genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--10900	7	1558.6	7	98	1	20905	42	43	0	14	1.45
10901--10980	22	3.6	22	83	6	90	43	31	13	11	1.79
10924--11068	21	6.7	22	80	5	154	40	29	17	11	1.86
10924--11068	22	6.8	21	78	8	141	40	29	17	11	1.86
10901--11001	43	2.3	45	84	6	127	43	30	13	11	1.81
10988--11071	20	4.0	20	78	7	78	38	27	21	13	1.90
19777--19842	31	2.1	31	94	0	114	27	22	18	31	1.97
28160--28240	39	2.1	39	90	0	126	19	18	38	23	1.93
31906--31959	16	3.4	16	79	5	65	24	24	29	22	1.99
32079--32173	42	2.3	43	83	5	131	32	11	30	25	1.91
37055--37116	31	2.0	31	96	3	117	58	3	32	6	1.40
39330--39412	39	2.1	39	90	0	130	20	18	39	21	1.92
40615--40686	35	2.1	35	100	0	144	45	13	20	19	1.84
42501--42532	16	2.0	16	100	0	64	25	25	6	43	1.77
45868--45924	21	2.8	21	79	12	73	49	24	14	12	1.77
51798--51868	11	6.9	10	74	15	56	21	2	4	71	1.15
51800--51868	19	3.5	20	78	11	63	20	2	4	72	1.15
63550--63584	18	1.9	18	94	0	61	34	0	20	45	1.51
65249--65350	33	3.2	33	68	13	106	47	14	6	31	1.71
65229--65354	61	2.1	61	98	0	243	45	14	6	34	1.70
77849--77873	1	25.0	1	100	0	50	0	0	0	100	0.00
80752--80784	15	2.3	15	89	5	50	48	0	9	42	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84374--84410	16	2.4	16	86	13	51	24	0	2	72	0.97
84374--84444	15	4.7	15	74	10	56	30	1	2	64	1.16
84642--84688	20	2.3	20	76	20	53	10	23	0	65	1.23
85751--85793	19	2.3	19	83	0	50	53	27	4	13	1.60
87326--87384	29	2.0	29	100	0	118	20	23	15	40	1.90
91762--91805	22	2.0	21	82	4	52	9	20	0	70	1.14
92685--92743	6	9.8	6	90	5	93	1	15	0	83	0.74
104126--104341	46	4.7	46	91	0	315	39	15	23	21	1.91
104076--104341	138	2.0	130	87	5	379	39	15	23	21	1.92
106139--106206	30	2.3	30	84	5	84	47	5	19	27	1.72
108604--108875	46	6.0	46	93	1	424	38	15	24	22	1.92
109643--109680	16	2.5	15	86	4	58	15	0	26	57	1.38
109781--109892	34	3.3	34	85	1	143	43	0	12	43	1.42
109766--109892	34	3.8	33	81	8	141	42	0	14	42	1.50
110634--110866	39	5.9	39	88	6	333	37	21	25	15	1.92
110634--110862	82	2.9	77	85	6	323	38	21	25	14	1.91
110656--110917	121	2.2	119	85	5	332	38	20	24	16	1.92
116513--116619	28	3.8	28	89	0	151	29	24	10	35	1.88
119026--119443	126	3.3	126	87	1	570	37	16	16	28	1.91
135138--135201	30	2.1	30	85	0	83	42	4	28	25	1.75
152196--152224	15	1.9	15	100	0	58	24	20	6	48	1.74
154137--154467	168	2.0	166	80	4	380	30	9	22	37	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
155165--155233	33	2.2	31	85	10	95	55	2	2	39	1.30
157890--158151	133	2.0	133	97	0	497	20	14	17	47	1.83
164127--164157	12	2.6	12	100	0	62	16	16	6	61	1.54
181090--181227	40	3.5	40	84	0	177	30	13	21	34	1.91
181192--181343	78	1.9	78	86	0	214	33	13	20	32	1.91
196409--196449	21	1.9	22	90	5	66	43	2	0	53	1.13
202386--202828	75	5.9	75	94	0	778	42	16	28	12	1.85
204795--204881	45	1.9	45	83	0	111	33	24	24	18	1.97
206976--207126	53	2.8	53	86	6	189	29	28	15	25	1.96
212528--212579	14	3.5	14	75	14	50	55	0	1	42	1.10
214415--214464	25	2.0	26	88	4	75	32	0	2	66	1.03
219639--219789	53	2.8	53	89	4	214	29	27	16	25	1.97
221518--221554	18	2.1	18	90	10	58	51	2	16	29	1.58
222464--222603	46	3.0	46	89	6	192	22	22	13	40	1.89
227889--228078	39	5.1	39	78	13	229	22	23	30	24	1.99
268706--268834	44	2.8	45	82	4	152	34	13	24	27	1.93
274660--274788	44	2.8	45	82	4	152	34	13	24	27	1.93
276091--276122	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
278465--278498	3	11.0	3	93	6	59	64	2	0	32	1.08
288568--288596	3	9.7	3	100	0	58	0	31	0	68	0.89
293919--293952	17	2.0	17	88	0	50	44	2	8	44	1.50
297940--297992	18	3.1	17	75	10	54	77	7	11	3	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
304324--304367	23	2.0	22	86	4	61	38	13	0	47	1.43
304738--304788	22	2.4	22	93	3	86	35	11	9	43	1.75
308675--308720	22	2.1	22	83	0	56	45	6	2	45	1.41
308984--309012	14	2.0	15	93	6	51	48	0	0	51	1.00
328279--328341	33	1.9	33	83	6	83	20	12	4	61	1.49
329032--329094	21	3.1	21	76	13	69	49	0	0	50	1.00
329684--329751	33	2.1	33	83	8	86	52	11	2	32	1.53
335530--335561	15	2.3	15	89	10	50	6	12	6	75	1.19
339656--339822	39	4.1	40	66	23	91	59	5	4	29	1.40
340066--340145	21	3.7	21	69	21	58	65	2	5	27	1.27
340443--340491	25	2.0	25	87	0	71	55	22	2	20	1.54
340471--340525	23	2.4	23	81	0	65	58	27	1	12	1.45
341038--342294	44	28.6	44	75	9	981	26	23	19	31	1.98
340979--342352	132	10.4	131	89	4	1211	25	23	19	31	1.98
342406--342593	68	2.8	68	88	3	281	24	21	23	30	1.99
342623--343533	132	7.0	132	75	11	641	20	22	21	35	1.96
342710--343534	218	3.8	218	95	1	1435	20	22	22	35	1.96
342608--343432	349	2.4	346	82	7	978	20	22	21	35	1.96
342710--343534	435	1.9	436	93	2	1435	20	22	22	35	1.96
343585--343711	66	1.9	66	93	0	218	36	12	18	32	1.89
344825--344864	15	2.7	14	88	11	62	0	12	0	87	0.54
344830--344863	7	4.9	7	86	13	52	0	11	0	88	0.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
344825--344864	8	5.2	8	82	11	57	0	12	0	87	0.54
344830--344854	13	1.9	13	100	0	50	0	12	0	88	0.53
349153--349319	39	4.1	40	66	23	91	59	5	4	29	1.40
349563--349645	3	27.3	3	71	18	57	63	1	4	30	1.22
349563--349642	12	6.8	12	72	12	67	63	1	5	30	1.23
349559--349624	36	2.0	32	83	16	82	60	1	4	33	1.26
349944--350002	25	2.4	26	83	8	70	52	25	1	20	1.56
350384--350409	12	2.2	12	100	0	52	42	23	7	26	1.81
353462--353487	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
354224--354358	70	1.9	70	92	3	227	37	10	11	40	1.76
362272--362332	3	20.3	3	100	0	122	67	0	0	32	0.91
362819--362859	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
364824--364874	21	2.3	22	87	12	70	60	0	11	27	1.31
364838--364896	29	2.1	29	85	14	81	62	0	10	27	1.27
365081--365135	3	18.0	3	84	3	74	61	5	1	30	1.29
380005--380119	59	2.0	56	94	5	203	31	33	21	13	1.93
381361--381390	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
383860--383902	20	2.2	20	86	0	59	44	16	11	27	1.82
391042--391152	54	2.1	54	98	0	213	26	10	6	56	1.57
396747--396787	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
407812--407837	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
408076--408230	83	1.9	83	94	0	274	47	11	1	39	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
412800--412831	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
413238--413275	19	2.0	19	85	10	51	39	0	10	50	1.37
414647--414691	15	3.0	15	100	0	90	26	20	33	20	1.97
427980--428026	24	2.0	24	82	0	58	40	4	0	55	1.19
428105--428143	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
452656--452711	3	18.7	3	100	0	112	66	0	0	33	0.92
454597--454752	57	2.8	57	81	9	196	39	16	14	29	1.88
454774--455106	172	1.9	171	89	1	515	33	18	18	29	1.95
455268--455620	74	4.9	71	81	6	386	32	22	16	28	1.95
456451--456480	15	2.0	15	93	0	51	10	6	0	83	0.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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