genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.242.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  242  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70287138--70287394	79	3.3	77	82	6	266	34	17	17	29	1.94
70287235--70287860	170	3.8	167	86	7	811	30	20	18	29	1.97
70287295--70287467	93	1.9	93	83	2	231	31	17	21	28	1.97
70287181--70287860	323	2.1	312	79	12	732	31	20	18	30	1.96
70287398--70287860	74	5.9	75	73	15	300	30	21	18	30	1.97
70287569--70287860	74	3.9	74	86	6	406	30	23	16	29	1.96
70287569--70287860	151	1.9	153	90	2	471	30	23	16	29	1.96
70287829--70287934	54	1.9	54	87	9	153	37	18	15	28	1.91
70287788--70288312	140	3.9	140	92	4	812	37	20	16	25	1.93
70287969--70288074	54	1.9	54	85	9	144	37	19	15	27	1.92
70288066--70288405	126	2.8	122	88	4	495	40	20	14	24	1.90
70288284--70288458	71	2.5	70	85	3	219	34	22	14	28	1.93
70296727--70296762	12	3.0	12	95	0	63	41	5	25	27	1.77
70298389--70298490	37	2.6	38	75	20	95	57	4	4	32	1.41
70298507--70298536	13	2.3	13	94	0	51	63	10	0	26	1.26
70298537--70298589	25	2.1	25	83	13	65	56	5	3	33	1.41
70298679--70298745	35	1.9	35	82	14	86	52	0	7	40	1.30
70299258--70299306	23	2.2	23	96	3	91	4	0	26	69	1.06
70310444--70310488	18	2.6	17	78	3	54	48	2	2	46	1.26
70310643--70310696	24	2.2	25	77	9	58	40	3	1	53	1.29
70315483--70315516	17	2.0	17	100	0	68	47	11	11	29	1.76
70317372--70317401	9	3.4	9	95	4	53	90	0	0	10	0.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70321010--70321085	35	2.2	34	90	6	127	43	7	9	39	1.66
70321018--70321089	35	2.1	35	100	0	144	44	8	8	38	1.65
70330069--70330255	96	1.9	96	81	4	225	13	31	18	36	1.90
70339702--70339728	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
70347775--70348262	46	10.6	46	89	0	710	40	14	23	21	1.90
70349590--70349618	11	2.5	12	94	5	51	0	27	0	72	0.85
70349697--70349760	28	2.4	26	80	14	78	50	1	3	45	1.27
70349759--70349808	17	2.8	17	78	6	55	32	18	8	42	1.79
70350750--70350787	18	2.1	18	95	0	67	26	36	15	21	1.93
70360056--70360208	77	2.0	78	89	3	238	49	6	11	32	1.65
70367031--70367162	40	3.3	40	85	0	174	30	13	21	34	1.92
70367133--70367284	78	1.9	78	89	0	232	32	15	20	32	1.93
70371929--70371969	14	2.6	16	85	11	50	58	0	4	36	1.20
70371934--70371971	11	3.6	11	86	6	53	60	0	2	36	1.11
70375840--70376050	46	4.6	46	87	1	280	40	13	25	20	1.89
70376348--70376380	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
70378645--70378782	40	3.4	40	73	10	109	26	15	29	27	1.96
70380234--70380431	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
70380300--70380417	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
70380268--70380431	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
70387804--70388001	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
70387870--70387987	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70387838--70388001	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
70391862--70391918	30	1.9	30	92	3	98	68	1	0	29	1.00
70391861--70391925	29	2.2	29	86	5	96	64	4	0	30	1.14
70392990--70393030	3	13.7	3	100	0	82	31	0	0	68	0.90
70404332--70404379	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
70409542--70409601	26	2.3	27	78	18	65	60	0	1	38	1.07
70411216--70411321	52	2.0	52	98	0	203	33	14	16	34	1.89
70414057--70414088	13	2.3	15	89	10	50	25	21	15	37	1.93
70434985--70435025	21	2.0	21	90	0	64	26	41	7	24	1.81
70441146--70441228	43	2.0	42	97	2	157	46	8	22	21	1.78
70441838--70441895	22	2.7	22	76	12	66	39	1	1	56	1.19
70443545--70443577	10	3.4	10	91	4	50	33	0	0	66	0.92
70452398--70452431	15	2.2	16	89	5	52	67	0	0	32	0.91
70472717--70472748	15	2.0	17	88	11	50	71	0	3	25	1.00
70484279--70484360	41	2.0	40	92	2	137	58	0	4	36	1.20
70486383--70486423	21	2.0	22	85	9	59	29	4	4	60	1.38
70489298--70489325	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
70490033--70490176	40	3.6	40	80	7	159	25	22	27	25	2.00
70490033--70490199	80	2.1	80	79	9	173	26	21	26	25	1.99
70496441--70496616	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
70496438--70496609	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
70500788--70500932	40	3.6	40	76	9	152	24	22	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70506482--70506641	52	3.1	52	80	4	187	25	19	26	28	1.99
70512430--70512611	46	4.0	46	90	1	258	40	14	23	21	1.91
70518435--70518464	2	15.0	2	100	0	60	0	0	50	50	1.00
70519229--70519294	31	2.2	31	86	2	89	43	0	4	51	1.22
70519542--70519578	20	1.9	20	88	5	58	37	0	0	62	0.96
70520767--70520818	24	2.2	24	89	0	77	42	19	19	19	1.90
70520977--70521026	25	2.0	25	96	0	91	40	30	6	24	1.79
70533181--70533238	29	2.0	29	100	0	116	37	41	6	13	1.72
70543103--70543449	3	115.0	3	69	13	153	58	3	7	30	1.41
70544508--70544587	38	2.1	37	88	2	115	12	1	40	46	1.50
70545133--70545258	64	2.0	64	91	0	207	33	22	17	26	1.96
70545197--70545509	75	4.2	75	90	1	439	34	17	15	31	1.92
70556036--70556268	3	77.3	3	70	14	110	60	1	5	32	1.28
70556455--70556774	3	106.0	3	74	10	242	60	2	6	31	1.34
70557654--70557733	38	2.1	37	86	2	106	13	1	40	45	1.52
70558715--70558822	45	2.4	45	83	8	125	26	26	23	23	2.00
70559153--70559263	43	2.6	43	94	0	186	30	31	25	12	1.93
70559267--70559408	75	1.9	76	94	1	250	28	26	23	21	1.99
70559256--70559408	38	4.1	38	91	1	245	29	26	22	20	1.99
70567527--70567551	7	3.6	7	100	0	50	76	0	0	24	0.80
70567635--70567738	8	12.2	8	70	16	50	35	3	1	58	1.27
70567695--70567735	17	2.5	16	85	14	57	31	2	2	63	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70585562--70585607	17	2.6	18	86	10	67	76	4	8	10	1.15
70585709--70585743	12	2.7	13	91	8	54	65	0	0	34	0.93
70585799--70586270	224	2.1	216	92	3	773	40	8	6	43	1.62
70586359--70586400	17	2.4	18	88	4	59	7	9	7	76	1.17
70589985--70590033	26	1.9	26	83	4	64	34	6	36	22	1.79
70592690--70592748	18	3.3	18	69	9	57	38	1	0	59	1.08
70593888--70593913	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
70594081--70594156	30	2.5	30	81	10	75	51	2	5	40	1.38
70594094--70594156	30	2.0	30	84	6	81	50	3	6	39	1.44
70594122--70594208	39	2.2	39	79	4	104	54	4	5	35	1.45
70594714--70594751	17	2.3	16	90	4	58	5	0	34	60	1.19
70594713--70594751	16	2.3	16	91	8	60	5	0	33	61	1.18
70594712--70594756	18	2.5	19	82	17	60	4	2	28	64	1.25
70594747--70594782	16	2.2	16	90	9	56	0	8	2	88	0.59
70594747--70594782	15	2.3	15	90	4	54	0	8	2	88	0.59
70595428--70596005	88	7.0	83	71	15	290	36	18	16	28	1.93
70595596--70595657	30	2.1	30	90	6	99	41	29	9	19	1.83
70595807--70596146	72	4.5	75	82	7	361	32	19	17	31	1.94
70596172--70596332	74	2.1	75	85	8	222	31	21	18	28	1.97
70596002--70596659	164	4.0	165	90	3	940	33	20	18	27	1.96
70596248--70596421	90	2.0	87	87	6	251	32	20	20	27	1.97
70596326--70596498	76	2.3	77	85	5	244	32	20	19	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70596478--70596512	14	2.5	14	90	0	52	57	5	20	17	1.60
70596488--70596943	72	6.3	72	71	12	319	37	21	16	25	1.94
70596943--70597206	70	3.7	71	83	4	347	37	22	14	25	1.92
70596943--70597206	71	3.7	69	83	4	330	37	22	14	25	1.92
70596781--70597373	257	2.3	257	94	2	1033	36	22	14	25	1.93
70604080--70604105	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
70604901--70604938	17	2.3	16	95	4	67	5	0	31	63	1.17
70604934--70604968	16	2.2	16	90	10	54	0	8	2	88	0.61
70609455--70609484	16	1.9	16	93	6	53	43	0	13	43	1.43
70610335--70610404	29	2.5	28	83	4	95	34	4	0	61	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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