genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.282.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  282  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81322270--81322315	2	23.0	2	86	0	65	47	4	2	45	1.34
81322443--81322516	24	3.0	25	71	15	64	59	6	4	29	1.42
81323855--81323916	30	2.1	30	90	6	99	41	29	9	19	1.83
81324010--81324044	14	2.6	14	90	4	54	51	5	14	28	1.65
81324062--81324594	72	6.8	73	74	14	397	33	18	17	30	1.95
81324259--81324737	165	2.9	168	89	4	711	31	20	18	29	1.96
81324433--81324594	74	2.1	75	85	7	222	32	20	18	28	1.97
81324598--81324737	74	1.9	75	89	3	219	27	23	20	28	1.99
81324802--81324967	72	2.3	71	88	4	244	41	21	15	22	1.89
81324967--81325230	70	3.7	71	83	4	347	37	22	14	25	1.92
81324967--81325230	71	3.7	69	83	4	330	37	22	14	25	1.92
81324805--81325397	257	2.3	257	94	2	1033	36	22	14	25	1.93
81330395--81330430	12	3.0	12	95	0	63	41	5	25	27	1.77
81332177--81332204	14	2.0	14	100	0	56	64	7	0	28	1.20
81332235--81332274	2	20.0	2	94	0	71	50	2	0	47	1.14
81332239--81332281	8	5.4	8	94	0	50	48	4	2	44	1.36
81332378--81332473	24	4.0	24	72	10	70	56	5	5	33	1.44
81332933--81332988	13	4.6	12	78	10	51	3	5	5	85	0.81
81333910--81333958	25	1.9	26	84	12	66	38	10	0	51	1.36
81337133--81337167	18	1.9	18	88	11	54	54	5	0	40	1.24
81339767--81339804	20	1.9	20	88	0	58	39	10	2	47	1.52
81347103--81347142	11	3.8	11	87	6	57	2	15	0	82	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81347105--81347144	17	2.3	18	86	4	55	2	15	0	82	0.77
81366836--81367277	218	2.0	218	92	0	742	28	17	14	39	1.89
81387522--81387603	30	2.8	27	77	14	83	40	4	8	46	1.56
81387682--81387720	19	2.0	21	85	10	55	43	2	10	43	1.52
81391063--81391123	29	2.2	27	85	5	77	50	1	1	45	1.21
81394570--81394605	14	2.6	14	86	0	54	44	0	0	55	0.99
81396714--81396790	28	2.8	27	74	12	75	31	6	0	62	1.21
81396866--81396904	17	2.2	18	86	4	53	23	0	5	71	1.05
81400116--81400143	12	2.3	12	100	0	56	46	0	39	14	1.44
81406212--81406240	14	2.1	14	100	0	58	51	0	20	27	1.47
81406214--81406248	14	2.4	14	90	4	52	54	0	17	28	1.43
81409168--81409207	19	2.2	18	90	4	62	30	0	2	67	1.04
81409168--81409207	9	4.3	10	78	15	50	30	0	2	67	1.04
81409199--81409255	29	2.0	29	85	0	78	45	7	0	47	1.30
81414957--81415012	2	30.0	2	86	13	84	46	0	0	53	1.00
81416856--81417046	18	10.6	18	76	10	158	33	11	16	38	1.85
81416844--81417046	72	2.8	72	78	9	191	34	11	15	37	1.84
81416856--81417046	54	3.5	53	76	7	179	33	11	16	38	1.85
81416856--81417139	36	7.7	36	69	12	164	33	11	16	37	1.86
81419191--81419238	5	9.6	5	100	0	96	60	0	0	39	0.97
81419329--81419381	21	2.5	22	78	9	65	58	3	0	37	1.16
81429856--81429919	31	2.1	30	88	2	92	53	0	4	42	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81434403--81434481	39	2.0	39	100	0	158	40	10	12	36	1.77
81450402--81450456	26	2.1	26	83	6	67	45	0	1	52	1.11
81450407--81450464	5	10.8	5	80	12	62	43	0	1	55	1.10
81450408--81450465	8	6.7	9	74	21	61	43	0	1	55	1.10
81450410--81450465	12	4.5	12	81	16	69	42	0	1	55	1.10
81450818--81450856	18	2.1	19	90	4	62	41	0	10	48	1.37
81451097--81451231	39	3.4	39	74	6	112	23	20	28	28	1.99
81451354--81451394	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
81455826--81455883	5	10.8	5	80	12	62	43	0	1	55	1.10
81455827--81455884	8	6.7	9	74	21	61	43	0	1	55	1.10
81455829--81455884	12	4.5	12	81	16	69	42	0	1	55	1.10
81456237--81456275	18	2.1	19	86	13	55	38	0	12	48	1.42
81456516--81456650	39	3.4	39	74	6	112	23	20	28	28	1.99
81456773--81456813	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
81461426--81461457	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
81461427--81461457	9	3.3	9	95	4	53	80	0	0	19	0.71
81463131--81463217	42	2.1	42	97	0	165	49	17	0	33	1.47
81463619--81463652	9	3.8	9	100	0	68	47	23	0	29	1.52
81463620--81463659	18	2.2	18	90	0	62	52	20	0	27	1.46
81464229--81464263	13	2.6	13	90	4	52	65	0	0	34	0.93
81468778--81468908	57	2.3	57	89	1	208	33	22	13	29	1.93
81468875--81469004	32	4.1	32	98	0	251	37	19	10	33	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81468939--81469152	90	2.4	90	94	0	374	35	22	9	32	1.87
81469029--81469094	32	2.1	32	88	0	96	40	18	7	33	1.79
81469061--81469479	58	7.4	58	84	4	541	32	23	11	31	1.91
81469047--81469467	223	1.9	224	91	0	700	33	23	11	31	1.91
81473511--81473549	17	2.4	17	87	8	55	58	0	2	38	1.12
81479699--81479738	17	2.4	17	86	0	62	45	0	2	52	1.14
81479720--81479753	10	3.2	10	84	15	50	52	0	0	47	1.00
81479720--81479754	12	3.2	11	88	11	54	54	0	0	45	0.99
81482416--81482499	31	2.7	31	81	5	91	35	10	17	35	1.85
81487732--81487852	41	2.9	41	98	1	233	22	14	14	48	1.79
81487968--81488011	21	2.0	22	82	4	54	45	2	9	43	1.48
81488446--81488491	21	2.1	23	84	15	62	34	4	0	60	1.16
81495203--81495733	269	2.0	270	88	2	800	48	5	6	38	1.53
81496150--81496210	28	2.2	28	84	0	77	34	21	18	26	1.96
81498895--81499065	93	1.8	93	91	0	279	29	29	20	21	1.98
81498887--81499062	46	3.8	47	76	13	193	30	28	19	21	1.98
81502529--81502579	25	2.0	25	100	0	102	60	11	7	19	1.55
81514847--81514908	23	2.7	24	79	16	69	64	0	0	35	0.94
81515007--81515053	19	2.5	18	80	16	51	65	8	0	25	1.20
81517736--81517797	32	2.1	27	70	26	63	33	6	17	41	1.75
81517745--81517811	32	2.1	32	100	0	134	34	5	14	44	1.70
81519391--81519447	29	2.0	29	89	0	87	50	0	1	47	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81521258--81521291	2	17.5	2	93	6	61	47	0	0	52	1.00
81521926--81521977	22	2.4	22	96	0	95	26	3	15	53	1.59
81526936--81527030	45	2.1	45	80	3	111	38	6	8	46	1.60
81528486--81528559	31	2.4	30	77	6	76	43	8	8	40	1.64
81528564--81528618	30	1.9	30	82	10	71	41	12	10	34	1.78
81529059--81529115	28	2.0	28	86	0	78	38	3	19	38	1.69
81536477--81536511	8	4.5	8	89	3	54	40	0	0	60	0.97
81536525--81536596	36	2.0	36	100	0	144	33	2	11	52	1.51
81540522--81540562	20	2.0	21	86	13	59	63	0	2	34	1.08
81541051--81541220	43	4.0	43	80	6	175	28	27	15	28	1.96
81556314--81556482	92	1.8	92	93	2	295	27	30	20	21	1.98
81556306--81556478	46	3.8	45	80	11	208	28	30	20	21	1.98
81556311--81556498	46	4.1	46	71	20	135	28	29	20	21	1.98
81561293--81561463	93	1.8	93	94	0	306	27	29	21	21	1.98
81561285--81561460	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
81565132--81565188	7	8.0	7	86	3	69	47	0	1	50	1.11
81565130--81565196	15	4.6	14	83	7	80	47	0	1	50	1.10
81565144--81565223	7	9.9	8	78	15	60	40	0	3	56	1.17
81566099--81566133	17	2.0	18	88	5	54	11	0	31	57	1.34
81568858--81569156	46	6.7	46	85	6	373	38	15	24	21	1.92
81568807--81569112	84	3.5	84	91	3	450	36	15	24	22	1.94
81569417--81569463	25	2.0	25	83	8	62	53	4	14	27	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81569930--81570023	41	2.3	41	92	0	161	15	18	27	38	1.91
81570444--81570484	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
81572781--81572805	13	1.9	13	100	0	50	60	0	0	40	0.97
81576195--81576221	13	2.1	13	100	0	54	33	0	22	44	1.53
81576314--81576407	30	3.2	30	76	7	86	58	5	1	35	1.28
81578621--81578791	75	2.4	74	83	7	208	32	23	11	32	1.90
81578625--81578791	35	4.6	35	84	7	183	32	23	10	32	1.89
81580626--81580669	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
81584043--81584095	10	5.7	9	77	14	54	30	0	1	67	1.01
81585263--81585317	27	2.0	27	100	0	110	50	7	0	41	1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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