genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.126.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  126  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37549908--37549950	22	2.0	22	86	9	61	34	0	20	44	1.52
37551995--37552074	29	2.7	29	75	9	81	50	11	8	30	1.68
37552197--37552251	3	19.3	3	78	10	53	67	0	30	1	1.01
37552197--37552252	11	4.7	11	79	14	58	67	0	30	1	1.01
37552206--37552247	13	3.1	14	86	10	52	66	0	30	2	1.04
37552203--37552251	14	3.5	14	81	15	57	67	0	30	2	1.02
37554100--37554257	68	2.3	67	96	0	271	31	15	29	24	1.95
37554134--37554331	68	2.9	67	83	8	174	33	16	29	21	1.95
37556866--37557016	39	3.8	39	88	0	221	25	19	30	24	1.98
37563642--37563849	40	5.2	39	84	1	227	25	25	22	26	2.00
37563642--37563849	80	2.6	80	83	1	256	25	25	22	26	2.00
37567132--37567283	39	3.9	39	91	1	234	24	20	31	23	1.98
37567133--37567302	78	2.2	78	88	2	243	24	21	30	23	1.99
37571584--37571759	46	3.8	48	78	18	171	27	28	21	22	1.99
37571592--37571759	92	1.9	89	91	3	273	27	29	21	22	1.99
37571633--37571774	46	3.1	46	71	20	134	29	27	20	22	1.98
37574130--37574218	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
37574130--37574209	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
37574141--37574218	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
37577120--37577290	46	3.8	45	80	15	185	28	28	20	22	1.98
37577169--37577310	46	3.1	46	71	21	127	30	27	19	22	1.98
37583436--37583593	68	2.3	68	94	0	280	31	13	29	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37583470--37583667	68	2.9	68	83	7	183	34	15	28	22	1.94
37586173--37586326	39	3.9	39	83	0	173	25	31	19	24	1.98
37594111--37594304	40	4.9	39	87	1	253	24	31	20	23	1.98
37596679--37597041	24	15.1	24	95	0	645	36	25	17	20	1.94
37604643--37604957	24	13.1	24	96	0	558	36	25	17	20	1.94
37608427--37608463	18	2.1	18	94	0	65	24	24	24	27	2.00
37614072--37614167	29	3.2	29	76	7	95	23	8	18	48	1.75
37614438--37614587	43	3.5	43	93	0	255	24	31	22	22	1.98
37617734--37617764	16	1.9	16	93	0	53	41	19	22	16	1.89
37618353--37618396	14	3.0	14	90	6	61	20	0	2	77	0.88
37618363--37618396	7	4.9	7	92	0	59	14	0	0	85	0.60
37618984--37619070	22	4.0	22	68	10	54	45	28	0	25	1.53
37619045--37619071	14	1.9	14	100	0	54	44	33	0	22	1.53
37619228--37619265	7	5.4	7	87	0	58	28	55	0	15	1.41
37619474--37619560	41	2.2	40	85	2	111	65	6	4	22	1.36
37619751--37619915	40	4.1	40	94	0	249	20	21	21	35	1.96
37619941--37619966	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
37620307--37620342	17	2.1	18	94	5	65	44	16	5	33	1.71
37624333--37624435	37	2.8	37	90	0	170	25	31	19	24	1.98
37624584--37625432	48	17.7	48	96	0	1459	30	28	6	35	1.82
37627633--37627686	20	2.7	20	91	0	81	22	12	29	35	1.91
37634991--37635052	28	2.3	26	89	8	97	19	9	29	41	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37634991--37635058	27	2.5	28	92	4	113	19	10	27	42	1.83
37636874--37636917	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
37639283--37639344	28	2.3	26	89	8	97	19	9	29	41	1.83
37639283--37639350	27	2.5	28	92	4	113	19	10	27	42	1.83
37641162--37641205	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
37647503--37647567	29	2.2	29	94	0	121	24	27	18	29	1.98
37648060--37648089	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
37653203--37653375	47	3.7	47	92	0	274	29	30	6	32	1.84
37653278--37653353	22	3.3	22	67	16	64	27	31	10	30	1.90
37659284--37659348	29	2.2	29	94	0	121	24	27	18	29	1.98
37659842--37659869	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
37665354--37665412	30	1.9	31	86	3	84	49	3	18	28	1.64
37668931--37668978	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
37669021--37669079	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
37669025--37669079	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
37669129--37669247	47	2.5	48	89	8	172	27	21	24	26	1.99
37669129--37669247	24	5.0	24	84	9	154	27	21	24	26	1.99
37669438--37669540	31	3.1	31	78	17	125	39	15	21	23	1.91
37669456--37669563	38	2.8	38	94	1	189	39	14	22	23	1.91
37677257--37677304	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
37677348--37677386	20	2.0	20	100	0	78	38	10	20	30	1.86
37677437--37677491	24	2.3	23	90	3	92	30	21	25	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37679896--37680228	40	8.3	40	89	0	459	24	26	21	28	1.99
37688051--37688269	40	5.4	40	86	0	258	23	25	23	27	2.00
37690574--37690685	46	2.5	45	85	2	143	36	18	24	20	1.95
37690724--37690799	25	3.2	25	62	27	65	44	14	19	21	1.86
37690660--37690976	46	6.9	46	89	2	440	41	14	22	21	1.89
37691059--37691128	13	5.3	13	70	1	50	35	1	25	37	1.65
37691030--37691234	102	2.0	102	98	0	392	37	5	21	35	1.77
37691549--37691595	24	2.0	23	91	4	76	10	4	36	48	1.57
37693523--37693581	30	1.9	31	86	3	84	47	3	20	28	1.66
37693835--37693859	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
37698415--37698503	27	3.3	27	80	7	101	20	21	19	39	1.93
37699784--37699813	12	2.5	12	100	0	60	23	16	50	10	1.75
37704376--37704418	18	2.3	19	84	15	63	16	6	27	48	1.71
37706214--37706298	27	3.2	26	86	5	116	17	21	21	40	1.92
37709164--37709212	25	2.0	25	83	0	62	36	6	14	42	1.70
37712577--37712610	15	2.3	15	94	0	59	26	20	17	35	1.95
37712647--37712681	12	2.9	12	86	0	52	68	0	17	14	1.21
37717337--37717497	38	4.2	38	87	3	207	29	25	23	21	1.99
37719517--37719639	49	2.5	48	84	6	142	22	28	19	29	1.98
37722016--37722130	27	4.3	26	85	5	140	36	22	23	17	1.95
37722016--37722130	54	2.1	54	85	3	160	36	22	23	17	1.95
37723748--37723857	26	4.2	26	97	0	184	36	24	5	33	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37725746--37725961	40	5.4	40	92	1	346	25	28	21	25	1.99
37729922--37730099	38	4.6	40	79	8	125	23	26	25	24	2.00
37729957--37730099	38	3.6	39	84	8	182	22	26	25	25	2.00
37737986--37738130	40	3.6	40	86	4	202	22	26	25	25	2.00
37740129--37740273	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
37747868--37748028	29	5.6	29	82	1	162	24	16	33	25	1.96
37752368--37752522	39	3.9	39	93	0	265	24	32	20	22	1.98
37760304--37760466	39	4.2	39	93	0	272	24	32	20	22	1.98
37761163--37761190	13	2.2	13	100	0	56	25	35	7	32	1.83
37762453--37762562	40	2.7	41	86	8	138	20	30	26	22	1.99
37766599--37766626	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
37771341--37771365	13	1.9	13	100	0	50	32	4	0	64	1.12
37773292--37773534	49	4.9	50	83	2	274	26	18	25	29	1.98
37773289--37773567	150	1.9	150	85	3	391	27	17	25	28	1.98
37779214--37779363	43	3.5	43	77	3	160	32	23	16	28	1.96
37779194--37779362	43	4.0	42	77	6	144	33	23	15	27	1.95
37781353--37781405	27	2.0	26	89	7	81	56	7	15	20	1.63
37783272--37783479	40	5.2	40	84	0	218	25	22	25	25	2.00
37783273--37783479	80	2.6	80	83	4	247	25	22	26	25	2.00
37788356--37788529	48	3.6	48	85	1	224	22	30	20	26	1.98
37788356--37788532	96	1.8	96	89	2	275	22	30	20	25	1.98
37788822--37788859	7	5.4	7	87	0	58	15	0	34	50	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37788822--37788864	21	2.0	21	95	0	77	16	0	34	48	1.46
37792206--37792516	39	8.0	39	94	0	514	22	26	28	22	1.99
37795714--37795777	30	2.1	30	88	5	94	21	34	21	21	1.97
37796561--37796734	48	3.6	48	85	1	224	22	30	20	26	1.98
37796561--37796737	96	1.8	96	89	2	275	22	30	20	25	1.98
37797027--37797064	7	5.4	7	87	0	58	15	0	34	50	1.45
37797027--37797069	21	2.0	21	95	0	77	16	0	34	48	1.46
37800410--37800720	39	8.0	39	94	0	514	22	26	28	22	1.99
37803917--37803980	30	2.1	30	88	5	94	21	34	21	21	1.97
37804764--37804937	48	3.6	48	85	1	224	22	30	20	26	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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