genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.26.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6732425--6732489	33	2.0	33	93	0	112	15	20	24	40	1.91
6742609--6742651	17	2.4	19	88	7	63	69	0	6	23	1.12
6745473--6745519	21	2.1	21	84	11	58	55	0	29	14	1.40
6752892--6752946	3	18.0	3	96	3	101	0	34	0	65	0.93
6753612--6753669	29	2.0	29	83	3	73	53	1	1	43	1.21
6755362--6755404	18	2.6	16	81	7	50	11	13	4	69	1.33
6755548--6755693	3	48.7	3	72	15	106	29	6	1	62	1.29
6755600--6755653	20	2.7	20	82	5	65	33	5	3	57	1.40
6755554--6755659	23	4.7	23	75	5	83	31	6	1	60	1.33
6756660--6756729	35	2.0	35	91	5	115	25	4	12	57	1.54
6761113--6761156	20	2.1	21	91	4	72	36	22	25	15	1.94
6769917--6770048	41	3.1	41	62	18	99	26	25	28	20	1.99
6768932--6770156	85	14.5	85	87	3	1663	29	22	26	21	1.99
6771197--6771255	23	2.6	23	79	15	61	44	15	5	35	1.68
6773993--6774055	17	3.6	17	73	12	56	22	3	14	60	1.48
6773990--6774058	35	2.0	33	88	5	102	20	4	14	60	1.50
6782394--6782423	6	4.8	6	95	4	51	83	0	13	3	0.77
6787219--6787252	2	17.5	2	93	6	61	52	0	0	47	1.00
6788909--6788934	9	2.9	9	100	0	52	23	0	11	65	1.25
6789230--6789283	11	5.0	11	86	4	74	18	46	5	29	1.72
6789817--6789891	18	4.2	18	87	0	105	25	24	17	33	1.96
6793932--6793974	11	4.0	11	81	6	52	18	46	4	30	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6795118--6795210	35	2.7	35	84	1	125	24	27	16	31	1.96
6796599--6796711	3	37.7	3	100	0	226	33	0	32	33	1.58
6799432--6799484	22	2.4	22	80	3	61	30	22	35	11	1.89
6799617--6799656	21	1.9	21	84	0	53	27	32	20	20	1.97
6801776--6801835	30	2.1	28	87	6	84	38	20	15	26	1.91
6804632--6804662	6	5.2	6	100	0	62	0	32	0	67	0.91
6804681--6804724	11	3.9	11	80	13	54	56	2	0	40	1.11
6808131--6808165	12	2.8	13	86	8	54	65	0	0	34	0.93
6812636--6812673	18	2.1	18	100	0	76	15	26	10	47	1.78
6812850--6812901	22	2.6	19	75	21	52	19	9	9	61	1.54
6817779--6817858	28	2.9	28	80	0	88	32	28	8	30	1.87
6822112--6822153	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
6822533--6822657	41	3.0	41	87	4	155	36	21	20	21	1.96
6822626--6822706	25	3.2	25	87	0	126	38	27	17	17	1.92
6825787--6825842	30	1.9	28	85	7	76	16	42	21	19	1.89
6826797--6826961	47	3.5	47	73	11	167	26	30	18	24	1.97
6826803--6827017	93	2.3	94	91	3	351	26	30	19	24	1.98
6826847--6827012	49	3.5	49	71	11	182	25	28	21	25	1.99
6826991--6827120	48	2.6	50	78	7	140	23	33	16	27	1.95
6826790--6827294	46	10.7	48	69	17	208	24	30	18	26	1.98
6831076--6831113	18	2.1	18	100	0	76	42	10	15	31	1.81
6832575--6832662	44	2.0	44	95	4	160	30	20	18	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6837275--6837323	2	24.5	2	91	0	80	46	0	4	48	1.20
6837775--6837830	24	2.3	24	82	14	71	64	5	3	26	1.32
6841504--6841540	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
6846246--6846276	6	5.0	6	92	7	53	83	0	0	16	0.64
6846246--6846276	13	2.5	13	94	5	55	83	0	0	16	0.64
6859817--6859992	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
6859813--6859984	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
6863347--6863412	18	3.6	18	72	11	53	34	6	0	59	1.22
6863530--6863574	19	2.4	19	85	14	58	40	0	2	57	1.11
6870348--6870403	28	2.0	28	100	0	112	42	17	21	17	1.89
6874838--6874871	12	2.8	12	90	0	50	41	14	5	38	1.70
6876856--6876892	19	2.0	19	85	15	51	45	0	16	37	1.47
6878747--6878799	21	2.5	21	100	0	106	41	9	24	24	1.84
6878985--6879019	12	3.0	12	87	8	54	28	0	2	68	1.04
6879064--6879105	20	2.2	20	87	8	61	40	0	7	52	1.29
6879920--6879981	29	2.1	29	93	0	106	20	30	24	24	1.99
6881076--6881174	41	2.4	41	84	6	119	29	30	14	26	1.95
6883995--6884034	20	2.0	20	100	0	80	45	10	25	20	1.81
6891900--6891975	36	2.1	37	87	2	109	27	15	27	28	1.96
6898459--6898505	15	3.6	13	76	18	53	29	0	2	68	1.02
6899555--6899690	26	5.2	26	95	1	229	33	4	25	36	1.76
6901120--6901194	26	2.8	26	87	2	96	34	21	12	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6901297--6901435	27	5.2	27	87	6	176	17	23	23	35	1.96
6901297--6901435	53	2.6	55	88	3	194	17	23	23	35	1.96
6904532--6904646	54	2.1	54	85	3	151	37	23	21	17	1.94
6904532--6904646	27	4.3	26	84	5	131	37	23	21	17	1.94
6906240--6906321	25	3.2	25	94	1	137	36	24	2	36	1.69
6912408--6912515	50	2.1	52	93	3	184	33	4	25	37	1.76
6912408--6912515	26	4.2	26	94	4	184	33	4	25	37	1.76
6914121--6914247	27	4.7	27	88	1	173	19	25	22	33	1.97
6917365--6917479	27	4.3	26	87	5	149	36	23	23	16	1.94
6917365--6917479	54	2.1	54	88	3	169	36	23	23	16	1.94
6919084--6919194	26	4.2	26	93	4	170	36	24	4	35	1.76
6919084--6919194	53	2.1	52	90	5	170	36	24	4	35	1.76
6925325--6925433	26	4.2	26	95	1	184	33	4	24	36	1.76
6926868--6926941	25	2.9	25	87	4	94	36	21	10	31	1.88
6927044--6927183	27	5.2	27	87	5	176	18	24	22	35	1.96
6928560--6928596	17	2.2	17	95	0	65	51	0	0	48	1.00
6931038--6931292	117	2.2	120	88	7	371	52	3	2	41	1.33
6935406--6935461	28	2.0	28	100	0	112	21	32	10	35	1.88
6939216--6939324	5	22.8	5	77	15	65	81	4	2	11	0.94
6939216--6939329	15	7.9	14	74	16	83	81	4	2	11	0.93
6939219--6939339	19	6.0	20	72	18	65	80	4	3	11	0.99
6939296--6939340	17	2.9	16	87	9	58	75	2	2	20	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6939290--6939340	20	2.5	21	81	18	63	74	1	3	19	1.07
6956441--6956492	26	2.0	26	100	0	104	61	3	11	23	1.46
6959085--6959140	20	2.8	20	97	0	103	37	10	19	32	1.86
6959085--6959140	11	5.5	11	71	16	57	37	10	19	32	1.86
6959190--6959300	26	4.3	26	88	4	165	29	20	22	27	1.99
6960325--6960412	37	2.4	37	83	5	108	43	29	10	17	1.81
6964297--6964421	42	2.9	43	93	2	216	43	17	9	29	1.81
6967322--6967364	23	1.9	23	86	13	63	41	0	9	48	1.35
6968056--6968101	23	2.0	23	82	0	56	50	6	10	32	1.63
6968133--6968169	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
6969917--6970020	47	2.2	47	81	3	129	23	20	23	33	1.97
6970460--6970536	39	2.0	40	82	7	95	38	9	12	38	1.76
6977319--6977445	45	2.8	46	77	12	122	36	18	25	19	1.95
6977358--6977455	23	4.3	23	81	12	112	35	20	26	17	1.94
6980393--6980442	26	2.0	24	84	7	64	56	8	0	36	1.29
6980589--6980617	13	2.1	14	93	6	51	0	13	0	86	0.58
6987288--6987326	19	2.0	20	90	5	62	17	12	0	69	1.19
6991822--6991851	14	2.1	14	100	0	60	13	26	0	60	1.34
6992104--6992231	65	2.0	65	87	3	186	25	23	10	40	1.87
7006996--7007020	13	1.9	13	100	0	50	48	16	4	32	1.64
7007035--7007066	16	2.0	16	93	0	55	56	21	0	21	1.43
7008640--7008673	15	2.3	15	100	0	68	17	5	20	55	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7020144--7020170	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
7024885--7024953	31	2.3	30	82	9	86	42	0	7	50	1.30
7031729--7031767	19	2.1	19	100	0	78	25	17	35	20	1.95
7035478--7035546	24	2.7	26	80	4	88	24	21	18	34	1.96
7035540--7035597	23	2.5	23	94	0	98	22	18	18	39	1.92
7035505--7035612	23	4.6	23	77	11	87	25	20	19	35	1.96
7036360--7036417	28	2.1	28	100	0	116	39	3	20	36	1.70
7036621--7036751	66	2.0	66	83	8	169	19	25	30	24	1.98
7043274--7043342	24	2.7	26	80	8	72	28	24	14	31	1.95
7051986--7052017	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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