Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   

This is table  38  of  292  ( 35004 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
10297015--10297071
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21
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0
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0
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22
22
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1.98
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2.2
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22
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19
24
26
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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2.0
20
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1.60
10362504--10362580
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2.5
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10
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4.5
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27
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20
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3.5
14
80
0
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24
22
20
32
1.98
10394867--10394928
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4.4
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79
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20
22
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0
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4.1
16
81
9
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35
1
2
60
1.21
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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18
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14
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80
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0
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83
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139
25
20
24
29
1.99
10428648--10428760
43
2.7
42
79
6
129
25
19
24
30
1.98
10433168--10433203
2
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2
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56
44
0
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20
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20
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1.98
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2.0
17
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1.11
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0
0
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3.4
40
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5
161
24
18
25
31
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
10475205--10475231
13
2.1
13
100
0
54
14
37
33
14
1.88
10490228--10490284
27
2.1
27
83
0
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61
1
7
29
1.32
10491378--10491403
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2.0
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100
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38
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15
1.88
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2
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40
1.33
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0
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0
0
50
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16
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16
26
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1.96
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50
9
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0
45
1.35
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0
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28
3.2
27
85
7
119
20
24
23
32
1.98
10503780--10503818
19
2.1
19
85
0
51
15
5
7
71
1.26
10504403--10504436
10
3.3
10
84
8
50
29
8
8
52
1.62
10510630--10510676
18
2.6
18
83
6
60
17
44
25
12
1.84
10514040--10514140
12
8.3
12
69
22
52
44
1
2
50
1.28
10514116--10514231
61
1.9
58
86
5
160
43
3
3
49
1.36
10519285--10519346
6
10.2
6
80
3
70
75
4
4
14
1.13
10522735--10522763
5
5.8
5
100
0
58
37
0
0
62
0.96
10528908--10528951
23
1.9
23
100
0
88
22
13
4
59
1.53
10538476--10538789
46
6.8
46
90
2
416
40
14
23
21
1.90
10544931--10544961
15
2.1
15
93
0
53
70
0
29
0
0.87
10545295--10545347
20
2.7
19
88
5
72
9
45
22
22
1.81
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
10555534--10555628
42
2.2
42
79
5
102
30
23
17
28
1.97
10564801--10564930
40
3.3
39
76
8
136
23
27
23
24
2.00
10564817--10564968
40
3.8
40
78
6
148
22
26
23
27
1.99
10564817--10564966
80
1.9
80
83
8
198
22
26
24
27
1.99
10567720--10567887
40
4.2
40
80
12
175
23
21
28
26
1.99
10567720--10567887
80
2.1
79
86
4
230
23
21
28
26
1.99
10576173--10576340
40
4.2
40
80
12
175
23
22
27
26
1.99
10576173--10576340
80
2.1
79
86
4
230
23
22
27
26
1.99
10594310--10594351
20
2.1
20
86
8
59
35
21
21
21
1.96
10594345--10594434
47
1.9
47
100
0
180
25
26
15
32
1.96
10595408--10595553
43
3.4
43
76
9
147
27
23
20
28
1.99
10598872--10599323
225
2.0
225
93
0
771
29
13
20
35
1.92
10601790--10601823
16
2.1
16
88
0
50
50
5
14
29
1.67
10602032--10602085
7
7.7
7
91
0
72
1
9
25
62
1.35
10608420--10608488
28
2.5
28
92
2
113
18
10
26
44
1.81
10610279--10610322
19
2.4
18
85
7
54
40
9
0
50
1.34
10614596--10614687
29
3.1
29
84
1
112
33
19
20
26
1.96
10620385--10620435
21
2.4
21
74
6
50
58
15
0
25
1.37
10628099--10628242
3
47.7
3
69
9
60
26
9
4
59
1.48
10628096--10628142
15
2.9
15
87
12
67
27
0
2
70
0.99
10628333--10628374
20
2.0
21
90
4
68
19
4
2
73
1.12
10628379--10628417
15
2.6
14
84
8
51
28
15
0
56
1.40
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
10639694--10639987
45
6.6
45
72
6
177
31
19
23
25
1.98
10639707--10639993
134
2.1
133
79
6
294
32
19
24
24
1.98
10641336--10641524
3
63.7
3
71
6
107
26
6
5
61
1.42
10641616--10641657
20
2.0
21
90
4
68
19
4
2
73
1.12
10641662--10641700
15
2.6
14
84
8
51
28
15
0
56
1.40
10644632--10644660
13
2.1
14
93
6
51
55
0
3
41
1.17
10645133--10645168
15
2.4
15
95
0
63
30
11
2
55
1.49
10646306--10646348
6
7.2
6
91
0
68
16
65
18
0
1.28
10648247--10648299
25
2.1
25
92
0
88
28
9
3
58
1.47
10649244--10649279
18
2.1
18
89
5
56
63
16
19
0
1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292