Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   

This is table  10  of  292  ( 35004 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
2791453--2791515
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4.5
14
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0
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3
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0
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0
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2.3
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41
0
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1.27
2796309--2796391
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2.0
41
92
0
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1.69
2797098--2797292
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2.0
96
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2
239
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21
24
1.98
2798282--2798659
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0
0
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25
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4
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30
2
0
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1.06
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10
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2
2
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1.20
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10.5
44
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0
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9
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0
0
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18
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1
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25
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3
0
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2
0
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1.06
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15
2.8
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2
2
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1.20
2820860--2820909
21
2.4
21
86
6
66
22
6
6
66
1.36
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
2820970--2821041
27
2.7
27
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4
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41
18
2
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1.65
2824750--2824787
16
2.4
16
86
0
58
42
13
15
28
1.85
2825137--2825187
26
1.9
26
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4
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13
3
21
1.49
2826919--2826967
14
3.6
14
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10
57
24
2
26
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1.63
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34
2.1
34
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131
18
0
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21
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0
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14
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12
61
12
0
34
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1.47
2827122--2827175
28
1.9
28
84
0
72
18
7
25
48
1.74
2827170--2827259
21
4.3
21
72
2
65
17
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26
47
1.75
2827891--2827957
14
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14
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55
23
10
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2.9
26
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14
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35
0
1
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0
0
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2.5
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5
132
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20
24
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17
3.2
17
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8
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32
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1
57
1.38
2838351--2838445
15
6.0
15
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30
7
2
60
1.36
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32
2.5
32
75
21
80
32
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1
57
1.37
2838598--2838700
48
2.1
49
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1
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3
51
1.44
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2.2
28
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10
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52
0
4
42
1.22
2842718--2842768
15
3.3
16
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17
63
52
1
0
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1.12
2842711--2842768
15
3.8
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1
0
46
1.11
2845498--2845530
15
2.3
15
94
5
59
36
3
0
60
1.12
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
2845729--2845791
2
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2
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0
60
0
0.97
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2.8
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2
83
39
0
60
0
0.97
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0
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0
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1.00
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100
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0
48
1.00
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0
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0
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10
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10
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57
90
0
9
0
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14
2.7
15
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57
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0
0
48
1.00
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0
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40
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1
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18
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18
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0
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10
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0
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2
0
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2.1
18
90
5
58
23
13
7
55
1.64
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14
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9
0
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1.28
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12
115
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10
1
57
1.43
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3
109.7
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17
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1.75
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33
93
0
114
27
16
19
36
1.93
2877467--2877534
3
22.3
3
96
3
127
32
0
0
67
0.91
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
2880845--2880939
34
2.8
34
82
7
113
29
24
27
18
1.98
2889360--2889465
9
11.4
9
70
16
56
17
4
2
74
1.11
2889387--2889425
21
1.9
20
84
5
51
17
5
2
74
1.12
2889358--2889452
47
2.0
48
83
6
122
17
6
3
72
1.19
2891932--2892009
34
2.3
34
80
4
104
25
20
23
30
1.98
2892029--2892071
23
1.9
23
95
4
79
18
51
4
25
1.66
2903474--2903594
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2.8
43
82
5
129
23
18
25
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2.0
13
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0
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0
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0
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10.2
10
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24
50
59
0
7
32
1.25
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17
3.1
16
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66
56
0
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1.18
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0
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18
0
0
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19
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15
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17
2.0
18
88
5
54
31
2
0
65
1.07
2952013--2952324
44
7.1
44
79
3
306
32
15
24
27
1.95
2952276--2952568
78
3.8
78
90
2
473
31
19
24
24
1.98
2952508--2952781
45
6.1
45
78
6
277
30
15
28
26
1.96
2952585--2952781
89
2.2
90
85
3
272
31
14
28
25
1.94
2952508--2952781
134
2.0
136
80
6
306
30
15
28
26
1.96
2953130--2953238
19
5.9
19
91
8
190
36
11
15
36
1.83
2953130--2953238
35
3.0
36
93
6
184
36
11
15
36
1.83
2953130--2953261
18
6.8
22
88
10
104
36
9
15
37
1.81
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
2953527--2953561
18
2.0
17
88
5
52
31
0
0
68
0.90
2957408--2957467
19
3.2
18
77
11
59
60
0
3
36
1.14
2957407--2957473
5
13.6
5
73
20
61
59
0
2
37
1.13
2957427--2957473
13
3.5
13
78
16
60
59
0
2
38
1.09
2957430--2957473
8
5.1
8
79
15
52
59
0
2
38
1.10
2957670--2957704
3
11.7
3
87
0
52
60
0
0
40
0.97
2957810--2957888
3
26.3
3
72
10
63
59
6
2
31
1.36
2957817--2957879
9
6.8
9
83
8
74
55
7
3
33
1.45
2961842--2961872
9
3.3
9
91
8
53
22
0
0
77
0.77
2966107--2966138
5
6.2
5
92
7
55
21
0
0
78
0.76
2973534--2973719
39
4.7
40
89
2
261
24
31
21
22
1.98
2980747--2980940
39
4.9
40
88
1
259
24
31
20
22
1.98
2982762--2982866
21
4.7
21
67
24
63
35
2
1
60
1.23
2982766--2982969
17
11.8
17
66
18
75
34
2
3
59
1.29
2982771--2982816
24
1.9
24
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8
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30
6
0
63
1.20
2982762--2982871
5
21.6
5
70
19
59
35
2
1
60
1.22
2986888--2988482
799
2.0
799
95
0
2861
32
20
14
32
1.92
2994159--2994202
22
2.0
22
100
0
88
31
22
18
27
1.97
3045345--3045407
21
2.9
23
73
17
64
61
0
4
33
1.17
3049242--3049283
21
2.0
21
81
9
50
69
7
7
16
1.34
3050358--3050730
34
11.1
33
82
6
410
35
18
15
31
1.92
3052308--3052374
15
4.5
15
82
0
80
37
20
8
32
1.84
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
3052308--3052373
30
2.2
30
88
0
96
36
21
9
33
1.85
3052308--3052387
30
2.7
29
84
7
83
36
18
10
35
1.85
3058338--3058401
5
12.8
5
94
0
110
40
17
0
42
1.49
3060694--3060719
8
3.2
8
100
0
52
38
23
0
38
1.55
3060648--3060770
61
2.0
63
85
6
171
32
26
12
29
1.92
3063349--3063389
7
6.0
7
85
5
57
4
12
0
82
0.81
3063349--3063389
13
3.0
14
85
7
57
4
12
0
82
0.81
3063344--3063389
20
2.3
20
88
3
67
4
13
0
82
0.81
3064516--3064567
22
2.3
23
75
21
56
13
13
17
55
1.69
3066249--3066337
44
2.0
44
97
0
169
44
15
11
28
1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
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          289   290   291   292