genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.34.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   

This is table  34  of  292  ( 35004 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9127135--9127178	22	2.0	22	95	0	79	50	18	2	29	1.59
9134974--9135016	22	2.0	22	85	0	59	51	13	16	18	1.77
9140470--9140504	6	5.8	6	93	0	61	17	2	65	14	1.38
9142770--9142997	85	2.7	86	89	3	345	25	20	29	25	1.99
9142770--9142975	43	4.8	43	92	1	342	24	19	31	24	1.98
9143050--9143132	31	2.6	31	80	3	85	61	19	3	15	1.48
9148987--9149113	9	13.6	9	74	13	105	33	1	18	46	1.59
9148991--9149113	57	2.2	57	85	4	160	32	1	18	47	1.59
9151981--9152045	25	2.6	25	87	2	94	36	16	43	3	1.64
9152296--9152670	158	2.4	157	78	9	363	29	22	14	33	1.94
9153651--9153695	14	3.2	14	81	12	65	48	26	0	24	1.51
9153968--9154087	7	17.1	7	74	6	91	38	40	0	20	1.58
9154130--9154214	21	3.9	21	75	11	89	44	25	1	28	1.61
9154114--9154203	46	2.0	46	97	0	171	42	25	2	30	1.67
9154169--9154222	7	7.7	7	78	0	54	50	25	0	24	1.50
9154375--9154513	41	3.4	41	91	2	217	17	22	23	36	1.95
9167344--9167386	18	2.4	18	84	3	52	34	0	2	62	1.08
9168936--9168996	30	2.0	32	84	12	83	19	44	0	36	1.51
9170391--9170455	30	2.2	30	100	0	130	35	6	30	27	1.81
9174618--9174655	18	2.1	18	100	0	76	15	5	21	57	1.57
9177351--9177400	20	2.4	21	83	10	66	32	0	12	56	1.36
9179104--9179175	31	2.4	30	77	13	76	41	11	11	36	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9195299--9195339	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
9200007--9200366	44	8.3	44	76	7	324	38	19	18	23	1.93
9199995--9200366	131	2.9	129	80	7	403	38	18	18	24	1.92
9200007--9200366	88	4.1	87	80	4	379	38	19	18	23	1.93
9200426--9200525	38	2.6	37	88	3	137	38	22	11	29	1.88
9201360--9201390	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
9207741--9207766	7	3.7	7	100	0	52	15	0	46	38	1.46
9210473--9210507	9	3.9	9	92	7	54	42	0	2	54	1.15
9210634--9210699	34	1.9	34	81	6	80	36	9	4	50	1.55
9210878--9211038	3	54.3	3	69	9	89	31	7	1	59	1.36
9211144--9211168	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
9223027--9223360	44	7.7	42	72	13	248	35	21	23	20	1.96
9222975--9223266	88	3.3	87	85	3	372	36	21	21	20	1.95
9222932--9223266	88	3.8	87	81	5	347	35	21	21	20	1.96
9223113--9223360	131	1.9	131	94	1	435	34	22	23	19	1.96
9223246--9223415	87	1.9	88	83	5	220	37	20	21	21	1.95
9225442--9225591	3	50.7	3	80	5	162	34	3	2	60	1.25
9225696--9225732	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
9229303--9229336	16	2.1	17	88	5	52	55	8	11	23	1.63
9229864--9229911	25	1.9	25	86	0	69	72	4	0	22	1.01
9230008--9230047	20	2.1	18	86	13	53	62	0	7	30	1.23
9232739--9232782	3	14.7	3	100	0	88	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9233952--9234011	10	6.0	10	84	11	79	21	8	1	68	1.25
9234726--9234759	17	1.9	18	88	5	52	26	8	5	58	1.51
9234768--9234814	22	2.2	21	88	11	69	23	4	2	70	1.16
9237610--9237662	5	11.0	5	74	22	51	20	1	1	75	0.99
9239229--9239270	10	4.1	10	84	3	57	21	4	2	71	1.16
9239229--9239268	20	2.0	20	95	0	71	20	5	2	72	1.15
9239985--9240018	18	1.9	18	88	5	52	29	11	2	55	1.50
9240030--9240070	22	1.9	21	85	14	57	24	9	2	63	1.37
9241023--9241058	18	2.1	18	89	5	56	33	25	0	41	1.55
9241441--9241474	12	2.8	12	100	0	68	0	29	0	70	0.87
9241511--9241553	22	2.0	22	81	9	52	16	11	2	69	1.28
9241830--9241893	3	22.3	3	81	15	82	64	1	0	34	1.03
9244882--9245016	39	3.4	38	74	10	103	28	27	20	23	1.99
9246589--9246619	5	6.0	5	92	7	53	61	0	0	38	0.96
9254026--9254080	6	9.2	6	78	7	58	23	3	10	61	1.44
9254098--9254167	18	3.9	18	74	5	61	25	10	12	51	1.71
9254284--9254483	64	3.1	64	93	0	337	24	13	16	46	1.82
9254791--9254819	15	1.9	15	100	0	58	13	6	37	41	1.72
9256331--9256370	17	2.3	17	95	4	71	17	22	10	50	1.76
9256403--9256506	40	2.6	40	87	0	154	22	7	23	47	1.77
9259479--9259506	6	4.7	6	100	0	56	85	0	0	14	0.59
9266437--9266492	21	2.7	21	80	0	67	35	37	17	8	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9266970--9267004	18	1.9	18	88	0	52	34	2	31	31	1.73
9267784--9267836	3	18.0	3	88	3	63	0	41	0	58	0.98
9271114--9271195	32	2.6	31	76	16	80	51	3	0	45	1.19
9271822--9271900	39	2.0	39	97	0	149	18	12	24	44	1.85
9278188--9278243	27	2.1	27	100	0	112	33	19	7	39	1.79
9280983--9281051	31	2.2	31	81	0	75	39	14	18	27	1.90
9280941--9281034	45	2.1	45	84	4	118	41	11	21	25	1.87
9280994--9281054	31	2.0	31	90	0	95	34	16	19	29	1.94
9281025--9281124	45	2.2	45	85	3	130	43	11	15	31	1.81
9280948--9281104	76	2.1	76	85	2	217	40	13	18	28	1.88
9284992--9285025	15	2.3	15	89	0	50	52	17	11	17	1.73
9288129--9288296	45	3.7	45	81	0	147	43	12	17	26	1.84
9291807--9291936	40	3.2	40	82	2	172	24	27	23	24	2.00
9291823--9291973	40	3.8	39	81	6	153	22	27	23	27	1.99
9291807--9291973	80	2.1	79	83	7	205	23	26	22	26	2.00
9299243--9299454	44	4.7	44	67	11	142	32	16	26	25	1.96
9299199--9299598	147	2.9	138	86	8	574	32	17	24	26	1.97
9299515--9299598	43	2.0	43	87	0	123	33	13	25	28	1.93
9299459--9299867	177	2.3	177	82	2	509	30	16	24	29	1.96
9300181--9300219	19	2.1	19	90	9	62	20	46	20	12	1.83
9301378--9301420	21	2.0	22	86	4	61	60	9	0	30	1.28
9302419--9302456	17	2.2	18	85	4	51	10	0	18	71	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9305024--9305201	39	4.5	40	90	3	238	25	29	21	24	1.99
9305051--9305251	79	2.6	79	82	4	210	24	28	21	25	1.99
9313884--9313986	51	2.0	51	96	0	188	31	24	12	32	1.92
9313932--9314037	37	2.6	44	75	20	136	31	23	16	29	1.96
9315942--9315984	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
9319031--9319056	12	2.2	12	100	0	52	53	7	15	23	1.67
9322708--9322900	46	4.2	46	92	2	325	39	12	24	23	1.90
9323083--9323119	16	2.3	17	81	13	51	48	0	8	43	1.32
9323133--9323157	12	2.1	12	100	0	50	40	0	8	52	1.31
9323212--9323274	3	21.0	3	100	0	126	33	0	0	66	0.92
9323534--9323786	125	2.0	125	96	0	470	30	13	29	26	1.93
9325351--9325472	46	2.6	47	83	6	151	42	16	22	18	1.89
9325758--9325790	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
9326305--9326358	15	3.5	15	76	18	58	75	1	5	16	1.07
9326307--9326348	22	1.9	22	85	0	57	78	0	7	14	0.95
9326312--9326359	24	2.0	24	84	8	62	72	2	6	18	1.15
9328287--9328312	11	2.4	11	100	0	52	61	0	0	38	0.96
9334685--9334719	15	2.3	15	100	0	70	34	0	8	57	1.29
9336422--9336481	21	2.8	23	75	14	74	35	25	23	16	1.95
9336407--9336493	21	4.0	23	73	10	65	39	22	20	17	1.92
9342866--9342906	20	2.0	21	86	13	59	68	2	0	29	1.03
9344283--9344334	27	1.9	27	84	0	68	42	5	13	38	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9344584--9344729	51	2.9	50	79	6	179	25	21	26	26	1.99
9350539--9350615	19	4.0	20	84	6	88	41	1	5	51	1.32
9350550--9350615	19	3.4	19	85	8	89	39	1	6	53	1.35
9350697--9350736	18	2.2	18	91	8	64	35	10	5	50	1.58
9356139--9356187	24	2.1	23	88	7	73	4	6	24	65	1.33
9358980--9359094	56	2.0	57	96	1	214	53	10	6	30	1.59
9359289--9359317	2	14.5	2	100	0	58	48	0	51	0	1.00
9361400--9361460	20	3.2	18	75	13	52	54	9	1	34	1.44
9361399--9361469	19	3.7	19	74	12	65	53	9	1	35	1.43
9361482--9361518	18	2.1	17	90	5	56	70	2	0	27	1.01

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292