genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.291.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  291  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84243455--84243655	47	4.1	49	80	8	189	30	28	15	24	1.96
84251603--84251706	54	1.9	54	100	0	208	25	19	25	30	1.98
84256209--84256459	49	5.1	49	98	0	466	33	8	27	30	1.87
84256528--84256614	37	2.3	36	92	5	138	21	19	33	25	1.97
84259584--84259736	28	5.5	27	71	17	125	27	13	28	30	1.94
84259584--84259773	56	3.4	56	94	1	326	26	13	30	30	1.94
84259610--84259754	28	5.2	28	70	18	131	25	15	31	27	1.95
84262355--84262505	53	2.8	53	89	4	214	25	16	27	29	1.97
84269393--84269543	53	2.8	53	89	4	214	25	16	27	29	1.97
84272937--84272984	22	2.1	23	85	11	64	8	0	18	72	1.08
84272951--84272978	12	2.3	12	100	0	56	7	0	14	78	0.95
84277040--84277069	14	2.1	14	93	0	51	13	3	20	63	1.43
84287578--84287633	27	2.1	27	93	0	94	14	8	17	58	1.61
84287578--84287641	27	2.4	27	80	15	78	14	7	18	59	1.58
84287943--84288098	80	2.0	80	94	0	276	35	9	7	46	1.65
84288577--84288640	16	4.0	16	71	15	51	32	1	7	57	1.37
84293820--84293860	20	1.9	21	85	14	57	56	2	2	39	1.26
84296706--84296855	9	15.6	9	69	15	61	60	2	5	32	1.31
84296706--84296848	20	7.4	19	67	18	71	59	2	4	33	1.30
84296703--84296847	40	3.7	38	71	13	116	60	2	4	33	1.30
84296700--84296855	19	8.0	19	68	16	70	58	1	5	33	1.32
84302850--84302908	22	2.7	22	86	0	91	32	6	13	47	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84302949--84303001	2	27.0	2	96	3	99	50	0	0	49	1.00
84307523--84307600	39	2.0	39	97	0	147	32	7	19	41	1.80
84311318--84311386	29	2.3	30	82	10	86	34	0	10	55	1.34
84320279--84320355	30	2.5	30	85	8	102	50	3	3	41	1.39
84321295--84321336	20	2.1	20	95	0	75	38	0	4	57	1.20
84324001--84324028	14	2.0	14	100	0	56	28	0	0	71	0.86
84326673--84326699	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
84326713--84327034	129	2.5	130	88	4	481	36	9	17	36	1.83
84326967--84327130	85	1.9	85	82	4	206	38	9	18	32	1.84
84326838--84327259	214	2.0	214	86	3	600	36	9	17	36	1.82
84327050--84327429	129	2.9	129	82	4	471	35	7	17	39	1.79
84340708--84340774	34	2.0	34	90	0	107	14	47	17	19	1.82
84341625--84341665	18	2.3	18	84	12	50	14	14	2	68	1.32
84341711--84341768	25	2.3	24	80	13	64	31	3	6	58	1.41
84341786--84341823	19	2.1	19	85	5	51	28	0	7	63	1.23
84342313--84342383	23	3.0	23	78	13	74	25	7	8	59	1.52
84344072--84344123	22	2.4	21	83	6	59	42	5	0	51	1.25
84371123--84371161	18	2.2	19	86	9	55	35	2	0	61	1.10
84377192--84377263	29	2.5	29	88	6	94	27	0	5	66	1.13
84377206--84377263	29	2.0	28	96	3	107	29	0	3	67	1.07
84378191--84378247	30	1.9	30	85	7	80	54	5	14	26	1.61
84379523--84379556	2	17.0	2	93	0	59	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84382059--84382092	17	2.0	17	94	0	59	23	26	11	38	1.89
84382233--84382274	22	1.9	22	85	0	57	64	2	0	33	1.07
84384987--84385315	186	1.8	178	83	7	437	34	17	16	30	1.93
84386535--84386563	3	9.7	3	100	0	58	34	31	0	34	1.58
84389790--84389859	29	2.4	29	85	4	88	50	2	0	47	1.16
84393476--84393503	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
84395488--84395520	10	3.7	9	88	11	50	33	0	0	66	0.92
84395524--84395569	12	3.7	13	75	18	53	56	2	0	41	1.11
84395510--84395575	33	2.1	32	82	5	80	56	1	0	42	1.08
84396589--84396632	22	2.0	22	86	8	63	56	4	9	29	1.50
84396761--84396788	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
84414385--84414424	18	2.3	18	87	8	57	57	2	0	40	1.12
84417542--84417717	58	2.8	63	83	11	227	33	15	23	26	1.95
84421868--84422083	110	2.0	111	86	4	303	31	14	10	43	1.78
84422815--84423018	102	2.0	102	100	0	408	50	19	9	20	1.76
84444350--84444378	14	2.1	14	93	6	51	68	0	0	31	0.89
84445818--84445865	22	2.2	22	85	7	62	60	6	10	22	1.52
84447152--84447181	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
84447455--84447479	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
84451992--84452035	22	2.0	23	86	4	63	15	0	4	79	0.89
84451993--84452040	22	2.2	22	81	7	53	16	2	4	77	1.03
84458960--84459025	29	2.3	29	91	0	105	28	12	15	43	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84460033--84460065	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
84463363--84463444	34	2.4	35	81	4	87	60	2	3	32	1.27
84469202--84469265	27	2.4	27	97	0	119	17	21	45	15	1.85
84474854--84474908	27	2.0	27	82	10	67	70	3	3	21	1.18
84482173--84482211	6	6.5	6	96	0	69	35	0	12	51	1.40
84484615--84484667	25	2.1	25	85	0	70	52	1	0	45	1.11
84486546--84486581	6	5.7	6	87	12	54	30	0	0	69	0.89
84486546--84486581	14	2.8	13	91	8	56	30	0	0	69	0.89
84486546--84486594	26	1.9	25	87	4	71	26	0	2	71	0.97
84486839--84486896	9	6.1	9	76	9	53	62	1	3	32	1.22
84487491--84487535	23	2.0	23	82	8	56	22	22	8	46	1.79
84490815--84490848	5	6.8	5	100	0	68	82	0	0	17	0.67
84513967--84514000	17	2.1	15	89	10	50	67	0	0	32	0.91
84516492--84516573	23	3.6	23	73	6	78	23	8	1	67	1.26
84516483--84516573	45	2.0	46	89	6	141	27	8	2	61	1.37
84530082--84530118	18	2.1	18	89	0	56	48	21	13	16	1.80
84530105--84530223	59	2.0	59	100	0	238	44	13	15	26	1.83
84532473--84532522	23	2.2	23	82	7	57	38	6	18	38	1.75
84537429--84537510	30	2.7	30	77	11	85	40	9	4	45	1.59
84539934--84540277	172	2.0	172	98	0	661	27	7	23	41	1.82
84552521--84552556	18	1.9	19	88	5	56	55	0	0	44	0.99
84552728--84552766	18	2.2	18	86	4	53	74	0	2	23	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84552824--84552884	24	2.5	24	68	19	63	57	8	8	26	1.56
84555824--84555860	13	2.7	15	84	16	53	72	0	0	27	0.84
84555824--84555856	15	2.4	14	90	10	50	72	0	0	27	0.85
84556078--84556135	29	2.0	30	83	10	75	41	3	0	55	1.17
84556277--84556346	27	2.5	29	71	15	67	35	0	1	62	1.04
84557920--84557952	17	2.0	17	88	5	50	36	0	0	63	0.95
84573842--84573880	18	2.0	20	85	9	55	33	5	7	53	1.51
84574114--84574151	20	1.9	20	94	0	67	28	0	13	57	1.36
84574205--84574244	21	1.9	21	89	0	62	37	2	2	57	1.26
84574317--84574367	24	2.1	25	85	3	68	35	0	7	56	1.28
84580206--84580392	93	2.0	93	98	0	365	33	25	25	16	1.95
84590482--84590508	14	1.9	14	100	0	54	55	7	14	22	1.64
84600970--84601022	19	2.6	20	82	11	63	62	0	1	35	1.06
84601252--84601300	18	2.7	17	81	12	62	69	0	2	28	1.00
84602907--84602970	31	2.1	31	93	0	110	43	7	6	42	1.58
84609076--84609113	17	2.2	18	86	13	53	60	5	0	34	1.19
84614477--84614600	33	3.8	33	96	0	230	29	42	9	17	1.81
84637959--84637994	18	2.0	18	94	0	63	38	19	11	30	1.86
84638003--84638200	89	2.2	90	91	4	319	32	8	13	45	1.73
84646469--84646788	122	2.7	115	83	8	375	30	11	17	40	1.85
84649808--84649850	21	2.0	21	82	8	52	30	2	4	62	1.28
84654612--84654672	31	2.0	31	87	6	88	52	4	6	36	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84658856--84658942	30	2.9	30	91	0	138	44	24	26	4	1.73
84662464--84662535	29	2.4	29	81	2	81	34	9	16	38	1.82
84685135--84685184	18	2.8	17	87	9	64	50	0	0	50	1.00
84685678--84685721	21	2.2	20	87	4	61	40	2	2	54	1.25
84685703--84685750	26	1.9	26	83	8	64	45	6	0	47	1.27
84688795--84688834	20	2.0	20	100	0	80	35	10	20	35	1.86
84699024--84699053	6	5.0	6	95	0	51	36	33	16	13	1.88
84706125--84706226	33	3.2	32	77	5	107	36	23	8	31	1.86
84706144--84706244	33	3.1	32	80	5	105	35	21	9	32	1.87
84713967--84714015	24	2.0	25	88	8	73	61	4	0	34	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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