genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.49.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13942051--13942108	27	2.1	27	87	6	82	31	13	17	37	1.89
13949564--13949693	40	3.2	40	80	2	154	26	27	22	23	2.00
13949580--13949731	40	3.8	40	79	5	146	23	26	23	26	2.00
13956969--13957098	40	3.2	40	82	2	163	25	27	23	23	2.00
13956985--13957135	40	3.8	40	80	6	155	23	26	23	27	2.00
13959367--13959436	25	2.8	25	93	0	113	25	24	25	24	2.00
13966395--13966464	25	2.8	25	95	0	122	25	22	25	25	2.00
13969841--13969881	21	1.9	22	85	5	57	41	14	0	43	1.45
13972171--13972240	29	2.4	29	85	0	95	17	27	35	20	1.94
13987532--13987569	18	2.1	18	85	9	51	47	2	0	50	1.15
13987976--13988047	28	2.5	29	78	10	85	25	8	4	62	1.41
13996952--13997000	25	2.0	25	91	0	80	34	22	14	28	1.93
13999603--13999732	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
13999619--13999770	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
13999619--13999768	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
14007621--14007750	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
14007637--14007788	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
14007637--14007786	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
14012667--14012755	27	3.3	27	78	6	99	29	17	23	29	1.97
14015260--14015299	15	2.7	15	88	3	55	55	17	12	15	1.70
14022646--14022737	46	2.0	45	95	2	166	44	18	9	27	1.81
14030796--14030897	42	2.4	42	80	9	100	29	24	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14035803--14035843	21	1.9	21	85	5	55	39	0	4	56	1.21
14036668--14036797	46	2.8	49	79	14	157	29	27	20	22	1.99
14036670--14036813	46	3.1	44	76	15	141	29	28	20	22	1.98
14041222--14041267	22	2.1	22	100	0	92	21	13	17	47	1.81
14046437--14046557	46	2.6	45	89	2	179	28	26	23	20	1.99
14046437--14046576	46	3.0	45	82	8	124	28	27	22	21	1.99
14059146--14059296	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
14059183--14059312	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
14062489--14062560	30	2.4	30	88	4	101	22	26	11	40	1.87
14062519--14062649	30	4.4	30	80	6	124	18	25	13	42	1.87
14062521--14062678	60	2.7	59	75	5	167	20	26	13	39	1.89
14065866--14065890	7	3.6	7	100	0	50	12	0	0	88	0.53
14068289--14068599	144	2.2	144	84	5	396	24	31	17	26	1.97
14068280--14068599	97	3.3	94	79	11	294	24	31	18	25	1.97
14068289--14068604	49	6.6	48	76	11	256	24	31	17	25	1.97
14077530--14077580	17	2.9	17	85	2	57	31	13	9	45	1.76
14081485--14081585	47	2.1	47	81	5	114	36	8	25	28	1.86
14090315--14090529	46	4.7	44	78	13	211	25	17	31	26	1.97
14090315--14090529	94	2.3	93	83	8	262	25	17	31	26	1.97
14100970--14101045	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
14100999--14101077	35	2.2	37	86	13	121	35	16	10	37	1.82
14101020--14101075	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14101006--14101077	19	3.9	19	89	10	123	36	15	11	37	1.83
14101409--14101527	45	2.7	44	89	6	170	26	31	13	28	1.94
14101558--14101851	78	3.8	79	87	4	409	27	23	18	30	1.98
14113962--14114110	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
14114003--14114110	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
14122076--14122224	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
14122117--14122224	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
14124766--14124876	40	2.8	40	86	9	147	21	28	26	23	1.99
14124750--14124912	40	4.1	40	77	5	136	22	27	25	25	2.00
14132792--14132921	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
14132792--14132955	40	4.1	40	78	4	145	21	28	25	25	1.99
14135712--14135828	43	2.7	42	80	6	137	30	16	23	29	1.96
14141516--14141604	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
14141516--14141595	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
14141527--14141604	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
14147274--14147351	27	2.9	27	76	3	86	35	19	19	25	1.95
14147594--14147691	22	4.5	22	89	0	133	11	28	30	29	1.91
14156837--14157065	116	2.0	116	91	0	368	33	6	15	44	1.74
14160783--14160812	12	2.5	12	94	0	51	30	40	23	6	1.80
14163256--14163340	3	27.7	3	75	9	73	64	0	34	1	1.01
14168478--14168517	21	2.0	21	85	5	55	22	20	7	50	1.73
14174838--14175042	48	4.4	47	73	8	195	28	24	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14181501--14181646	48	3.1	47	77	3	141	26	24	21	27	2.00
14181761--14181826	31	2.1	31	100	0	132	39	22	12	25	1.89
14183903--14184025	65	1.9	65	88	3	185	21	26	21	29	1.99
14183903--14184052	65	2.3	66	78	13	168	22	26	21	30	1.98
14189111--14189211	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
14193223--14193295	35	2.1	35	100	0	146	16	26	5	52	1.65
14212437--14212487	19	2.7	19	93	6	86	27	23	39	9	1.86
14224734--14224782	22	2.2	22	86	13	66	55	0	6	38	1.25
14227265--14227435	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
14227257--14227432	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
14233772--14233948	40	4.4	40	84	4	216	24	22	26	26	2.00
14234176--14234217	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
14242490--14242563	29	2.6	29	91	0	121	27	17	27	28	1.98
14248056--14248281	112	2.0	112	90	1	355	33	15	14	37	1.87
14251268--14251369	40	2.5	40	83	0	114	29	20	26	23	1.99
14251307--14251435	40	3.2	40	83	6	154	24	21	27	26	1.99
14254842--14254975	48	2.8	48	88	1	187	29	19	19	32	1.96
14257277--14257385	27	4.0	26	81	8	110	17	22	21	38	1.93
14263937--14263969	16	2.1	16	94	0	57	6	33	6	54	1.50
14264032--14264072	20	2.0	21	85	4	57	7	31	0	60	1.24
14265166--14265277	27	4.1	27	83	10	131	17	24	20	37	1.94
14265169--14265275	54	2.0	54	87	3	153	18	24	18	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14280970--14281036	20	3.3	20	87	0	98	32	13	19	34	1.91
14281086--14281184	47	2.1	46	94	3	171	30	20	20	29	1.97
14281086--14281203	23	5.0	24	89	7	179	28	21	21	28	1.98
14281395--14281454	31	1.9	31	93	0	102	36	13	25	25	1.92
14284383--14284562	94	1.9	94	88	0	270	26	25	29	18	1.98
14284393--14284596	94	2.2	93	83	3	239	26	26	28	18	1.98
14289457--14289485	4	7.2	4	100	0	58	75	0	0	24	0.80
14290275--14290328	26	2.1	26	100	0	108	31	7	22	38	1.82
14291372--14291440	25	2.8	25	86	0	102	24	21	26	27	1.99
14291486--14291533	11	4.7	10	80	12	53	41	18	4	35	1.70
14291486--14291533	5	9.4	5	78	13	53	41	18	4	35	1.70
14291486--14291524	20	2.0	20	89	0	60	41	17	5	35	1.72
14291496--14291536	21	2.0	20	90	4	64	41	19	4	34	1.73
14299340--14299387	20	2.3	21	92	3	80	35	18	10	35	1.85
14306143--14306266	23	5.2	23	73	12	97	33	4	0	61	1.20
14306157--14306266	12	9.1	12	74	19	79	36	3	0	60	1.15
14306157--14306266	33	3.2	33	74	18	107	36	3	0	60	1.15
14306160--14306265	47	2.2	49	79	15	125	36	3	0	59	1.16
14317994--14318231	131	1.8	130	85	5	336	33	17	23	25	1.96
14318141--14318324	44	4.2	44	93	0	305	30	15	26	27	1.96
14319854--14319925	12	5.8	12	80	15	83	31	2	0	65	1.07
14319854--14319925	26	2.8	26	83	8	94	31	2	0	65	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14323061--14323109	25	2.0	25	83	0	62	42	14	6	36	1.70
14334999--14335075	38	2.0	38	100	0	154	28	5	18	48	1.69
14336488--14336542	27	2.0	29	89	7	87	67	3	3	25	1.23
14340588--14340633	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
14340595--14340639	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
14348300--14348345	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
14348307--14348351	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
14352019--14352058	20	2.0	20	85	0	53	72	7	5	15	1.24
14352718--14352899	98	1.8	99	91	3	305	30	25	14	29	1.95
14354260--14354350	16	5.4	16	78	18	80	74	0	2	23	0.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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