genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.220.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65970736--65970920	99	1.9	96	92	5	309	36	6	26	30	1.82
65970767--65970960	99	2.0	98	84	3	255	34	8	27	29	1.86
65971066--65971174	37	2.9	37	95	0	191	22	19	31	26	1.98
65972441--65972752	40	7.8	40	91	0	507	25	21	28	25	1.99
65974351--65974392	21	2.0	21	85	0	57	69	2	14	14	1.30
65975165--65975196	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
65976741--65976887	47	3.1	47	85	0	186	31	10	29	27	1.90
65976857--65977043	48	3.8	48	86	8	277	36	5	25	31	1.80
65976858--65977043	100	1.9	96	89	6	284	37	5	25	31	1.80
65980822--65980904	29	2.9	29	98	0	157	28	14	30	26	1.95
65984067--65984180	43	2.7	43	71	13	99	31	22	15	29	1.95
65991699--65991810	43	2.6	42	84	5	136	30	26	17	25	1.97
65993601--65993772	24	7.2	24	90	2	265	26	19	20	32	1.97
65993825--65993888	20	3.2	20	93	0	110	32	20	12	34	1.90
65993825--65993877	11	5.2	11	69	17	51	32	18	13	35	1.90
66000179--66000356	24	7.4	24	87	0	248	27	23	20	28	1.99
66000406--66000472	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
66000406--66000461	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
66003748--66003796	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
66004619--66004785	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
66011747--66011795	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
66012617--66012783	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66016353--66016461	43	2.6	41	81	8	121	28	22	22	26	1.99
66018144--66018263	29	4.1	29	86	0	141	25	28	14	32	1.94
66021726--66021912	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
66021749--66021912	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
66021749--66021946	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
66028822--66029008	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
66028845--66029008	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
66028845--66029042	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
66035504--66035666	70	2.3	71	97	2	319	19	27	17	35	1.94
66035504--66035699	70	2.8	69	90	6	247	20	27	17	34	1.95
66042560--66042746	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
66042583--66042746	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
66042583--66042780	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
66049084--66049218	29	4.7	29	86	3	155	23	31	15	29	1.95
66049088--66049219	58	2.3	58	83	0	174	23	31	15	29	1.96
66055719--66055945	111	2.0	111	95	0	409	40	10	18	31	1.83
66057796--66057959	42	3.9	42	83	4	195	32	15	22	29	1.95
66059001--66059072	35	2.1	34	86	2	99	29	4	27	38	1.75
66062600--66062652	26	2.2	23	90	10	79	39	0	15	45	1.46
66074875--66075021	47	3.1	47	85	0	186	34	10	28	27	1.89
66075245--66075295	25	2.0	25	96	0	93	17	15	37	29	1.91
66077934--66078059	45	2.9	45	83	9	138	23	27	23	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66078423--66078464	16	2.6	16	100	0	84	28	28	33	9	1.88
66078389--66078506	58	2.0	59	96	1	220	29	32	27	10	1.90
66078440--66078600	42	3.8	43	95	1	272	31	32	25	11	1.91
66078440--66078600	85	1.9	85	92	2	270	31	32	25	11	1.91
66082753--66082855	29	3.6	27	78	5	89	28	32	16	23	1.96
66084164--66084201	20	2.1	19	85	14	53	7	15	0	76	1.01
66090357--66090431	29	2.6	28	85	4	87	29	33	14	22	1.94
66091740--66091778	21	2.0	20	85	14	55	7	15	0	76	0.99
66093764--66093831	18	3.7	19	86	9	106	44	14	20	20	1.87
66093802--66093843	6	6.8	6	79	15	50	45	16	19	19	1.86
66094165--66094354	81	2.3	81	86	1	265	40	16	14	28	1.88
66094184--66094365	27	6.7	27	80	0	175	37	16	14	31	1.88
66097017--66097197	39	4.7	39	74	6	116	33	17	31	17	1.93
66097052--66097207	38	4.0	39	77	7	129	30	16	33	18	1.93
66099141--66099293	43	3.5	44	75	10	161	26	16	24	32	1.96
66103081--66103116	19	1.9	19	88	5	56	44	11	0	44	1.39
66108487--66108811	96	3.4	94	82	7	374	24	30	17	27	1.97
66108487--66108811	48	6.8	48	76	9	258	24	30	17	27	1.97
66111090--66111249	29	5.5	30	87	9	215	28	25	13	32	1.94
66111090--66111219	59	2.2	57	93	5	217	26	25	13	33	1.94
66119000--66119159	29	5.5	30	88	8	222	27	25	13	33	1.94
66119000--66119159	59	2.8	57	89	4	223	27	25	13	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66128117--66128191	29	2.5	29	86	4	78	24	30	16	29	1.96
66129346--66129402	19	3.2	17	79	15	62	7	14	1	77	1.06
66132559--66132668	48	2.3	48	88	1	159	36	23	13	26	1.92
66134814--66134842	8	3.6	8	100	0	58	13	0	51	34	1.42
66136959--66136999	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
66137122--66137256	39	3.4	38	72	8	92	28	28	19	23	1.98
66137496--66137535	19	2.1	20	86	9	57	50	10	0	40	1.36
66138836--66138867	5	6.4	5	100	0	64	59	0	0	40	0.97
66143311--66143351	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
66143847--66143885	18	2.1	19	90	4	62	48	10	0	41	1.37
66145190--66145216	5	5.4	5	100	0	54	59	0	0	40	0.98
66146169--66146336	40	4.2	40	80	3	196	25	22	27	25	2.00
66154454--66154621	40	4.2	40	80	3	196	25	22	27	25	2.00
66163449--66163473	13	1.9	13	100	0	50	40	8	16	36	1.77
66166109--66166166	30	1.9	30	85	0	80	29	25	5	39	1.77
66167359--66167402	2	22.0	2	95	0	79	47	0	0	52	1.00
66169840--66169905	34	1.9	34	93	0	114	33	30	3	33	1.73
66173408--66173459	23	2.3	23	83	9	63	63	3	11	21	1.43
66179579--66179605	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
66180099--66180268	43	4.0	43	76	3	155	33	24	15	27	1.95
66198787--66198862	22	3.3	22	66	16	64	32	10	30	26	1.90
66198784--66199266	47	10.3	47	96	0	795	32	9	31	26	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66201290--66201390	50	2.0	50	98	0	193	39	14	7	37	1.76
66205780--66205952	43	4.0	43	79	14	178	28	27	19	24	1.99
66208374--66208535	38	4.3	38	90	2	254	22	30	24	23	1.99
66213702--66213861	29	5.5	30	87	9	215	32	13	25	28	1.94
66213732--66213861	59	2.2	57	93	5	217	33	13	25	26	1.94
66214912--66215052	40	3.7	38	80	11	135	24	22	28	24	2.00
66220958--66221141	40	4.6	39	77	8	140	28	22	26	22	1.99
66226883--66227104	124	1.8	122	84	5	304	33	11	22	32	1.90
66227061--66227244	40	4.6	39	77	8	140	28	22	26	22	1.99
66229053--66229094	21	2.0	20	86	4	57	42	21	0	35	1.53
66239465--66239503	19	2.0	20	90	5	62	30	30	5	33	1.79
66242176--66242262	37	2.3	37	88	5	131	27	33	17	21	1.96
66242326--66242788	106	4.6	99	82	12	432	29	28	8	33	1.86
66242538--66242788	47	5.0	48	82	12	328	29	28	8	33	1.86
66242379--66242787	153	2.6	153	92	2	674	29	28	8	34	1.86
66258882--66259020	6	22.3	6	68	17	79	48	14	17	19	1.80
66258896--66258988	25	3.7	25	91	0	141	47	13	19	19	1.82
66258949--66259020	31	2.3	32	95	2	128	51	15	13	19	1.76
66258952--66259009	19	3.4	19	67	30	58	48	17	15	18	1.82
66258896--66259009	25	4.6	25	87	2	131	47	14	18	19	1.83
66259160--66259236	27	2.9	26	86	3	91	35	20	22	22	1.96
66259185--66259258	27	2.7	27	79	6	78	37	21	24	16	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66259926--66260308	27	14.3	27	87	3	443	25	20	20	33	1.97
66260221--66260288	26	2.6	26	92	2	109	29	5	23	41	1.78
66260310--66260516	27	7.7	27	83	3	249	39	7	23	30	1.82
66260324--66260536	80	2.7	80	85	2	239	38	7	23	30	1.82
66260513--66260614	27	3.7	28	75	14	77	29	7	19	43	1.79
66260570--66260721	27	5.6	27	82	4	166	27	8	21	42	1.82
66262674--66262809	6	21.8	6	67	18	73	49	13	17	19	1.80
66262679--66262746	25	2.7	25	95	0	127	48	13	19	19	1.81
66262674--66262809	31	4.5	31	84	9	140	49	13	17	19	1.80
66262679--66262774	25	3.8	25	86	6	88	47	14	18	18	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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