genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.252.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74914644--74914725	27	3.0	27	87	5	76	28	14	24	32	1.94
74917333--74917374	2	21.0	2	90	0	66	50	4	0	45	1.23
74917371--74917430	27	2.3	27	85	2	77	20	23	18	38	1.93
74919094--74919194	28	3.6	28	90	1	150	36	9	23	29	1.87
74925195--74925357	70	2.3	71	95	2	310	35	18	26	19	1.95
74933749--74933915	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
74933765--74933915	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
74942332--74942516	40	4.7	40	81	7	209	23	22	28	24	1.99
74942333--74942548	79	2.7	78	80	10	242	25	22	27	24	2.00
74946298--74946391	38	2.4	38	92	1	152	21	23	18	37	1.94
74946583--74946677	24	4.0	24	85	10	124	26	24	21	28	1.99
74946583--74946676	47	2.0	49	85	12	133	26	24	21	27	1.99
74946727--74946786	20	3.0	20	90	0	102	31	20	11	36	1.88
74946829--74946876	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
74952976--74953069	38	2.4	38	92	1	152	21	23	18	37	1.94
74953261--74953355	24	4.0	24	85	10	124	26	24	21	28	1.99
74953261--74953354	47	2.0	49	85	12	133	26	24	21	27	1.99
74953406--74953465	20	3.0	20	90	0	102	31	20	11	36	1.88
74953508--74953555	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
74956122--74956227	56	1.9	56	84	3	142	27	16	25	31	1.96
74958545--74958673	42	3.1	42	83	6	138	27	23	16	32	1.96
74960494--74960552	21	2.9	20	82	5	82	37	1	38	22	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74961987--74962023	19	2.1	19	85	10	51	16	2	2	78	0.98
74962065--74962105	2	20.5	2	94	0	73	46	0	2	51	1.14
74962343--74962419	38	2.0	38	89	0	118	27	18	19	35	1.95
74967192--74967358	72	2.3	72	85	4	221	29	25	14	30	1.95
74969609--74969712	35	3.0	35	91	0	163	20	13	31	34	1.91
74969620--74969732	35	3.2	35	83	7	140	20	12	30	36	1.90
74982673--74983408	365	2.0	365	95	0	1330	30	16	23	30	1.96
74983671--74983726	27	2.1	26	87	9	78	37	19	10	32	1.86
74989805--74989871	24	2.7	25	72	9	66	17	23	16	41	1.89
74992262--74992426	40	4.2	40	82	3	181	23	27	23	26	2.00
74992278--74992387	39	2.8	39	87	4	141	22	29	23	24	1.99
74999471--74999638	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
75000032--75000139	56	1.9	56	84	5	146	27	12	17	41	1.86
75002094--75002265	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
75002086--75002261	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
75015961--75016109	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
75016002--75016109	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
75018070--75018163	25	3.8	25	81	0	116	28	25	22	23	1.99
75031942--75032042	29	3.6	28	78	7	98	20	16	33	28	1.95
75031972--75032049	27	2.8	27	80	7	77	21	15	33	29	1.94
75039904--75040006	29	3.6	29	80	2	109	21	17	33	28	1.96
75044569--75044786	40	5.5	40	92	3	354	25	27	23	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75044569--75044786	79	2.8	79	93	2	359	25	27	23	22	2.00
75048579--75048681	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
75056378--75056480	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
75058643--75058801	47	3.4	47	75	14	116	22	27	19	30	1.98
75067403--75067494	27	3.4	27	86	3	123	27	22	9	40	1.85
75067493--75067622	27	4.8	27	78	3	127	39	19	10	30	1.86
75067526--75067651	27	4.7	27	79	5	130	41	22	6	30	1.78
75067493--75067648	81	1.9	81	81	5	190	40	19	9	30	1.83
75067526--75067649	54	2.3	54	84	2	160	41	21	6	29	1.78
75067643--75067743	27	3.7	27	83	7	89	37	21	19	20	1.94
75068561--75068630	25	2.8	25	93	4	115	25	24	24	25	2.00
75074691--75074733	22	1.9	22	90	4	68	37	20	2	39	1.66
75075440--75075466	12	2.2	12	100	0	54	70	0	7	22	1.12
75084181--75084238	22	2.6	22	75	20	66	20	5	3	70	1.21
75084181--75084240	23	2.6	23	78	19	63	20	5	3	71	1.19
75094324--75094401	38	2.1	38	95	0	138	25	28	15	30	1.96
75101930--75101956	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
75103525--75103598	37	2.0	37	97	0	139	31	12	29	27	1.92
75105307--75105353	25	1.9	24	82	4	58	53	0	12	34	1.39
75111305--75111342	14	2.9	14	84	11	53	18	13	18	50	1.78
75119350--75119495	49	2.9	48	84	4	184	29	25	19	26	1.98
75119350--75119490	51	2.8	51	84	4	171	29	24	19	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75124385--75124448	28	2.3	28	88	0	92	20	35	21	21	1.96
75125410--75125636	47	4.9	48	77	11	206	24	28	19	28	1.98
75128606--75128659	26	2.1	26	96	0	99	22	20	22	35	1.96
75134327--75134511	79	2.3	81	83	7	227	23	27	24	24	2.00
75134320--75134511	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
75142368--75142552	79	2.3	82	83	7	229	23	27	24	24	2.00
75142361--75142552	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
75144306--75144407	31	3.1	31	87	9	123	23	22	15	38	1.93
75144283--75144390	38	2.8	38	92	1	180	23	23	14	38	1.92
75144599--75144717	24	5.0	24	85	9	154	26	24	21	27	1.99
75144599--75144717	47	2.5	48	89	8	172	26	24	21	27	1.99
75144768--75144827	20	3.0	20	90	0	102	31	20	11	36	1.88
75144870--75144917	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
75152652--75152752	38	3.1	31	84	11	96	24	21	14	38	1.92
75152629--75152736	38	2.8	38	90	1	171	24	22	14	38	1.91
75152690--75152752	31	2.1	31	93	3	110	23	22	14	39	1.91
75152943--75153061	24	5.0	24	85	9	154	26	24	21	27	1.99
75152943--75153061	47	2.5	48	89	8	172	26	24	21	27	1.99
75153112--75153171	20	3.0	20	90	0	102	31	20	11	36	1.88
75153214--75153261	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
75153942--75154125	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
75153982--75154170	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75162060--75162243	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
75162100--75162288	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
75165896--75166165	47	5.8	46	78	9	237	24	29	18	27	1.98
75165896--75166162	94	2.8	96	78	11	295	23	29	19	27	1.98
75165894--75166163	140	1.9	141	83	6	352	23	29	19	27	1.98
75169203--75169295	42	2.2	41	83	11	109	17	39	26	16	1.90
75170870--75170897	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
75173153--75173236	43	2.0	43	87	0	123	28	32	16	22	1.96
75173432--75173488	22	2.4	23	80	11	71	45	8	3	42	1.52
75177245--75177421	39	4.5	39	87	5	193	27	24	20	27	1.99
75177263--75177421	78	2.0	78	90	0	246	27	24	20	27	1.99
75183925--75184093	39	4.3	39	89	3	216	26	28	20	25	1.99
75188565--75188704	39	3.6	39	94	0	226	25	20	29	24	1.99
75188565--75188733	39	4.3	39	92	2	223	24	21	28	24	1.99
75192050--75192160	39	2.8	38	86	8	152	27	27	20	25	1.99
75192068--75192162	39	2.4	39	94	0	163	26	26	22	25	2.00
75192352--75192395	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
75194187--75194255	28	2.5	28	92	2	113	42	27	10	20	1.84
75202882--75203054	93	1.9	93	85	0	238	31	29	17	21	1.96
75208358--75208622	93	2.8	93	91	1	433	27	27	20	24	1.99
75208404--75208574	47	3.7	47	75	13	190	28	28	20	22	1.99
75208351--75208620	46	5.8	45	74	12	235	28	26	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75210678--75210775	51	1.9	51	85	0	133	31	27	15	25	1.95
75210990--75211035	22	2.1	22	83	0	56	50	8	4	36	1.53
75214166--75214208	21	2.0	22	86	13	63	37	0	2	60	1.10
75225493--75225526	17	2.0	17	88	0	50	58	5	0	35	1.22
75225950--75226070	45	2.7	45	83	2	154	25	20	14	39	1.90
75225950--75226087	45	3.1	45	83	4	136	26	20	14	39	1.91
75227690--75228175	257	1.9	257	95	0	875	28	17	27	26	1.98
75228003--75228276	46	5.8	49	80	6	248	27	21	28	22	1.99
75233772--75233911	40	3.5	39	77	10	124	27	23	25	23	2.00
75241503--75241680	40	4.4	40	84	3	207	26	23	26	22	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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