genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.232.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67443740--67443786	21	2.3	20	81	3	58	44	0	8	46	1.33
67444249--67444343	25	3.9	24	74	10	86	18	27	22	31	1.97
67444218--67444354	24	5.5	25	72	10	93	18	24	21	34	1.96
67464456--67464502	10	4.9	9	80	17	51	72	0	4	23	1.02
67484907--67484931	8	3.1	8	100	0	50	88	0	0	12	0.53
67491013--67491064	11	4.9	11	83	9	72	28	28	0	42	1.56
67491007--67491064	20	2.7	21	86	10	82	31	27	0	41	1.56
67491091--67491121	15	2.1	15	93	0	53	22	6	0	70	1.09
67492223--67492256	7	4.9	7	100	0	68	26	0	14	58	1.36
67492756--67492819	30	2.1	30	85	0	83	31	46	15	6	1.71
67492873--67492915	18	2.4	18	92	0	68	16	27	11	44	1.82
67493300--67493779	116	4.2	116	96	1	883	40	3	8	46	1.54
67493300--67493779	230	2.1	232	96	0	883	40	3	8	46	1.54
67498066--67498486	126	3.3	126	87	2	603	27	20	18	33	1.96
67498759--67498800	16	2.6	16	81	7	50	50	28	2	19	1.60
67500561--67500611	3	17.0	3	100	0	102	66	0	0	33	0.92
67500926--67500950	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
67501408--67501440	16	2.1	16	94	0	57	54	3	6	36	1.41
67502104--67503205	384	2.8	382	88	6	1566	28	18	27	24	1.98
67515376--67515435	27	2.3	26	88	5	93	31	25	26	16	1.96
67517389--67517440	23	2.3	22	83	9	61	59	0	1	38	1.08
67517389--67517440	22	2.3	22	83	9	61	59	0	1	38	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67523338--67523380	18	2.3	18	84	11	52	23	0	11	65	1.25
67523380--67523416	11	3.1	13	81	18	53	67	0	0	32	0.91
67525078--67525144	31	2.2	31	83	0	80	59	17	4	17	1.53
67530965--67531086	9	12.9	9	75	10	109	32	2	19	45	1.64
67530989--67531081	48	1.9	48	84	0	123	34	2	20	43	1.64
67530969--67531086	57	2.1	57	85	0	155	32	2	19	45	1.64
67531212--67531856	241	2.7	241	97	0	1209	33	15	17	34	1.90
67534683--67534747	25	2.5	26	85	9	98	38	18	41	1	1.60
67535025--67535369	158	2.2	157	78	7	369	28	21	15	34	1.94
67536347--67536391	14	3.2	14	81	12	65	48	26	0	24	1.51
67536663--67536782	7	17.1	7	73	10	93	40	40	0	20	1.52
67536834--67536948	14	7.6	14	65	14	50	44	22	1	31	1.63
67536825--67536955	21	5.9	21	70	13	100	44	24	1	29	1.63
67536809--67536944	46	3.0	46	96	0	254	42	24	2	30	1.66
67536910--67536963	7	7.7	7	78	0	54	50	25	0	24	1.50
67537120--67537257	41	3.4	41	91	1	215	15	22	24	36	1.93
67537120--67537287	41	4.1	41	85	4	214	17	22	23	37	1.94
67537312--67537337	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
67537391--67537468	25	3.1	25	77	0	84	20	21	19	38	1.94
67540413--67540488	34	2.3	34	95	4	138	34	9	10	46	1.70
67549718--67549759	17	2.4	18	81	18	54	73	2	7	16	1.15
67550677--67550732	29	2.0	29	89	3	87	42	7	1	48	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67559705--67559756	19	2.7	18	80	16	52	42	1	3	51	1.31
67563057--67563318	46	5.7	46	93	0	398	39	15	22	21	1.91
67563007--67563318	138	2.3	130	87	4	426	39	15	23	22	1.92
67574882--67574929	24	1.9	25	87	8	71	62	4	2	31	1.26
67581410--67581450	20	2.0	20	100	0	82	46	14	14	24	1.82
67600602--67600644	20	2.2	19	84	16	52	46	2	0	51	1.13
67601009--67601049	21	1.9	22	85	5	57	39	2	4	53	1.35
67601096--67601140	20	2.3	20	79	17	51	48	0	4	46	1.22
67602804--67602844	18	2.2	20	86	8	59	19	0	14	65	1.26
67602845--67602877	11	2.9	12	86	13	52	66	0	0	33	0.92
67618819--67618852	6	5.8	6	86	6	52	32	32	2	32	1.73
67620932--67620963	13	2.5	13	100	0	64	34	0	15	50	1.45
67621020--67621067	21	2.2	21	79	13	53	47	2	2	47	1.25
67626826--67626985	80	2.0	80	100	0	320	26	22	20	31	1.98
67630917--67631012	34	2.8	34	67	22	83	60	7	6	26	1.47
67632369--67632660	133	2.2	133	88	0	422	30	20	19	29	1.97
67632496--67633072	177	3.3	177	86	3	775	29	21	18	29	1.97
67632270--67632862	311	1.9	311	85	3	768	29	22	19	28	1.98
67637709--67637754	21	2.2	21	84	7	58	56	8	10	23	1.61
67642814--67643002	47	3.9	47	80	5	164	29	28	16	25	1.97
67644610--67644661	12	4.3	12	71	9	52	7	26	15	50	1.71
67646509--67646554	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67646516--67646560	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
67655772--67655880	34	3.2	34	67	21	82	57	7	7	27	1.52
67659812--67659971	82	2.0	81	81	10	193	46	12	6	34	1.68
67660608--67660654	24	1.9	25	87	12	71	29	8	0	61	1.25
67660757--67660799	15	3.0	14	83	6	59	30	9	11	48	1.71
67661593--67661652	10	6.0	10	81	11	70	21	10	1	66	1.30
67663521--67663564	22	2.0	22	100	0	88	31	22	9	36	1.86
67666675--67666742	28	2.4	28	82	4	84	35	25	7	32	1.83
67666849--67666935	28	3.1	27	81	8	104	20	24	21	33	1.97
67670794--67670846	5	10.8	5	81	18	67	20	1	0	77	0.87
67672416--67672465	10	5.0	10	79	13	50	20	8	2	70	1.23
67680302--67680441	42	3.3	42	83	3	154	33	2	8	55	1.45
67684138--67684199	18	3.3	18	69	20	54	56	0	6	37	1.25
67684643--67684668	12	2.2	12	100	0	52	76	0	0	23	0.78
67687702--67687736	17	2.0	18	88	5	54	60	0	2	37	1.12
67687622--67687736	43	2.6	44	68	15	103	51	0	3	44	1.24
67689291--67689361	34	2.1	35	87	12	103	53	1	5	39	1.33
67690267--67690293	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
67694650--67694833	96	1.9	96	98	0	359	23	26	17	32	1.97
67700212--67700334	42	2.9	41	84	2	147	43	17	21	17	1.87
67709800--67709852	26	2.0	27	88	3	81	47	0	7	45	1.31
67709982--67710045	31	2.1	31	96	0	119	34	10	12	42	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67716471--67716581	53	2.1	53	94	0	195	43	11	10	34	1.76
67717473--67717512	22	1.9	20	90	10	62	32	22	0	45	1.53
67717844--67717889	23	2.0	23	83	8	58	32	6	0	60	1.22
67741464--67741488	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
67748819--67748875	25	2.2	25	84	3	69	33	7	1	57	1.36
67748827--67748876	25	2.0	26	88	4	75	30	8	2	60	1.37
67750465--67750533	32	2.2	32	100	0	138	21	14	14	49	1.79
67763244--67763351	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
67765398--67765531	18	7.3	18	70	14	78	54	1	6	37	1.36
67765396--67765484	19	4.8	19	73	17	55	55	1	6	37	1.34
67767689--67767724	15	2.4	15	90	0	54	27	16	0	55	1.42
67776525--67776583	28	2.1	28	100	0	118	30	20	6	42	1.78
67782189--67782221	17	1.9	18	88	11	52	69	3	0	27	1.03
67782215--67782244	15	2.0	15	93	0	51	70	0	0	30	0.88
67786001--67786037	16	2.3	17	81	13	51	59	0	0	40	0.97
67790518--67790739	43	5.2	43	86	3	279	35	20	18	24	1.95
67791078--67791113	15	2.4	15	95	0	63	0	52	19	27	1.46
67795228--67795275	26	1.9	24	87	8	69	64	6	0	29	1.18
67795246--67795304	21	2.8	21	78	12	59	69	8	0	22	1.15
67799103--67799185	28	3.0	28	87	3	114	20	3	28	46	1.67
67799390--67799475	21	4.0	23	76	13	101	16	20	23	39	1.92
67800555--67800723	46	3.5	48	75	15	161	24	14	29	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67804212--67804378	9	17.6	9	76	10	154	31	0	22	46	1.57
67804245--67804361	39	3.0	39	97	0	216	31	0	23	45	1.53
67804227--67804366	39	3.4	43	84	13	179	30	0	23	45	1.58
67804212--67804378	57	2.9	58	82	6	198	31	0	22	46	1.57
67804212--67804367	48	3.2	48	80	3	179	31	0	23	44	1.58
67804558--67805043	240	2.0	241	95	0	875	32	14	18	34	1.91
67805510--67805539	14	2.2	13	94	5	51	36	13	0	50	1.42
67808560--67808679	37	3.2	36	78	8	132	26	14	44	15	1.84
67809507--67809538	15	2.1	15	94	0	55	28	6	0	65	1.16
67809670--67809703	17	1.9	17	88	5	50	47	35	2	14	1.60

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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