genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.208.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62456597--62456649	27	1.9	27	84	3	70	41	13	11	33	1.80
62456606--62456704	27	3.7	27	83	5	103	40	18	11	30	1.85
62456690--62456751	27	2.3	27	82	0	70	33	27	8	30	1.86
62456701--62456924	27	7.9	27	75	10	115	29	24	8	37	1.85
62456725--62456797	38	1.9	38	85	0	101	21	32	6	38	1.80
62456726--62456806	38	2.1	38	81	0	90	22	30	7	39	1.81
62456763--62456897	54	2.5	54	85	2	182	28	20	9	40	1.84
62456793--62456922	54	2.4	55	83	2	156	33	20	8	38	1.82
62456763--62456922	81	2.0	81	80	7	182	31	21	8	38	1.84
62456874--62457041	27	6.2	27	81	6	162	39	23	7	29	1.82
62456889--62457043	81	1.9	81	84	7	208	40	21	8	29	1.83
62457052--62457103	27	1.9	27	92	0	86	40	9	11	38	1.74
62457155--62457222	27	2.5	27	85	4	84	33	17	23	25	1.96
62458469--62458509	15	2.7	16	82	17	52	34	9	21	34	1.87
62458456--62458522	20	3.3	20	87	0	98	34	11	20	32	1.90
62458572--62458714	24	6.0	23	89	4	198	29	23	21	25	1.99
62458573--62458713	71	2.0	71	90	5	223	28	23	21	26	1.99
62458904--62458966	31	2.1	30	90	3	99	38	15	23	22	1.93
62461705--62461757	27	1.9	27	84	3	70	41	13	11	33	1.80
62461714--62461812	27	3.7	27	83	5	103	40	18	11	30	1.85
62461714--62461820	54	2.0	54	81	7	128	38	19	11	30	1.87
62461798--62461858	26	2.3	26	85	2	77	36	27	6	29	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62461812--62461873	26	2.4	26	91	2	99	27	30	6	35	1.82
62461833--62461910	36	2.2	36	83	4	95	24	29	7	38	1.83
62461866--62461997	26	5.0	26	85	2	158	28	19	10	40	1.85
62461976--62462116	27	5.2	27	81	7	126	40	22	7	29	1.81
62461976--62462199	54	4.1	54	73	10	186	38	20	8	32	1.83
62462127--62462178	27	1.9	27	88	7	79	40	11	11	36	1.78
62462230--62462294	25	2.5	25	87	9	87	33	16	26	23	1.96
62462233--62462309	25	3.0	26	82	16	83	32	18	24	24	1.97
62463536--62463591	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
62463525--62463591	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
62463641--62463806	24	7.0	24	86	6	223	28	23	21	25	1.99
62463641--62463807	47	3.5	46	85	7	219	29	23	21	25	1.99
62463641--62463806	71	2.3	71	90	5	255	28	23	21	25	1.99
62463999--62464061	31	2.1	30	90	3	99	38	15	23	22	1.93
62466856--62466954	27	3.7	27	78	2	92	42	17	9	31	1.80
62466940--62467001	27	2.3	28	83	8	83	37	29	6	27	1.82
62466952--62467018	27	2.5	27	92	0	107	28	32	5	32	1.81
62466974--62467056	38	2.2	38	84	2	112	26	31	6	36	1.81
62466951--62467073	65	1.9	65	87	0	183	27	30	7	34	1.84
62467013--62467147	27	5.0	27	83	3	155	29	21	7	41	1.80
62467097--62467291	27	7.2	27	77	8	110	39	21	7	31	1.80
62467124--62467291	81	2.1	81	82	4	196	40	22	7	29	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62467138--62467291	54	2.8	54	82	7	179	41	20	8	29	1.82
62467302--62467353	27	1.9	27	88	7	79	40	11	11	36	1.78
62467405--62467472	27	2.5	27	90	4	102	33	19	25	22	1.97
62468723--62468765	15	2.8	16	83	16	56	34	9	20	34	1.85
62468718--62468770	9	5.4	9	75	16	52	33	7	20	37	1.81
62468712--62468778	20	3.3	20	89	0	107	34	10	20	34	1.87
62468828--62468955	24	5.4	24	87	4	179	32	21	20	26	1.97
62469163--62469226	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
62475564--62475624	30	2.0	30	87	0	86	31	24	6	37	1.81
62484210--62484234	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
62488013--62488078	23	2.8	24	81	6	82	37	21	19	21	1.94
62488012--62488109	46	2.1	47	84	5	128	37	19	19	23	1.94
62487999--62488089	23	4.0	22	76	13	76	38	19	18	23	1.93
62488036--62488109	23	3.2	23	76	1	76	39	18	17	24	1.92
62491706--62491753	13	3.4	14	83	13	55	75	6	12	6	1.19
62493872--62493928	30	1.9	30	88	0	87	35	10	22	31	1.88
62501951--62502264	46	6.6	46	71	16	166	28	19	28	24	1.98
62506887--62506939	27	2.0	27	92	7	90	20	11	39	28	1.87
62509294--62509477	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
62509334--62509522	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
62511300--62511476	48	3.7	46	77	10	171	25	29	17	27	1.97
62511300--62511474	94	1.9	94	85	6	246	25	29	17	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62514335--62514398	33	1.9	33	84	6	85	28	18	25	28	1.98
62516693--62516726	17	2.0	17	100	0	68	17	23	23	35	1.95
62520723--62520832	28	4.0	28	84	3	145	20	25	20	33	1.97
62520718--62520828	55	2.0	55	89	3	170	20	25	18	35	1.96
62524354--62524386	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
62526929--62526992	30	2.1	30	94	0	110	26	39	18	15	1.91
62526940--62526988	15	3.3	15	73	21	57	32	40	16	10	1.82
62531838--62531887	26	1.9	26	83	0	64	28	16	16	40	1.89
62531883--62532164	27	10.6	27	78	9	258	32	10	18	38	1.85
62531902--62531948	23	2.0	24	87	4	69	31	8	21	38	1.83
62531930--62532164	107	2.2	108	89	3	357	31	10	19	37	1.86
62532484--62532567	28	3.0	28	83	0	78	28	33	13	25	1.93
62535518--62535653	24	5.7	23	88	5	182	17	14	29	38	1.90
62540666--62540820	43	3.6	42	76	11	129	25	19	25	29	1.98
62542834--62543053	40	5.6	40	87	5	297	24	26	22	25	2.00
62542860--62543049	79	2.4	80	90	3	287	24	27	23	24	2.00
62547508--62547637	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
62547508--62547671	40	4.1	40	78	4	145	21	28	25	25	1.99
62553808--62553984	40	4.5	40	90	4	263	23	28	23	24	2.00
62553808--62553984	79	2.2	80	89	5	263	23	28	23	24	2.00
62557211--62557271	26	2.3	26	82	2	68	34	16	9	39	1.82
62557253--62557544	27	10.8	27	76	1	217	32	8	18	39	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62557309--62557556	107	2.3	109	83	2	320	31	9	18	40	1.83
62559610--62559652	20	2.2	20	86	0	59	34	13	2	48	1.56
62562710--62562753	22	2.0	22	95	0	79	31	25	11	31	1.91
62579818--62579985	40	4.2	40	85	5	207	26	28	22	23	1.99
62579818--62579985	80	2.1	80	87	4	241	26	28	22	23	1.99
62581400--62581432	17	2.0	17	88	5	50	3	15	0	81	0.80
62583040--62583161	43	2.9	42	78	7	147	26	26	16	31	1.96
62589037--62589119	42	2.0	42	92	0	139	34	20	6	38	1.77
62593189--62593231	14	3.0	14	84	15	61	72	4	20	2	1.14
62593189--62593230	15	2.9	15	89	10	61	73	4	19	2	1.12
62598185--62598370	40	4.7	40	84	6	146	26	25	21	26	1.99
62598185--62598370	80	2.3	81	78	9	202	26	25	21	26	1.99
62601480--62601590	29	3.9	29	80	5	118	27	30	16	26	1.96
62603143--62603192	21	2.4	21	93	0	82	10	24	22	44	1.83
62603325--62603492	43	3.9	43	84	1	185	31	24	16	27	1.96
62603323--62603495	86	2.0	86	84	4	224	31	25	16	26	1.97
62603497--62603731	43	5.5	43	73	9	187	33	24	14	27	1.95
62603368--62603640	147	1.9	146	81	6	338	31	24	15	28	1.96
62603515--62603731	85	2.5	86	83	8	264	33	24	15	26	1.95
62604431--62604467	14	2.7	14	87	4	58	48	13	2	35	1.57
62609562--62609658	9	11.0	9	78	6	92	32	1	19	46	1.57
62609776--62609836	29	2.1	29	90	0	95	49	0	3	47	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62609952--62610015	29	2.2	29	83	5	76	53	3	3	40	1.33
62609974--62610022	15	3.3	15	82	5	73	51	0	0	48	1.00
62609970--62610030	29	2.1	29	96	0	113	49	1	0	49	1.10
62611097--62611121	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
62614027--62614073	22	2.1	22	88	7	69	25	2	48	23	1.62
62615716--62615771	29	1.9	29	88	0	85	39	25	16	19	1.91
62617018--62617054	18	2.1	18	89	0	56	27	13	35	24	1.93
62628272--62628441	46	3.7	46	73	17	172	21	20	28	30	1.98
62628262--62628433	93	1.8	93	91	2	283	21	20	29	29	1.98
62633810--62633993	78	2.3	81	86	6	252	24	22	27	26	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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