Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   

This is table  1  of  292  ( 35004 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
4--2691
7
386.0
7
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6
1567
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46
0
10
1.39
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6
3446
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44
0
12
1.42
2448--2476
9
3.2
9
100
0
58
37
51
0
10
1.36
2448--2484
18
2.1
18
90
5
58
40
48
0
10
1.38
2589--2646
24
2.4
25
85
2
82
48
37
0
13
1.43
2595--2641
17
2.9
16
78
12
51
48
38
0
12
1.41
4--2690
21
128.6
20
86
8
2215
42
46
0
10
1.39
2747--2785
7
5.6
7
96
0
60
17
53
12
15
1.72
5843--5893
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2.0
25
88
0
75
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5
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37
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2.0
267
99
0
1069
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20
13
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1.89
20245--20283
6
6.5
6
87
0
60
51
15
30
2
1.57
29083--29114
10
3.2
10
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0
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40
32
2
24
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37613--37703
27
3.4
26
80
5
110
38
30
1
29
1.65
37557--37824
28
9.7
26
70
12
108
40
32
2
25
1.68
40713--40743
5
6.2
5
92
0
53
3
19
0
77
0.90
48130--48174
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2.3
20
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7
58
33
2
17
46
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5
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5
100
0
60
80
0
0
20
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20
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104
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27
18
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1.88
50024--50134
40
2.8
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80
5
123
13
27
18
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54125--54160
16
2.2
17
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5
56
13
16
0
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1.19
55190--55226
18
2.0
19
89
5
58
32
10
8
48
1.67
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
57071--57226
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1.9
81
83
8
201
25
17
16
40
1.90
68914--68938
13
1.9
13
100
0
50
16
32
44
8
1.76
69746--69779
17
2.0
17
88
0
50
35
5
11
47
1.65
71878--71995
42
2.8
42
84
0
155
29
11
27
30
1.92
73624--73796
46
3.8
44
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7
204
20
21
30
27
1.98
76743--76822
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5.4
15
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7
83
10
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13
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76734--76821
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3.0
30
80
11
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10
18
15
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79180--79355
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3.8
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20
21
29
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79176--79347
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1.8
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96
0
317
20
22
30
27
1.98
82305--82384
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5.4
15
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10
18
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82296--82383
30
3.0
30
80
11
92
10
18
15
55
1.68
84769--84944
46
3.8
46
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10
232
20
21
29
28
1.98
84765--84936
93
1.8
93
96
0
317
20
22
30
27
1.98
90954--91030
35
2.2
34
79
6
82
42
18
16
22
1.89
93165--93194
16
1.9
15
93
6
51
23
0
16
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1.36
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2.3
51
86
0
153
27
23
9
40
1.85
97742--97973
96
2.3
97
85
8
290
41
2
16
39
1.62
98023--98673
126
5.2
126
89
1
957
35
16
19
29
1.93
99959--99988
16
1.9
15
93
6
51
33
0
10
56
1.32
104111--104162
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4.9
11
86
9
81
44
0
26
28
1.55
104105--104162
22
2.8
20
82
10
80
43
1
29
25
1.65
104115--104179
20
3.2
20
78
8
60
47
0
26
26
1.52
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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30
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13
5
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114642--114687
23
2.0
23
84
12
60
45
10
6
36
1.65
114649--114693
23
2.0
23
82
8
56
40
13
8
37
1.76
122415--122460
23
2.0
23
84
12
60
45
10
6
36
1.65
122422--122466
23
2.0
23
82
8
56
40
13
8
37
1.76
126295--126340
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2.2
20
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7
56
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4
0
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2.1
16
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11
50
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0
0
30
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23
2.9
23
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68
18
4
8
68
1.33
150664--150693
16
1.9
16
93
6
53
23
0
0
76
0.78
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40
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11
112
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24
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24
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0
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26
26
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2.0
25
91
0
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20
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25
1.9
25
86
0
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25
14
22
37
1.92
167802--167852
25
2.0
25
100
0
102
35
7
21
35
1.83
181331--181387
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1.9
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10
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38
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2.1
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11
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10
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1.60
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17
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2
0
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1.13
184303--184373
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2.1
33
87
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99
50
1
0
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1.09
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13
26
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202420--202448
14
2.1
14
100
0
58
51
6
13
27
1.66
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
216251--216287
19
2.1
18
85
14
51
67
5
18
8
1.36
219180--219249
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2.1
34
100
0
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1.40
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0
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1
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1.58
231066--231116
20
2.5
20
90
0
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39
15
1
43
1.58
234333--234371
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5.4
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17
53
84
0
0
15
0.62
234335--234371
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7.6
5
88
11
51
83
0
0
16
0.64
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2.8
9
100
0
50
60
0
0
40
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1.9
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163
17
26
23
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1.97
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69
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21
16
20
41
1.90
248785--249227
138
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137
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21
16
20
41
1.91
258025--258102
29
2.7
29
83
0
102
21
33
17
26
1.96
265534--265587
28
1.9
28
96
0
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16
29
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2.4
19
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0
65
47
13
10
28
1.76
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24
2.6
24
78
9
65
44
22
15
17
1.86
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16
2.8
17
83
13
58
29
0
4
65
1.12
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23
3.9
22
75
20
83
28
2
3
65
1.20
285978--286056
7
10.9
7
74
12
61
34
2
3
59
1.29
286016--286061
13
3.5
13
85
8
58
34
4
0
60
1.16
287529--287631
47
2.2
47
84
3
145
37
22
15
24
1.93
300886--301069
87
2.1
89
83
9
227
32
17
21
28
1.96
300764--301543
220
3.6
219
90
2
1169
31
18
22
27
1.97
301100--301260
89
1.8
87
90
2
259
31
19
22
27
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
301830--301862
17
1.9
17
93
0
57
51
33
0
15
1.43
303234--303322
16
5.3
17
73
15
60
28
1
3
67
1.14
303234--303321
23
3.9
22
75
20
83
28
1
3
67
1.14
303286--303348
14
4.6
14
78
11
60
31
3
1
63
1.19
303292--303342
26
2.0
26
84
0
66
33
3
1
60
1.26
303421--303457
2
18.5
2
100
0
74
48
0
0
51
1.00
307683--307861
46
3.9
46
79
10
202
20
21
30
27
1.98
307682--307854
93
1.9
93
91
0
283
20
21
30
27
1.98
313814--313863
26
2.0
24
88
7
73
64
6
0
30
1.18
313834--313892
21
2.8
21
78
12
59
69
8
0
22
1.15
314110--314229
43
2.8
44
80
9
124
23
15
25
35
1.95
317165--317198
13
2.5
13
85
4
50
50
0
0
50
1.00
318734--318792
27
2.2
27
81
6
66
62
3
1
32
1.21
319084--319193
52
2.0
53
87
6
159
26
6
17
50
1.70
322038--322092
21
2.6
21
83
11
60
9
10
1
78
1.05
326050--326113
19
3.4
19
77
12
69
48
1
0
50
1.10
326072--326125
20
2.7
19
75
11
54
44
0
0
55
0.99
326088--326144
23
2.5
22
80
5
69
40
1
0
57
1.09
332157--332242
2
43.0
2
97
0
163
1
0
48
50
1.08
332291--332348
30
1.9
30
96
0
107
18
27
31
22
1.97
332699--332728
2
15.0
2
100
0
60
50
0
0
50
1.00
334076--334167
20
4.2
20
66
26
53
40
2
5
52
1.37
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
334072--334174
21
4.7
21
71
18
75
40
2
4
51
1.38
338925--339038
56
2.0
56
83
3
140
24
16
26
32
1.96
341864--341909
22
2.1
22
100
0
92
34
10
13
41
1.79
344610--344696
43
2.0
43
90
0
138
28
18
14
37
1.91
347499--347676
58
3.0
60
84
7
179
24
15
11
48
1.78
347518--347649
31
4.5
30
73
20
102
25
15
11
46
1.79
347518--347676
59
2.7
58
86
4
203
24
15
11
48
1.78
358693--359004
99
3.3
94
78
11
294
30
17
27
24
1.98
358693--359004
50
6.5
47
76
14
212
30
17
27
24
1.98
360227--360468
49
4.9
50
81
4
283
26
18
24
29
1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
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          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292