genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.253.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75241504--75241652	79	1.9	80	85	1	210	26	22	28	23	1.99
75248913--75248970	30	1.9	30	89	0	89	36	10	24	29	1.88
75249308--75249435	47	2.8	44	78	11	132	28	18	29	23	1.98
75249498--75249631	50	2.7	49	84	2	169	26	20	26	26	1.99
75253459--75253618	48	3.4	47	72	11	150	29	21	20	29	1.98
75264198--75264448	49	5.1	49	98	0	466	33	8	27	30	1.87
75264517--75264603	37	2.3	36	94	5	147	20	19	33	26	1.97
75266032--75266275	53	4.6	52	81	8	237	35	16	25	21	1.95
75266467--75266497	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
75268251--75268306	5	11.2	5	92	0	94	57	3	0	39	1.16
75273089--75273257	47	3.6	47	77	13	213	30	27	18	23	1.98
75273043--75273306	93	2.8	93	95	0	474	29	28	19	22	1.98
75273038--75273303	46	5.7	46	74	15	260	30	27	19	22	1.98
75274926--75275040	43	2.6	43	86	5	151	27	19	26	26	1.99
75275806--75275848	17	2.5	17	96	0	77	67	4	6	20	1.33
75281122--75281364	9	26.6	9	76	9	161	39	0	12	47	1.48
75281151--75281189	16	2.4	17	82	8	53	41	2	5	51	1.38
75281122--75281364	18	13.3	18	77	10	179	39	0	12	47	1.48
75281469--75281524	15	3.8	15	78	21	73	53	0	0	46	1.00
75281701--75281767	24	2.8	24	84	10	93	44	7	19	28	1.77
75283423--75283462	21	1.9	21	94	0	71	47	12	10	30	1.74
75291358--75291508	40	3.8	39	82	2	142	23	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75291358--75291508	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
75292331--75292376	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
75299044--75299211	40	4.2	40	80	1	167	23	25	23	27	2.00
75305718--75305902	40	4.6	40	95	0	316	26	30	20	22	1.98
75306688--75306717	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
75311198--75311271	27	2.7	27	82	0	94	36	18	13	31	1.90
75311649--75311711	33	1.9	33	100	0	126	25	9	17	47	1.77
75316174--75316237	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
75316429--75316594	47	3.5	47	90	5	246	26	21	22	28	1.99
75316429--75316594	24	7.0	24	91	6	250	26	21	22	28	1.99
75316644--75316704	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
75316747--75316794	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
75318034--75318266	27	8.6	27	88	1	281	41	10	21	26	1.85
75318042--75318266	81	2.8	81	87	2	310	41	10	21	25	1.85
75318035--75318297	54	4.9	54	83	4	271	39	10	22	27	1.86
75318035--75318297	81	3.2	79	79	10	280	39	10	22	27	1.86
75323054--75323140	39	2.2	39	87	0	120	31	22	26	19	1.98
75326204--75326260	27	2.1	28	81	12	66	49	0	5	45	1.24
75326989--75327077	44	2.0	43	95	2	160	26	4	25	42	1.74
75333689--75333719	12	2.7	12	95	5	55	74	0	6	19	1.03
75343531--75343578	23	2.0	24	84	4	62	27	27	8	37	1.85
75346796--75346833	20	2.0	19	85	10	51	52	18	26	2	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75352773--75352993	112	2.0	112	97	0	415	31	27	27	14	1.95
75355892--75356100	40	5.2	40	79	7	194	26	20	24	29	1.99
75363852--75364059	40	5.2	39	87	4	256	25	20	26	26	1.99
75370189--75370394	40	5.2	39	85	8	240	25	20	26	27	1.99
75376556--75376739	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
75376596--75376784	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
75381099--75381281	64	2.8	64	77	7	192	30	16	29	23	1.96
75382368--75382394	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
75384448--75384486	20	2.0	20	100	0	78	20	33	30	15	1.94
75386859--75386971	40	2.8	40	90	0	172	25	19	25	29	1.99
75389802--75389937	68	2.0	68	95	0	245	34	12	20	32	1.90
75391257--75391326	28	2.5	28	86	6	97	24	15	32	27	1.95
75392838--75392954	58	2.0	58	100	0	234	28	6	20	44	1.77
75394696--75394759	30	2.2	29	94	2	110	34	21	17	26	1.95
75395035--75395059	8	3.1	8	100	0	50	24	24	0	52	1.48
75397517--75397603	24	3.6	24	96	0	165	21	17	25	35	1.95
75397517--75397625	48	2.3	48	91	3	175	24	17	23	33	1.96
75397517--75397625	24	4.5	24	90	2	157	24	17	23	33	1.96
75405385--75405471	24	3.6	24	96	0	165	21	17	25	35	1.95
75405385--75405493	48	2.3	48	91	3	175	24	17	23	33	1.96
75405385--75405493	24	4.5	24	90	2	157	24	17	23	33	1.96
75412417--75412451	16	2.2	16	89	0	52	42	25	22	8	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75412668--75412786	28	4.2	28	89	0	166	27	15	32	24	1.95
75416377--75417275	453	2.0	453	92	0	1494	28	14	21	35	1.92
75421540--75421826	50	5.7	50	76	5	229	26	16	25	31	1.97
75421589--75421778	101	1.9	101	83	4	249	28	18	23	29	1.98
75422031--75422060	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
75428094--75428257	43	3.8	43	81	7	181	31	24	19	25	1.98
75429891--75429930	21	2.0	20	90	5	62	25	25	35	15	1.94
75431426--75431627	40	5.1	40	91	2	309	25	27	22	23	2.00
75440613--75440736	43	2.9	43	80	7	144	35	25	14	25	1.93
75442608--75442792	79	2.3	82	82	7	220	24	23	27	24	2.00
75442608--75442792	40	4.7	40	78	6	180	24	23	27	24	2.00
75460387--75460514	37	3.4	37	94	1	220	25	32	18	23	1.97
75460554--75460657	48	2.2	48	96	0	190	31	28	5	33	1.81
75462157--75462378	124	1.8	122	83	3	293	31	11	23	32	1.90
75462337--75462487	40	3.8	40	77	11	141	26	24	27	21	2.00
75462374--75462503	40	3.2	40	79	2	154	23	23	28	23	2.00
75462336--75462503	80	2.1	80	82	6	207	26	23	27	22	2.00
75463868--75464192	49	6.7	49	92	2	541	29	27	9	33	1.88
75463868--75464192	96	3.4	96	95	0	560	29	27	9	33	1.88
75463868--75464194	145	2.3	143	92	2	546	29	27	9	33	1.88
75467979--75468122	40	3.6	40	93	0	227	26	26	20	26	1.99
75467979--75468239	40	6.6	40	81	8	223	27	27	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75470148--75470250	37	2.8	37	96	0	197	23	32	19	25	1.98
75474307--75474457	40	3.8	40	77	6	146	27	23	26	22	1.99
75474344--75474473	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
75484652--75484729	29	2.7	29	83	0	102	21	33	17	26	1.96
75486342--75486384	22	2.0	22	86	4	61	39	11	9	39	1.74
75489144--75489211	31	2.2	31	83	0	82	23	25	14	36	1.93
75489166--75489364	30	6.6	30	74	7	161	24	24	13	38	1.91
75489179--75489363	90	2.1	90	86	0	253	24	23	12	38	1.90
75491490--75491660	43	4.0	43	77	8	161	29	13	24	32	1.93
75503074--75503139	30	2.2	30	88	0	96	16	22	40	19	1.91
75509476--75509543	30	2.3	30	81	0	82	25	29	11	33	1.91
75509532--75509756	30	7.6	30	74	5	134	21	24	12	41	1.88
75509532--75509602	29	2.4	30	88	2	108	15	28	12	43	1.83
75511766--75511986	40	5.6	40	90	1	329	26	29	20	22	1.99
75515624--75515848	40	5.6	40	80	2	254	26	24	25	23	2.00
75522576--75522628	27	1.9	28	85	11	74	66	5	0	28	1.15
75526369--75526433	28	2.3	28	89	0	94	33	24	7	33	1.84
75526539--75526629	28	3.2	28	90	4	139	20	24	23	31	1.98
75526539--75526654	56	2.1	55	82	9	137	19	24	21	34	1.96
75527090--75527128	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
75527705--75527738	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
75534186--75534247	28	2.2	28	94	0	106	33	27	8	30	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75534356--75534446	28	3.2	28	86	7	123	20	25	23	30	1.98
75534356--75534471	56	2.1	55	81	12	130	18	25	21	34	1.96
75534908--75534946	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
75539213--75539268	24	2.3	23	80	14	60	33	1	1	62	1.16
75553361--75553626	38	6.9	38	88	1	370	22	21	25	30	1.98
75553361--75553627	116	2.3	115	87	1	383	22	21	25	30	1.98
75553601--75553683	43	2.0	41	90	4	130	9	22	32	34	1.87
75558225--75558384	29	5.5	30	87	9	215	32	13	25	28	1.94
75558255--75558384	59	2.2	57	93	5	217	33	13	25	26	1.94
75563960--75564085	46	2.8	42	81	12	144	21	20	29	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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