genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.282.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84471359--84471675	81	3.9	81	89	2	399	28	22	7	41	1.82
84471655--84471822	27	6.1	27	74	12	110	41	19	7	31	1.79
84471548--84471771	81	2.8	81	80	2	200	33	19	8	37	1.83
84471655--84471768	54	2.1	54	78	3	122	41	21	7	30	1.79
84471779--84471830	27	1.9	27	88	7	79	40	11	11	36	1.78
84471884--84471948	27	2.4	27	84	5	87	35	20	24	20	1.96
84473167--84473223	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
84473165--84473235	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
84473176--84473230	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
84473282--84473377	23	4.1	23	90	2	156	28	20	20	30	1.98
84473280--84473379	47	2.1	47	94	0	173	29	21	21	29	1.98
84473519--84473610	42	2.2	42	86	3	123	27	10	21	40	1.87
84473634--84473697	31	2.1	31	84	0	83	35	15	21	26	1.94
84475752--84475794	6	6.8	6	84	10	59	83	0	2	13	0.74
84475744--84475786	14	2.9	14	89	6	59	83	0	2	13	0.74
84475750--84475794	20	2.2	20	96	0	81	84	0	2	13	0.72
84490461--84490493	13	2.6	13	90	4	50	51	15	3	30	1.58
84491834--84491905	35	2.1	35	100	0	144	43	19	8	29	1.80
84493142--84493262	5	22.8	5	66	22	52	71	3	23	1	1.09
84493142--84493261	12	10.7	11	70	23	74	72	3	22	1	1.08
84493156--84493206	19	2.7	18	85	11	66	72	3	19	3	1.16
84497564--84497594	16	1.9	16	93	0	53	48	6	3	41	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84499703--84499740	20	2.0	20	89	5	60	21	13	13	52	1.73
84500866--84500965	44	2.3	44	83	8	125	34	26	16	24	1.95
84501153--84501199	23	2.0	23	100	0	94	36	21	21	21	1.96
84509947--84510064	62	1.9	63	92	1	202	30	33	12	23	1.92
84511364--84511611	124	2.0	125	91	2	401	48	7	5	38	1.54
84511852--84511888	14	2.6	14	91	0	56	40	18	2	37	1.65
84513318--84513358	22	1.9	21	85	5	55	63	2	7	26	1.33
84514229--84514266	16	2.5	15	84	12	51	47	0	2	50	1.15
84519208--84519376	40	4.2	40	92	0	275	30	26	19	23	1.98
84520918--84520958	3	13.7	3	100	0	82	31	0	0	68	0.90
84526885--84526991	55	1.9	55	98	0	205	30	28	17	23	1.97
84526940--84527092	40	3.8	40	91	0	252	30	27	18	22	1.98
84528632--84528669	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
84530702--84530885	40	4.6	39	74	8	156	24	26	24	25	2.00
84537966--84538132	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
84537982--84538132	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
84538957--84539002	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
84541985--84542127	40	3.6	39	79	8	112	24	27	23	24	2.00
84542034--84542127	39	2.4	40	83	5	129	24	26	23	25	2.00
84542034--84542180	78	1.9	80	82	5	192	25	26	23	25	2.00
84542015--84542167	40	3.9	37	77	6	108	24	26	22	25	2.00
84549604--84549933	57	5.8	56	88	5	380	32	13	24	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84549604--84549933	85	3.8	85	89	4	409	32	13	24	29	1.93
84549604--84549933	142	2.3	142	91	2	518	32	13	24	29	1.93
84557553--84557581	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
84560462--84560494	6	5.5	6	96	0	57	81	0	3	15	0.80
84564024--84564052	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
84569328--84569561	49	4.7	49	83	1	252	27	18	25	28	1.98
84569328--84569561	99	2.3	99	82	4	274	27	18	25	28	1.98
84573168--84573268	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
84573197--84573268	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
84578320--84578364	20	2.3	20	84	3	56	17	22	40	20	1.92
84579145--84579252	26	4.2	26	95	0	198	32	7	25	35	1.84
84586175--84586282	26	4.2	26	93	0	189	32	6	25	36	1.81
84588087--84588185	28	3.5	29	93	5	159	31	27	13	28	1.94
84588640--84588669	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
84590745--84590970	40	5.7	40	81	4	217	22	27	23	26	2.00
84595793--84595840	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
84595879--84595935	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
84595877--84595947	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
84595888--84595942	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
84595993--84596157	24	7.0	23	86	7	226	29	22	22	26	1.99
84595992--84596156	47	3.5	47	90	4	253	28	23	22	26	1.99
84604043--84604112	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84607008--84607055	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
84607095--84607151	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
84607093--84607163	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
84607104--84607158	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
84607210--84607376	24	7.0	24	84	7	216	28	23	22	26	1.99
84607210--84607376	47	3.5	47	87	4	237	28	23	22	26	1.99
84611379--84611422	18	2.4	18	100	0	88	31	9	22	36	1.86
84621458--84621508	27	1.9	26	84	4	66	68	0	9	21	1.18
84627682--84627741	30	2.0	30	90	0	93	38	8	25	28	1.84
84630974--84631007	17	2.0	17	100	0	68	29	29	17	23	1.97
84635223--84635282	30	2.0	30	90	0	93	38	8	25	28	1.84
84655477--84655501	13	1.9	13	100	0	50	12	24	40	24	1.88
84657126--84657160	6	5.7	6	86	6	52	11	2	0	85	0.69
84657126--84657160	13	2.8	13	91	4	54	11	2	0	85	0.69
84657124--84657172	25	2.0	25	83	0	62	14	10	0	75	1.04
84662360--84662407	24	2.0	24	100	0	96	45	16	8	29	1.76
84665468--84665619	40	3.8	40	83	5	173	28	22	25	23	1.99
84668189--84668216	14	2.0	14	100	0	56	42	14	14	28	1.84
84681792--84681855	31	2.1	31	93	0	110	23	25	17	34	1.96
84682066--84682198	26	5.3	26	85	3	159	28	22	21	27	1.99
84682250--84682325	11	7.5	11	66	16	56	31	18	11	38	1.87
84682250--84682326	20	3.8	20	91	0	127	32	18	11	37	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84682262--84682346	9	8.7	10	69	18	63	35	18	7	38	1.78
84683586--84683633	13	3.8	13	91	5	80	47	29	0	22	1.51
84692543--84692603	30	2.0	30	87	0	86	29	24	8	37	1.84
84701654--84701703	26	1.9	26	83	0	64	20	10	10	60	1.57
84701816--84701954	21	6.8	21	69	15	76	22	16	7	53	1.69
84701865--84701953	41	2.1	41	81	6	99	22	14	7	55	1.65
84703230--84703286	29	2.0	29	100	0	114	28	17	10	43	1.82
84707454--84707517	27	2.5	26	81	18	73	65	1	15	17	1.35
84707767--84708080	3	101.3	3	72	15	171	59	3	6	30	1.40
84707969--84708013	23	2.0	23	81	0	54	62	4	2	31	1.27
84709775--84709943	43	3.9	43	78	3	178	21	20	20	37	1.95
84709923--84710118	44	4.5	45	74	16	160	17	23	23	35	1.95
84709918--84710077	87	1.8	87	90	2	259	16	21	25	36	1.94
84709791--84710024	43	5.4	43	73	12	174	19	20	23	36	1.95
84709837--84710165	131	2.5	132	81	2	342	19	22	22	35	1.96
84710453--84710547	3	31.3	3	93	2	163	67	2	0	30	1.02
84710839--84710882	21	2.1	21	83	8	54	75	0	2	22	0.92
84717552--84717583	9	3.7	9	95	4	57	43	12	21	21	1.86
84721522--84721599	30	3.0	27	75	25	78	67	2	1	28	1.11
84721518--84721598	21	3.7	20	78	19	81	66	2	1	29	1.12
84721528--84721609	26	3.2	26	71	11	69	67	2	2	28	1.16
84726849--84727145	43	7.0	44	80	8	319	31	26	16	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84726849--84727145	129	2.3	127	88	1	441	31	26	16	25	1.96
84730951--84731136	40	4.7	40	85	5	218	25	22	26	25	2.00
84731004--84731159	80	2.0	79	82	11	194	26	21	26	25	2.00
84738485--84738536	24	2.2	24	100	0	104	19	28	11	40	1.86
84741417--84741554	23	5.9	23	73	13	113	25	21	18	34	1.96
84741416--84741546	68	1.9	69	82	4	167	25	20	18	35	1.95
84743811--84743856	16	2.9	17	87	12	71	41	17	23	17	1.90
84747634--84747685	26	2.0	26	96	0	95	50	25	11	13	1.75
84748307--84748521	46	4.6	45	79	9	193	24	31	17	26	1.97
84748307--84748523	94	2.3	91	83	10	255	24	31	17	25	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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