genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.296.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88282563--88282706	39	3.7	39	86	0	216	22	28	21	27	1.99
88282523--88282705	78	2.3	79	85	1	251	22	28	22	25	1.99
88284759--88284905	47	3.1	47	90	0	222	28	12	12	46	1.78
88285708--88285927	45	5.0	45	86	2	295	23	20	28	27	1.99
88286456--88286488	16	1.9	18	88	11	52	24	15	12	48	1.78
88287573--88287605	17	2.0	16	94	5	57	6	30	0	63	1.18
88288523--88288584	26	2.3	26	88	2	88	38	27	6	27	1.81
88288687--88288803	27	4.3	26	87	5	144	20	21	22	35	1.96
88293923--88294022	27	3.5	28	84	5	121	35	28	13	24	1.92
88301584--88301683	27	3.5	28	84	5	121	35	28	13	24	1.92
88309601--88309699	27	3.5	28	84	8	121	35	27	13	24	1.92
88316520--88316665	40	3.7	40	81	7	163	25	27	22	24	2.00
88324552--88324691	40	3.5	40	80	7	133	24	27	22	25	2.00
88327027--88327173	47	3.1	47	96	0	258	29	13	13	43	1.82
88328213--88328324	27	4.2	26	85	7	143	37	23	23	16	1.93
88328213--88328324	54	2.1	54	88	3	163	37	23	23	16	1.93
88329755--88329804	24	2.1	24	96	0	91	20	42	8	30	1.80
88330867--88331043	45	4.0	45	84	0	230	23	21	28	27	1.99
88330867--88331030	90	1.8	90	90	0	265	21	21	28	28	1.99
88331572--88331604	16	1.9	18	88	11	52	24	15	12	48	1.78
88332528--88332560	17	1.9	17	100	0	66	36	24	18	21	1.95
88337166--88337208	17	2.4	18	80	7	61	51	0	6	41	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88337196--88337232	18	2.1	17	90	5	56	51	0	0	48	1.00
88342763--88342844	15	5.9	14	74	17	57	2	19	3	74	1.08
88342755--88342838	30	2.8	30	78	8	75	1	21	3	73	1.05
88345537--88345590	28	2.0	27	82	7	65	48	3	3	44	1.38
88345574--88345616	10	4.1	10	82	11	50	37	0	4	58	1.19
88345573--88345616	22	2.0	22	90	0	70	38	0	4	56	1.20
88350627--88350654	8	3.5	8	100	0	56	42	21	21	14	1.88
88351160--88351226	20	3.3	20	91	0	107	32	11	22	32	1.90
88351276--88351379	23	4.4	24	90	3	149	28	18	21	31	1.96
88351587--88351650	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
88359064--88359111	25	1.9	25	86	0	69	35	22	14	27	1.93
88359245--88359340	47	2.1	47	94	2	167	28	19	20	31	1.97
88359244--88359347	23	4.4	24	92	3	167	28	19	22	29	1.98
88359555--88359618	31	2.1	31	87	0	92	35	17	23	23	1.95
88369451--88369497	21	2.2	21	84	0	58	25	21	31	21	1.98
88370338--88370362	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
88373660--88374159	177	2.8	176	87	3	645	28	17	24	29	1.98
88381830--88382024	71	2.8	69	84	10	236	23	27	15	33	1.95
88381885--88382032	71	2.1	71	96	0	269	25	27	12	34	1.92
88388864--88389056	67	2.8	67	89	6	273	21	27	16	34	1.95
88397134--88397278	53	2.7	53	82	8	179	42	19	24	13	1.88
88398393--88399082	177	3.9	176	81	6	643	29	17	24	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88398446--88399115	172	3.8	175	79	6	520	30	17	23	29	1.97
88403453--88403493	22	1.9	22	90	5	66	19	29	41	9	1.83
88404640--88404844	46	4.4	48	72	13	133	26	28	17	27	1.98
88404680--88404798	46	2.6	47	84	6	136	26	29	17	26	1.98
88404727--88404851	46	2.7	46	82	5	135	23	29	18	28	1.98
88406611--88406656	22	2.1	22	84	8	58	63	4	0	32	1.14
88406610--88406656	20	2.2	22	78	17	55	61	4	0	34	1.15
88406663--88406750	21	4.2	20	74	17	65	51	3	0	45	1.18
88412331--88412456	63	2.0	63	100	0	252	28	12	12	46	1.79
88413486--88413529	22	2.0	22	95	0	79	38	22	4	34	1.75
88415713--88415888	88	2.0	88	94	0	307	39	20	7	32	1.80
88417287--88417338	27	1.9	27	96	0	95	21	26	42	9	1.83
88417524--88417559	6	5.8	6	90	3	54	80	0	19	0	0.71
88417531--88417577	18	2.7	18	83	3	60	72	0	27	0	0.85
88417523--88417562	12	3.2	12	89	3	62	77	0	22	0	0.77
88417610--88417665	27	2.1	27	83	12	71	42	0	8	48	1.34
88418019--88418045	14	1.9	14	100	0	54	55	0	0	44	0.99
88418014--88419228	148	8.3	148	92	3	1763	58	7	5	27	1.49
88425544--88425573	14	2.1	14	93	0	51	20	16	6	56	1.62
88425910--88426307	131	3.0	131	79	3	433	26	18	19	34	1.95
88428681--88428848	40	4.2	40	82	1	176	25	26	22	26	2.00
88430065--88430262	71	2.8	69	86	8	240	22	28	16	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88430120--88430267	71	2.1	71	97	2	280	24	28	13	33	1.93
88435795--88435829	8	4.2	8	96	3	61	48	0	0	51	1.00
88436690--88436737	22	2.0	24	84	11	64	43	14	0	41	1.45
88441499--88441524	5	5.2	5	100	0	52	38	0	0	61	0.96
88447224--88447248	12	2.1	12	100	0	50	60	16	8	16	1.58
88471827--88471952	46	2.7	46	95	0	216	30	26	20	21	1.98
88471829--88471971	46	3.1	45	87	4	137	30	27	20	21	1.98
88473515--88473672	43	3.7	43	81	7	178	32	25	17	25	1.97
88497457--88497481	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
88499810--88499969	43	3.7	43	74	12	148	25	17	24	32	1.97
88502632--88502657	3	8.7	3	100	0	52	0	0	30	69	0.89
88505444--88505595	77	2.0	77	100	0	304	30	16	29	23	1.96
88508700--88508740	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
88512724--88512751	13	2.2	13	100	0	56	39	32	14	14	1.86
88514423--88514489	23	3.0	22	74	20	68	31	17	22	28	1.97
88519462--88519819	49	7.5	49	69	10	147	26	18	28	25	1.98
88520902--88521047	37	3.9	37	89	0	211	25	32	18	23	1.97
88521210--88521489	47	6.0	47	96	0	497	27	27	11	33	1.92
88521342--88521464	22	5.3	22	65	24	74	25	28	13	33	1.93
88528288--88528332	19	2.4	19	96	0	81	35	24	24	15	1.94
88541517--88541637	26	4.8	24	67	20	68	56	5	9	28	1.54
88541723--88541778	29	1.9	29	85	7	78	58	3	3	33	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88541892--88541975	26	3.2	25	77	11	89	69	4	3	22	1.23
88543532--88543961	45	9.6	45	68	12	181	28	21	17	32	1.96
88544364--88544451	46	1.9	46	90	0	140	23	21	15	38	1.92
88545269--88545328	5	11.8	5	89	7	77	3	16	0	80	0.85
88554204--88554259	23	2.4	23	81	3	67	55	3	7	33	1.45
88554386--88554418	17	2.0	16	94	5	57	66	3	0	30	1.06
88558459--88558560	51	2.0	51	100	0	204	31	13	7	47	1.72
88564525--88564572	7	6.7	7	82	2	51	25	0	20	54	1.45
88564522--88564550	14	2.1	14	100	0	58	27	0	13	58	1.36
88567646--88567710	10	6.4	10	73	15	53	58	0	1	40	1.07
88567646--88567701	20	2.9	19	84	7	60	58	0	1	39	1.08
88567693--88567749	29	1.9	30	82	10	73	61	3	0	35	1.13
88567674--88567769	31	3.2	29	76	11	86	61	3	2	33	1.23
88574576--88574600	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
88574941--88575085	39	3.7	39	90	0	173	26	23	26	24	2.00
88574958--88575085	39	3.3	39	91	1	184	25	23	27	24	2.00
88575011--88575095	39	2.2	39	93	0	143	24	23	29	22	1.99
88583088--88583135	22	2.2	22	96	0	87	16	8	18	56	1.65
88583167--88583206	19	2.2	19	86	4	55	47	0	7	45	1.31
88586030--88586094	16	3.8	17	73	16	55	35	4	3	56	1.35
88588096--88588129	17	1.9	18	88	5	52	35	2	0	61	1.11
88588749--88588773	12	2.1	12	100	0	50	32	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88588490--88588873	191	2.0	188	93	6	657	53	7	3	35	1.46
88589060--88589159	29	3.5	28	77	16	107	29	2	3	66	1.18
88589072--88589114	18	2.5	17	79	17	52	27	2	2	67	1.15
88589052--88589160	57	1.9	57	88	7	168	31	1	2	64	1.18
88589059--88589160	19	5.4	19	75	12	86	30	1	2	64	1.19
88589061--88589160	10	10.6	9	71	15	69	29	2	3	66	1.18
88590308--88590345	17	2.2	17	100	0	76	47	5	0	47	1.24
88603981--88604007	14	1.9	14	100	0	54	33	29	22	14	1.94
88632842--88633001	48	3.5	45	80	10	175	30	24	18	27	1.98
88642002--88642069	34	2.0	34	97	0	127	36	8	13	41	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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