genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  61  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18167111--18167236	29	4.4	29	83	3	139	29	30	12	27	1.93
18167111--18167236	58	2.2	57	83	7	157	29	30	12	27	1.93
18174887--18174982	29	3.3	29	80	2	113	28	28	12	31	1.93
18175049--18175085	19	2.0	19	89	5	58	21	40	13	24	1.89
18175194--18175232	16	2.4	16	86	0	51	7	20	20	51	1.72
18179152--18179177	13	2.0	13	100	0	52	23	15	30	30	1.95
18179551--18179635	40	2.2	40	84	2	109	17	20	31	30	1.95
18189469--18189497	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
18192672--18192710	21	1.9	20	84	5	51	12	35	28	23	1.91
18202445--18202493	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
18203315--18203465	40	3.8	40	79	6	155	26	23	27	23	2.00
18203351--18203481	40	3.3	40	79	4	149	24	22	26	25	2.00
18210457--18210505	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
18211326--18211476	40	3.8	40	79	6	155	26	23	27	23	2.00
18211362--18211492	40	3.3	40	79	4	149	24	22	26	25	2.00
18218578--18218704	40	3.3	39	80	5	150	24	22	28	25	1.99
18226024--18226174	40	3.8	39	80	6	153	27	23	27	22	1.99
18226061--18226190	40	3.3	39	80	4	161	24	23	27	24	2.00
18237410--18237520	27	4.1	28	91	3	167	34	22	24	18	1.96
18237410--18237524	55	2.1	55	89	7	175	35	22	23	18	1.95
18246213--18246384	46	3.7	45	75	11	152	22	19	28	29	1.98
18246205--18246376	93	1.8	93	86	2	247	22	20	28	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18251066--18251095	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
18252494--18252523	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
18258276--18258306	6	5.3	6	92	7	55	83	0	16	0	0.64
18266867--18267015	40	3.7	40	87	0	199	24	26	22	25	2.00
18278913--18279056	43	3.4	42	77	11	134	25	18	27	29	1.98
18281230--18281299	36	1.9	36	100	0	140	30	20	11	38	1.87
18281361--18281546	41	4.6	42	79	7	143	31	24	16	27	1.96
18283724--18283754	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
18283721--18283760	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
18283993--18284200	55	3.8	54	83	6	251	22	25	17	34	1.96
18283993--18284193	108	1.8	110	89	4	318	22	25	17	33	1.96
18284537--18284595	30	2.0	30	83	6	75	30	25	6	37	1.82
18294979--18295009	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
18294976--18295015	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
18295203--18295351	53	2.9	54	80	7	150	20	26	18	34	1.95
18297174--18297331	40	4.0	40	81	6	162	27	24	25	22	2.00
18297174--18297361	80	2.3	80	78	13	199	26	23	26	22	2.00
18300500--18300582	44	1.9	43	82	7	105	32	24	14	28	1.94
18300546--18300663	39	3.0	40	74	10	107	32	20	18	28	1.96
18319970--18320074	29	3.6	29	77	2	86	25	33	17	23	1.96
18320008--18320130	58	2.1	59	87	3	178	25	30	15	28	1.96
18320029--18320130	29	3.5	29	95	0	186	26	29	14	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18321913--18321948	14	2.5	15	90	9	65	47	0	5	47	1.25
18322796--18322986	98	1.9	98	93	0	328	30	19	14	35	1.92
18330165--18330358	44	4.4	45	77	5	198	23	22	19	34	1.96
18335581--18335706	46	2.8	46	88	1	191	30	25	23	21	1.99
18335584--18335725	46	3.1	45	82	7	128	28	26	22	21	1.99
18343886--18344105	46	4.7	46	75	10	171	28	17	29	24	1.97
18364631--18364873	40	6.1	40	91	1	364	23	23	29	24	1.99
18364631--18364852	79	2.8	80	92	1	365	22	22	29	24	1.99
18364631--18364873	119	2.0	120	89	2	373	23	23	29	24	1.99
18372682--18372937	40	6.5	40	90	4	369	22	23	28	25	1.99
18377976--18378238	47	5.6	47	96	0	463	30	12	31	26	1.92
18378212--18378301	46	2.0	46	88	0	135	34	7	30	27	1.85
18378303--18378335	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
18380581--18381007	40	10.7	40	91	0	665	26	21	26	25	1.99
18384871--18385052	67	2.7	65	89	6	242	32	14	29	23	1.94
18384930--18385116	67	2.8	64	85	8	191	33	15	29	20	1.94
18392430--18392587	68	2.3	67	97	0	280	31	14	30	24	1.95
18392464--18392661	68	2.9	67	84	8	192	33	15	29	21	1.94
18399197--18399464	46	5.7	47	76	9	228	23	29	19	27	1.98
18399194--18399467	94	2.9	96	78	10	325	24	29	19	27	1.98
18400897--18401001	43	2.5	43	80	10	117	34	25	15	24	1.95
18402933--18402978	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18402940--18402984	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
18409614--18409659	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
18409621--18409665	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
18426531--18426655	48	2.7	46	87	7	166	27	18	31	23	1.97
18427898--18427937	21	2.0	20	95	5	71	10	35	30	25	1.88
18430692--18430831	42	3.3	43	77	8	115	27	19	22	30	1.98
18433294--18433705	46	8.7	46	72	6	231	27	19	28	24	1.99
18433582--18433705	47	2.6	49	76	10	87	27	21	25	25	2.00
18439555--18439652	51	1.9	51	83	4	126	28	27	16	27	1.97
18439568--18439701	51	2.6	51	82	2	135	28	26	18	26	1.98
18444158--18444214	25	2.3	25	87	6	80	50	21	7	21	1.71
18447112--18447188	23	3.2	23	65	22	59	24	15	28	31	1.96
18447088--18447165	26	3.1	26	64	23	67	26	16	26	29	1.97
18446977--18447221	49	4.9	49	85	2	292	25	19	27	28	1.99
18449474--18449537	33	2.0	32	84	3	83	34	20	23	21	1.97
18450258--18450389	27	4.9	27	82	3	151	27	20	17	34	1.95
18454874--18454946	37	2.0	37	94	0	128	28	28	19	23	1.98
18455093--18455276	98	1.9	96	91	4	298	29	26	8	35	1.85
18455093--18455277	48	3.8	48	89	4	291	29	26	8	35	1.85
18455250--18455393	47	3.1	47	85	0	162	27	29	9	32	1.89
18458495--18458886	40	9.8	40	88	1	570	26	27	21	24	1.99
18460401--18460476	37	2.1	37	94	0	134	28	30	19	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18460623--18460806	98	1.9	96	91	4	298	30	26	7	35	1.83
18460623--18460807	48	3.8	48	89	4	291	30	26	7	35	1.83
18460780--18460923	47	3.1	47	80	0	153	27	29	9	34	1.87
18463553--18463586	18	1.9	18	88	5	52	14	23	11	50	1.76
18465544--18465603	27	2.3	26	82	2	66	35	18	23	23	1.96
18465600--18465627	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
18466379--18466496	27	4.4	27	83	0	155	25	18	17	38	1.93
18468509--18468679	51	3.4	51	80	2	139	28	26	17	27	1.98
18473077--18473198	46	2.6	48	83	5	142	29	17	28	24	1.97
18473215--18473344	49	2.7	49	69	9	113	30	19	25	24	1.98
18477139--18477195	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
18477137--18477207	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
18477148--18477202	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
18477253--18477404	24	6.4	23	91	3	223	29	20	21	28	1.98
18477253--18477404	47	3.2	46	88	5	223	29	20	21	28	1.98
18477252--18477404	71	2.1	71	93	1	261	29	20	21	28	1.98
18477611--18477674	31	2.1	31	87	0	92	37	15	21	25	1.93
18479250--18479382	48	2.8	48	79	5	153	36	27	14	21	1.92
18492706--18492868	79	2.0	80	83	3	204	24	22	28	25	1.99
18492706--18492868	40	4.1	40	80	7	188	24	22	28	25	1.99
18494638--18494669	15	2.1	15	94	0	55	68	9	6	15	1.36
18496256--18496335	27	3.0	27	84	0	106	46	18	11	23	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18503472--18503510	21	1.9	21	94	5	71	20	30	38	10	1.86
18504607--18504875	47	5.7	47	75	9	214	23	28	19	28	1.98
18504607--18504872	140	1.9	141	82	5	342	23	28	19	28	1.98
18506280--18506439	39	4.1	40	82	2	137	26	30	20	22	1.98
18506315--18506441	39	3.2	39	84	3	157	25	30	19	24	1.98
18514171--18514327	39	4.0	39	84	0	179	23	30	21	24	1.99
18514201--18514327	39	3.2	39	87	1	182	24	30	19	25	1.98
18518856--18518927	20	3.5	21	74	11	60	52	4	4	38	1.40
18520938--18521028	43	2.1	43	100	0	182	37	13	15	34	1.86
18525758--18525889	50	2.6	51	82	3	185	34	13	12	39	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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