genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.283.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84751666--84752168	251	2.0	251	98	0	979	28	7	23	40	1.81
84753099--84753264	45	3.7	44	90	6	246	25	15	31	27	1.96
84753099--84753264	89	1.9	89	91	2	271	25	15	31	27	1.96
84763715--84763763	22	2.2	20	77	19	53	51	26	4	18	1.64
84764513--84764678	43	3.9	42	77	3	154	33	25	13	26	1.94
84764774--84764910	47	2.9	47	96	0	247	37	15	9	37	1.80
84768655--84768745	19	4.9	19	92	8	161	37	10	15	36	1.83
84768655--84768745	35	2.5	37	91	8	150	37	10	15	36	1.83
84769034--84769068	18	2.0	17	88	5	52	31	0	0	68	0.90
84777315--84777641	78	4.2	78	90	3	500	33	18	22	24	1.97
84777713--84778086	78	4.6	78	84	6	430	33	17	24	25	1.96
84777348--84778123	365	2.1	368	88	4	1138	33	17	23	24	1.96
84778030--84778220	45	4.3	46	78	8	198	34	13	28	24	1.93
84778561--84778606	18	2.5	19	96	3	85	36	10	15	36	1.82
84778567--84778629	23	3.0	22	84	11	71	36	7	17	38	1.79
84781671--84781727	29	2.0	29	85	0	78	43	8	7	40	1.63
84782844--84782869	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
84782933--84783108	80	2.2	81	91	2	282	39	22	21	17	1.93
84782933--84783087	41	3.8	40	86	4	222	38	22	21	17	1.93
84783125--84783209	37	2.2	38	86	10	120	51	29	0	18	1.46
84783332--84783388	7	8.0	7	76	3	51	24	1	26	47	1.62
84783332--84783391	15	4.1	15	74	8	61	23	1	28	46	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84783878--84783916	7	5.2	8	82	17	57	12	0	48	38	1.42
84783877--84783922	14	3.2	14	90	6	74	10	0	50	39	1.38
84783911--84783935	7	3.6	7	100	0	50	0	0	48	52	1.00
84784399--84784450	3	17.3	3	100	0	104	67	0	0	32	0.91
84786290--84786314	3	8.3	3	100	0	50	32	0	36	32	1.58
84795304--84795381	31	2.5	31	91	0	120	28	26	16	28	1.97
84795405--84795496	42	2.2	42	94	0	157	32	19	14	33	1.92
84795644--84795713	25	2.8	25	84	4	88	27	24	24	24	2.00
84796528--84796579	27	1.9	27	84	0	68	23	21	21	34	1.97
84796618--84796854	27	8.7	27	80	5	181	31	8	19	40	1.83
84796729--84796887	54	2.9	54	85	3	196	28	10	21	39	1.86
84796729--84796881	27	5.7	27	85	6	168	28	9	22	40	1.84
84796729--84796887	81	2.0	81	82	7	198	28	10	21	39	1.86
84796886--84797083	27	7.3	27	86	2	254	38	7	25	28	1.83
84796886--84797083	81	2.4	81	88	1	290	38	7	25	28	1.83
84821136--84821307	46	3.7	46	78	10	206	28	27	21	22	1.99
84821141--84821311	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	22	1.99
84825097--84825304	67	3.2	66	74	14	189	32	17	27	22	1.96
84830117--84830301	41	4.6	40	77	5	156	33	28	14	23	1.94
84830147--84830303	41	3.9	40	79	6	165	35	28	13	22	1.92
84838966--84839236	48	5.6	48	88	0	355	32	27	18	21	1.97
84845219--84845309	45	2.0	45	89	0	137	28	15	21	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84851886--84851941	22	2.6	22	80	2	60	35	8	14	41	1.77
84859184--84859234	19	2.7	19	84	0	66	13	35	25	25	1.93
84861160--84861330	49	3.6	49	77	3	172	23	26	21	28	1.99
84862948--84863020	36	2.0	36	89	0	110	24	12	23	39	1.89
84865781--84865867	3	29.0	3	100	0	174	33	0	0	66	0.92
84868350--84868395	20	2.3	21	75	14	53	28	17	26	28	1.98
84872848--84872975	33	3.9	33	70	7	107	32	17	24	25	1.97
84883026--84883176	73	2.1	73	100	0	302	29	10	17	43	1.82
84887089--84887130	13	3.3	13	76	3	50	19	4	7	69	1.31
84887943--84888001	27	2.2	28	79	14	70	32	1	3	62	1.21
84888263--84888294	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
84889997--84890367	48	7.7	48	85	3	440	28	28	15	27	1.96
84889997--84890370	195	1.9	192	86	2	525	28	27	15	28	1.96
84894477--84894540	18	3.6	18	78	0	74	37	10	10	40	1.76
84894455--84894548	36	2.6	36	81	1	109	41	13	9	35	1.78
84894491--84894547	18	3.2	18	75	9	62	38	15	8	36	1.79
84894557--84894627	18	3.9	18	69	10	54	42	15	11	30	1.82
84894746--84894865	53	2.3	53	86	0	159	45	21	15	17	1.86
84897839--84897911	38	1.9	38	97	0	137	56	9	5	28	1.54
84906602--84906642	21	2.0	21	90	0	64	26	26	17	29	1.97
84907492--84907518	13	2.1	13	100	0	54	77	0	0	22	0.76
84913289--84913417	44	2.8	45	82	4	152	34	13	24	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84914954--84915030	38	2.0	38	94	0	136	41	7	23	27	1.81
84917072--84917174	29	3.6	27	78	5	89	28	32	16	23	1.96
84919662--84919833	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
84919654--84919829	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
84927581--84927683	29	3.6	29	77	2	100	28	31	16	24	1.96
84929524--84929649	57	2.2	57	81	5	139	27	13	23	34	1.93
84930844--84930897	21	2.6	21	96	0	99	16	25	37	20	1.93
84935017--84935201	40	4.7	39	85	4	228	23	22	28	25	1.99
84935014--84935224	40	5.3	40	83	7	216	24	21	27	25	1.99
84935014--84935224	79	2.7	80	82	5	277	24	21	27	25	1.99
84944078--84944108	16	2.0	16	93	6	55	58	22	6	12	1.58
84946404--84946473	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
84954328--84954397	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
84964772--84964820	13	3.8	13	86	2	64	30	24	6	38	1.80
84965703--84965740	19	2.0	19	100	0	76	52	10	10	26	1.68
84966961--84966990	9	3.3	9	95	0	51	53	0	0	46	1.00
84967127--84967197	35	2.0	35	100	0	142	38	25	19	16	1.93
84967540--84967656	62	1.9	62	98	0	225	40	4	6	48	1.49
84971545--84971683	39	3.6	39	77	7	140	29	24	18	27	1.98
84973458--84973519	30	2.1	30	100	0	124	29	25	6	38	1.81
84984073--84984118	23	2.0	23	91	0	74	41	15	6	36	1.73
84984707--84984740	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84989809--84989839	16	1.9	16	93	0	53	9	6	9	74	1.23
84991311--84991337	14	1.9	14	100	0	54	7	14	44	33	1.73
84999885--85000069	40	4.7	40	92	3	306	23	27	22	26	2.00
84999863--85000069	79	2.7	78	87	5	305	23	27	22	27	2.00
85007816--85007994	40	4.6	40	91	4	278	22	27	23	26	1.99
85007816--85007994	79	2.3	79	90	5	283	22	27	23	26	1.99
85009609--85009832	40	5.7	39	87	3	279	25	28	23	23	2.00
85009609--85009832	79	2.8	78	84	2	279	25	28	23	23	2.00
85014257--85014326	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
85014257--85014338	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
85022183--85022252	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
85022183--85022264	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
85027672--85027734	20	3.2	20	69	13	58	12	6	46	34	1.68
85037026--85037098	25	2.9	25	83	2	92	49	21	10	17	1.78
85040133--85040197	31	2.1	31	86	8	89	21	7	18	52	1.70
85045634--85045692	30	2.0	30	86	0	82	42	6	25	25	1.79
85045913--85045959	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
85046311--85046694	50	7.6	50	76	4	317	26	16	25	31	1.96
85046362--85046542	101	1.8	100	91	1	299	25	18	25	30	1.98
85046315--85046692	150	2.5	151	87	3	510	26	16	25	32	1.96
85046903--85046934	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
85047257--85047595	179	1.9	180	88	1	511	40	7	18	32	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85049583--85049792	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
85057717--85057926	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
85062068--85062256	39	4.8	40	85	8	201	26	27	20	25	1.99
85062087--85062309	79	2.8	80	83	8	287	26	27	21	25	1.99
85062087--85062309	40	5.7	40	86	6	287	26	27	21	25	1.99
85066897--85066937	21	2.0	21	100	0	82	24	24	24	26	2.00
85070158--85070379	39	5.7	40	87	7	305	25	27	21	24	1.99
85072575--85072737	28	5.8	28	73	13	113	34	16	20	28	1.94
85078176--85078245	27	2.6	27	79	0	86	30	24	27	18	1.98
85079655--85079836	48	3.9	46	78	10	165	25	16	32	25	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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