genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.223.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66947203--66947875	48	14.0	48	91	1	1037	36	6	25	31	1.81
66947203--66947875	287	2.3	287	91	1	1089	36	6	25	31	1.81
66948015--66948117	37	2.8	37	96	0	188	23	20	32	24	1.98
66949396--66949705	40	7.8	40	92	1	498	25	21	27	25	1.99
66949396--66949705	79	3.9	80	92	1	498	25	21	27	25	1.99
66949396--66949705	119	2.6	120	92	1	498	25	21	27	25	1.99
66949396--66949719	159	2.0	159	89	1	488	25	21	27	25	1.99
66949881--66949931	25	2.0	25	81	7	59	33	13	31	21	1.92
66953683--66954538	239	3.6	238	93	1	1464	36	6	24	32	1.80
66954240--66954264	11	2.3	11	100	0	50	44	0	16	40	1.47
66954251--66954348	47	2.4	37	71	28	106	39	7	21	31	1.80
66953683--66954538	48	17.9	48	91	1	1288	36	6	24	32	1.80
66954686--66954788	37	2.8	37	96	0	188	23	20	32	24	1.98
66958953--66958984	16	2.0	16	100	0	64	50	37	6	6	1.53
66960206--66960241	16	2.2	16	90	0	54	55	22	11	11	1.66
66960451--66960554	28	3.7	28	73	7	77	27	14	31	25	1.95
66961919--66961990	28	2.5	28	91	6	110	29	26	13	30	1.94
66968936--66969036	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
66975369--66975469	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
66978284--66978395	42	2.6	42	78	9	111	28	27	17	25	1.98
66980063--66980214	43	3.5	43	76	13	143	32	25	17	25	1.97
66980063--66980199	44	3.2	41	82	5	132	31	24	18	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66987641--66987811	43	4.0	42	77	8	148	32	24	16	25	1.96
66987641--66987810	86	2.0	85	80	5	191	32	24	17	25	1.96
66990853--66991165	47	6.7	47	76	13	249	26	17	30	24	1.97
66996296--66996438	47	3.0	47	94	0	241	27	13	13	44	1.82
66997246--66997648	45	9.0	45	93	1	684	24	21	27	27	1.99
67014411--67014443	16	1.9	18	88	11	52	24	15	12	48	1.78
67020408--67020597	47	4.0	47	95	0	326	27	14	13	44	1.82
67021415--67021622	45	4.7	45	93	2	314	24	22	27	25	2.00
67022359--67022459	23	4.3	23	83	7	107	35	16	22	24	1.95
67022400--67022493	47	1.9	50	85	6	131	36	19	21	23	1.95
67022370--67022493	46	2.6	46	81	7	133	36	16	22	25	1.94
67024390--67024511	27	4.5	27	87	2	165	31	13	14	40	1.86
67024413--67024517	54	1.9	54	94	3	185	29	13	16	40	1.86
67029141--67029250	40	2.8	40	85	0	148	23	26	23	26	2.00
67035838--67035959	37	3.3	37	91	0	199	21	34	19	24	1.96
67036061--67036274	49	4.4	49	94	1	358	29	31	9	28	1.88
67036055--67036274	97	2.2	97	90	4	352	30	31	9	29	1.88
67040696--67040741	22	2.1	22	100	0	92	21	17	19	41	1.90
67046056--67046128	34	2.1	34	89	0	110	31	20	21	26	1.98
67049379--67049496	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
67049347--67049510	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
67060305--67060422	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67060273--67060436	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
67068206--67068359	39	3.9	39	90	1	238	22	31	20	24	1.98
67080227--67080264	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
67084632--67084668	19	2.0	19	89	5	58	29	5	8	56	1.51
67088529--67088566	20	1.9	20	88	0	58	36	31	13	18	1.89
67090154--67090194	21	1.9	22	85	5	57	31	24	4	39	1.76
67090604--67090678	28	2.7	28	78	0	87	30	22	12	34	1.91
67096038--67096118	28	2.9	28	82	8	94	25	17	27	29	1.97
67096038--67096145	56	1.9	56	81	7	130	26	15	28	28	1.96
67109741--67109957	40	5.5	40	90	3	298	24	23	27	24	2.00
67109737--67109957	119	1.9	119	85	7	315	25	22	27	24	2.00
67113937--67114078	49	2.9	50	89	4	207	28	27	18	25	1.98
67113949--67114078	50	2.6	49	91	3	199	29	27	17	25	1.98
67113949--67114135	101	1.9	99	84	4	250	29	27	17	25	1.98
67116763--67116886	27	4.6	27	85	2	169	41	20	7	30	1.79
67116763--67116886	54	2.3	54	92	0	203	41	20	7	30	1.79
67116763--67116915	81	1.9	81	86	5	220	40	19	9	30	1.83
67116869--67116930	27	2.3	27	91	0	97	40	16	16	27	1.89
67116763--67116913	54	2.8	54	85	4	162	41	19	9	29	1.83
67117550--67117608	28	2.1	28	100	0	118	45	25	11	16	1.82
67120829--67120899	27	2.6	27	75	4	72	36	26	7	29	1.83
67120883--67121006	27	4.6	27	85	2	169	41	20	7	30	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67120867--67121006	54	2.6	53	85	6	138	40	21	7	30	1.80
67120883--67121035	81	1.9	81	86	5	220	40	19	9	30	1.83
67120989--67121050	27	2.3	27	91	0	97	40	16	16	27	1.89
67120883--67121033	54	2.8	54	85	4	162	41	19	9	29	1.83
67121671--67121729	28	2.1	28	100	0	118	45	25	11	16	1.82
67134870--67135114	49	4.9	49	81	4	260	26	19	25	28	1.99
67142135--67142368	49	4.7	50	77	5	215	26	18	25	29	1.98
67151552--67151792	49	4.8	50	80	4	263	26	17	26	29	1.97
67151552--67151779	101	2.3	98	84	6	305	26	17	26	30	1.97
67155250--67155425	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
67155247--67155418	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
67157710--67157741	12	2.7	12	100	0	64	6	34	28	31	1.82
67180684--67180753	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
67184593--67184681	17	5.1	17	79	8	81	16	4	2	76	1.05
67184596--67184650	23	2.4	23	84	3	67	14	5	1	78	1.02
67184593--67184657	29	2.2	29	82	12	80	15	4	1	78	0.99
67184593--67184657	6	11.2	6	80	6	71	15	4	1	78	0.99
67184602--67184656	23	2.4	22	79	11	56	14	5	1	78	1.02
67190513--67190551	18	2.2	18	86	9	53	28	5	20	46	1.72
67191772--67192076	40	7.6	40	85	5	391	23	22	27	26	2.00
67191776--67192076	83	3.7	83	91	3	445	23	22	27	25	2.00
67191772--67192053	123	2.3	124	88	4	412	23	22	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67199973--67200307	40	8.2	41	88	6	427	23	22	27	26	1.99
67199979--67200295	83	3.8	83	88	6	466	23	22	28	25	1.99
67203576--67203645	26	2.7	25	78	8	77	27	22	24	25	2.00
67208357--67208523	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
67218864--67218978	40	2.9	40	87	5	160	27	21	26	23	1.99
67218823--67218993	40	4.3	39	76	10	150	28	21	25	23	1.99
67222714--67222891	27	6.7	27	74	8	141	40	20	8	30	1.82
67222721--67222862	54	2.7	55	82	7	168	40	21	7	30	1.79
67225180--67225205	13	2.0	13	100	0	52	30	0	15	53	1.42
67227021--67227053	13	2.5	13	100	0	66	48	27	18	6	1.71
67228141--67228234	49	1.9	49	100	0	188	42	14	20	22	1.88
67241108--67241132	13	1.9	13	100	0	50	8	32	44	16	1.76
67241932--67241957	13	2.0	13	100	0	52	30	0	15	53	1.42
67244823--67244865	17	2.5	17	96	0	77	30	23	11	34	1.90
67246902--67247120	40	5.5	41	85	5	299	25	28	23	22	1.99
67253441--67253570	64	2.0	64	98	0	251	36	6	19	38	1.77
67254023--67254229	66	3.2	65	80	8	172	32	17	28	22	1.96
67262179--67262368	40	4.8	39	82	5	168	24	22	28	24	1.99
67262179--67262368	79	2.4	80	84	7	235	24	22	28	24	1.99
67262179--67262394	79	2.7	78	78	7	213	25	22	27	24	2.00
67269430--67269463	16	2.2	16	89	5	52	5	23	2	67	1.26
67271633--67271849	27	8.0	27	89	0	317	23	14	21	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67275672--67275727	28	2.0	27	83	10	69	32	26	12	28	1.93
67275783--67275905	27	4.6	27	76	6	115	26	17	18	37	1.93
67275783--67275905	54	2.3	54	84	2	158	26	17	18	37	1.93
67275808--67275928	27	4.5	27	78	0	107	26	17	19	36	1.94
67275877--67275934	27	2.1	27	80	0	62	25	15	24	34	1.95
67275988--67276049	24	2.6	24	86	0	88	30	29	17	22	1.97
67278266--67278433	40	4.2	40	82	4	169	26	27	20	25	1.99
67278266--67278433	80	2.1	80	82	2	194	26	27	20	25	1.99
67280446--67280617	93	1.8	93	95	2	310	28	29	20	20	1.98
67280439--67280614	46	3.8	46	79	14	209	29	29	20	20	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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