Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   

This is table  2  of  292  ( 35004 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
360234--360468
101
2.4
98
82
7
278
26
18
24
30
1.98
378076--378121
7
7.0
7
85
9
62
71
0
28
0
0.86
380758--380849
43
2.1
43
97
0
175
34
13
17
34
1.88
380853--381051
34
5.8
34
76
7
186
28
8
20
42
1.81
380859--381062
69
2.9
69
83
3
214
28
9
19
42
1.82
380928--381062
70
1.9
70
86
5
193
30
8
18
42
1.79
380929--381077
70
2.1
68
80
7
174
33
8
17
40
1.79
386244--386315
35
2.1
35
97
0
135
55
6
16
20
1.64
400744--400797
27
2.0
27
100
0
108
48
7
14
29
1.71
407574--407614
16
2.5
17
84
8
57
48
0
2
48
1.14
409686--409729
22
1.9
22
86
9
61
50
2
4
43
1.35
412124--412233
49
2.3
47
82
3
139
38
19
14
28
1.91
417644--417770
66
1.9
66
90
0
200
25
23
29
21
1.99
419733--419903
93
1.8
93
96
0
315
28
29
21
21
1.98
419725--419900
46
3.8
46
80
12
225
28
28
21
21
1.98
422273--422360
29
3.0
29
80
8
97
56
15
17
10
1.66
422273--422351
15
5.4
15
77
10
83
58
13
17
10
1.63
422284--422360
15
5.2
15
75
9
77
55
15
16
11
1.68
425317--425487
93
1.8
93
96
0
315
28
29
21
21
1.98
425309--425484
46
3.8
46
80
12
225
28
28
21
21
1.98
437482--437523
22
1.9
22
90
0
66
35
11
11
40
1.79
441073--441188
54
2.1
54
81
6
137
19
25
25
28
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
441575--441614
18
2.2
18
100
0
80
40
22
12
25
1.89
443885--443909
2
12.5
2
100
0
50
48
0
0
52
1.00
444364--444421
4
14.0
4
82
15
57
1
25
0
72
0.94
449485--449616
54
2.4
54
88
5
212
31
21
18
28
1.97
452176--452303
47
2.7
48
81
12
167
30
28
17
22
1.97
458673--458724
24
2.2
24
100
0
104
21
21
11
46
1.82
459404--459480
36
2.1
36
97
0
145
54
15
2
27
1.54
460002--460067
33
2.0
33
100
0
132
54
9
3
33
1.47
462489--462565
28
2.8
27
80
4
82
40
20
14
24
1.90
462698--462752
27
2.3
21
70
30
56
23
16
20
40
1.91
462704--462765
27
2.3
27
91
0
97
20
16
22
40
1.91
466983--467009
1
27.0
1
100
0
54
100
0
0
0
0.00
467805--467843
3
13.0
3
100
0
78
0
33
0
66
0.92
474673--474706
12
2.8
12
86
4
50
67
0
5
26
1.13
483317--483349
3
11.0
3
100
0
66
66
0
33
0
0.92
485016--485050
2
17.5
2
100
0
70
48
0
0
51
1.00
485441--485488
21
2.4
19
83
10
60
47
0
10
41
1.37
485441--485495
20
2.7
21
78
15
62
43
0
14
41
1.45
488115--488164
22
2.3
22
79
6
57
24
22
20
34
1.97
491550--491723
64
2.7
64
90
0
267
18
28
28
24
1.98
494785--494849
27
2.5
25
80
11
76
27
6
4
61
1.40
502031--502127
28
3.4
28
79
6
106
18
16
16
48
1.82
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
506693--506752
10
6.0
10
84
11
79
21
8
1
68
1.25
507474--507507
17
1.9
18
88
5
52
26
8
5
58
1.51
510448--510501
15
3.7
15
78
4
58
16
0
7
75
1.01
510482--510514
15
2.1
16
88
5
50
21
3
0
75
0.93
511259--511440
96
1.9
97
91
1
303
28
15
25
30
1.96
511462--511487
11
2.4
11
100
0
52
92
0
7
0
0.39
513527--513586
10
6.0
10
84
11
79
21
8
1
68
1.25
518375--518458
25
3.4
24
76
12
80
32
23
20
23
1.98
533034--533195
56
2.9
55
81
6
184
34
20
19
25
1.96
551351--551427
40
1.9
40
81
0
91
35
32
15
16
1.91
556297--556401
41
2.6
41
89
4
151
24
22
26
25
2.00
564355--564459
41
2.6
41
87
4
142
24
21
26
26
2.00
566591--566664
3
24.7
3
74
0
58
35
6
2
55
1.41
566591--566664
21
3.5
21
79
3
78
35
6
2
55
1.41
578952--578994
18
2.3
20
80
15
56
34
2
11
51
1.51
580941--581087
66
2.2
66
89
2
215
42
29
9
18
1.82
583460--583517
28
2.0
28
83
6
71
31
20
29
18
1.97
585776--585826
25
2.0
25
100
0
102
39
7
31
21
1.82
586567--586664
32
3.1
32
98
0
187
42
13
6
37
1.69
596115--596141
13
2.1
13
100
0
54
14
29
7
48
1.71
597205--597241
18
2.1
18
100
0
74
16
35
0
48
1.46
601421--601466
6
7.7
6
100
0
92
32
50
0
17
1.47
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
605570--605715
74
2.0
74
88
0
220
26
21
19
32
1.97
605694--605795
35
2.9
35
81
5
100
20
22
22
34
1.97
608359--608412
16
3.5
16
73
12
51
44
11
3
40
1.58
613770--613811
17
2.5
17
88
0
66
50
2
2
45
1.27
615646--615676
15
2.1
14
94
5
53
38
16
16
29
1.90
616042--616120
39
2.0
39
95
0
140
26
13
24
35
1.93
617348--617481
61
2.2
62
81
7
150
43
2
11
43
1.52
617803--617830
6
4.7
6
100
0
56
0
17
14
67
1.22
630097--630124
7
4.0
7
100
0
56
57
0
0
42
0.99
635209--635258
26
2.0
26
84
11
68
50
0
4
46
1.20
636906--636989
22
3.8
22
78
9
82
61
0
1
36
1.04
637023--637074
26
2.0
25
85
3
68
51
0
0
48
1.00
636980--637105
57
2.2
60
87
7
179
44
1
1
52
1.20
637019--637137
57
2.1
57
81
9
136
45
2
0
52
1.14
642833--643116
138
2.1
138
90
1
453
45
4
8
41
1.55
643091--643239
76
2.0
75
94
1
262
30
13
9
46
1.74
643956--644015
24
2.5
24
82
12
79
41
0
1
56
1.09
643958--644018
22
2.6
24
85
10
74
42
0
1
55
1.09
644185--644221
16
2.3
16
90
0
56
59
8
8
24
1.53
644820--644844
12
2.1
12
100
0
50
20
32
0
48
1.50
647660--647699
19
2.1
19
85
0
53
17
12
10
60
1.59
647870--647894
10
2.5
10
100
0
50
56
0
0
44
0.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
654430--654481
24
2.2
24
96
0
95
30
13
32
23
1.93
655206--655235
14
2.1
14
93
0
51
16
0
36
46
1.47
661002--661046
14
3.3
14
81
6
56
42
0
0
57
0.98
671634--671694
23
2.7
23
73
0
59
40
1
18
39
1.60
687652--687690
20
2.0
20
85
10
53
25
30
15
28
1.96
687909--687958
21
2.4
21
86
3
75
60
26
10
4
1.47
690307--690560
130
2.0
130
88
3
377
30
19
17
32
1.95
690612--690889
129
2.1
131
82
6
325
24
18
21
35
1.95
691742--691846
20
5.1
20
71
8
84
43
23
15
17
1.86
691742--691845
42
2.5
42
80
0
118
44
24
14
17
1.86
693965--693997
17
2.0
17
88
5
50
54
0
3
42
1.15
695895--695983
37
2.4
35
75
10
88
53
2
1
42
1.20
696252--696315
28
2.3
28
97
0
119
59
17
17
6
1.57
696352--696499
78
1.9
78
97
1
280
41
11
19
27
1.86
697885--697915
15
2.1
15
93
0
53
19
32
12
35
1.90
701818--701892
23
3.4
23
66
17
68
37
14
10
37
1.81
701815--701901
43
2.0
43
100
0
174
37
16
9
36
1.80
701926--701988
27
2.3
27
91
0
99
20
4
19
55
1.61
702611--702665
25
2.2
26
87
9
78
63
1
0
34
1.05
702611--702679
22
2.8
25
83
12
74
66
1
0
31
1.00
710953--711150
100
2.0
100
97
0
378
27
14
21
36
1.92
723663--723698
2
18.0
2
100
0
72
50
0
0
50
1.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
726349--726579
118
2.0
118
92
0
390
28
31
17
22
1.97
728476--728595
60
2.0
60
91
0
195
29
30
5
35
1.79
728793--728911
28
4.5
26
70
10
89
27
18
28
25
1.98
728829--728874
13
3.5
13
81
3
56
30
19
26
23
1.98
728977--729065
24
3.8
24
80
4
110
35
16
15
31
1.91
728972--729080
24
4.6
24
77
11
109
34
15
17
32
1.91
730657--730713
15
3.9
15
76
17
57
52
8
1
36
1.43
730931--731035
2
56.0
2
72
19
57
58
2
0
38
1.20
730931--731031
21
4.6
22
71
20
79
58
2
0
37
1.20
730952--731040
31
3.0
30
75
16
96
59
2
1
37
1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292