genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.237.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70834630--70834662	16	2.0	17	94	5	59	66	12	3	18	1.36
70835991--70836046	25	2.2	26	79	17	73	62	0	3	33	1.12
70837606--70837790	40	4.7	40	80	6	189	25	27	22	24	2.00
70840193--70840253	30	2.1	30	87	9	90	50	6	6	36	1.54
70841387--70841526	27	5.1	28	86	2	180	35	19	25	20	1.96
70842607--70842639	17	1.9	17	93	0	57	66	0	27	6	1.15
70849296--70849408	28	4.1	28	82	3	133	34	20	25	19	1.96
70850317--70850349	17	1.9	17	93	0	57	66	0	27	6	1.15
70862466--70862548	41	2.0	41	90	0	130	19	27	10	42	1.84
70865920--70866047	66	2.0	64	95	3	229	22	13	28	35	1.92
70866326--70866378	27	2.0	27	92	0	88	20	24	20	33	1.97
70874979--70875151	39	4.4	39	94	0	283	24	20	31	23	1.98
70874979--70875181	39	5.2	39	90	0	271	24	21	31	23	1.98
70876842--70876895	28	2.0	27	85	3	72	24	25	16	33	1.96
70876757--70876897	67	2.1	67	93	1	237	19	29	21	29	1.97
70877827--70877876	26	1.9	26	88	8	75	46	0	20	34	1.51
70879212--70879236	13	1.9	13	100	0	50	24	0	32	44	1.54
70880333--70880495	43	3.8	42	82	8	177	24	19	25	31	1.98
70885351--70885522	93	1.8	93	93	2	301	28	30	20	20	1.98
70885344--70885519	46	3.8	46	79	14	200	29	30	20	19	1.97
70892905--70893074	46	3.7	46	75	14	179	30	31	19	18	1.96
70892912--70893083	93	1.8	93	92	2	292	29	30	20	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70900523--70900643	43	2.8	43	89	2	190	33	30	11	23	1.91
70900789--70900836	20	2.4	21	82	10	64	68	6	2	22	1.23
70900827--70900865	19	2.1	18	85	4	51	71	2	0	25	0.98
70908859--70908926	7	9.7	7	74	6	57	38	41	0	20	1.53
70908981--70909074	14	6.7	14	70	18	61	45	24	1	28	1.60
70909229--70909354	41	3.1	40	86	2	162	18	21	21	38	1.93
70916568--70916643	21	3.5	20	71	16	62	23	13	26	36	1.91
70916572--70916662	45	2.0	45	91	0	146	26	13	24	36	1.92
70917106--70917137	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
70917024--70917110	43	2.0	43	97	0	165	44	3	22	28	1.69
70922250--70922276	12	2.2	12	100	0	54	40	18	7	33	1.78
70926254--70926304	27	1.9	26	84	4	66	25	17	31	25	1.97
70927431--70927455	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
70936109--70936261	79	1.9	80	85	1	209	28	22	26	22	1.99
70936109--70936315	40	5.2	40	81	2	184	28	24	26	21	1.99
70940594--70940676	41	2.0	41	90	0	130	19	27	10	42	1.84
70951831--70951881	27	1.9	26	84	4	66	17	27	19	35	1.94
70960882--70960927	23	2.0	23	95	0	83	23	13	15	47	1.80
70960884--70960933	23	2.2	23	88	0	73	26	14	14	46	1.81
70967888--70967944	26	2.2	26	84	15	82	54	15	15	14	1.72
70967896--70967948	26	2.0	26	100	0	106	50	15	18	15	1.77
70971310--70971381	29	2.5	28	86	6	92	30	15	26	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70976311--70976402	28	3.3	28	85	0	121	21	15	36	26	1.93
70976712--70977322	27	22.7	27	82	5	580	39	19	9	31	1.83
70977139--70977365	27	8.4	27	83	4	104	37	18	12	30	1.88
70979496--70979585	27	3.3	27	85	3	119	40	17	10	32	1.83
70979594--70979773	27	6.7	27	87	5	249	27	21	9	41	1.84
70979786--70980023	27	8.7	27	75	7	178	40	18	8	31	1.82
70979787--70979941	81	1.9	81	85	2	213	40	19	8	31	1.81
70980042--70980119	27	2.9	27	77	11	88	35	21	20	21	1.96
70981279--70981326	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
70981365--70981441	9	7.9	9	70	16	55	35	10	20	33	1.87
70981374--70981445	11	7.1	11	67	17	57	36	13	19	30	1.91
70981363--70981445	20	4.2	20	93	0	148	36	13	19	31	1.90
70981499--70981616	23	5.0	24	89	9	172	28	21	22	27	1.99
70983948--70984021	28	2.6	28	93	0	130	20	14	35	29	1.93
70983948--70984056	56	1.9	57	83	1	139	23	16	33	25	1.96
70984356--70984703	27	13.0	27	80	4	366	39	20	9	30	1.85
70984355--70984703	80	4.4	81	80	6	361	39	20	10	30	1.85
70984356--70984703	53	6.5	54	82	4	366	39	20	9	30	1.85
70987880--70988050	41	4.2	41	86	7	215	19	19	22	38	1.94
70990110--70990329	40	5.6	40	81	6	227	25	23	25	25	2.00
70997589--70997704	57	2.0	57	85	3	153	31	29	12	26	1.93
70997615--70997702	29	3.1	29	93	1	151	30	29	13	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70999191--70999215	12	2.1	12	100	0	50	92	0	8	0	0.40
70999193--70999222	15	2.0	15	100	0	60	93	0	6	0	0.35
71000462--71000568	40	2.7	40	82	0	124	28	22	25	23	1.99
71000500--71000628	40	3.2	40	81	5	156	23	24	27	24	2.00
71007228--71007265	18	2.1	18	90	0	58	81	5	13	0	0.85
71008504--71008610	40	2.7	40	82	0	124	28	22	25	23	1.99
71008545--71008671	40	3.2	39	83	8	141	22	24	29	23	1.99
71011457--71011557	24	4.2	24	87	0	130	34	1	39	23	1.66
71012965--71013072	26	4.1	26	87	7	146	14	25	21	38	1.91
71012965--71013072	53	2.1	52	85	5	146	14	25	21	38	1.91
71016162--71016273	40	2.8	40	86	5	154	26	23	28	21	1.99
71016116--71016303	40	4.8	38	76	9	146	27	22	27	22	1.99
71021274--71021343	27	2.5	28	86	2	97	27	14	25	32	1.94
71023844--71023874	16	1.9	16	93	0	53	48	16	0	35	1.46
71028331--71028455	24	5.2	24	94	0	187	33	2	40	23	1.67
71029868--71029975	27	4.0	27	80	1	92	17	21	20	40	1.91
71031350--71031383	18	1.9	18	88	5	52	29	14	14	41	1.86
71032610--71032689	28	2.9	29	87	5	103	28	32	12	26	1.93
71033622--71033654	12	2.7	13	90	9	52	75	0	0	24	0.80
71033625--71033657	13	2.5	14	85	14	52	75	0	0	24	0.80
71034697--71034751	27	2.0	27	100	0	110	47	10	3	38	1.56
71036246--71036443	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71036312--71036429	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
71036280--71036443	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
71042137--71042245	57	1.9	57	88	3	166	29	31	12	26	1.93
71042130--71042245	28	4.1	29	84	5	148	30	29	12	27	1.93
71042142--71042243	29	3.6	28	84	5	134	29	29	13	27	1.94
71053598--71053682	43	2.0	43	81	9	102	28	30	16	24	1.96
71055411--71055592	40	4.6	40	79	8	176	24	24	28	23	2.00
71055411--71055592	78	2.3	80	82	6	210	24	24	28	23	2.00
71061181--71061409	40	5.7	40	87	2	264	24	25	22	27	2.00
71067972--71068057	26	3.1	26	74	20	93	43	23	4	29	1.74
71070256--71070341	42	2.0	43	84	2	111	45	22	10	22	1.82
71079908--71079968	30	2.1	29	90	3	95	37	24	14	22	1.92
71087618--71087814	50	3.9	50	84	1	243	28	26	18	25	1.98
71087631--71087814	101	1.8	99	87	2	269	29	26	17	26	1.98
71090363--71090478	54	2.2	53	80	10	128	34	18	18	29	1.94
71090387--71090491	27	3.9	27	78	5	113	34	16	22	26	1.95
71090386--71090494	54	2.0	54	89	3	166	34	17	22	25	1.95
71090849--71090896	20	2.4	20	78	0	60	12	18	31	37	1.88
71091108--71091226	6	19.3	6	70	17	84	19	19	13	47	1.81
71091108--71091211	31	3.6	30	76	16	110	19	20	12	48	1.81
71091108--71091205	25	3.7	25	78	15	106	19	20	13	46	1.83
71099442--71099491	27	1.9	26	84	8	66	34	6	10	50	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71102467--71102498	12	2.7	12	90	0	55	37	28	28	6	1.81
71107833--71107900	34	2.0	34	100	0	136	20	17	29	32	1.96
71109242--71109375	49	2.7	50	82	6	166	26	20	29	23	1.98
71112099--71112215	46	2.6	44	83	8	137	28	19	26	25	1.99
71112230--71112361	47	2.8	48	79	5	142	26	20	28	25	1.99
71112182--71112363	96	1.9	98	84	7	246	26	20	29	24	1.99
71113347--71113412	28	2.4	28	97	0	123	15	21	46	16	1.83
71116402--71116439	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
71116669--71116839	93	1.8	93	91	0	279	30	27	19	22	1.98
71116664--71116836	46	3.7	46	78	10	190	31	26	19	22	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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