genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.104.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28982516--28982569	21	2.5	20	82	8	63	1	9	7	81	0.94
28985290--28985335	19	2.4	19	85	7	58	45	15	19	19	1.85
28985743--28985809	32	2.1	32	97	0	125	43	16	7	32	1.76
28988189--28988256	16	4.3	15	85	7	91	41	5	25	27	1.78
28988185--28988256	32	2.3	32	88	7	103	41	5	25	27	1.77
28988417--28988472	26	2.2	26	80	6	60	62	0	0	37	0.95
29006568--29006682	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
29006568--29006701	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
29010928--29010961	18	1.9	18	88	5	52	55	2	11	29	1.50
29011682--29011733	20	2.5	20	81	9	61	69	1	1	26	1.10
29011688--29011733	16	3.0	16	75	18	53	69	2	0	28	1.00
29013439--29013487	21	2.3	21	96	0	89	69	0	2	28	1.00
29017230--29017279	10	5.0	10	81	13	59	68	2	8	22	1.26
29020681--29020733	16	3.4	16	77	15	56	66	9	5	18	1.41
29032472--29032519	2	24.0	2	95	0	87	52	0	0	47	1.00
29032772--29032844	33	2.2	33	97	0	137	26	8	15	50	1.71
29033110--29033152	22	2.0	22	86	9	61	37	2	4	55	1.33
29048376--29048408	12	2.6	13	85	9	50	45	0	0	54	0.99
29057018--29057068	25	2.0	25	88	0	75	39	5	19	35	1.76
29061686--29061733	25	1.9	25	86	0	69	43	6	10	39	1.64
29065499--29065559	18	3.4	18	73	13	63	73	1	6	18	1.12
29068816--29068875	18	3.4	18	78	15	54	15	18	33	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29071685--29071756	35	2.1	35	94	0	126	33	8	13	44	1.74
29079241--29079287	24	1.9	24	91	4	76	53	8	14	23	1.69
29080681--29080750	28	2.6	25	78	12	77	22	12	14	50	1.77
29081953--29082054	40	2.5	41	81	9	129	31	4	13	50	1.63
29081953--29082046	20	4.7	20	80	9	102	29	5	14	50	1.65
29084445--29084502	5	11.4	5	79	17	66	82	0	3	13	0.79
29084448--29084505	6	10.0	6	78	14	59	82	0	3	13	0.79
29084453--29084503	9	5.2	9	84	13	66	84	0	3	11	0.75
29084453--29084505	22	2.7	20	88	11	74	83	0	3	13	0.79
29085068--29085097	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
29086156--29086274	51	2.3	51	89	2	177	26	21	11	41	1.87
29087157--29087206	16	3.1	16	79	2	55	58	2	0	40	1.10
29096782--29097141	46	7.8	46	93	0	506	39	14	24	21	1.91
29098361--29098411	16	3.4	16	73	13	54	54	0	0	45	0.99
29098703--29098823	3	40.3	3	70	9	77	63	1	6	28	1.29
29098703--29098830	54	2.4	51	78	17	125	64	2	6	27	1.30
29099161--29099228	17	4.3	15	77	20	59	61	0	4	33	1.16
29099274--29099483	3	72.0	3	70	12	107	67	1	5	24	1.23
29099279--29099305	14	1.9	14	100	0	54	59	3	7	29	1.42
29099271--29099483	17	13.1	17	68	16	51	67	1	5	24	1.22
29099303--29099446	74	2.0	73	80	13	163	70	2	4	22	1.17
29100177--29100206	13	2.2	14	94	5	53	80	0	6	13	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29100173--29100212	17	2.4	17	84	12	55	80	0	10	10	0.92
29100647--29100698	26	2.0	26	85	7	70	7	0	38	53	1.30
29100695--29100720	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
29100647--29100707	26	2.4	26	81	8	63	8	0	32	59	1.27
29103365--29103406	21	2.0	21	90	0	66	14	23	9	52	1.71
29104565--29104627	31	2.0	31	100	0	126	20	19	6	53	1.66
29110469--29110591	46	2.7	45	87	7	169	22	31	19	26	1.98
29112489--29112656	75	2.2	76	82	7	200	25	22	22	30	1.99
29112854--29112890	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
29114612--29114655	21	2.0	22	86	4	63	36	20	0	43	1.52
29131812--29131846	18	1.9	18	88	0	52	31	22	14	31	1.94
29132396--29132459	13	4.9	13	84	0	92	35	28	7	28	1.85
29132396--29132459	26	2.5	26	89	0	110	35	28	7	28	1.85
29134971--29135058	45	2.0	45	88	4	133	32	7	10	48	1.66
29138011--29138057	18	2.6	17	83	12	58	34	0	0	65	0.93
29139989--29140184	59	3.4	58	88	4	274	33	6	8	51	1.58
29140362--29140503	67	2.2	64	82	8	171	44	21	1	33	1.61
29142281--29142333	3	18.0	3	96	3	99	66	0	33	0	0.92
29142887--29142929	16	2.7	15	82	13	50	69	6	11	11	1.35
29143109--29143184	30	2.8	25	76	17	80	68	5	3	22	1.27
29142961--29143618	152	4.4	155	89	5	969	59	7	5	27	1.47
29143018--29143618	308	2.0	301	90	3	954	59	7	5	26	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29143569--29143621	12	4.1	12	75	17	52	69	0	1	28	0.99
29143569--29143615	15	3.5	13	83	13	60	68	0	2	29	1.02
29150103--29150156	27	2.0	27	85	7	74	20	37	22	20	1.95
29153645--29153763	45	2.7	45	82	3	152	23	16	27	31	1.96
29155127--29155181	28	1.9	29	85	3	76	14	21	43	20	1.87
29164331--29164417	15	5.7	15	73	14	54	29	13	41	14	1.85
29164331--29164592	16	16.4	16	71	10	144	29	14	40	16	1.87
29164437--29164511	34	2.2	34	87	0	105	32	16	33	18	1.93
29165977--29166079	18	5.8	18	73	17	72	56	0	2	40	1.14
29166040--29166077	20	1.9	20	88	0	58	52	0	2	44	1.14
29166128--29166171	21	2.1	21	87	4	63	54	4	4	36	1.41
29166401--29166531	19	6.6	19	76	8	100	38	4	3	53	1.37
29166386--29166577	10	19.5	10	66	19	75	38	3	2	56	1.29
29168123--29168175	27	2.0	28	85	7	74	71	3	1	22	1.12
29171132--29171291	57	2.7	58	80	13	175	53	4	0	41	1.25
29171261--29171310	24	2.1	23	82	10	57	60	2	2	36	1.20
29172286--29172441	43	3.7	43	87	0	224	26	20	28	25	1.99
29172515--29172581	31	2.2	31	83	0	80	56	14	7	20	1.62
29173297--29173391	46	2.1	46	97	0	181	55	5	4	34	1.42
29178505--29178563	9	6.6	9	86	0	82	28	1	23	45	1.63
29178506--29178563	27	2.1	27	93	0	98	29	1	22	46	1.62
29178562--29178995	241	1.8	241	95	1	789	34	14	17	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29179020--29179086	33	2.0	33	94	0	116	44	16	23	14	1.85
29182033--29182074	18	2.3	18	87	0	57	52	2	38	7	1.42
29182236--29182319	40	2.1	40	90	0	132	17	21	17	42	1.89
29182318--29182374	22	2.7	20	77	22	62	33	1	1	63	1.15
29182724--29182869	14	10.4	14	78	10	102	43	37	0	18	1.50
29182724--29182869	22	6.9	21	75	12	111	43	37	0	18	1.50
29182705--29182877	7	24.6	7	73	10	84	45	35	0	19	1.50
29183160--29183208	24	2.0	24	96	0	89	40	4	2	53	1.32
29183817--29183982	41	4.1	41	82	3	187	19	24	19	35	1.96
29186290--29186328	19	2.1	19	90	0	60	30	15	5	48	1.66
29187759--29187824	20	3.3	20	67	0	60	25	19	15	39	1.91
29187751--29187964	40	5.3	40	81	2	223	23	25	15	35	1.95
29189074--29189153	40	2.0	40	100	0	160	30	20	5	45	1.72
29191788--29191905	42	2.8	42	84	2	139	29	26	16	27	1.97
29193354--29193484	52	2.5	52	84	1	154	27	18	24	29	1.98
29198237--29198270	5	6.8	5	87	12	52	20	0	0	79	0.73
29206736--29206820	37	2.3	37	85	2	127	30	20	24	24	1.98
29206809--29207004	42	4.7	42	78	2	171	26	14	28	31	1.95
29211469--29211598	54	2.4	54	98	0	251	25	20	23	30	1.99
29216489--29216526	18	2.1	18	90	0	58	28	13	26	31	1.93
29216497--29216531	18	1.9	18	94	0	61	28	11	22	37	1.89
29229909--29230084	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29229905--29230076	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
29233026--29233094	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
29233017--29233103	30	3.0	30	81	9	99	10	17	16	56	1.67
29235464--29235635	46	3.8	46	78	15	196	20	21	29	28	1.98
29239637--29239688	17	3.3	17	76	20	67	30	53	0	15	1.42
29239648--29239673	13	2.0	13	100	0	52	38	46	0	15	1.46
29239621--29239727	30	3.8	29	75	17	109	32	49	1	15	1.56
29239667--29239712	24	1.9	24	90	0	74	26	52	2	19	1.58
29239702--29239728	13	2.1	13	100	0	54	40	44	0	14	1.46
29239686--29239767	42	2.0	40	90	4	128	35	41	2	20	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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