genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.285.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85360860--85360894	14	2.5	14	90	0	52	60	5	11	22	1.52
85360802--85361055	89	2.9	89	84	9	317	37	20	16	25	1.93
85360963--85361274	76	4.2	73	85	5	403	32	19	16	30	1.95
85362069--85362153	43	1.9	45	83	9	113	21	23	11	43	1.85
85368431--85368641	64	3.2	64	62	20	151	29	26	18	26	1.98
85368397--85368683	137	2.1	137	98	0	547	31	25	18	24	1.98
85368931--85368983	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
85370468--85370569	26	3.9	26	97	0	177	36	25	5	32	1.80
85374384--85374446	21	3.2	19	78	22	67	61	0	7	30	1.24
85374596--85374656	3	21.0	3	90	6	99	67	0	0	32	0.91
85374593--85374656	23	2.8	23	92	4	103	67	0	0	32	0.91
85374596--85374656	26	2.3	26	97	0	113	67	0	0	32	0.91
85385687--85385745	22	2.5	24	83	5	68	27	3	18	50	1.62
85385796--85385850	21	2.8	20	83	8	76	10	0	34	54	1.36
85385790--85385869	21	3.9	21	71	23	71	13	0	28	57	1.37
85399107--85399283	40	4.4	40	91	2	277	25	29	22	22	1.99
85402013--85402046	17	1.9	18	88	5	52	47	2	11	38	1.55
85405605--85405673	35	2.0	34	85	2	93	21	17	7	53	1.67
85421640--85421764	44	2.9	44	81	11	134	27	8	0	63	1.29
85421636--85421765	15	8.8	14	74	22	74	27	8	0	63	1.29
85421651--85421764	29	3.9	27	71	26	83	28	8	0	63	1.24
85421866--85421956	25	3.6	25	76	8	76	30	5	3	60	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85421896--85421956	27	2.3	26	80	5	70	32	3	4	59	1.35
85422085--85422134	25	2.0	25	100	0	100	28	0	8	64	1.22
85422090--85422137	12	3.9	12	75	5	51	25	0	6	68	1.12
85428804--85428841	13	2.9	13	100	0	76	23	15	31	28	1.96
85435535--85435625	42	2.1	42	82	6	103	34	34	10	20	1.88
85436294--85436506	118	1.8	118	95	0	390	22	17	31	28	1.96
85446217--85446346	46	2.8	45	86	4	170	34	15	25	24	1.95
85446348--85446805	132	3.5	131	86	3	582	30	18	24	27	1.98
85446781--85446960	89	2.0	89	82	2	218	32	22	23	21	1.98
85447007--85447081	24	3.2	24	62	11	66	29	21	24	25	1.99
85446977--85447319	179	1.9	179	89	1	526	31	18	23	26	1.97
85446954--85447361	45	9.1	45	80	3	383	31	17	24	26	1.97
85446929--85447370	224	2.0	224	81	1	519	31	17	24	26	1.97
85448362--85448482	29	4.1	29	69	9	84	26	7	2	63	1.33
85448377--85448447	15	4.9	14	73	19	56	26	7	1	64	1.27
85448455--85448494	13	3.2	13	85	7	55	30	7	0	62	1.23
85453085--85453149	34	1.9	34	84	6	87	35	0	1	63	1.04
85453996--85454106	22	5.1	22	82	1	116	60	32	3	3	1.31
85453989--85454127	33	4.1	33	78	10	129	59	31	4	4	1.36
85453989--85454101	11	10.4	11	78	0	102	60	30	4	4	1.36
85454270--85454311	9	4.7	9	84	0	57	9	40	16	33	1.81
85461911--85461974	31	2.1	31	87	0	92	25	21	15	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85462167--85462356	24	8.0	24	91	4	287	25	21	23	28	1.99
85462166--85462357	47	4.0	48	90	4	282	25	21	23	29	1.99
85462167--85462357	71	2.7	72	90	4	298	25	21	23	29	1.99
85462415--85462491	9	7.9	9	72	16	64	35	20	9	35	1.85
85462411--85462493	20	4.2	20	96	0	157	32	19	12	36	1.88
85462411--85462482	11	7.1	11	70	17	66	31	19	12	36	1.89
85462530--85462577	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
85469371--85469485	27	4.3	26	83	5	113	34	23	23	18	1.96
85469371--85469485	54	2.1	54	85	3	151	34	23	23	18	1.96
85471100--85471209	26	4.2	26	95	2	177	36	24	4	34	1.76
85472313--85472427	47	2.5	46	84	7	151	26	20	29	22	1.99
85472760--85472894	26	5.2	26	97	0	236	34	5	24	35	1.80
85474509--85474623	27	4.3	26	79	7	113	18	21	21	38	1.94
85474685--85474724	19	2.0	22	85	14	59	17	2	47	32	1.61
85477539--85477597	29	2.0	29	96	0	109	57	6	8	27	1.53
85477938--85477973	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
85477972--85478010	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
85482073--85482101	12	2.3	13	94	5	51	20	6	6	65	1.40
85488806--85488836	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
85489888--85489967	38	2.1	38	92	0	133	20	23	28	27	1.99
85489939--85490170	43	5.4	43	87	3	290	15	22	32	29	1.95
85490487--85490613	45	2.9	43	80	12	134	25	22	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85490535--85490618	42	2.0	44	90	4	136	26	25	28	20	1.99
85495776--85495983	40	5.2	40	84	0	218	25	22	25	25	2.00
85495777--85495983	80	2.6	80	83	4	247	25	22	26	25	2.00
85507029--85507068	20	2.0	20	85	0	53	52	2	12	32	1.52
85509439--85509489	4	12.8	4	95	0	93	49	23	0	27	1.51
85510233--85510274	18	2.3	19	80	16	52	61	16	4	16	1.50
85513561--85513650	39	2.2	40	86	3	119	32	21	21	25	1.98
85514162--85514211	22	2.3	21	82	3	64	24	0	30	46	1.53
85514167--85514201	15	2.4	14	86	9	52	22	0	31	45	1.53
85514553--85514584	15	2.1	15	94	0	55	59	6	3	31	1.38
85518709--85518806	19	5.2	19	92	7	164	35	16	10	37	1.82
85518709--85518806	36	2.6	37	90	9	153	35	16	10	37	1.82
85519159--85519269	45	2.5	45	84	0	141	25	26	13	35	1.93
85519358--85519607	44	5.6	46	71	12	162	27	23	18	30	1.98
85519333--85519611	134	2.1	134	90	1	434	28	23	17	30	1.97
85519333--85519517	44	4.2	44	75	10	171	29	24	16	29	1.97
85519664--85520623	44	21.9	44	71	14	510	29	25	15	29	1.96
85519708--85520492	176	4.5	176	91	1	1166	29	25	15	29	1.96
85521581--85521620	16	2.5	16	84	11	55	2	10	0	87	0.63
85526278--85526324	22	2.2	21	84	3	58	36	21	8	34	1.84
85526297--85526347	19	2.9	16	78	18	57	35	17	9	37	1.83
85526295--85526337	19	2.1	21	91	8	72	34	18	9	37	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85526830--85526932	51	2.0	51	100	0	206	48	14	19	17	1.81
85527533--85527784	127	2.0	127	99	0	495	33	10	11	45	1.74
85528404--85529223	23	35.8	23	75	10	543	31	6	24	37	1.81
85528543--85529220	183	3.7	183	94	0	1142	31	6	24	37	1.82
85528395--85528849	229	2.0	229	91	0	732	31	6	23	37	1.81
85528404--85529226	206	4.0	205	79	8	830	31	6	23	37	1.82
85528469--85529193	160	4.5	158	76	9	471	31	6	24	37	1.81
85528932--85529181	137	1.8	137	82	5	326	32	7	22	37	1.82
85535782--85535882	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
85543737--85543837	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
85547322--85547468	77	1.9	79	85	5	210	24	26	23	25	2.00
85547286--85547468	40	4.6	39	76	9	156	24	26	24	24	2.00
85552982--85553018	17	2.2	17	100	0	74	29	0	59	10	1.31
85557850--85558405	206	2.7	206	92	1	925	30	18	23	28	1.98
85560196--85560230	16	2.1	17	94	5	63	25	11	0	62	1.28
85561951--85562228	139	2.0	139	93	0	475	33	19	15	31	1.93
85562744--85562863	3	38.7	3	71	9	64	61	3	6	28	1.37
85562791--85562863	31	2.4	31	81	2	85	60	2	8	28	1.40
85562959--85562988	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
85563046--85563170	3	41.3	3	69	7	65	60	1	8	29	1.37
85563043--85563083	14	2.9	14	89	7	57	60	2	4	31	1.30
85563062--85563103	17	2.5	17	88	7	59	61	2	7	28	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85563043--85563100	29	2.0	31	86	10	86	62	1	6	29	1.31
85568386--85568601	3	73.3	3	68	10	99	62	2	7	27	1.34
85568403--85568456	22	2.5	20	85	8	63	59	1	9	29	1.39
85568364--85568461	49	2.0	49	82	4	117	61	2	7	29	1.34
85568453--85568618	24	6.6	24	67	19	81	62	2	8	27	1.37
85568416--85568613	39	4.9	40	73	12	138	62	2	8	26	1.35
85568388--85568602	15	15.0	15	67	17	109	61	2	7	27	1.36
85570044--85570196	44	3.5	44	76	7	139	24	20	24	30	1.99
85570416--85570540	44	2.8	44	78	7	128	29	24	16	29	1.97
85570569--85570671	52	2.0	52	98	0	197	32	14	14	38	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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