genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.54.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  54  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15801355--15801396	19	2.2	19	87	8	59	47	0	9	42	1.36
15812422--15812468	23	2.0	23	100	0	94	46	4	12	36	1.62
15813155--15813201	9	5.3	9	79	5	51	55	12	10	21	1.67
15813161--15813202	18	2.4	17	84	7	57	54	14	9	21	1.68
15814346--15814397	21	2.5	21	83	0	68	65	3	13	17	1.41
15817056--15817125	27	2.5	28	83	2	88	31	27	14	27	1.95
15817133--15817239	42	2.5	42	96	0	196	22	33	14	28	1.94
15820328--15820358	16	2.0	16	93	6	55	80	6	0	12	0.89
15826626--15826773	40	3.8	38	74	8	111	28	22	26	22	1.99
15834714--15834897	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
15834754--15834942	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
15840340--15840563	40	5.6	40	83	6	258	25	24	27	23	2.00
15840340--15840599	79	3.3	80	83	4	312	25	24	26	23	2.00
15840340--15840599	119	2.2	119	83	7	314	25	24	26	23	2.00
15848493--15848717	40	5.6	40	83	5	258	25	24	27	23	2.00
15848493--15848753	80	3.3	80	83	3	312	25	24	26	23	2.00
15848493--15848753	120	2.2	120	83	6	325	25	24	26	23	2.00
15856999--15857251	129	2.0	129	94	0	443	28	25	16	29	1.97
15864427--15864590	71	2.3	71	97	0	310	34	18	28	18	1.95
15872941--15872998	25	2.3	25	90	0	89	34	20	13	31	1.92
15874582--15874719	40	3.5	40	92	3	217	23	27	23	25	2.00
15878871--15878913	20	2.1	21	83	12	54	41	16	0	41	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15881543--15881767	40	5.6	40	82	2	263	24	27	23	25	2.00
15881507--15881767	80	3.3	80	81	3	285	24	26	22	25	2.00
15884821--15884938	56	2.1	58	82	6	143	28	19	5	45	1.73
15886794--15886830	19	1.9	19	100	0	74	54	10	10	24	1.67
15887532--15887639	26	4.2	26	89	0	162	32	7	23	37	1.82
15894605--15894712	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
15900175--15900383	80	2.6	80	80	3	215	43	10	9	36	1.71
15902172--15902200	14	2.0	15	93	6	51	31	0	0	68	0.89
15909344--15909477	67	2.0	67	98	0	259	32	20	17	29	1.96
15913856--15913880	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
15917410--15917447	13	2.8	13	92	4	58	42	0	13	44	1.43
15918055--15918091	16	2.3	16	100	0	74	13	24	10	51	1.73
15921627--15921663	14	2.8	13	88	11	58	21	5	10	62	1.48
15924926--15925026	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
15924955--15925030	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
15926779--15926829	26	2.0	26	100	0	102	41	15	0	43	1.47
15931955--15932020	19	3.2	21	87	6	64	36	19	9	34	1.84
15931972--15932069	19	5.2	19	90	7	155	35	17	9	37	1.82
15931992--15932063	36	2.0	36	97	0	135	36	15	9	38	1.80
15931972--15932079	36	2.9	35	75	20	103	36	16	9	37	1.81
15932192--15932229	6	6.7	6	82	11	53	15	0	0	84	0.63
15932192--15932228	11	3.4	11	92	7	58	16	0	0	83	0.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15932192--15932229	17	2.2	17	90	9	60	15	0	0	84	0.63
15938469--15938599	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
15938468--15938599	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
15946425--15946555	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
15946424--15946555	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
15971207--15971356	49	3.0	49	97	0	273	34	8	26	31	1.85
15972928--15973003	29	2.6	29	82	0	89	25	34	18	22	1.96
15972988--15973059	29	2.5	29	95	0	126	29	30	11	29	1.91
15980694--15980922	50	4.6	50	82	2	262	31	26	17	24	1.97
15987569--15987702	60	2.2	63	78	9	143	29	24	17	28	1.98
15989215--15989269	25	2.3	23	76	14	58	65	0	32	1	1.03
15992061--15992119	22	2.7	22	84	5	66	49	6	37	6	1.56
15992222--15992355	41	3.3	41	78	2	144	23	23	17	35	1.95
15994668--15994761	43	2.2	43	84	3	118	31	26	14	26	1.95
15994884--15994933	26	1.9	26	95	0	91	56	8	2	34	1.40
15997735--15997900	43	3.9	43	75	9	151	28	14	25	31	1.95
16005132--16005326	61	3.0	68	72	15	201	40	3	6	50	1.44
16006960--16006996	18	2.0	19	89	5	58	27	18	10	43	1.83
16011784--16011847	31	2.1	31	90	0	101	23	25	15	35	1.94
16012039--16012181	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99
16012039--16012180	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
16012038--16012181	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16012231--16012291	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
16012334--16012381	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
16020029--16020253	124	1.8	124	86	1	326	30	10	24	35	1.88
16020248--16020377	40	3.2	40	82	4	156	22	24	29	23	1.99
16023195--16023257	31	2.1	31	90	3	101	23	23	15	36	1.94
16023448--16023590	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99
16023448--16023589	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
16023447--16023590	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
16023640--16023700	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
16023743--16023790	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
16031875--16031904	14	2.1	15	93	6	53	13	10	13	63	1.52
16042132--16042376	49	4.9	49	81	4	258	29	26	17	26	1.98
16046865--16046930	33	2.0	33	88	5	98	30	25	4	39	1.76
16049139--16049215	38	2.0	39	89	2	120	33	23	9	33	1.86
16049638--16049679	21	2.0	21	95	0	75	28	9	16	45	1.79
16049890--16049933	22	1.9	24	86	9	65	38	15	2	43	1.60
16054401--16054508	45	2.5	45	77	8	109	25	17	27	29	1.97
16057757--16057811	20	2.7	19	72	10	56	49	12	7	30	1.68
16062520--16062579	27	2.2	28	81	3	68	26	11	20	41	1.86
16062532--16062600	28	2.5	28	95	2	122	18	10	26	44	1.81
16066005--16066037	16	2.1	16	100	0	66	45	24	12	18	1.83
16076146--16076263	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16076114--16076277	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
16083604--16083772	71	2.4	71	97	0	320	36	17	27	18	1.93
16085442--16085603	43	3.8	42	80	9	168	21	20	27	30	1.98
16092136--16093346	604	2.0	605	90	2	1887	47	20	12	19	1.82
16094967--16095094	40	3.2	40	79	2	123	24	25	21	28	1.99
16102856--16102983	40	3.2	40	79	2	123	24	25	21	28	1.99
16114625--16114796	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
16114617--16114792	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
16117152--16117240	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
16117152--16117231	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
16117163--16117240	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
16120183--16120354	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
16120175--16120350	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
16123526--16123749	40	5.6	39	80	4	220	25	21	27	25	1.99
16123525--16123747	79	2.8	80	80	6	247	26	21	26	25	1.99
16123613--16123772	79	2.0	78	83	8	200	26	21	26	25	2.00
16134333--16134472	45	3.1	45	94	0	244	29	27	20	23	1.99
16137177--16137215	6	6.5	6	96	0	60	25	38	0	35	1.56
16139275--16139391	58	2.0	58	93	0	198	39	22	11	27	1.88
16141058--16141336	48	5.9	48	72	11	182	25	20	26	28	1.99
16146031--16146084	26	2.1	26	100	0	108	24	24	29	22	1.99
16146057--16146154	40	2.5	40	82	12	121	23	26	28	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16146085--16146186	40	2.5	40	85	0	123	23	25	28	22	1.99
16154143--16154286	40	3.6	39	79	4	137	24	24	28	22	2.00
16154142--16154295	80	1.9	81	81	4	186	22	24	29	23	1.99
16158568--16158668	40	2.5	40	83	1	114	23	24	28	22	1.99
16166628--16166662	18	1.9	18	100	0	70	37	22	28	11	1.89
16166647--16166740	40	2.3	40	83	0	107	24	24	27	23	2.00
16171101--16171131	15	2.1	15	100	0	62	45	6	12	35	1.68
16173128--16173309	40	4.6	39	81	8	208	26	26	21	25	1.99
16173128--16173309	78	2.3	81	84	8	232	26	26	21	25	1.99
16181226--16181410	79	2.3	82	85	7	247	26	28	22	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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