genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  3  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
730956--731040	29	3.0	28	75	20	95	60	1	1	37	1.12
730933--731009	35	2.1	36	83	7	93	58	3	0	37	1.17
730931--731040	58	1.9	58	85	10	154	59	2	0	37	1.18
730989--731070	26	3.1	25	84	8	74	56	2	2	39	1.26
731103--731165	2	32.0	2	77	3	65	50	4	0	44	1.23
731315--731346	9	3.6	9	91	0	55	65	3	0	31	1.08
731862--731896	7	4.9	7	89	3	52	34	0	65	0	0.93
732019--732060	2	21.5	2	90	4	68	47	0	2	50	1.14
733126--733466	74	4.6	74	84	6	417	32	21	14	31	1.94
734244--734364	43	2.8	43	86	6	140	17	23	14	44	1.85
741802--741838	4	9.2	4	87	0	56	48	2	24	24	1.64
745586--745653	32	2.3	30	82	10	77	52	4	5	36	1.46
746033--746085	24	2.2	24	86	0	79	60	1	1	35	1.19
746051--746098	15	3.3	14	83	13	53	60	0	2	37	1.09
746017--746098	13	6.1	14	70	24	70	59	1	2	36	1.18
746020--746110	24	3.6	24	71	15	67	59	2	2	36	1.22
746159--746201	23	1.9	22	90	4	68	55	6	0	37	1.27
746344--746406	9	6.7	9	76	16	65	61	1	3	33	1.21
746393--746446	20	2.7	21	83	8	60	64	3	7	24	1.35
757121--758481	340	4.0	340	98	0	2614	40	18	14	26	1.89
762193--762234	10	4.4	10	82	8	52	73	0	0	26	0.83
762190--762228	19	2.1	18	86	13	53	74	0	0	25	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
762414--762458	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
771737--771797	17	3.8	16	78	14	63	34	0	1	63	1.04
771737--771796	31	1.9	32	83	10	79	33	0	1	65	1.03
772953--773006	27	2.0	27	88	0	81	46	0	0	53	1.00
774632--774669	19	2.0	20	84	5	51	52	10	26	10	1.68
775891--775922	16	2.0	16	100	0	64	18	0	6	75	1.01
782399--782431	15	2.2	15	89	10	50	45	0	12	42	1.41
782502--782527	12	2.2	12	100	0	52	57	11	0	30	1.34
784158--784190	15	2.2	15	89	10	50	42	12	0	45	1.41
796447--796639	72	2.6	72	81	9	228	26	13	21	38	1.90
796545--796866	130	2.5	128	89	5	470	27	15	22	33	1.95
799602--799627	12	2.2	12	100	0	52	30	0	11	57	1.34
799698--799730	15	2.2	15	89	10	50	42	12	0	45	1.41
803461--803492	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
805298--805362	25	2.6	25	90	0	94	30	18	23	27	1.97
805342--805413	25	2.9	25	87	4	92	40	18	22	19	1.92
815305--815343	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
816041--816203	73	2.2	73	75	3	166	37	22	23	16	1.94
816091--816239	25	6.0	25	74	16	105	34	22	24	18	1.96
819651--819708	29	2.1	26	90	9	89	37	17	6	37	1.76
819679--819722	19	2.3	19	100	0	88	36	18	9	36	1.82
820117--820281	87	1.9	87	81	5	199	26	21	18	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
820351--821494	205	5.6	206	95	1	1943	28	21	18	30	1.97
820351--821495	411	2.8	412	93	2	1945	28	21	18	30	1.97
821441--821758	44	7.2	44	71	8	234	27	23	17	31	1.97
821456--821750	131	2.2	132	89	1	441	27	23	17	31	1.97
822607--822666	10	5.5	11	86	9	79	1	8	0	90	0.53
822607--822666	5	10.8	6	87	8	60	1	8	0	90	0.53
822607--822659	21	2.5	21	87	0	70	1	9	0	88	0.58
822628--822666	1	39.0	1	94	0	69	0	2	0	97	0.17
822620--822666	21	2.2	21	96	0	85	0	6	0	93	0.34
822620--822664	19	2.4	19	96	0	81	0	6	0	93	0.35
829272--829332	19	3.3	19	93	6	108	37	16	8	37	1.78
856720--856752	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
856816--856959	47	3.1	47	86	0	189	29	29	8	32	1.87
863460--863516	5	11.2	5	74	10	53	66	0	3	29	1.08
863457--863514	16	3.7	15	79	11	55	67	0	3	29	1.07
863453--863516	21	3.1	21	78	14	71	65	0	3	31	1.08
874727--874760	12	2.8	12	90	0	50	55	0	11	32	1.36
885205--885293	38	2.3	38	90	0	133	23	22	22	31	1.98
885203--885339	38	3.6	38	79	3	130	20	18	25	35	1.96
887092--887190	29	3.5	28	71	9	83	24	20	25	30	1.99
887089--887199	57	1.9	57	90	1	177	24	18	27	28	1.98
890044--890170	38	3.3	38	82	5	148	21	21	24	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
895345--895446	46	2.2	46	87	0	159	16	35	27	20	1.94
895598--895642	22	2.0	22	82	0	54	37	8	2	51	1.46
900200--900226	14	1.9	14	100	0	54	37	11	0	51	1.37
902071--902146	29	2.8	28	76	9	68	42	3	3	50	1.39
907883--908004	43	2.9	42	79	7	156	28	22	15	33	1.94
909793--909853	32	1.9	32	86	0	86	40	8	8	42	1.64
918061--918105	22	2.0	22	83	8	56	42	6	15	35	1.73
920481--920525	23	2.0	23	90	0	72	35	13	22	28	1.92
922290--922375	43	2.0	43	88	0	127	33	12	16	37	1.87
923792--923855	34	2.0	32	85	11	87	35	0	6	57	1.24
923874--923904	15	2.1	14	94	5	53	35	3	6	54	1.42
925390--925432	23	2.0	23	90	9	72	9	11	41	37	1.74
928593--928671	13	6.1	13	83	0	95	32	7	24	35	1.83
928595--928671	26	3.0	26	88	0	118	31	7	24	36	1.84
941661--941693	15	2.1	16	88	5	50	27	12	9	51	1.69
945345--945389	17	2.6	18	86	6	58	62	2	28	6	1.33
945341--945370	11	2.6	11	94	5	51	66	0	26	6	1.16
947419--947476	25	2.3	26	88	5	84	67	3	0	29	1.07
947449--947508	20	2.8	20	79	18	68	68	6	0	25	1.14
947445--947509	22	3.1	22	80	14	75	69	6	0	24	1.11
948283--948321	18	2.2	18	90	4	62	12	20	43	23	1.86
949479--949568	45	2.0	45	91	4	146	20	20	22	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
962015--962083	29	2.3	29	85	5	84	42	17	10	30	1.82
965436--965490	27	2.0	27	92	0	92	38	12	16	32	1.86
968289--968372	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
969254--969310	19	3.0	20	80	12	59	57	3	1	36	1.26
969261--969306	20	2.3	20	82	17	60	56	4	2	36	1.31
971372--971443	30	2.4	31	86	11	105	65	1	2	30	1.15
971372--971442	10	7.1	10	71	17	58	64	1	2	30	1.16
971828--971860	14	2.3	15	89	5	50	57	0	3	39	1.14
972753--972797	17	2.8	17	80	16	60	35	0	0	64	0.94
972731--972781	25	2.0	27	85	11	72	27	1	1	68	1.11
976894--976926	17	2.0	17	88	5	50	39	3	3	54	1.31
978586--978698	60	1.9	60	85	3	156	46	9	17	25	1.79
978963--979003	21	1.9	22	85	5	57	46	9	7	36	1.65
983776--983880	31	3.3	31	66	15	88	35	16	11	37	1.84
983788--983893	35	3.2	35	66	15	107	32	16	12	39	1.85
983773--983902	64	2.0	64	100	0	260	34	15	14	35	1.88
989230--989292	29	2.2	28	80	11	74	26	15	9	47	1.76
997915--998024	26	4.2	26	96	0	193	33	4	24	37	1.76
999497--999549	26	2.0	27	82	7	65	35	24	15	24	1.94
1005255--1005559	106	2.9	106	93	1	504	34	17	17	30	1.93
1015559--1016451	298	3.0	298	98	0	1696	38	16	23	21	1.93
1022120--1022800	127	5.3	126	83	7	873	29	13	19	37	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1022358--1022589	54	3.9	54	74	22	214	29	13	18	37	1.90
1022622--1022727	54	2.0	54	94	0	185	31	11	16	40	1.84
1026631--1026891	131	2.0	131	96	0	477	29	6	20	44	1.75
1030709--1030739	16	1.9	16	93	0	53	9	6	9	74	1.23
1031711--1031736	13	2.0	13	100	0	52	53	0	7	38	1.30
1032225--1032357	62	2.2	58	82	6	160	42	4	3	49	1.41
1034430--1034845	40	10.6	39	76	9	368	33	16	27	22	1.95
1039116--1039303	95	2.0	94	94	1	331	43	15	10	30	1.80
1051270--1051486	57	3.7	58	73	18	160	56	2	3	36	1.31
1051309--1051409	17	5.5	18	74	14	82	57	1	0	39	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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