genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  86  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26467249--26467278	16	1.9	15	93	6	51	43	3	20	33	1.68
26472146--26472177	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
26474925--26475055	28	4.6	28	74	7	95	25	35	16	23	1.95
26482803--26482872	29	2.6	29	84	8	94	24	32	17	25	1.96
26482749--26482872	26	4.6	28	76	8	96	25	35	16	22	1.95
26484513--26484808	50	5.9	50	75	5	229	27	16	24	31	1.96
26485995--26486022	14	2.0	14	100	0	56	50	14	7	28	1.69
26486651--26486840	42	4.5	41	72	10	152	27	27	19	25	1.99
26486692--26486838	41	3.5	40	73	17	138	25	27	20	26	1.99
26486646--26486842	85	2.3	85	89	1	299	27	27	19	24	1.99
26490102--26490160	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
26490106--26490160	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
26490211--26490329	24	5.0	24	88	5	170	28	21	22	26	1.99
26490211--26490329	47	2.5	48	89	5	170	28	21	22	26	1.99
26490521--26490584	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
26498109--26498156	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
26498200--26498258	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
26498204--26498258	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
26498309--26498427	24	5.0	24	88	5	170	28	21	22	26	1.99
26498309--26498427	47	2.5	48	89	5	170	28	21	22	26	1.99
26498617--26498680	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
26512389--26512518	58	2.2	58	89	2	190	26	14	32	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26512389--26512490	29	3.5	29	94	0	186	29	14	29	26	1.95
26521518--26521547	15	2.0	15	93	0	51	10	13	26	50	1.73
26523781--26523875	40	2.4	40	81	12	115	28	26	14	30	1.95
26524489--26524514	13	2.0	13	100	0	52	53	23	7	15	1.67
26537206--26537259	24	2.2	24	84	12	67	29	38	16	14	1.89
26546316--26546446	29	4.5	29	78	5	122	25	17	32	25	1.97
26553433--26553602	27	6.3	28	75	10	115	40	22	9	28	1.85
26553433--26553602	54	3.2	54	75	5	150	40	22	9	28	1.85
26553433--26553587	81	1.9	80	79	8	172	38	23	9	27	1.86
26553579--26554013	27	16.1	27	83	3	500	31	21	7	39	1.82
26555885--26556051	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
26557567--26557626	27	2.3	27	85	2	77	21	18	20	40	1.92
26559632--26559784	27	5.7	27	77	11	111	38	22	9	30	1.85
26559654--26559799	54	2.7	54	75	10	136	39	21	9	30	1.85
26559778--26560268	27	18.2	26	85	5	507	30	21	7	40	1.80
26559778--26560268	54	9.1	54	85	3	607	30	21	7	40	1.80
26559778--26560268	81	6.1	81	85	4	614	30	21	7	40	1.80
26560505--26560556	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
26560773--26560876	6	16.8	6	70	20	63	19	18	13	49	1.80
26560773--26560876	31	3.4	30	72	19	97	19	18	13	49	1.80
26560780--26560840	25	2.4	25	86	0	77	19	16	13	50	1.77
26560802--26560876	37	2.0	37	89	0	114	18	18	13	49	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26569644--26569697	28	1.9	28	100	0	108	25	22	3	48	1.67
26569647--26569703	28	2.2	25	84	12	71	26	22	3	47	1.67
26570514--26570700	55	3.5	53	84	5	232	20	25	18	35	1.96
26570759--26570844	45	1.9	45	90	0	136	17	25	22	34	1.95
26570849--26570934	44	2.0	44	88	0	127	27	19	12	39	1.88
26572700--26572848	40	3.7	40	89	1	201	24	21	27	26	1.99
26578812--26578926	20	5.8	20	72	0	104	35	19	24	20	1.95
26578841--26578929	40	2.2	40	84	7	119	37	21	22	19	1.95
26580036--26580277	48	5.0	48	89	0	313	26	16	27	28	1.97
26580044--26580310	48	5.6	48	86	2	270	28	16	27	27	1.97
26580033--26580310	144	1.9	144	83	4	364	27	16	28	28	1.97
26582574--26582619	18	2.6	18	85	0	65	50	10	17	21	1.77
26582996--26583167	27	6.4	27	92	0	281	38	20	15	24	1.92
26582966--26583167	81	2.5	81	90	0	305	39	20	15	24	1.91
26586980--26587124	43	3.4	43	85	5	143	31	22	16	29	1.96
26592391--26592491	28	3.5	28	87	4	130	28	12	27	30	1.93
26597009--26597157	43	3.5	43	77	5	133	28	25	17	28	1.97
26599623--26599648	12	2.2	12	100	0	52	38	23	7	30	1.83
26603940--26604046	28	3.8	28	92	0	160	29	25	10	34	1.89
26608971--26609156	57	3.2	57	90	2	293	29	34	17	18	1.94
26608971--26609127	29	5.4	29	69	4	120	29	35	17	17	1.93
26611122--26611223	28	3.6	28	91	0	159	29	23	10	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26616171--26616231	30	2.0	30	87	0	86	29	24	4	40	1.76
26620040--26620100	30	2.0	30	90	0	95	29	24	6	39	1.80
26623288--26623318	15	2.1	15	93	0	53	19	0	25	54	1.44
26623834--26623965	44	3.0	44	76	11	139	23	17	28	31	1.97
26623834--26623965	41	3.0	43	77	15	130	23	17	28	31	1.97
26628176--26628271	29	3.4	29	92	5	153	33	27	11	28	1.91
26635208--26635287	29	2.8	29	96	1	144	33	28	11	26	1.91
26635801--26635842	20	2.1	20	95	0	75	30	4	11	52	1.59
26638612--26638776	43	3.9	42	80	7	172	31	26	15	26	1.96
26641942--26642049	43	2.5	42	79	5	128	32	16	23	27	1.96
26645325--26645510	40	4.7	40	89	5	245	25	21	26	26	1.99
26645325--26645543	80	2.8	80	81	11	254	26	21	26	25	1.99
26653431--26653616	40	4.7	40	85	2	214	25	21	26	25	1.99
26666394--26666559	39	4.3	39	89	1	253	30	18	27	23	1.98
26666394--26666559	77	2.1	78	89	1	253	30	18	27	23	1.98
26672169--26672335	40	4.2	40	81	2	167	24	27	22	25	2.00
26672185--26672334	80	1.9	79	83	6	196	24	28	23	24	2.00
26673531--26673642	58	1.9	58	83	7	147	27	16	17	38	1.91
26676978--26677127	77	1.9	78	95	1	275	28	20	27	24	1.99
26676978--26677127	39	3.9	39	95	1	275	28	20	27	24	1.99
26676978--26677165	77	2.4	77	86	2	216	28	20	27	23	1.99
26681620--26681689	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26689431--26689500	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
26691224--26691413	38	4.9	38	87	2	238	35	25	21	16	1.94
26696208--26696424	78	2.8	78	92	2	373	30	17	25	25	1.98
26696364--26696592	45	5.1	45	73	10	207	31	15	27	26	1.96
26696932--26696974	19	2.4	19	88	7	63	37	13	11	37	1.82
26696940--26696976	19	1.9	19	100	0	74	37	10	16	35	1.83
26696940--26696999	19	2.8	22	85	9	72	36	8	16	38	1.79
26698430--26698647	39	5.6	38	87	3	240	23	20	27	27	1.99
26703014--26703221	40	5.2	40	84	0	218	25	22	25	25	2.00
26703015--26703221	80	2.6	80	83	4	247	25	22	26	25	2.00
26711023--26711230	40	5.2	40	84	0	218	25	22	25	25	2.00
26711024--26711230	80	2.6	80	83	4	247	25	22	26	25	2.00
26716293--26716481	53	3.5	54	75	7	161	24	24	15	34	1.95
26716467--26716583	47	2.5	47	90	2	182	27	23	14	35	1.93
26716677--26716763	44	2.0	44	86	4	122	24	26	13	35	1.93
26721292--26721336	17	2.5	18	85	7	56	6	15	0	77	0.96
26726154--26726321	40	4.2	40	78	6	151	26	27	20	26	1.99
26728591--26728615	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
26734482--26734551	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
26734482--26734563	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
26740627--26740793	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
26740627--26740793	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26747879--26748023	40	3.6	40	84	0	164	24	26	22	26	2.00
26755929--26756071	40	3.6	40	84	1	162	25	25	22	26	2.00
26760925--26761109	40	4.6	40	80	5	180	26	23	27	22	2.00
26760925--26761112	80	2.3	80	79	12	206	26	23	27	22	2.00
26763780--26763849	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
26763780--26763861	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
26768216--26768394	85	2.1	85	97	0	340	29	20	25	24	1.99
26772951--26773158	27	7.7	27	88	0	290	24	13	22	40	1.89
26772939--26773179	27	8.9	27	83	2	124	25	14	20	39	1.91
26772939--26773175	54	4.4	54	79	5	219	26	14	20	38	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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