genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.262.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78205682--78205935	40	6.4	40	98	0	483	25	29	22	23	1.99
78207635--78207725	46	2.0	46	88	0	137	27	29	7	35	1.85
78207744--78207865	22	5.3	22	65	30	67	24	27	13	35	1.92
78207699--78207941	47	5.1	48	89	4	323	25	27	11	34	1.91
78207741--78207941	47	4.2	47	93	2	330	24	27	12	35	1.92
78207699--78207941	96	2.5	96	86	4	305	25	27	11	34	1.91
78213099--78213248	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
78213123--78213306	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
78216244--78216343	50	2.0	50	98	0	191	44	18	21	17	1.87
78217448--78217489	19	2.2	19	86	0	57	42	9	21	26	1.83
78224033--78224118	39	2.2	39	95	2	156	29	9	16	45	1.78
78227556--78227628	29	2.5	29	78	12	78	28	27	13	30	1.94
78232006--78232124	29	4.2	29	79	2	134	26	27	14	31	1.95
78232008--78232120	58	2.0	57	89	1	172	25	28	15	30	1.95
78242131--78242174	22	2.0	22	86	8	63	27	29	29	13	1.94
78249844--78249908	33	2.0	33	100	0	130	36	6	30	26	1.81
78251980--78252108	46	2.8	46	91	0	204	30	28	20	20	1.98
78251988--78252127	46	3.0	46	73	13	128	29	28	20	22	1.98
78257358--78257425	3	22.7	3	100	0	136	32	0	0	67	0.91
78262425--78262464	20	1.9	22	85	10	57	47	0	10	42	1.37
78264500--78264558	20	3.0	20	92	0	100	35	11	20	32	1.89
78264609--78264728	24	5.0	24	88	7	163	28	22	23	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78264920--78264983	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
78271301--78271397	45	2.1	46	96	1	178	39	10	17	32	1.84
78274414--78274478	32	2.0	32	100	0	130	30	6	24	38	1.80
78275935--78275987	26	2.0	26	85	7	72	39	22	13	24	1.90
78281850--78281914	32	2.0	32	100	0	130	30	6	24	38	1.80
78283342--78283394	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
78287783--78287833	22	2.4	22	80	3	59	21	33	29	15	1.94
78289326--78289489	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
78289326--78289523	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
78296904--78297067	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
78296904--78297101	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
78304413--78304597	40	4.7	40	80	7	191	23	22	28	26	1.99
78304413--78304597	79	2.3	80	79	12	209	23	22	28	26	1.99
78304494--78304611	40	3.0	40	82	6	116	24	22	29	23	1.99
78312207--78312326	28	4.2	28	84	1	159	28	13	31	26	1.94
78312928--78312973	23	2.0	23	83	8	58	19	4	50	26	1.66
78313556--78313589	18	1.9	18	88	5	52	41	11	14	32	1.82
78313823--78313902	24	3.3	25	79	6	78	20	23	18	37	1.94
78313822--78313925	48	2.1	49	79	13	117	23	24	16	36	1.94
78318740--78318827	6	14.3	6	74	17	74	50	14	15	19	1.79
78318740--78318827	19	4.8	18	74	18	74	50	14	15	19	1.79
78318749--78318827	31	2.5	31	93	0	131	50	13	16	18	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78318954--78319028	27	2.8	27	85	0	87	37	20	22	20	1.94
78319187--78319251	22	3.0	22	77	8	69	33	21	23	21	1.97
78321375--78321444	28	2.5	29	90	4	108	42	28	10	18	1.82
78322599--78322847	27	9.3	27	85	2	297	24	20	21	34	1.96
78324452--78324495	16	2.8	16	85	0	61	52	20	15	11	1.74
78324706--78324823	28	4.2	28	77	4	105	29	14	27	27	1.95
78327900--78327959	17	3.4	17	70	20	59	20	11	35	33	1.88
78327893--78327975	37	2.2	37	100	0	166	21	10	34	32	1.88
78327917--78327975	20	3.1	20	68	22	63	22	11	33	32	1.90
78328330--78328373	22	2.0	22	100	0	88	50	13	0	36	1.42
78335330--78335537	40	5.2	39	82	3	202	25	25	23	25	2.00
78335330--78335536	80	2.6	80	82	3	238	25	26	23	25	2.00
78343380--78343587	40	5.2	39	82	3	202	25	25	23	25	2.00
78343380--78343586	80	2.6	80	82	3	238	25	26	23	25	2.00
78347710--78347796	25	3.5	25	75	10	72	24	25	21	28	1.99
78349193--78349296	54	1.9	54	92	0	172	34	17	24	24	1.96
78349194--78349301	27	4.0	27	87	0	153	34	18	23	24	1.96
78349495--78349581	27	3.3	26	83	4	102	18	21	22	36	1.95
78351519--78351711	42	4.5	41	79	10	197	33	13	22	30	1.93
78351502--78351685	89	2.1	88	93	1	314	32	13	22	31	1.93
78362094--78362340	40	6.2	40	83	3	284	24	27	23	23	2.00
78362110--78362380	80	3.4	80	90	3	386	24	26	23	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78362094--78362380	120	2.4	120	82	4	330	25	27	22	24	2.00
78362094--78362381	40	7.2	39	82	2	272	25	27	22	24	2.00
78370185--78370391	40	5.2	39	82	2	209	25	26	22	26	2.00
78370185--78370390	79	2.6	80	82	4	238	25	26	22	25	2.00
78374630--78374814	40	4.6	40	87	2	239	28	21	23	25	1.99
78374617--78374842	40	5.6	39	83	6	231	26	22	24	26	2.00
78374617--78374821	80	2.6	79	82	9	281	27	22	24	25	2.00
78377498--78377603	27	3.9	27	80	11	119	16	23	21	37	1.93
78378665--78378698	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
78383209--78383310	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
78390506--78390607	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
78394448--78394556	39	2.8	40	82	2	139	23	26	22	26	2.00
78402501--78402610	40	2.8	40	85	0	148	23	26	23	26	2.00
78410544--78410653	40	2.8	40	85	0	148	23	26	23	26	2.00
78414446--78414605	71	2.3	71	95	4	292	18	28	16	35	1.93
78414472--78414639	71	2.4	70	89	4	225	22	27	16	32	1.96
78422011--78422174	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
78422011--78422208	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
78425921--78425966	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
78425928--78425977	23	2.2	22	82	10	57	40	14	8	38	1.75
78429487--78429568	26	3.2	26	94	0	146	32	7	25	34	1.84
78431146--78431307	54	3.0	54	90	2	238	19	24	22	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78431149--78431307	27	5.9	27	82	10	182	19	24	22	33	1.97
78431149--78431307	81	2.0	80	83	6	205	19	24	22	33	1.97
78439680--78440232	285	1.9	285	90	0	881	28	16	25	28	1.97
78442751--78442789	20	2.0	20	90	5	62	2	28	0	69	1.02
78442852--78442899	21	2.3	21	82	10	55	41	2	2	54	1.24
78445273--78445297	9	2.8	9	100	0	50	20	24	20	36	1.95
78446902--78446962	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
78453544--78453581	20	2.0	20	94	5	69	0	28	0	71	0.87
78453542--78453574	16	2.0	17	88	5	50	0	30	0	69	0.88
78457072--78457127	15	3.7	15	81	9	60	19	8	16	55	1.67
78457208--78457237	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
78465552--78465583	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
78466333--78466394	31	2.0	31	100	0	124	38	9	9	41	1.71
78467567--78467655	27	3.3	27	77	3	72	17	25	30	25	1.98
78473642--78473684	23	2.0	22	81	9	52	60	2	2	34	1.22
78478246--78478284	17	2.4	16	91	4	60	23	0	0	76	0.78
78485298--78485441	64	2.2	64	86	4	202	45	25	0	29	1.53
78494344--78494378	2	17.5	2	93	0	61	48	0	0	51	1.00
78501961--78502122	69	2.4	69	82	8	181	26	27	14	30	1.95
78502019--78502261	69	3.5	67	78	8	213	23	26	16	34	1.95
78502166--78502355	99	1.9	99	89	0	290	22	26	16	34	1.95
78502265--78502521	69	3.7	69	81	3	302	24	25	15	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78502092--78502429	168	2.0	168	83	3	421	23	25	15	34	1.95
78502070--78502498	237	1.8	237	86	1	626	23	25	16	35	1.95
78502265--78502521	138	1.9	138	85	1	363	24	25	15	35	1.94
78502826--78503018	96	2.0	96	97	0	368	26	22	18	32	1.97
78505031--78505100	30	2.3	30	90	0	113	58	10	4	27	1.49
78505094--78505180	25	3.8	24	69	25	64	50	11	3	34	1.55
78505077--78505173	42	2.3	42	82	5	106	52	13	2	31	1.52
78505088--78505173	13	6.5	13	70	15	68	51	13	2	32	1.54
78505119--78505163	9	4.9	9	82	12	56	55	11	0	33	1.35
78507694--78507719	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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