genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19397534--19397716	78	2.3	79	89	1	269	22	29	22	24	1.99
19404471--19404589	27	4.4	27	82	8	143	30	15	16	37	1.90
19407198--19407370	46	3.7	46	79	10	199	22	20	27	29	1.99
19407195--19407365	93	1.8	93	92	0	288	22	21	28	28	1.99
19407595--19407632	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
19410200--19410383	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
19410240--19410428	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
19417965--19418148	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
19418005--19418193	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
19421252--19421435	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
19421292--19421480	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
19423985--19424141	43	3.7	42	78	4	127	29	24	19	26	1.98
19427615--19427713	28	3.5	29	82	6	114	28	15	26	30	1.96
19432295--19432413	6	19.3	6	69	17	75	47	13	19	19	1.81
19432316--19432385	25	2.8	25	93	0	122	45	12	22	18	1.83
19432316--19432413	31	3.4	30	78	16	116	46	13	20	19	1.83
19432316--19432410	25	3.8	25	83	6	104	46	13	21	18	1.83
19432630--19432681	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
19432599--19432741	67	2.1	67	93	0	241	29	20	30	19	1.97
19432966--19433232	27	9.9	27	85	4	324	42	6	20	31	1.77
19432966--19433231	81	3.3	81	87	3	376	42	6	20	31	1.76
19440508--19440617	42	2.6	43	77	7	125	25	20	24	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19440508--19440625	43	2.8	42	75	15	125	24	19	25	30	1.98
19448297--19448350	27	2.0	27	88	0	81	38	7	12	40	1.72
19448591--19448835	49	4.9	49	78	3	240	27	18	25	28	1.98
19448593--19448822	101	2.3	98	82	3	255	27	18	24	29	1.98
19454118--19454157	19	2.1	19	85	0	53	40	15	0	45	1.46
19454520--19454674	45	3.6	43	73	13	140	28	29	18	23	1.98
19455785--19455813	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
19460901--19460932	14	2.2	15	94	5	57	56	18	0	25	1.42
19463893--19463923	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
19463890--19463929	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
19464119--19464373	55	4.8	54	77	11	217	22	25	17	35	1.95
19469167--19469224	13	4.4	13	78	4	53	31	3	15	50	1.61
19469254--19469306	14	3.9	14	92	7	83	32	1	15	50	1.54
19474800--19474837	18	2.1	18	100	0	76	57	5	21	15	1.57
19477270--19477317	20	2.4	20	82	0	60	50	6	8	35	1.58
19479869--19480093	39	5.6	39	84	5	220	27	27	21	24	1.99
19479869--19480093	79	2.8	80	83	6	242	27	27	21	24	1.99
19479897--19480093	39	4.9	39	86	5	243	26	26	21	24	1.99
19483576--19483709	66	2.0	65	84	7	173	45	9	12	32	1.75
19483666--19483858	81	2.4	81	83	1	226	43	9	13	33	1.77
19484478--19484526	20	2.5	20	86	0	62	53	8	8	30	1.60
19492230--19492323	10	10.0	10	72	18	53	46	1	5	46	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19492198--19492391	65	3.0	65	94	2	336	45	1	7	45	1.39
19492293--19492323	9	3.3	9	91	8	53	54	0	0	45	0.99
19492228--19492426	19	10.2	19	64	19	70	48	1	6	44	1.36
19492357--19492425	5	13.4	5	71	17	52	55	2	2	39	1.30
19492354--19492432	38	2.1	38	100	0	158	51	2	6	39	1.41
19499105--19499257	40	3.8	40	79	5	148	25	28	23	22	2.00
19504497--19504595	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
19512166--19512264	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
19517915--19517984	25	2.8	26	71	6	63	28	15	17	38	1.90
19520147--19520318	47	3.7	45	78	15	188	26	20	30	23	1.98
19520145--19520419	94	2.9	91	80	9	268	27	18	29	24	1.98
19538166--19538194	14	2.0	15	93	6	51	82	0	17	0	0.66
19545963--19546000	7	5.6	7	93	6	69	44	0	0	55	0.99
19545963--19546000	13	2.8	14	92	8	69	44	0	0	55	0.99
19546276--19546309	15	2.3	15	90	10	52	32	2	2	61	1.26
19548662--19548832	46	3.7	46	77	15	201	21	20	28	29	1.98
19555753--19555878	46	2.7	46	92	2	200	20	21	26	30	1.98
19559099--19559138	12	3.3	12	82	10	55	42	20	0	37	1.52
19559120--19559158	20	2.0	20	85	10	53	43	20	0	35	1.52
19563693--19563902	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
19570912--19571121	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
19590643--19590676	15	2.3	15	89	0	50	32	2	23	41	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19590774--19590900	47	2.7	48	77	20	142	26	21	28	23	1.99
19593203--19593228	13	2.0	13	100	0	52	0	38	23	38	1.55
19594120--19594436	47	6.7	49	75	12	261	24	28	19	27	1.99
19594122--19594441	94	3.4	94	77	11	300	24	28	20	26	1.99
19602971--19603153	40	4.6	39	82	9	203	26	27	20	24	1.99
19602973--19603154	78	2.3	80	83	6	219	26	27	20	24	1.99
19607319--19607364	23	2.0	23	100	0	92	34	13	8	43	1.74
19609259--19609398	70	2.0	70	97	0	262	32	14	4	48	1.63
19614467--19614507	19	2.2	19	95	0	73	34	26	21	17	1.95
19617193--19617367	46	3.8	46	77	10	203	29	26	21	22	1.99
19617198--19617368	93	1.8	93	92	0	288	28	28	21	22	1.99
19622349--19622563	40	5.4	40	91	3	305	24	22	27	25	2.00
19622349--19622563	79	2.7	80	89	5	305	24	22	27	25	2.00
19630359--19630573	40	5.4	40	90	4	305	24	22	27	25	2.00
19633235--19633268	15	2.3	15	89	0	50	58	17	11	11	1.62
19636534--19636663	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
19644582--19644711	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
19647519--19647567	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
19648387--19648553	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
19655063--19655184	58	2.1	58	81	7	140	43	15	14	26	1.85
19655501--19655549	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
19656368--19656518	40	3.8	40	82	6	173	26	21	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19661688--19661817	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
19672953--19673192	99	2.4	100	83	4	306	23	18	28	29	1.98
19672960--19673197	49	4.8	49	85	2	287	24	18	27	29	1.98
19680419--19680568	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
19680443--19680626	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
19684883--19685065	67	2.8	64	78	8	201	30	16	30	22	1.96
19689460--19689587	39	3.3	38	76	10	125	25	28	23	23	2.00
19696651--19696780	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
19696651--19696814	40	4.1	40	78	4	145	21	28	25	25	1.99
19702248--19702425	40	4.4	40	84	2	214	22	26	23	27	1.99
19703134--19703159	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
19710169--19710346	40	4.4	40	84	2	205	23	26	23	26	2.00
19712295--19712338	15	2.9	15	89	0	70	56	13	13	15	1.67
19714203--19714366	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
19714203--19714400	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
19730352--19730482	29	4.5	29	78	5	122	25	17	32	25	1.97
19733577--19733677	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
19741514--19741614	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
19743586--19743687	23	4.4	23	78	8	109	34	18	22	24	1.96
19743562--19743695	45	2.8	46	82	10	139	32	18	22	26	1.97
19768922--19768966	22	2.0	22	95	0	81	22	20	17	40	1.92
19772787--19772899	45	2.5	45	85	5	149	30	18	10	40	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19775126--19775233	26	4.2	26	97	0	207	30	6	26	36	1.82
19778170--19778253	26	3.2	25	91	3	132	34	5	23	35	1.80
19779737--19779789	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
19782387--19782469	40	2.1	40	84	4	105	22	14	28	33	1.94
19783636--19783728	43	2.2	43	92	0	150	11	17	40	30	1.85
19790077--19790153	28	2.8	27	73	7	75	41	22	19	16	1.90
19798946--19799122	48	3.7	47	78	6	194	30	24	18	26	1.98
19798946--19799122	96	1.8	96	85	2	248	30	24	18	26	1.98
19807801--19807833	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
19814390--19814438	25	2.0	25	91	0	80	34	22	14	28	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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