Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   

This is table  57  of  292  ( 35004 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
16798352--16798379
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0
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0
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1
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2.8
123
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30
1.91
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6.1
40
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294
27
26
20
24
1.99
16813662--16814000
123
2.8
123
95
0
597
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25
11
30
1.91
16818120--16818153
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50
50
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0
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0
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63
0
0
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2.1
27
84
6
73
67
0
0
32
0.91
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2.4
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2.0
44
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0
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19
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18
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28
18
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1.9
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4
277
28
29
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23
23
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1.99
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3.9
75
89
1
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23
22
23
30
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
16868320--16868429
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43
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2
195
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26
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30
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11
4.3
11
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60
22
18
16
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1.90
16873776--16873819
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2.0
22
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18
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1.86
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0
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22
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20
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30
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30
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42
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13
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408
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18
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785
30
16
19
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1.94
16900420--16901030
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147
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2
775
30
16
19
33
1.94
16900440--16901030
221
2.7
222
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16
20
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1.8
179
84
5
458
28
17
18
34
1.94
16900936--16901292
91
4.0
89
80
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27
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17
36
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1.9
102
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286
27
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16
40
1.89
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2.3
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80
6
206
30
15
18
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1.69
16902768--16902884
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4.7
26
68
15
77
37
5
3
53
1.40
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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17
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0
0
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2.3
23
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0
0
52
1.00
16910328--16910366
17
2.4
16
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51
51
0
2
46
1.14
16915040--16915140
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114
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11
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1.97
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18
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2.0
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1.05
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0.99
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17
2.4
17
87
8
55
20
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0
75
0.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
16971008--16971049
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19
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14
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13
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38
1.78
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18
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66
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23
1.28
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65
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1.22
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10
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2
4
29
1.28
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29
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65
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1
1
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1.21
16979104--16979154
25
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25
85
7
68
56
7
7
27
1.55
16979748--16979818
35
2.0
35
100
0
142
25
16
16
40
1.90
16984784--16984827
23
1.9
23
86
9
63
50
0
20
29
1.49
16984997--16985045
21
2.3
20
83
13
55
75
2
14
8
1.12
16985078--16985102
12
2.1
12
100
0
50
76
0
24
0
0.80
16994127--16994196
27
2.5
28
81
2
97
31
22
11
34
1.90
17003999--17004104
55
1.9
55
88
0
158
19
24
33
21
1.97
17008206--17008308
37
2.8
37
93
0
170
24
30
20
25
1.99
17008449--17008785
48
6.9
48
93
4
584
30
29
6
33
1.83
17008449--17008777
150
2.2
150
95
3
589
29
28
6
34
1.84
17011830--17012267
143
3.1
143
98
0
858
21
10
28
39
1.86
17012750--17012881
29
4.6
29
85
0
147
29
15
30
25
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
17021496--17021536
22
2.0
21
86
13
59
56
0
0
43
0.99
17022581--17022698
39
3.0
39
89
0
164
23
27
21
27
1.99
17028422--17028539
39
3.0
39
89
0
173
23
25
21
29
1.99
17033982--17034015
13
2.6
13
90
9
52
23
2
17
55
1.55
17033986--17034015
13
2.2
14
94
5
53
23
3
16
56
1.55
17035175--17035252
27
2.9
26
84
7
93
12
21
21
43
1.86
17035205--17035264
27
2.2
27
81
0
66
18
30
16
35
1.93
17035269--17035397
45
2.9
45
84
0
168
27
17
12
41
1.86
17041487--17041571
21
4.0
21
81
0
89
41
16
23
18
1.90
17041797--17041827
2
16.0
2
93
6
55
51
0
0
48
1.00
17058393--17058550
29
5.4
30
86
9
202
27
24
13
34
1.92
17058393--17058521
59
2.2
57
91
5
206
27
24
13
35
1.92
17064299--17064518
40
5.6
40
83
3
259
24
26
24
25
2.00
17064299--17064518
79
2.8
78
84
4
255
24
26
24
25
2.00
17069530--17069562
16
2.1
16
94
0
57
24
6
15
54
1.63
17070498--17070547
17
3.0
17
72
16
50
30
4
12
54
1.55
17070726--17070783
29
2.0
29
86
0
80
63
1
1
32
1.14
17070743--17070784
20
2.0
21
90
4
68
66
2
0
30
1.04
17081892--17081954
26
2.3
26
81
5
72
60
3
3
33
1.28
17082172--17082221
3
16.7
3
100
0
100
68
0
0
32
0.90
17083697--17083793
45
2.2
45
83
7
117
27
23
18
29
1.98
17083444--17084215
176
4.4
176
88
1
1127
29
23
20
27
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
17083444--17084215
353
2.2
354
88
2
1160
29
23
20
27
1.99
17089302--17089331
11
2.7
11
89
0
51
6
43
0
50
1.28
17096360--17096402
22
2.0
22
86
4
61
65
2
0
32
1.06
17096662--17096712
3
17.0
3
100
0
102
66
0
0
33
0.92
17097852--17097889
18
2.2
18
90
9
62
71
2
5
21
1.19
17101808--17101953
42
3.3
42
81
8
159
29
25
15
30
1.95
17101917--17102065
47
3.1
48
75
10
92
31
24
16
28
1.96
17101951--17101982
16
2.0
16
93
0
55
31
31
15
21
1.95
17110953--17111128
46
3.8
46
80
12
225
21
21
28
28
1.98
17110950--17111120
93
1.8
93
96
0
315
21
21
29
28
1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292