genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.271.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  271  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77873660--77873715	18	3.3	17	83	11	62	60	0	0	39	0.97
77874133--77874248	51	2.3	51	80	0	133	39	6	12	41	1.68
77876937--77877052	51	2.3	51	80	0	133	39	6	12	41	1.68
77877761--77877928	94	1.8	91	91	6	275	32	17	13	35	1.89
77878239--77878278	21	1.9	21	89	0	62	30	25	20	25	1.99
77879730--77879765	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
77879717--77879757	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
77879880--77880014	39	3.4	38	73	8	101	28	28	20	23	1.99
77880254--77880341	18	4.6	18	68	19	61	47	12	1	38	1.49
77884283--77884330	21	2.3	21	96	0	87	20	20	58	0	1.40
77884624--77884720	43	2.2	44	85	3	126	23	19	23	32	1.97
77885052--77885101	20	2.6	19	80	20	59	52	12	0	36	1.39
77885062--77885101	20	2.0	20	90	9	64	50	12	0	37	1.41
77885766--77885798	17	1.9	18	88	11	52	78	3	3	15	0.99
77888679--77888721	22	1.9	23	85	4	61	62	2	0	34	1.08
77888695--77888740	17	2.8	17	75	15	51	67	0	0	32	0.91
77890403--77890427	6	4.2	6	100	0	50	20	0	0	80	0.72
77890424--77890461	7	5.4	7	100	0	76	39	0	0	60	0.97
77894782--77894833	3	17.3	3	100	0	104	67	0	0	32	0.91
77903664--77903907	121	2.0	120	95	0	443	35	22	7	34	1.82
77903995--77904070	21	3.4	21	71	18	64	50	1	1	47	1.18
77903997--77904051	24	2.3	24	78	15	60	54	1	0	43	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77909366--77909408	15	2.8	16	82	13	54	41	6	2	48	1.43
77923968--77924004	2	18.5	2	100	0	74	0	48	0	51	1.00
77938724--77938799	28	2.7	27	75	15	73	32	17	0	50	1.46
77938752--77938803	21	2.5	20	81	9	68	36	13	0	50	1.42
77938838--77938867	15	1.9	16	93	6	53	16	10	6	66	1.41
77940620--77940653	7	4.9	7	100	0	68	14	41	0	44	1.45
77940905--77941020	20	5.8	20	72	6	92	39	13	5	41	1.67
77940925--77941020	40	2.4	40	80	0	102	39	13	4	42	1.64
77940925--77941062	60	2.3	61	81	5	156	36	15	5	42	1.70
77941103--77941140	20	1.9	20	88	0	58	44	18	0	36	1.50
77941253--77941321	20	3.5	19	75	9	59	40	20	2	36	1.67
77941420--77941465	19	2.4	19	89	7	67	45	23	0	30	1.53
77941764--77941951	20	9.3	20	73	9	157	38	18	4	38	1.71
77941764--77941951	61	3.1	58	75	6	169	38	18	4	38	1.71
77941764--77941951	81	2.3	81	95	0	331	38	18	4	38	1.71
77962099--77962143	21	2.0	23	87	8	67	55	4	6	33	1.46
77962370--77962400	13	2.3	14	94	5	55	51	6	0	41	1.27
77962436--77962483	21	2.2	22	85	10	64	66	2	0	31	1.03
77963511--77963583	23	3.2	23	88	1	103	8	4	54	32	1.49
77963574--77963622	15	3.3	15	91	0	80	18	6	34	40	1.75
77964421--77964454	13	2.6	13	85	0	50	67	2	8	20	1.31
77964457--77964852	71	5.5	71	83	5	456	30	21	16	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77964457--77964860	146	2.8	143	87	4	544	30	21	17	30	1.96
77965758--77965783	1	26.0	1	100	0	52	0	0	0	100	0.00
77987183--77987227	13	3.4	13	84	6	63	15	11	4	68	1.34
77987184--77987221	14	2.8	13	88	7	58	15	13	5	65	1.43
77987115--77987490	100	3.9	98	80	9	409	27	17	17	38	1.92
77987397--77987825	146	2.9	146	85	6	562	31	15	18	33	1.93
77987397--77987849	74	6.2	74	84	6	539	30	15	19	34	1.93
77987397--77987855	220	2.1	219	89	3	710	30	15	18	34	1.93
77987926--77987958	14	2.4	14	94	0	57	18	12	6	63	1.48
77987824--77988310	87	5.3	90	75	12	341	27	15	17	39	1.90
77987762--77988364	87	6.7	84	73	16	317	28	15	17	38	1.90
77987781--77988110	178	1.8	179	82	7	420	29	16	18	35	1.93
77988022--77988212	102	1.9	103	86	8	282	28	14	17	40	1.88
77989001--77989054	18	3.3	18	66	28	57	24	50	7	18	1.72
77988991--77989089	30	3.3	30	95	0	180	26	50	6	17	1.69
77989571--77989617	15	3.2	15	73	14	53	36	2	0	61	1.08
77989580--77989638	29	2.0	29	81	12	68	35	5	1	57	1.31
77989568--77989705	23	5.7	25	69	13	83	34	5	2	57	1.32
77989664--77989773	29	4.0	28	71	15	88	29	6	4	60	1.42
77989724--77989786	25	2.5	24	84	7	72	30	4	6	58	1.43
77989847--77989902	25	2.3	24	79	14	62	37	16	3	42	1.65
77992070--77992107	19	2.0	19	89	0	58	39	0	5	55	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77992086--77992133	24	2.0	24	87	0	69	43	0	0	56	0.99
77992115--77992164	19	2.5	20	81	12	59	36	2	2	60	1.20
77993278--77993313	2	18.0	2	88	0	54	47	2	0	50	1.15
77993582--77993683	51	2.0	51	100	0	204	39	21	11	27	1.88
77996712--77996754	17	2.5	17	82	17	54	30	6	2	60	1.35
78001541--78001693	43	3.6	43	81	2	182	35	23	12	28	1.91
78003482--78003510	12	2.3	13	88	11	51	24	24	0	51	1.48
78006653--78006706	20	2.7	21	80	5	58	35	0	9	55	1.32
78006729--78006800	22	3.2	21	67	11	54	45	4	6	43	1.50
78008433--78008463	2	15.5	2	93	0	53	0	45	0	54	0.99
78010975--78011091	39	3.0	39	87	1	146	27	19	28	24	1.99
78018592--78018709	39	3.0	39	87	0	155	27	19	27	25	1.99
78023178--78023212	15	2.3	15	95	0	61	77	0	0	22	0.78
78027880--78027911	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
78028009--78028132	61	2.0	61	85	3	169	33	9	4	51	1.56
78033020--78033216	105	1.9	105	95	0	358	49	6	5	39	1.50
78045266--78045295	13	2.3	13	94	0	51	0	20	0	80	0.72
78047582--78047627	24	1.9	24	82	8	58	39	6	6	47	1.55
78047878--78047995	57	2.1	57	98	0	227	28	16	18	36	1.92
78049885--78049950	33	2.0	33	100	0	132	33	9	18	39	1.82
78059935--78059963	8	3.6	8	100	0	58	37	0	0	62	0.96
78059976--78060026	5	10.2	5	87	8	77	39	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78061301--78061357	15	3.9	15	88	2	89	35	0	12	52	1.39
78061729--78061815	21	4.0	23	80	10	92	14	21	25	37	1.92
78065980--78066220	47	5.1	47	94	0	401	26	28	10	34	1.90
78070188--78070213	6	4.3	6	100	0	52	46	15	19	19	1.85
78073276--78073310	15	2.3	15	90	9	54	88	2	8	0	0.61
78073306--78073342	17	2.3	17	90	9	60	59	35	0	5	1.20
78074150--78074179	11	2.7	11	89	0	51	40	0	0	60	0.97
78076032--78076061	14	2.1	14	93	0	51	30	13	16	40	1.87
78076376--78076419	21	2.0	22	83	12	56	13	9	0	77	0.99
78077851--78077881	11	2.8	11	95	0	53	0	45	0	54	0.99
78078339--78078387	22	2.1	23	82	14	57	34	8	2	55	1.41
78078531--78078633	3	33.7	3	82	7	127	32	0	1	65	1.11
78078674--78078739	25	2.7	24	79	4	78	33	6	7	53	1.54
78078870--78078927	22	2.5	22	80	5	62	34	13	1	50	1.52
78079294--78079361	21	3.0	23	74	10	68	35	2	4	57	1.34
78079333--78079418	38	2.3	38	80	9	106	36	4	4	54	1.42
78083149--78083186	17	2.2	18	85	4	51	0	23	5	71	1.07
78090768--78090818	24	2.2	24	82	10	61	37	1	1	58	1.20
78090895--78090974	41	2.0	41	87	0	115	31	30	8	30	1.87
78091018--78091059	20	2.1	20	100	0	84	45	7	14	33	1.72
78091018--78091074	20	2.7	20	89	8	69	43	7	14	35	1.72
78102531--78102587	24	2.4	24	80	8	73	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78103409--78103469	30	2.0	31	83	3	79	52	1	8	37	1.41
78108822--78108848	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
78121119--78121179	29	2.1	30	84	9	81	57	4	0	37	1.20
78121885--78121946	27	2.1	27	85	11	79	40	0	0	59	0.97
78122442--78122515	27	2.8	25	85	6	85	39	9	10	40	1.73
78125785--78125825	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
78129428--78129452	13	1.9	13	100	0	50	32	0	4	64	1.12
78129712--78129751	19	2.0	20	85	4	55	70	5	0	25	1.08
78132221--78132271	25	2.0	26	96	3	95	27	5	15	50	1.67
78136561--78136668	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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