genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21117143--21117190	24	2.1	22	88	7	69	66	4	6	22	1.32
21117194--21117250	28	2.0	28	83	12	73	45	3	1	49	1.29
21126203--21126464	40	6.6	40	93	1	438	26	26	22	23	2.00
21131027--21131060	18	1.9	18	88	5	52	41	0	5	52	1.25
21131126--21131187	20	3.1	20	75	13	65	70	3	0	25	1.02
21136186--21136580	27	14.7	27	81	5	228	37	21	8	32	1.84
21136308--21136593	53	5.3	53	79	5	290	40	21	8	29	1.83
21136322--21136582	80	3.3	80	89	3	382	40	21	8	29	1.83
21136697--21136788	27	3.4	27	86	8	125	34	20	26	18	1.96
21137587--21137722	52	2.7	51	93	5	224	27	22	23	27	1.99
21137587--21137722	26	5.3	26	87	3	190	27	22	23	27	1.99
21137928--21138006	31	2.5	31	93	0	140	32	18	21	26	1.97
21139640--21139685	20	2.2	21	80	7	58	58	0	0	41	0.98
21142337--21142399	24	2.5	26	85	10	78	58	4	3	33	1.35
21142652--21142726	28	2.7	27	73	15	73	60	2	8	29	1.39
21142750--21142780	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
21145965--21146074	26	4.2	26	97	0	184	36	24	5	33	1.79
21148349--21148538	3	62.7	3	72	12	111	58	2	8	31	1.39
21151052--21151134	41	2.0	41	95	0	148	36	22	10	30	1.89
21153210--21153430	3	73.0	3	70	11	94	28	8	3	59	1.43
21154950--21154997	25	2.0	24	87	4	69	52	10	4	33	1.55
21155118--21155207	3	30.0	3	91	8	148	65	1	0	33	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21156769--21157653	89	10.4	85	78	11	678	34	20	17	27	1.95
21157428--21157590	73	2.2	73	89	4	256	34	22	17	25	1.95
21157509--21157677	89	1.9	86	82	4	205	35	19	18	26	1.95
21157185--21157731	161	3.4	159	84	4	674	33	22	17	26	1.96
21157624--21157857	126	1.9	126	89	1	371	33	23	16	26	1.96
21157754--21158318	75	7.6	73	87	5	789	31	22	17	28	1.97
21157754--21158318	224	2.5	221	88	4	820	31	22	17	28	1.97
21160491--21160557	8	8.6	8	76	12	52	0	11	4	83	0.78
21165220--21165282	29	2.2	29	88	5	92	52	6	6	34	1.52
21165461--21165520	3	20.0	3	89	0	93	66	0	5	28	1.12
21165565--21165636	37	1.9	37	83	10	94	58	5	5	30	1.44
21167256--21167555	160	1.9	161	95	2	550	37	17	14	31	1.90
21167256--21167555	106	2.8	108	95	1	543	37	17	14	31	1.90
21167256--21167555	54	5.6	54	95	2	543	37	17	14	31	1.90
21167582--21167863	72	3.9	72	91	2	415	32	20	16	30	1.94
21167585--21167877	146	2.0	143	88	4	428	34	19	16	30	1.93
21167753--21168114	125	2.9	126	95	2	654	32	20	16	30	1.95
21168006--21168179	73	2.5	71	87	5	246	31	24	16	28	1.96
21168006--21168200	73	2.7	70	81	12	236	34	21	15	27	1.94
21168249--21168482	126	1.9	127	89	2	373	32	22	17	28	1.96
21168376--21168565	72	2.6	72	94	1	319	32	22	16	27	1.96
21168446--21168673	121	1.9	124	85	2	327	34	22	15	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21168241--21168749	197	2.6	200	86	4	712	32	22	16	27	1.96
21168605--21168830	76	2.9	78	88	5	323	31	23	16	27	1.96
21168617--21168924	88	3.8	78	84	7	336	32	22	16	27	1.96
21168768--21169025	88	2.9	88	90	3	414	36	20	17	26	1.94
21168676--21169025	87	4.1	87	85	8	468	35	20	17	26	1.94
21168932--21169159	68	3.2	74	79	9	269	33	21	17	27	1.96
21171300--21171349	1	50.0	1	83	0	64	0	4	4	92	0.48
21171300--21171349	23	2.2	22	92	3	82	0	4	4	92	0.48
21172069--21172484	71	5.6	72	78	13	414	34	19	17	29	1.94
21172237--21172413	87	2.0	86	89	6	268	37	18	16	26	1.92
21172471--21172499	14	2.1	14	100	0	58	65	6	13	13	1.45
21172483--21173105	72	8.2	72	78	15	559	34	20	17	28	1.95
21172928--21172956	14	2.1	14	100	0	58	65	6	13	13	1.45
21172069--21173331	457	2.7	455	86	8	1662	33	20	17	28	1.95
21172782--21173334	162	3.5	163	91	4	855	32	20	17	28	1.96
21172973--21173333	75	4.5	81	73	20	307	31	21	17	29	1.96
21173129--21173333	82	2.6	76	88	6	288	28	21	18	31	1.97
21185722--21185791	33	2.2	30	82	9	86	52	2	5	38	1.40
21186005--21186079	3	25.0	3	100	0	150	66	0	0	33	0.92
21186179--21186212	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
21186654--21186683	11	2.8	11	95	5	53	46	0	53	0	1.00
21187188--21187258	35	2.0	35	91	0	115	26	9	45	18	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21187887--21187930	20	2.2	20	83	0	52	54	13	6	25	1.63
21188185--21188410	117	1.9	117	96	0	416	40	14	18	26	1.89
21191628--21191668	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
21197338--21197447	26	4.2	26	90	0	184	33	5	24	36	1.79
21198918--21198973	26	2.2	25	83	3	67	37	16	14	32	1.88
21204252--21204318	33	2.0	33	82	0	80	23	37	7	31	1.83
21214813--21214850	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
21215082--21215107	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
21216260--21216417	43	3.6	45	82	5	173	30	26	17	25	1.97
21228428--21228469	10	4.1	10	90	3	66	73	2	2	21	1.06
21233001--21233039	22	1.9	21	85	15	55	58	0	7	33	1.26
21233490--21233563	3	24.7	3	93	5	123	66	1	0	32	1.00
21241104--21241452	45	7.8	45	90	1	515	28	28	19	23	1.98
21250694--21250732	22	1.9	21	85	15	55	58	0	7	33	1.26
21251177--21251250	3	24.7	3	93	5	123	66	1	0	32	1.00
21251875--21251907	2	16.5	2	93	0	57	48	0	3	48	1.17
21259008--21259048	18	2.4	17	84	8	55	51	2	12	34	1.52
21265921--21265978	28	2.0	29	83	9	75	55	3	15	25	1.56
21269523--21269575	26	2.0	26	100	0	106	30	7	7	54	1.56
21271731--21271802	19	3.8	19	73	12	76	72	4	18	5	1.21
21275184--21275214	15	2.1	15	100	0	62	38	25	6	29	1.81
21289169--21289340	93	1.8	93	95	2	310	27	29	22	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21289161--21289336	46	3.8	46	81	11	225	28	28	21	21	1.98
21289212--21289355	46	3.1	45	75	11	148	29	29	20	20	1.98
21295655--21295679	13	1.9	13	100	0	50	56	4	8	32	1.47
21298639--21298704	34	1.9	34	96	0	123	34	25	19	19	1.96
21299119--21299184	31	2.2	31	97	2	125	34	9	21	34	1.85
21300083--21300138	27	2.2	25	81	12	60	64	3	5	26	1.32
21300258--21300316	25	2.4	25	82	5	75	64	1	3	30	1.20
21300340--21300420	26	3.4	23	78	21	71	54	2	7	35	1.42
21300340--21300406	25	2.7	24	80	15	73	53	1	7	37	1.38
21300376--21300424	22	2.3	21	86	13	66	55	4	4	36	1.38
21300503--21300572	25	2.8	24	76	6	77	58	5	4	31	1.41
21303504--21303530	13	2.1	13	100	0	54	14	25	37	22	1.93
21306888--21306932	23	2.0	22	82	4	54	28	2	20	48	1.61
21307201--21307251	26	2.0	26	88	0	75	19	17	23	39	1.92
21309106--21309144	16	2.4	17	91	4	62	15	5	0	79	0.90
21309103--21309157	27	2.1	26	83	10	67	18	3	1	76	1.02
21309313--21309356	3	14.7	3	95	0	79	31	2	0	65	1.05
21312100--21312175	39	1.9	39	94	0	134	25	30	18	26	1.98
21316455--21316737	50	5.9	50	67	17	161	28	16	21	33	1.95
21316413--21316759	94	3.7	94	84	3	412	28	17	20	33	1.95
21316693--21317090	44	8.8	43	71	12	226	31	17	21	29	1.96
21316697--21316897	45	4.5	45	78	3	194	31	16	21	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21316694--21316987	89	3.3	88	79	7	240	31	16	22	29	1.96
21318460--21318677	40	5.5	40	90	3	298	24	27	24	22	2.00
21324572--21324613	20	2.1	20	82	8	50	9	26	11	52	1.68
21326883--21327015	48	2.8	47	86	2	169	36	28	13	21	1.91
21326879--21327015	46	2.9	46	85	2	175	36	29	13	20	1.90
21327887--21327911	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
21330059--21330230	46	3.7	46	73	14	174	22	20	27	29	1.98
21330052--21330223	93	1.8	93	91	2	283	23	21	26	28	1.99
21332308--21332362	23	2.4	23	81	3	67	32	0	1	65	1.03
21332376--21332456	40	2.0	40	85	0	108	24	2	9	62	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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