genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.46.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  46  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12807102--12807243	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
12807141--12807269	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
12810076--12810115	13	3.1	13	88	0	62	20	30	32	17	1.95
12822126--12822224	40	2.5	40	96	1	180	21	19	29	30	1.97
12829335--12829371	13	2.8	13	95	0	65	13	27	40	18	1.88
12831696--12831738	18	2.4	18	92	0	68	20	41	11	25	1.86
12835078--12835106	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
12837906--12837965	31	1.9	31	89	0	93	21	20	18	40	1.92
12838160--12838278	24	5.0	24	85	9	154	26	24	21	27	1.99
12838160--12838278	47	2.5	48	89	8	172	26	24	21	27	1.99
12838329--12838388	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
12838329--12838383	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
12838431--12838478	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
12840573--12840618	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
12840580--12840624	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
12853218--12853274	24	2.2	26	84	15	91	19	10	14	56	1.67
12853226--12853275	24	2.1	24	100	0	100	22	12	12	54	1.69
12859498--12859527	13	2.2	14	94	5	53	50	6	0	43	1.28
12869225--12869284	30	2.0	30	87	6	86	36	8	26	28	1.85
12869706--12869882	47	3.8	47	79	12	211	22	20	28	29	1.98
12872415--12872477	31	2.0	31	90	0	99	31	19	14	34	1.91
12876733--12876797	28	2.4	28	87	7	89	38	21	20	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12882387--12882434	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
12882477--12882537	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
12889394--12889441	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
12889484--12889544	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
12896925--12896994	35	2.0	35	97	0	131	27	14	15	42	1.86
12903481--12903523	20	2.2	20	86	0	59	53	11	9	25	1.67
12904357--12904393	16	2.3	17	81	13	51	59	0	2	37	1.12
12907224--12907261	20	1.9	20	88	0	58	52	13	5	28	1.61
12909719--12909764	23	2.0	23	100	0	92	43	8	4	43	1.55
12911417--12911749	51	6.6	50	75	5	269	29	26	16	26	1.97
12911427--12911749	153	2.1	153	89	4	501	29	26	17	26	1.97
12915731--12915782	15	3.5	15	80	12	54	7	25	0	67	1.17
12918631--12918696	31	2.1	31	94	0	114	51	22	10	15	1.73
12918961--12919001	21	2.0	21	90	0	64	0	51	19	29	1.47
12919411--12919439	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
12924403--12924515	42	2.7	43	83	2	140	24	19	27	28	1.99
12930330--12930363	17	1.9	18	88	5	52	41	8	20	29	1.82
12930720--12930768	24	2.0	24	100	0	98	48	4	8	38	1.52
12931110--12931230	43	2.8	43	85	3	147	24	20	28	26	1.99
12933134--12933372	9	26.8	9	69	14	95	32	1	18	47	1.57
12933150--12933309	43	4.1	36	79	16	158	31	1	19	47	1.57
12933183--12933309	43	3.0	43	94	0	209	31	0	19	48	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12933293--12933322	13	2.3	13	100	0	60	36	0	10	53	1.35
12933229--12933358	56	2.4	54	81	6	165	30	0	18	50	1.47
12933857--12933886	8	3.8	8	100	0	60	53	0	10	36	1.35
12936796--12936911	59	2.0	59	86	3	162	37	4	35	22	1.74
12937016--12937588	114	5.0	114	82	5	550	37	21	14	26	1.92
12937981--12938090	14	7.7	14	69	11	62	45	29	1	23	1.63
12937867--12938008	7	20.1	7	72	12	69	40	39	0	20	1.53
12938307--12938338	15	2.1	15	94	0	55	31	3	0	65	1.08
12938398--12938427	7	4.3	7	100	0	60	40	46	0	13	1.43
12938387--12938455	14	4.9	14	77	10	52	46	43	0	10	1.37
12938415--12938467	21	2.5	21	78	0	52	50	35	0	13	1.41
12938477--12938528	21	2.5	21	80	0	59	48	30	1	19	1.60
12938495--12938542	21	2.3	21	85	0	60	47	31	0	20	1.50
12938763--12938847	40	2.1	39	85	14	111	16	23	23	36	1.94
12946007--12946115	55	2.0	55	98	0	209	41	9	16	33	1.80
12947331--12947360	16	1.9	16	93	6	53	50	13	23	13	1.77
12952199--12952246	6	8.0	6	92	0	69	77	0	2	20	0.88
12957609--12957798	40	4.8	40	80	5	163	24	30	23	22	1.99
12957646--12957798	79	1.9	80	82	6	195	25	29	22	22	1.99
12961792--12961937	43	3.4	43	90	3	231	30	14	21	33	1.93
12970583--12970712	43	3.0	42	71	10	102	23	20	26	30	1.98
12973174--12973322	43	3.5	43	94	0	262	22	28	23	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12973438--12973488	6	8.2	6	77	14	50	74	3	1	19	1.07
12976394--12976485	37	2.5	37	87	5	132	26	33	17	22	1.96
12976581--12976848	49	5.5	49	96	0	473	29	31	9	29	1.88
12980037--12980187	81	1.9	81	81	5	189	46	20	9	23	1.80
12983108--12983156	24	2.0	24	100	0	98	42	4	0	53	1.20
12983115--12983160	12	3.9	12	80	2	58	43	4	0	52	1.21
12983769--12984060	41	7.1	41	89	2	365	21	26	22	29	1.99
12984023--12984088	29	2.2	31	81	8	82	27	18	16	37	1.92
12985333--12985392	25	2.4	25	97	0	111	33	18	18	30	1.95
12985435--12985489	20	2.8	20	84	10	71	36	9	20	34	1.84
12985539--12985661	52	2.4	50	90	8	194	27	21	22	27	1.99
12985539--12985661	26	4.8	26	88	1	169	27	21	22	27	1.99
12990312--12990399	44	2.0	44	93	0	149	32	15	23	27	1.95
12990453--12990626	50	3.6	48	79	3	170	27	17	31	23	1.97
13010065--13010620	206	2.7	205	88	1	806	32	17	21	28	1.96
13015821--13016097	138	2.0	138	93	0	473	36	16	17	28	1.92
13018992--13019092	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
13019080--13019210	29	4.5	29	87	1	174	25	31	16	27	1.96
13022058--13022225	40	4.2	40	79	1	158	23	26	23	26	2.00
13022074--13022223	80	1.9	80	83	5	196	22	27	24	26	2.00
13030056--13030222	40	4.2	40	79	2	158	23	26	23	26	2.00
13038095--13038196	30	3.5	28	86	5	114	29	26	14	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13045584--13045613	14	2.1	14	93	0	51	16	0	36	46	1.47
13063019--13063108	39	2.3	39	90	1	137	24	20	26	28	1.99
13063030--13063126	39	2.5	39	88	5	126	22	23	28	24	1.99
13063105--13063178	38	1.9	39	86	5	107	18	24	28	28	1.98
13071090--13071231	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
13071129--13071257	40	3.2	39	84	6	152	24	21	27	26	1.99
13079094--13079235	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
13079133--13079261	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
13084718--13084818	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
13084806--13084936	29	4.5	29	87	1	174	25	31	16	27	1.96
13093933--13094076	46	3.1	46	71	21	122	29	27	18	23	1.98
13100740--13100783	17	2.5	18	81	7	54	75	2	9	13	1.14
13103101--13103134	18	1.9	18	88	5	52	29	17	11	41	1.85
13107502--13107678	37	4.8	37	97	0	327	24	31	19	24	1.98
13107848--13108399	48	11.5	48	98	0	978	30	29	7	32	1.85
13111935--13112064	29	4.6	29	80	6	140	33	30	15	20	1.94
13111935--13112064	57	2.3	57	82	5	138	33	30	15	20	1.94
13112072--13112306	40	5.9	40	91	1	348	26	29	21	22	1.99
13113580--13113804	37	6.1	37	93	1	380	25	31	18	24	1.98
13113963--13114562	48	12.5	48	98	0	1092	30	30	7	32	1.84
13116786--13116888	29	3.6	28	81	7	118	30	15	26	28	1.96
13120558--13120590	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13125119--13125210	28	3.2	28	78	4	96	26	30	13	30	1.93
13132979--13133053	28	2.7	28	85	0	96	28	32	14	25	1.95
13133269--13133300	16	2.0	16	100	0	64	12	25	18	43	1.85
13137902--13138038	57	2.4	58	83	1	168	32	21	18	28	1.96
13138415--13138439	13	1.9	13	100	0	50	64	0	12	24	1.27
13146441--13146478	17	2.2	17	90	0	58	28	21	21	28	1.98
13152152--13152335	40	4.7	40	80	8	216	24	20	28	26	1.99
13152153--13152332	78	2.3	79	80	6	213	25	21	28	25	1.99
13152152--13152368	118	1.8	118	78	9	246	25	20	27	25	1.99
13163087--13163116	14	2.1	14	93	0	51	66	10	6	16	1.41

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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