genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.98.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27380055--27380230	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
27387614--27387785	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
27387607--27387782	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
27389438--27389482	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
27390532--27390567	18	1.9	19	94	5	65	75	0	22	2	0.94
27390537--27390571	14	2.5	14	85	0	52	77	0	20	2	0.90
27396829--27396954	33	3.8	33	78	8	123	23	13	43	19	1.86
27398276--27398332	6	9.5	6	79	7	53	28	31	33	7	1.84
27398282--27398345	30	2.1	30	83	11	78	26	31	32	9	1.88
27399698--27402308	648	4.0	653	94	1	4562	38	19	8	32	1.83
27411017--27411048	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
27412756--27412810	6	9.3	6	73	11	51	78	1	7	12	1.04
27413628--27413834	69	3.0	69	97	0	387	31	22	21	25	1.98
27421607--27421635	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
27424200--27424231	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
27424200--27424230	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
27428642--27428673	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
27428642--27428672	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
27430137--27430273	56	2.4	56	87	2	177	36	23	13	26	1.92
27430883--27430912	15	2.0	15	93	0	51	56	16	0	26	1.40
27431426--27431455	14	2.1	14	93	0	51	63	16	0	20	1.31
27440551--27440601	26	2.0	26	96	0	93	15	9	31	43	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27442071--27442108	2	19.0	2	94	0	67	52	0	0	47	1.00
27442491--27442533	21	2.0	21	100	0	86	39	18	9	32	1.83
27443469--27443520	3	17.3	3	87	0	77	65	0	3	30	1.10
27445341--27445379	21	1.9	20	84	5	51	35	2	7	53	1.43
27445926--27445953	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
27454906--27454944	20	2.0	20	100	0	78	17	25	30	25	1.97
27459111--27459139	8	3.8	8	90	9	51	0	13	0	86	0.58
27459111--27459139	15	1.9	15	100	0	58	0	13	0	86	0.58
27461993--27462100	26	4.2	26	89	0	171	35	23	8	33	1.85
27464860--27464888	14	2.0	15	93	6	51	51	0	0	48	1.00
27466079--27466155	38	2.0	38	100	0	154	36	2	22	38	1.68
27466094--27466177	38	2.2	38	82	4	98	40	3	17	38	1.67
27467352--27467382	4	7.8	4	100	0	62	51	0	22	25	1.48
27470886--27471013	40	3.2	40	81	6	152	43	27	14	14	1.84
27473938--27473978	20	2.1	20	86	4	57	53	12	7	26	1.64
27474654--27474761	26	4.2	26	98	0	198	30	5	26	37	1.79
27476381--27476539	27	5.9	26	78	8	140	18	23	22	35	1.96
27476378--27476532	54	2.9	54	85	1	204	18	24	21	34	1.96
27483077--27483119	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
27484679--27484734	29	1.9	29	82	7	69	35	1	8	53	1.43
27485351--27485391	17	2.4	17	91	0	64	85	2	12	0	0.70
27485344--27485383	20	2.0	20	90	0	62	85	0	12	2	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27486464--27486530	33	2.0	33	97	0	125	47	2	16	32	1.62
27486830--27486913	41	2.0	41	93	0	141	44	8	4	42	1.55
27488371--27488408	21	1.9	20	89	10	60	28	7	0	63	1.23
27493996--27494025	14	2.2	13	94	5	51	33	6	20	40	1.78
27505589--27505946	46	7.6	47	75	12	258	25	19	30	24	1.98
27505592--27505946	94	3.8	93	80	10	300	25	19	30	24	1.98
27511541--27511667	47	2.8	44	83	13	150	29	18	27	24	1.98
27511580--27511810	49	4.8	47	76	12	186	29	17	29	24	1.97
27511588--27511809	92	2.3	98	80	6	233	28	17	28	25	1.97
27511681--27511839	49	3.3	49	80	6	164	29	18	28	23	1.98
27516852--27516963	37	2.8	40	71	15	99	30	25	19	25	1.98
27521015--27521080	31	2.0	33	91	8	109	30	6	31	31	1.82
27534013--27534061	11	4.3	11	77	10	53	44	0	2	53	1.12
27534026--27534050	13	1.9	13	100	0	50	48	0	4	48	1.20
27535097--27535192	27	3.5	27	72	20	90	43	8	17	30	1.78
27537227--27537267	12	3.5	12	84	12	50	65	4	7	21	1.37
27537261--27537300	16	2.4	16	95	4	71	70	5	5	20	1.26
27537681--27537789	2	54.5	2	96	0	200	1	0	48	49	1.11
27540850--27541054	43	4.8	43	79	0	205	29	25	22	22	1.99
27541872--27541900	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
27543361--27543496	26	5.2	26	97	0	245	33	4	24	37	1.75
27545287--27545573	137	2.1	137	97	0	538	24	18	24	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27549329--27549464	26	5.2	26	96	0	236	33	5	24	36	1.78
27552473--27552606	26	5.2	26	95	1	227	34	3	24	37	1.74
27554083--27554134	25	2.0	26	82	10	63	38	23	15	23	1.92
27554382--27554667	137	2.1	136	98	0	545	24	19	25	31	1.98
27558510--27558641	26	5.2	25	92	6	205	34	4	25	36	1.76
27560424--27560710	137	2.1	137	98	0	547	24	19	24	31	1.98
27562444--27562615	75	2.4	73	83	8	217	34	23	11	30	1.90
27562449--27562615	35	4.6	35	83	7	192	34	24	10	30	1.90
27566050--27566274	27	7.9	27	73	13	132	33	2	17	46	1.63
27566083--27566313	9	25.9	9	73	8	159	34	1	18	45	1.60
27566189--27566312	63	2.0	63	93	0	212	33	0	20	45	1.51
27569888--27569935	7	7.0	7	78	4	53	45	37	2	14	1.57
27569890--27569961	27	2.7	29	83	10	82	47	31	1	19	1.58
27569952--27569999	14	3.4	14	77	5	51	47	25	2	25	1.62
27570548--27570717	41	4.1	41	83	3	180	21	22	17	38	1.93
27582932--27582968	16	2.4	16	82	17	51	18	10	0	70	1.16
27583280--27583365	43	2.0	43	88	0	127	32	20	18	27	1.96
27587509--27587572	7	9.0	7	91	3	92	43	0	0	56	0.99
27587514--27587579	21	3.1	21	88	2	96	37	0	0	62	0.96
27587749--27587802	28	1.9	28	88	0	81	20	0	27	51	1.47
27591596--27591626	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
27592405--27592435	3	10.3	3	100	0	62	32	0	32	35	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27593995--27594030	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
27596425--27596473	18	2.7	18	81	12	64	71	0	16	12	1.14
27596514--27596548	18	2.0	17	94	5	61	68	0	17	14	1.21
27599861--27599888	14	2.0	14	100	0	56	42	14	0	42	1.45
27623782--27624377	297	2.0	297	98	0	1156	35	14	14	35	1.86
27631251--27631275	13	1.9	13	100	0	50	20	16	24	40	1.91
27648127--27648229	37	2.7	39	75	11	101	50	4	1	42	1.34
27651075--27651121	20	2.3	20	96	3	85	25	29	23	21	1.99
27656372--27656424	21	2.5	21	78	0	61	11	30	32	26	1.91
27665396--27665466	20	3.5	20	73	14	58	57	1	0	40	1.07
27669161--27669215	27	2.0	27	100	0	110	45	7	29	18	1.76
27674090--27674127	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
27676282--27676329	25	1.9	25	95	0	87	37	6	18	37	1.76
27678202--27678268	30	2.3	30	82	10	84	40	4	4	50	1.43
27679087--27679132	18	2.4	19	82	7	58	67	0	6	26	1.15
27679827--27679860	15	2.3	15	89	0	50	70	2	0	26	1.01
27680015--27680074	25	2.3	25	82	8	75	58	0	5	36	1.20
27680036--27680069	13	2.7	13	86	4	52	58	0	5	35	1.22
27680036--27680072	12	3.0	12	84	7	56	59	0	5	35	1.20
27680027--27680087	25	2.4	27	76	18	67	60	0	3	36	1.13
27683717--27683754	1	38.0	1	100	0	76	100	0	0	0	0.00
27685652--27685680	14	2.1	14	100	0	58	13	0	0	86	0.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27685946--27686003	27	2.3	24	80	13	64	27	3	1	67	1.17
27691994--27692031	19	2.0	20	84	5	51	50	2	5	42	1.39
27700337--27700460	26	4.8	26	71	7	76	54	6	8	30	1.57
27700682--27700742	26	2.4	26	83	2	79	63	3	3	29	1.26
27700720--27700799	37	2.2	37	84	4	99	60	1	6	32	1.30
27700954--27701011	18	3.3	18	83	4	66	62	5	5	27	1.38
27709805--27709844	17	2.3	18	86	4	55	67	17	2	12	1.33
27713112--27713147	2	18.0	2	88	0	54	55	0	0	44	0.99
27713111--27713147	10	3.7	10	96	0	65	56	0	0	43	0.99
27718831--27718879	17	3.1	17	74	17	50	28	2	2	67	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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