Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Please cite: G. Benson, "Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences" Nucleic Acid Research(1999) Vol. 27, No. 2, pp. 573-580. Sequence: Chr09 85040211 Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000 Length: 85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   

This is table  55  of  292  ( 35004 repeats found )
Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
16181207--16181410
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20
1.97
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23
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23
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1.99
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0
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5
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1.98
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0
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21
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2.0
47
93
0
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22
22
27
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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22
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1.99
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20
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52
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1.99
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1.99
16292246--16292436
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298
25
21
23
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1.99
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5.9
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2.4
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11.8
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1.83
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222
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16294490--16294630
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5.3
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2
138
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19
41
1.78
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
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Entropy
(0-2)
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1.72
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17
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30
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60
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23.5
2
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2
48
1.13
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
16368123--16368577
230
2.0
230
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12
28
1.91
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17
34
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41
1.77
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2.4
158
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441
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13
20
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1.89
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2.1
30
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20
1.50
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0
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11
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30
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0
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28
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0
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16
0
68
1.22
16407884--16408015
62
2.1
62
88
5
196
27
21
7
43
1.79
16408799--16408873
17
4.5
17
71
17
59
56
1
1
41
1.16
16411178--16411272
31
3.1
31
96
0
172
23
22
16
37
1.93
16411464--16411582
24
5.0
24
87
5
161
26
23
21
28
1.99
16411464--16411582
47
2.5
48
87
5
161
26
23
21
28
1.99
16411633--16411692
20
3.0
20
90
0
102
33
20
11
35
1.88
16411735--16411782
25
1.9
25
86
0
69
25
16
25
33
1.96
16412937--16413001
27
2.4
27
84
5
87
20
24
20
35
1.96
16413055--16413248
27
7.1
27
71
8
97
34
7
18
39
1.78
16413209--16413526
27
11.8
27
81
6
342
39
6
25
28
1.80
16413210--16413516
81
3.8
81
93
2
503
40
6
24
28
1.80
16413523--16413621
27
3.7
27
77
5
94
30
10
20
39
1.85
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
16413503--16413619
54
2.2
53
80
10
130
29
10
22
38
1.87
16413550--16413630
27
3.0
28
78
8
87
32
9
19
38
1.85
16413578--16413636
27
2.2
27
81
6
66
33
8
15
42
1.77
16417468--16417503
2
18.0
2
100
0
72
50
0
0
50
1.00
16419801--16419951
38
3.9
38
84
1
167
30
25
21
23
1.99
16419801--16419951
76
2.0
78
82
5
191
30
25
21
23
1.99
16427090--16427117
2
14.0
2
100
0
56
50
0
0
50
1.00
16427430--16427635
38
5.3
38
88
2
232
31
25
21
20
1.98
16430612--16430680
30
2.4
30
87
4
97
31
20
8
39
1.83
16432587--16432618
2
16.0
2
100
0
64
50
0
0
50
1.00
16433280--16433344
13
5.1
13
81
9
80
36
23
7
32
1.83
16444643--16444731
4
22.8
4
74
20
64
25
2
0
71
0.97
16444652--16444738
12
6.7
13
80
17
76
26
2
0
71
0.98
16444630--16444692
21
2.9
21
88
9
83
22
1
0
76
0.88
16444649--16444738
7
13.7
7
78
17
88
26
2
0
71
0.98
16444626--16444738
28
3.9
28
78
16
106
25
2
0
71
0.99
16444621--16444727
34
3.1
35
82
9
105
25
2
0
71
1.06
16444643--16444739
15
6.7
14
79
19
71
26
2
0
71
0.97
16450270--16450307
10
3.8
10
85
0
58
23
10
2
63
1.39
16450268--16450307
20
2.0
20
95
0
71
25
10
2
62
1.39
16450458--16450494
15
2.5
15
100
0
74
24
8
0
67
1.17
16454713--16454895
79
2.3
81
82
10
225
26
26
21
25
2.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
16454713--16454897
40
4.7
40
79
7
207
26
25
22
25
2.00
16455609--16455638
2
15.0
2
100
0
60
50
0
0
50
1.00
16463509--16463583
37
2.0
37
100
0
150
33
13
24
29
1.93
16463840--16463888
22
2.3
21
85
3
62
48
8
0
42
1.32
16463866--16463901
17
2.1
18
90
10
58
44
11
0
44
1.39
16468790--16468816
12
2.2
12
100
0
54
40
0
29
29
1.57
16483086--16483130
23
2.0
23
82
8
56
13
8
0
77
0.98
16485597--16485663
20
3.3
20
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17
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20
14
11
52
1.74
16486071--16486160
40
2.2
40
80
7
94
20
16
12
51
1.76
16486619--16486681
20
3.2
20
81
0
72
15
15
11
57
1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
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          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
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          289   290   291   292