genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  68  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20463237--20463388	80	1.9	79	84	6	200	22	26	23	28	1.99
20466611--20466639	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
20467164--20467465	40	7.6	40	92	1	482	23	22	25	28	1.99
20474904--20474934	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
20475451--20475634	40	4.6	40	86	4	257	23	21	26	28	1.99
20475451--20475634	80	2.3	80	88	6	284	23	21	26	28	1.99
20480404--20480428	13	1.9	13	100	0	50	56	8	0	36	1.29
20481997--20482076	31	2.6	31	90	2	126	23	27	20	28	1.99
20482274--20482396	26	4.9	24	84	8	122	24	21	25	28	1.99
20482529--20482576	25	1.9	25	91	0	78	29	14	22	33	1.94
20484643--20484790	43	3.5	42	77	8	140	32	27	14	26	1.94
20485316--20485345	15	2.0	15	93	0	51	56	16	0	26	1.40
20488863--20489171	46	6.6	48	70	15	157	28	20	25	25	1.99
20488911--20489171	94	2.8	90	80	10	240	28	19	25	26	1.99
20499542--20499732	39	4.9	39	94	0	319	24	23	31	21	1.98
20517837--20517861	4	6.2	4	100	0	50	24	0	24	52	1.48
20519047--20519071	13	1.9	13	100	0	50	88	0	0	12	0.53
20525886--20525927	16	2.6	16	80	3	57	2	33	0	64	1.07
20526169--20526252	19	4.3	20	75	15	68	21	8	2	67	1.28
20526164--20526243	40	2.0	40	80	9	92	22	10	1	66	1.29
20529876--20529968	30	3.1	30	96	0	168	24	26	25	22	2.00
20529880--20529978	30	3.3	30	94	1	164	22	27	27	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20542242--20542342	28	3.5	28	84	4	121	28	14	27	28	1.96
20546824--20546996	46	3.7	46	76	14	185	22	20	27	30	1.98
20546821--20546991	93	1.8	93	92	2	290	22	20	28	29	1.98
20557477--20557772	50	5.9	50	78	5	265	26	17	26	29	1.98
20557533--20557772	101	2.4	99	82	5	279	26	19	26	27	1.99
20557484--20557804	150	2.1	152	80	4	344	25	17	27	29	1.97
20559750--20559911	67	2.4	67	82	8	175	22	23	19	33	1.97
20560848--20560899	2	26.5	2	96	3	97	51	0	0	48	1.00
20561764--20561806	22	2.0	22	95	4	79	46	2	9	41	1.48
20568470--20568547	20	4.1	19	79	17	65	39	1	2	56	1.21
20568473--20568546	19	3.9	19	79	10	71	40	1	2	55	1.22
20568483--20568547	20	3.4	19	83	8	78	40	1	1	56	1.18
20569462--20569499	20	1.9	20	94	0	67	76	7	7	7	1.17
20570130--20570168	19	2.2	17	86	9	51	56	2	0	41	1.13
20570129--20570178	18	2.6	19	75	12	57	60	2	0	38	1.09
20570878--20570912	17	2.1	17	94	0	61	42	11	25	20	1.85
20571020--20571061	22	2.0	22	85	4	59	52	0	19	28	1.46
20572961--20573174	46	4.6	46	79	6	227	30	21	26	21	1.99
20573049--20573188	48	3.0	46	75	10	149	29	20	26	23	1.99
20573003--20573187	94	2.0	93	84	4	246	29	22	25	22	1.99
20573239--20573361	49	2.5	49	82	6	142	28	19	28	23	1.98
20579871--20580063	40	4.8	39	76	9	140	22	26	24	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20579871--20580063	80	2.4	80	82	2	217	22	26	24	26	2.00
20579913--20580064	40	3.8	39	82	4	160	24	26	23	25	2.00
20591322--20591488	48	3.5	47	74	4	140	28	19	26	25	1.99
20600850--20601003	39	3.9	38	89	4	209	24	31	20	24	1.98
20605963--20606006	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
20609227--20609393	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
20609227--20609393	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
20610216--20610261	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
20617229--20617395	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
20617229--20617395	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
20618221--20618266	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
20625435--20625555	49	2.4	49	87	4	163	30	20	28	20	1.98
20630441--20630646	53	3.8	53	72	8	175	20	23	17	37	1.94
20630985--20631042	30	1.9	30	85	0	80	29	25	6	37	1.82
20639951--20640070	43	2.8	42	81	7	152	28	24	15	31	1.96
20661169--20661336	40	4.2	40	82	3	194	25	21	27	25	1.99
20668196--20668232	9	4.1	9	96	0	65	56	0	8	35	1.29
20668574--20668613	18	2.2	18	86	8	55	67	12	0	20	1.22
20669128--20669179	26	2.0	26	81	7	61	34	3	17	44	1.67
20670731--20670774	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
20671032--20671077	23	2.0	23	100	0	92	30	0	26	43	1.55
20671614--20671655	21	2.0	21	81	9	50	40	7	4	47	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20671651--20671687	9	4.1	9	85	0	56	45	0	0	54	1.00
20681095--20681261	40	4.2	40	82	5	178	25	27	20	25	1.99
20681095--20681261	80	2.1	79	83	3	201	25	27	20	25	1.99
20686615--20686738	40	3.2	40	80	6	130	21	25	24	28	1.99
20694611--20694768	40	4.0	40	81	6	162	22	25	24	27	2.00
20702300--20702446	43	3.4	43	74	9	120	31	15	21	31	1.94
20709457--20709486	15	2.0	15	93	0	51	70	13	13	3	1.30
20711741--20711950	40	5.2	40	91	3	300	26	27	22	23	2.00
20719932--20720156	40	5.7	40	91	1	321	26	28	23	22	1.99
20724353--20724393	20	2.0	20	100	0	82	41	14	19	24	1.89
20745090--20745131	17	2.4	18	84	15	61	59	7	0	33	1.25
20748440--20748471	2	16.0	2	93	0	55	46	3	0	50	1.17
20752784--20752943	53	3.0	53	100	0	320	23	18	13	45	1.84
20756546--20756576	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
20763354--20763535	40	4.6	40	80	4	190	26	21	25	26	1.99
20767032--20767657	47	13.3	47	93	0	1029	33	9	29	27	1.88
20767529--20767609	25	3.4	24	70	17	69	35	6	27	30	1.81
20767775--20767857	37	2.2	37	89	0	121	24	22	31	21	1.98
20775832--20776015	40	4.6	40	84	2	244	25	23	25	25	2.00
20779820--20779986	40	4.2	40	81	2	167	23	26	22	26	2.00
20779836--20779986	80	1.9	79	83	6	198	23	27	23	26	2.00
20787840--20788006	40	4.2	40	81	2	167	23	26	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20787856--20788006	80	1.9	79	83	6	198	23	27	23	26	2.00
20790495--20790597	44	2.4	42	82	7	127	33	25	18	22	1.96
20808096--20808129	15	2.3	15	89	0	50	11	2	41	44	1.56
20819116--20819236	42	2.8	43	77	5	129	26	19	25	28	1.99
20819126--20819236	43	2.6	43	78	4	127	26	20	26	27	1.99
20822558--20822688	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
20822558--20822688	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
20830488--20830615	29	4.5	29	83	10	147	29	14	26	29	1.95
20832968--20833132	39	4.2	39	77	7	147	24	27	21	26	2.00
20836564--20836715	40	3.8	40	86	3	171	23	25	22	28	1.99
20841424--20841665	39	6.3	39	95	2	427	21	29	26	21	1.99
20841424--20841665	77	3.1	78	95	2	436	21	29	26	21	1.99
20847268--20847535	39	7.0	39	93	3	445	23	29	25	22	1.99
20847268--20847535	76	3.5	77	91	3	425	23	29	25	22	1.99
20847268--20847535	115	2.3	115	92	2	432	23	29	25	22	1.99
20852070--20852110	22	1.9	21	85	14	57	58	2	4	34	1.32
20854078--20854288	46	4.5	45	75	10	176	27	18	29	23	1.98
20862098--20862137	20	1.9	22	85	10	57	47	0	10	42	1.37
20864082--20864129	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
20864173--20864231	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
20864177--20864231	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
20864282--20864445	24	7.0	23	89	7	219	29	21	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20864282--20864445	46	3.5	46	86	10	219	29	21	21	26	1.99
20864634--20864695	30	2.1	30	88	11	92	37	16	22	24	1.94
20868657--20868704	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
20868748--20868806	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
20868752--20868806	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
20868857--20869022	24	7.0	23	91	5	237	28	22	21	27	1.99
20868858--20868996	69	2.0	70	94	1	244	27	23	21	28	1.99
20869212--20869274	30	2.1	31	90	3	101	36	15	23	23	1.94
20872338--20872400	30	2.1	30	96	0	117	36	7	12	42	1.72
20878734--20878839	48	2.2	48	93	0	176	33	5	27	33	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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