genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.167.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49175233--49175418	40	4.7	40	86	5	227	25	22	26	25	2.00
49175233--49175451	80	2.8	80	79	12	238	26	22	26	24	2.00
49183248--49183433	40	4.7	40	88	5	236	25	22	26	25	2.00
49183248--49183466	80	2.8	80	80	11	245	26	21	26	25	2.00
49189591--49189712	50	2.6	46	86	10	151	22	31	19	26	1.98
49189645--49189759	46	2.5	44	86	6	142	23	31	19	26	1.98
49194807--49194894	45	1.9	46	83	2	115	44	7	18	29	1.78
49200859--49200920	21	3.0	21	81	9	56	72	0	8	19	1.09
49203425--49203477	26	2.0	26	92	0	88	28	28	7	35	1.84
49205722--49205787	5	13.2	5	77	6	71	37	21	3	37	1.69
49208216--49208246	16	1.9	16	93	0	53	25	16	6	51	1.68
49211282--49211463	39	4.6	39	86	0	238	24	21	30	23	1.99
49213382--49213513	29	4.6	29	85	2	158	25	33	15	25	1.95
49213382--49213513	59	2.3	57	84	2	156	25	33	15	25	1.95
49220723--49220825	29	3.6	28	78	2	89	25	33	17	23	1.96
49227231--49227259	14	2.1	14	100	0	58	13	13	6	65	1.45
49227176--49227659	88	5.8	88	82	10	549	26	18	20	35	1.95
49227471--49227499	14	2.1	14	100	0	58	13	13	6	65	1.45
49228015--49228113	44	2.2	45	80	3	103	38	17	15	29	1.90
49228425--49228495	35	2.0	35	94	0	124	18	46	9	25	1.79
49228882--49228933	12	4.3	12	95	0	95	75	7	1	15	1.12
49229531--49229746	3	69.0	3	76	12	136	31	2	5	60	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49229962--49230034	33	2.3	30	82	11	92	36	5	2	54	1.38
49231535--49231619	29	3.0	28	77	8	91	29	15	31	23	1.95
49236124--49236174	25	2.0	25	100	0	102	17	15	31	35	1.92
49237772--49237841	26	3.0	24	76	12	67	61	1	1	35	1.14
49237809--49237857	20	2.6	19	78	9	55	57	0	6	36	1.24
49237825--49237899	28	2.6	29	74	16	75	58	1	5	34	1.29
49239211--49239239	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
49239785--49239859	29	2.6	29	82	4	89	26	16	32	25	1.96
49244279--49244446	40	4.2	41	82	6	123	24	26	23	25	2.00
49244302--49244446	40	3.6	40	85	4	193	22	26	24	26	2.00
49250904--49250978	29	2.6	29	89	4	107	26	16	32	25	1.96
49252970--49253003	18	1.9	18	88	5	52	29	0	32	38	1.58
49254701--49254876	46	3.8	46	81	10	205	21	21	28	28	1.98
49254698--49254869	93	1.8	93	93	0	299	22	21	28	27	1.99
49257761--49257829	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
49257752--49257839	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
49259909--49260084	46	3.8	46	75	10	178	22	21	27	28	1.99
49259908--49260077	93	1.8	93	89	0	268	22	21	27	27	1.99
49269652--49269692	22	1.9	21	90	5	64	12	36	31	19	1.89
49272055--49272129	37	2.0	37	97	0	141	41	22	16	20	1.90
49273796--49273858	27	2.4	26	82	12	67	52	0	6	41	1.27
49274364--49274410	19	2.5	19	80	16	53	36	8	4	51	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49274448--49274483	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
49275469--49275502	3	11.3	3	90	0	50	70	2	0	26	1.01
49275467--49275508	18	2.4	17	84	7	57	73	2	0	23	0.94
49275586--49275622	20	1.9	20	88	5	58	40	2	0	56	1.13
49276017--49276058	15	3.0	14	86	10	59	61	7	0	30	1.22
49277489--49277528	12	3.3	12	92	0	62	50	0	50	0	1.00
49279393--49279432	19	2.1	19	85	0	53	42	12	10	35	1.76
49281057--49281110	22	2.5	23	72	22	55	40	0	1	57	1.09
49281066--49281151	35	2.5	35	81	9	106	45	0	4	50	1.22
49281093--49281153	24	2.5	23	80	15	61	45	0	4	49	1.23
49282524--49282634	45	2.5	45	85	2	152	22	17	18	42	1.89
49282617--49282657	6	6.7	6	83	5	55	17	19	17	46	1.85
49284105--49284219	29	4.0	28	75	9	97	25	29	15	29	1.96
49284107--49284219	58	2.0	57	80	5	129	24	29	15	30	1.96
49284292--49284328	19	2.0	18	89	5	56	18	40	16	24	1.90
49284301--49284337	19	1.9	19	88	0	56	16	37	18	27	1.92
49287543--49287757	119	1.8	117	83	6	272	49	11	9	29	1.71
49287871--49287899	15	1.9	15	100	0	58	51	6	0	41	1.28
49289053--49289121	28	2.4	29	83	11	88	28	0	4	66	1.10
49289065--49289121	28	2.1	28	90	3	89	28	0	3	68	1.06
49289080--49289137	28	2.1	28	83	6	73	34	0	1	63	1.04
49292257--49292327	31	2.4	29	85	4	97	33	4	2	59	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49296969--49297123	43	3.6	42	76	11	109	24	18	23	32	1.97
49302738--49302928	43	4.5	43	80	7	210	29	28	16	25	1.97
49302729--49302928	85	2.3	86	82	4	235	30	28	16	25	1.96
49304375--49304405	15	2.0	16	93	6	55	38	6	3	51	1.44
49306792--49307063	42	6.3	43	81	5	300	34	20	19	25	1.96
49306792--49307063	127	2.1	129	85	4	354	34	20	19	25	1.96
49306793--49307053	85	3.1	85	85	2	319	34	20	19	25	1.96
49312923--49313089	9	17.6	9	75	10	145	30	0	21	47	1.55
49312927--49313089	39	4.2	41	84	11	156	30	0	21	47	1.55
49312923--49313089	57	2.9	58	81	7	198	30	0	21	47	1.55
49312923--49313078	48	3.2	48	79	3	179	30	0	22	46	1.57
49313647--49313696	23	2.2	23	100	0	100	34	16	16	34	1.90
49316162--49316199	19	2.0	19	94	0	67	21	23	31	23	1.98
49316217--49316259	20	2.2	20	87	4	61	32	4	34	27	1.78
49316217--49316268	19	2.7	20	81	6	70	32	3	36	26	1.75
49317351--49317387	15	2.5	15	91	4	58	27	2	24	45	1.66
49317354--49317438	37	2.3	36	80	6	89	31	1	24	42	1.62
49317447--49317489	21	2.0	21	82	8	52	18	2	34	44	1.63
49317558--49317615	29	2.0	29	96	0	107	22	6	36	34	1.81
49318533--49318643	27	4.1	26	85	7	141	37	22	24	15	1.93
49318533--49318643	54	2.1	54	87	3	161	37	22	24	15	1.93
49326345--49326457	27	4.2	27	80	9	124	38	21	23	16	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49326345--49326457	54	2.1	54	85	3	147	38	21	23	16	1.93
49328103--49328174	28	2.5	28	88	6	101	26	26	16	30	1.97
49336019--49336090	28	2.5	28	88	6	101	26	26	16	30	1.97
49337900--49337930	16	2.0	15	93	6	53	16	19	12	51	1.76
49339950--49340187	41	5.8	41	90	1	361	21	21	20	35	1.96
49341827--49341879	23	2.3	23	86	0	79	26	0	0	73	0.83
49341815--49341870	29	1.9	29	88	0	85	26	0	0	73	0.84
49341819--49341877	7	8.0	7	87	9	64	27	0	0	72	0.84
49342649--49342713	21	3.0	21	78	14	62	41	40	1	16	1.58
49342676--49342723	15	3.3	15	82	5	62	45	35	0	18	1.50
49342679--49342774	22	4.5	22	71	14	67	44	32	1	21	1.59
49342676--49342778	21	4.8	21	70	10	73	46	31	0	21	1.58
49342676--49342779	14	7.2	14	69	9	57	46	31	0	21	1.58
49342877--49342974	7	13.9	7	72	13	67	44	34	1	19	1.57
49342873--49342951	21	3.8	20	81	6	79	46	30	1	21	1.59
49343002--49343035	15	2.3	15	90	5	52	47	32	0	20	1.51
49342470--49343180	313	2.3	307	86	4	959	45	23	1	29	1.62
49343645--49343733	40	2.2	39	82	5	99	25	19	16	38	1.92
49346054--49346308	55	4.8	53	78	8	243	36	17	24	21	1.95
49346061--49346261	108	1.8	110	88	4	309	33	18	24	22	1.96
49346377--49346424	23	2.0	24	88	4	71	47	8	22	20	1.77
49352258--49352327	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49352258--49352339	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
49360333--49360402	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
49360333--49360414	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
49363041--49363088	23	2.1	23	96	0	87	54	10	8	27	1.63
49366378--49366480	29	3.6	29	87	0	143	26	15	33	25	1.95
49369490--49369514	12	2.1	12	100	0	50	40	0	8	52	1.31
49371537--49371584	25	1.9	25	91	0	78	33	22	14	29	1.94
49371715--49371809	25	3.8	25	90	0	127	28	23	22	26	1.99
49372031--49372140	31	3.5	31	96	0	193	31	19	27	21	1.97
49378502--49378722	40	5.6	40	91	0	336	25	23	25	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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