--39462874	54	2.6	54	86	4	172	33	19	20	26	1.96
39463078--39463147	25	2.8	25	95	0	122	25	25	22	25	2.00
39463077--39463160	25	3.4	24	85	8	107	28	22	22	26	1.99
39464224--39464364	69	2.0	70	94	1	248	37	13	18	30	1.89
39465139--39465296	43	3.7	42	80	9	151	26	18	22	32	1.97
39465139--39465296	85	1.9	85	82	5	203	26	18	22	32	1.97
39469343--39469509	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39476933--39477000	33	2.1	33	100	0	136	22	17	25	35	1.95
39477366--39477532	40	4.2	40	82	3	185	23	26	22	26	2.00
39477382--39477491	39	2.8	39	87	4	141	23	29	23	23	1.99
39480158--39480193	11	3.4	11	88	3	56	38	8	27	25	1.84
39485733--39485844	27	4.2	26	78	10	93	38	24	9	27	1.87
39485769--39485857	27	3.3	27	82	6	110	40	20	11	28	1.86
39486300--39486394	33	3.0	33	76	20	105	28	21	23	27	1.99
39486709--39486755	22	2.0	26	84	16	66	29	23	12	34	1.92
39489270--39489371	27	3.8	26	87	3	132	38	19	9	32	1.85
39489262--39489371	53	2.1	53	86	3	150	38	21	10	30	1.86
39489325--39489385	27	2.3	27	82	0	68	40	16	13	29	1.86
39490420--39490515	40	2.4	41	86	6	126	25	17	32	25	1.97
39490724--39490761	19	2.0	19	100	0	76	42	0	26	31	1.56
39495286--39495345	27	2.2	27	100	0	120	11	11	28	48	1.75
39497958--39498052	39	2.4	42	79	16	121	26	16	30	26	1.97
39505595--39505626	15	2.2	15	94	5	57	25	6	12	56	1.59
39511051--39511271	40	5.6	40	85	4	288	26	28	23	22	1.99
39514086--39514124	18	2.1	19	90	4	62	35	2	10	51	1.50
39520937--39521120	40	4.6	39	86	8	214	26	21	27	25	1.99
39529065--39529250	40	4.7	40	86	7	220	26	22	26	24	2.00
39529095--39529269	80	2.2	80	80	8	196	28	21	26	24	1.99
39532218--39532254	18	2.1	18	100	0	74	32	10	29	27	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39535643--39535706	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
39535898--39536017	24	5.0	24	90	3	170	26	22	22	28	1.99
39536068--39536127	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
39536068--39536122	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
39538320--39538541	48	4.6	48	86	0	300	26	28	19	25	1.99
39544665--39544900	122	1.9	123	86	4	334	38	17	25	18	1.93
39544624--39544914	122	2.4	123	76	9	315	37	17	25	19	1.93
39544624--39544918	41	7.2	41	78	4	222	37	16	25	19	1.93
39548104--39548186	31	2.7	31	92	3	143	32	26	12	28	1.92
39548405--39548474	25	2.8	25	80	0	86	30	21	21	27	1.98
39549285--39549361	27	2.9	27	79	11	86	20	20	20	37	1.94
39549407--39549535	56	2.4	54	82	5	143	31	6	19	43	1.75
39549465--39549588	27	4.6	27	80	6	135	28	7	21	42	1.79
39549408--39549588	54	3.3	53	81	4	175	30	7	19	42	1.78
39549519--39549628	27	4.1	27	77	9	98	28	12	21	37	1.90
39549620--39549738	27	4.4	27	89	0	184	40	10	22	26	1.86
39551955--39552054	27	3.7	28	80	9	109	39	21	10	30	1.86
39551955--39552073	54	2.2	54	80	5	134	38	21	10	29	1.86
39552050--39552341	27	10.8	27	85	2	311	28	24	7	39	1.82
39552050--39552341	81	3.6	81	88	3	367	28	24	7	39	1.82
39552239--39552568	27	12.1	27	79	7	71	36	18	9	35	1.83
39552239--39552353	54	2.1	54	86	0	158	29	20	7	41	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39552255--39552422	54	3.1	53	79	6	142	35	18	7	38	1.80
39552128--39552368	81	3.0	81	83	3	218	29	22	7	40	1.82
39552320--39552496	81	2.2	81	81	4	223	39	20	7	32	1.81
39552334--39552486	54	2.8	54	88	2	218	41	18	7	31	1.79
39552334--39552492	81	2.0	81	87	1	230	40	18	8	32	1.80
39552491--39552576	27	3.1	27	79	14	86	38	12	11	37	1.80
39552630--39552690	27	2.3	27	80	5	70	36	18	24	21	1.95
39553940--39553996	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
39553938--39554000	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
39554055--39554150	23	4.1	23	93	2	165	29	20	20	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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