genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.210.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62945091--62945142	27	2.0	26	88	3	77	34	19	26	19	1.95
62945741--62945793	26	2.0	26	85	0	70	35	20	22	20	1.96
62945794--62945937	27	5.4	27	79	0	155	24	18	19	37	1.94
62952725--62952869	40	3.6	40	82	6	168	26	23	25	24	2.00
62957638--62957847	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
62957858--62957900	21	2.0	22	86	13	63	37	18	2	41	1.63
62965791--62966040	40	6.2	40	91	1	385	22	28	24	25	1.99
62968536--62968665	40	3.3	39	83	4	163	23	25	28	23	1.99
62971055--62971087	16	1.9	18	88	11	52	51	18	12	18	1.76
62971654--62971808	43	3.6	43	84	3	206	27	29	18	25	1.98
62974555--62974735	40	4.6	40	90	2	276	23	20	30	25	1.99
62982549--62982729	40	4.6	40	90	2	276	23	20	30	25	1.99
63002372--63002494	47	2.6	47	96	0	219	31	8	30	29	1.88
63002472--63002691	48	4.6	48	91	0	332	34	8	27	30	1.86
63002740--63002825	37	2.3	37	97	0	163	23	19	33	23	1.97
63005102--63005162	24	2.5	24	86	5	79	34	27	16	21	1.95
63007583--63007686	29	3.6	29	86	3	138	26	26	16	29	1.97
63009330--63009430	28	3.5	29	86	6	125	29	26	13	29	1.94
63017127--63017227	28	3.5	29	86	6	125	29	26	13	29	1.94
63022307--63022516	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
63030443--63030652	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
63036457--63036651	40	4.9	40	89	4	281	26	24	28	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63036461--63036651	79	2.4	80	88	4	273	25	24	29	20	1.99
63051062--63051104	23	2.0	21	86	9	59	76	0	16	6	0.99
63052289--63052391	29	3.5	28	79	7	82	26	18	29	26	1.98
63068575--63068649	26	2.9	26	78	4	80	21	22	21	34	1.97
63072908--63073078	92	1.9	92	92	0	288	28	28	21	21	1.99
63072901--63073075	46	3.8	46	75	11	178	29	28	21	21	1.98
63074545--63074604	25	2.4	25	100	0	120	23	41	18	16	1.90
63078134--63078343	46	4.5	48	80	7	218	28	19	28	24	1.98
63078132--63078343	94	2.3	92	84	8	259	28	18	27	24	1.98
63078363--63078492	49	2.7	49	80	4	138	29	18	26	25	1.98
63089785--63089890	27	3.9	28	85	2	128	22	23	19	33	1.97
63091998--63092072	29	2.6	29	78	4	80	21	36	21	21	1.96
63092056--63092129	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
63098429--63098558	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
63106469--63106598	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
63111328--63111408	26	3.1	26	83	13	112	32	22	23	22	1.98
63113181--63113280	29	3.5	28	84	5	128	30	15	26	29	1.95
63117776--63117811	18	2.0	18	100	0	72	27	33	22	16	1.95
63120828--63120927	29	3.5	28	84	5	128	30	15	26	29	1.95
63126861--63126974	28	4.2	28	79	3	126	21	24	19	35	1.96
63126859--63126974	27	4.3	27	78	5	126	20	24	19	35	1.96
63126859--63126974	55	2.1	54	81	9	137	20	24	19	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63132334--63132414	26	3.1	26	87	0	117	30	20	24	23	1.99
63134064--63134206	39	3.6	39	83	8	182	25	25	23	25	2.00
63141999--63142183	40	4.6	40	84	6	241	26	26	21	25	2.00
63142895--63142920	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
63148076--63148116	18	2.3	18	86	0	55	36	4	21	36	1.75
63158871--63159286	43	9.7	43	89	1	543	25	16	28	29	1.97
63165181--63165349	6	27.8	6	75	15	152	47	13	17	20	1.81
63165181--63165318	30	4.6	30	89	5	215	48	13	17	21	1.80
63165204--63165349	67	2.2	67	88	2	213	47	13	17	21	1.82
63165181--63165349	61	2.7	61	88	6	232	47	13	17	20	1.81
63165704--63165762	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
63165850--63165933	27	3.2	26	88	5	96	38	21	21	19	1.94
63166131--63166326	27	7.3	27	86	1	232	27	19	17	35	1.94
63166331--63166551	27	8.2	27	80	6	241	41	9	21	28	1.84
63166335--63166551	81	2.7	81	86	2	294	41	9	21	28	1.84
63170656--63170758	29	3.6	29	81	5	145	24	14	34	26	1.94
63170656--63170845	58	3.3	58	93	1	310	28	14	28	28	1.95
63170656--63170875	58	3.8	58	92	1	300	28	14	28	28	1.95
63170683--63170875	29	6.7	29	87	2	271	30	14	25	29	1.95
63175920--63176022	29	3.6	29	87	0	143	26	15	33	25	1.95
63183124--63183226	29	3.6	29	87	0	143	26	15	33	25	1.95
63184934--63185101	40	4.2	40	78	12	166	23	22	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63184934--63185101	80	2.1	79	85	6	223	23	22	27	26	1.99
63194831--63194903	30	2.5	30	86	2	94	31	15	27	26	1.95
63196544--63196657	39	2.9	39	89	0	183	24	20	28	27	1.99
63206335--63206502	40	4.2	40	83	5	189	26	27	22	23	1.99
63206335--63206502	80	2.1	80	87	4	241	26	27	22	23	1.99
63208751--63208823	27	2.7	27	93	2	119	31	24	13	30	1.94
63216794--63216866	27	2.7	27	93	2	119	31	24	13	30	1.94
63224540--63224579	20	2.0	20	100	0	80	20	25	25	30	1.99
63225661--63225828	40	4.2	40	83	5	198	26	27	22	23	1.99
63225661--63225828	80	2.1	80	85	4	232	26	27	22	23	1.99
63227898--63228050	39	3.9	39	89	0	225	23	18	28	29	1.98
63227898--63228078	78	2.3	78	83	1	193	23	19	28	28	1.98
63227992--63228118	39	3.2	40	78	8	93	22	22	27	26	1.99
63228584--63228636	16	3.3	16	71	10	54	37	5	24	32	1.79
63228572--63228635	32	2.0	32	96	0	119	43	4	25	26	1.74
63230641--63230708	30	2.3	30	82	5	75	47	4	20	27	1.69
63255706--63255971	93	2.9	92	89	2	406	29	27	19	23	1.98
63255699--63255967	46	5.8	47	75	11	250	30	27	19	23	1.98
63257569--63257789	40	5.6	40	84	4	279	27	28	22	22	1.99
63261752--63261795	13	3.4	13	100	0	88	6	38	38	15	1.75
63262861--63262900	12	3.4	12	93	6	73	22	27	15	35	1.94
63267762--63267823	21	3.0	21	67	9	63	17	29	35	17	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63274199--63274266	26	2.6	26	80	0	82	27	23	23	25	2.00
63277890--63278046	43	3.7	43	75	10	133	24	18	24	32	1.97
63280308--63280417	40	2.8	40	82	0	130	27	23	26	22	2.00
63285591--63285733	39	3.7	39	90	0	223	25	26	18	29	1.98
63286884--63286939	2	28.0	2	78	7	51	46	5	3	44	1.43
63287585--63287632	24	2.0	24	100	0	96	20	16	8	54	1.68
63294572--63294755	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
63294612--63294800	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
63308071--63308134	33	1.9	33	87	6	94	35	12	20	31	1.90
63310411--63310586	40	4.4	40	85	6	225	23	22	27	26	1.99
63310411--63310586	79	2.2	78	86	7	239	23	22	27	26	1.99
63310815--63310856	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
63314866--63314920	26	2.1	27	89	3	85	27	16	18	38	1.92
63317402--63317611	40	5.2	40	89	3	266	27	26	19	27	1.99
63319472--63319563	48	1.9	48	84	0	121	27	19	27	26	1.99
63319580--63319744	90	1.8	90	84	2	224	28	21	25	24	1.99
63323303--63323478	54	3.3	53	78	5	176	39	19	9	31	1.83
63323311--63323463	27	5.7	27	74	11	109	39	20	9	31	1.84
63323457--63324170	27	26.4	27	79	5	505	32	21	8	36	1.84
63323660--63323731	26	2.7	27	87	8	110	40	20	8	30	1.82
63323660--63323731	28	2.6	28	89	6	112	40	20	8	30	1.82
63323660--63323763	28	3.8	27	82	8	79	40	22	10	26	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63323457--63324170	324	2.2	325	89	1	1083	32	21	8	36	1.84
63324009--63324087	28	2.9	26	85	9	95	39	21	11	27	1.88
63324175--63324538	27	13.5	27	84	4	430	35	20	19	25	1.95
63323608--63324245	324	2.0	323	84	6	817	33	21	9	35	1.86
63324175--63324531	134	2.7	134	82	4	400	35	20	19	25	1.95
63324972--63325093	6	19.8	6	74	14	97	20	18	12	48	1.80
63324972--63325093	31	4.0	31	71	15	101	20	18	12	48	1.80
63325000--63325069	19	3.7	19	75	11	72	18	20	12	48	1.80
63324972--63325039	25	2.7	25	83	0	91	20	19	13	47	1.82
63325000--63325088	37	2.4	37	84	0	115	19	19	13	48	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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