genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24974659--24974689	10	3.0	10	95	4	53	32	0	0	67	0.91
24986982--24987743	206	3.7	206	92	0	1202	30	17	22	28	1.97
24992116--24992213	10	9.4	10	80	16	110	34	26	0	38	1.57
24992117--24992205	32	2.8	32	96	0	160	34	25	0	39	1.56
24992116--24992213	22	4.7	20	77	18	110	34	26	0	38	1.57
24992363--24992459	47	2.0	48	90	2	151	34	6	3	56	1.40
24992388--24992468	23	3.5	23	65	15	58	32	6	2	59	1.35
24993399--24993444	7	6.6	7	89	0	74	30	2	8	58	1.40
24993399--24993444	21	2.2	21	96	0	83	30	2	8	58	1.40
24994062--24994096	18	1.9	18	94	0	61	28	28	2	40	1.71
24994246--24994290	24	2.0	23	86	8	65	28	33	20	17	1.95
24994512--24994602	29	3.2	29	67	22	84	38	2	6	52	1.40
24994531--24994629	27	3.6	26	69	23	78	34	3	5	57	1.36
24994514--24994651	56	2.5	56	92	0	231	39	2	7	50	1.42
25000609--25000716	26	4.2	26	92	0	180	36	24	7	32	1.83
25001268--25001331	26	2.5	26	97	0	119	39	15	1	43	1.56
25001333--25001378	16	2.6	17	86	10	58	52	32	0	15	1.43
25001347--25001395	22	2.2	22	85	10	64	51	34	0	14	1.43
25001353--25001425	32	2.3	32	85	4	94	47	36	0	15	1.45
25007352--25007437	43	2.0	43	100	0	172	41	13	27	16	1.86
25018349--25018608	44	5.8	42	72	13	137	31	18	16	33	1.94
25018349--25018509	85	1.9	85	82	0	205	32	19	16	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25018349--25018935	51	12.7	45	71	12	296	30	18	17	33	1.94
25018430--25018898	96	4.9	96	85	1	550	30	18	16	34	1.93
25018430--25018898	191	2.5	191	85	2	611	30	18	16	34	1.93
25030721--25030747	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
25030708--25030751	23	1.9	23	85	0	61	77	4	0	18	0.94
25032102--25032157	29	2.0	28	86	10	78	3	17	28	50	1.63
25033434--25033476	11	3.7	12	84	12	54	60	2	0	37	1.10
25034358--25034403	21	2.2	21	84	7	58	43	0	4	52	1.21
25034436--25034496	24	2.5	24	89	2	95	40	3	21	34	1.69
25040037--25040089	2	28.0	2	81	11	67	45	0	1	52	1.11
25041745--25041827	42	2.0	42	92	0	139	14	4	48	32	1.65
25041861--25042084	96	2.3	96	79	6	256	22	4	47	24	1.71
25041861--25042091	48	4.8	49	78	7	197	22	4	48	24	1.70
25042012--25042166	75	2.1	75	83	2	195	23	4	48	23	1.69
25041964--25042217	123	2.1	123	88	1	375	23	3	47	24	1.68
25042087--25044013	48	40.3	48	78	2	1796	20	4	49	25	1.68
25041937--25042260	171	1.9	171	84	1	434	23	3	47	25	1.68
25042176--25042256	27	3.2	26	70	20	73	23	3	43	29	1.71
25041907--25042310	219	1.8	219	88	2	623	23	3	47	25	1.68
25042545--25042621	21	3.4	21	67	19	64	16	5	54	23	1.62
25042758--25042837	27	3.2	27	66	20	82	20	3	50	26	1.65
25042108--25044013	383	5.0	383	84	2	2063	20	4	49	25	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25043828--25043911	21	3.7	21	69	17	69	16	3	57	22	1.55
25044937--25044963	1	27.0	1	100	0	54	0	0	0	100	0.00
25046320--25046369	25	1.9	27	84	15	70	34	4	10	52	1.54
25047996--25048055	32	1.9	30	86	6	84	58	6	11	23	1.57
25048118--25048203	25	3.6	23	80	9	84	52	4	4	38	1.43
25048136--25048203	22	3.0	23	80	10	86	55	4	1	38	1.29
25048354--25048388	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
25050006--25050481	43	11.1	42	72	10	347	21	22	21	34	1.97
25049998--25050681	87	7.8	85	78	12	580	21	22	20	35	1.96
25050006--25050681	129	5.1	129	77	6	690	21	23	20	34	1.96
25050489--25050638	43	3.5	43	73	5	142	20	24	18	36	1.95
25050299--25050669	185	2.0	188	92	2	622	21	24	19	34	1.97
25050532--25050681	43	3.5	43	72	6	151	21	22	20	35	1.96
25050486--25050681	86	2.3	85	91	2	320	21	23	19	35	1.96
25050765--25050888	64	1.9	64	91	0	203	37	11	17	33	1.86
25052678--25052709	16	1.9	17	93	6	57	9	0	3	87	0.64
25052996--25053043	21	2.2	21	92	3	78	37	16	12	33	1.86
25058275--25058328	3	18.0	3	88	0	63	38	3	0	57	1.17
25058272--25058336	18	3.6	17	78	10	67	41	3	0	55	1.15
25058441--25058484	15	2.9	15	79	3	52	36	2	2	59	1.23
25058458--25058499	16	2.7	16	85	10	52	35	0	4	59	1.19
25058574--25058642	3	23.0	3	91	5	113	31	0	1	66	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25058766--25058835	11	6.6	11	71	14	58	34	4	7	54	1.47
25058774--25058835	20	3.0	22	86	6	76	33	3	6	56	1.41
25058766--25058831	31	2.2	31	81	8	73	33	4	7	54	1.49
25058883--25058913	16	1.9	16	93	0	53	35	3	9	51	1.51
25060918--25060955	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
25064250--25064310	30	2.1	29	87	9	88	32	1	8	57	1.38
25064340--25064385	23	2.0	23	86	0	65	26	15	17	41	1.88
25066240--25066276	19	1.9	19	88	0	56	54	8	2	35	1.44
25066284--25066316	17	2.0	17	94	5	59	36	0	0	63	0.95
25067125--25067176	26	2.0	26	96	0	95	44	0	3	51	1.19
25067123--25067202	26	3.5	22	79	15	81	42	1	5	51	1.31
25067117--25067249	53	2.7	49	75	15	137	42	2	3	51	1.29
25067796--25067836	17	2.4	18	80	12	50	39	9	17	34	1.82
25073235--25073342	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
25077595--25077640	18	2.4	20	82	7	60	47	2	23	26	1.63
25077771--25077851	37	2.2	37	93	0	135	40	4	17	37	1.71
25087449--25087494	3	15.3	3	100	0	92	32	0	0	67	0.91
25087638--25087698	25	2.4	25	81	10	61	24	6	3	65	1.32
25087690--25087728	20	2.0	20	85	10	53	25	5	0	69	1.09
25089599--25089633	6	5.8	6	100	0	70	17	17	17	48	1.81
25092401--25092494	40	2.4	39	83	1	116	41	27	15	14	1.87
25098419--25098944	166	3.1	166	89	8	854	30	19	8	40	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25098585--25098933	182	1.9	182	97	0	653	31	19	8	40	1.81
25116675--25116764	44	2.0	44	100	0	180	45	11	13	30	1.78
25121328--25121417	40	2.3	38	77	11	101	35	35	14	14	1.87
25121347--25121425	40	2.0	40	82	5	97	36	30	16	16	1.91
25124204--25124259	20	2.7	21	83	10	71	35	0	7	57	1.26
25124209--25124259	21	2.5	20	87	6	68	37	0	5	56	1.23
25124247--25124285	11	3.5	11	82	0	51	28	2	0	69	1.02
25126423--25126603	46	4.0	46	88	2	240	40	14	23	21	1.90
25126438--25126626	91	2.1	90	80	7	213	41	15	21	20	1.90
25135660--25135738	40	2.0	40	87	0	113	39	31	15	13	1.86
25139598--25139624	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
25148686--25148723	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
25152876--25153154	138	2.0	138	98	0	540	38	15	15	30	1.88
25156159--25156219	30	2.0	30	100	0	122	37	22	9	29	1.87
25157530--25157609	12	6.9	11	79	9	63	75	1	6	17	1.08
25157550--25157609	23	2.6	23	81	5	68	76	1	6	15	1.06
25157550--25157596	6	8.0	6	90	4	60	76	0	6	17	0.98
25167920--25167973	27	2.0	27	92	0	90	51	7	11	29	1.64
25173290--25173329	6	6.5	6	85	2	53	15	5	0	80	0.88
25173288--25173319	13	2.4	14	85	15	50	15	6	0	78	0.95
25177530--25177666	50	2.8	50	84	5	165	30	25	15	28	1.96
25179154--25179215	30	2.1	30	90	0	97	14	25	30	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25180816--25180900	27	3.2	26	83	5	89	17	24	21	36	1.94
25184967--25185103	27	5.1	26	80	7	132	21	22	18	37	1.94
25186077--25186107	16	1.9	16	100	0	62	38	16	12	32	1.86
25206420--25206579	80	2.0	83	90	4	256	28	21	13	36	1.91
25206970--25207024	7	7.7	7	89	4	83	45	38	0	16	1.47
25206972--25207056	36	2.4	35	86	2	107	47	34	0	18	1.49
25207523--25207700	41	4.4	40	84	6	207	17	23	24	34	1.96
25207565--25207731	41	4.1	41	86	4	164	17	21	23	37	1.94
25208592--25208637	23	2.0	23	95	0	83	23	6	26	43	1.78
25212019--25212102	26	3.2	26	93	0	150	33	4	25	36	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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