genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.109.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   

This is table  109  of  292  ( 35004 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33314217--33314396	27	6.7	26	70	14	105	41	20	7	30	1.80
33314217--33314421	54	3.8	54	78	7	200	40	20	8	30	1.81
33314419--33314520	27	3.8	27	72	10	73	38	19	19	22	1.94
33315330--33315398	25	2.8	25	89	6	104	21	28	24	24	1.99
33318187--33318289	38	2.7	38	90	0	152	22	21	26	30	1.99
33318266--33318527	43	6.1	43	93	0	438	11	24	33	30	1.91
33319795--33319939	31	4.7	31	92	2	240	28	15	26	29	1.96
33319795--33319939	61	2.4	62	90	3	231	28	15	26	29	1.96
33321098--33321125	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
33321576--33321757	24	7.6	24	94	1	276	21	19	25	34	1.96
33321576--33321779	48	4.3	47	85	7	243	23	19	24	33	1.97
33321576--33321779	72	2.8	71	83	5	250	23	19	24	33	1.97
33327729--33327764	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
33328214--33328396	24	7.6	24	93	2	269	21	19	25	33	1.97
33328214--33328418	48	4.3	48	88	3	225	22	19	24	33	1.97
33333810--33333892	38	2.2	38	97	0	157	30	15	20	33	1.94
33340897--33340921	11	2.3	11	100	0	50	0	8	0	92	0.40
33342906--33342951	22	2.0	24	84	16	62	54	0	6	39	1.26
33343008--33343049	16	2.6	16	85	7	59	52	0	2	45	1.13
33343005--33343051	22	2.2	22	85	14	64	53	0	2	44	1.12
33347738--33347837	26	3.6	27	82	6	112	31	22	26	21	1.98
33355539--33355653	55	2.1	56	83	8	146	34	21	24	19	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33355564--33355653	27	3.2	27	85	7	119	32	23	24	20	1.98
33356042--33356073	8	4.0	8	91	0	55	3	25	25	46	1.67
33361417--33361511	34	2.8	33	80	4	100	27	24	27	21	1.99
33365370--33365899	48	11.0	48	93	0	898	37	6	25	31	1.81
33368515--33368539	13	1.9	13	100	0	50	36	0	24	40	1.55
33378033--33378218	40	4.6	41	82	7	222	26	27	22	24	2.00
33378033--33378218	79	2.3	82	83	6	238	26	27	22	24	2.00
33386157--33386341	79	2.3	80	80	8	216	25	28	21	24	1.99
33386138--33386341	40	5.1	40	80	8	229	25	28	21	25	1.99
33392331--33392463	61	2.2	60	84	4	180	53	3	2	41	1.29
33395667--33395704	19	2.0	19	94	0	67	26	10	28	34	1.90
33401706--33401734	15	1.9	15	100	0	58	31	13	27	27	1.94
33403272--33403306	18	1.9	18	88	0	52	8	34	5	51	1.56
33404754--33404808	25	2.2	25	90	0	83	38	9	16	36	1.80
33409303--33409360	26	2.4	22	77	22	71	41	3	10	44	1.55
33409310--33409363	26	2.1	26	100	0	108	40	3	11	44	1.58
33409536--33409590	27	2.0	27	89	0	83	49	9	0	41	1.34
33410460--33410498	17	2.2	18	90	4	62	10	0	23	66	1.22
33416912--33417082	93	1.8	93	88	2	263	29	29	19	20	1.97
33416903--33417072	46	3.7	46	72	18	163	30	29	20	20	1.97
33419460--33419485	9	2.9	9	100	0	52	11	0	23	65	1.25
33426729--33426763	17	2.1	16	89	5	52	37	0	60	2	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33440305--33440357	8	6.8	8	80	10	65	37	1	1	58	1.20
33441360--33441469	57	1.9	58	90	5	179	21	19	27	31	1.97
33441659--33441878	110	2.0	110	94	0	386	30	6	21	40	1.79
33452487--33452542	28	2.0	28	82	0	67	32	8	0	58	1.29
33452586--33452674	30	3.2	26	69	25	67	35	4	0	59	1.18
33452647--33452685	20	2.0	21	85	10	55	41	2	0	56	1.13
33452998--33453048	17	2.9	17	85	5	66	35	11	0	52	1.38
33453081--33453128	20	2.3	22	85	7	64	25	2	0	72	0.95
33453081--33453127	22	2.0	22	88	8	67	25	2	0	72	0.96
33453154--33453214	21	2.8	22	79	16	65	29	4	0	65	1.13
33456018--33456053	18	2.0	18	88	0	54	36	8	13	41	1.75
33458280--33458309	15	2.0	15	93	0	51	50	0	10	40	1.36
33458335--33458366	10	3.3	10	95	4	57	31	6	0	62	1.20
33464721--33464808	3	31.0	3	82	15	116	31	0	0	68	0.90
33468240--33468269	15	2.0	15	93	0	51	50	0	10	40	1.36
33468295--33468326	10	3.3	10	95	4	57	31	6	0	62	1.20
33470931--33470963	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
33475805--33475895	6	15.3	6	76	11	89	15	5	1	78	1.00
33475806--33475895	22	4.1	22	75	16	89	15	5	1	77	1.00
33475807--33475889	31	2.9	28	82	10	112	15	4	1	78	0.98
33484678--33484750	30	2.4	30	76	13	78	21	20	26	31	1.98
33486750--33486880	41	3.2	41	84	4	158	53	5	20	20	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33492513--33492642	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
33500544--33500673	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
33507801--33507873	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
33510566--33510634	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
33512264--33512301	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
33514383--33514426	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
33527147--33527175	13	2.1	14	93	6	51	44	13	3	37	1.61
33532496--33532542	24	1.9	25	82	4	60	38	4	23	34	1.74
33534627--33534692	33	2.0	33	100	0	132	21	24	24	30	1.99
33541439--33541483	23	2.0	23	82	8	56	37	8	13	40	1.76
33546578--33546666	29	3.1	28	81	1	97	30	30	14	24	1.95
33550423--33550486	31	2.1	31	87	0	92	26	23	14	35	1.93
33550679--33550872	25	8.0	23	84	10	237	27	23	20	28	1.99
33550930--33550986	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
33550918--33550988	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
33550923--33550977	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
33552223--33552301	27	2.9	27	85	9	106	22	21	21	34	1.97
33552340--33552556	27	8.0	27	80	3	184	34	9	16	39	1.81
33552429--33552556	54	2.4	54	93	0	211	32	8	17	40	1.80
33552402--33552555	81	1.9	80	85	4	211	32	9	18	40	1.82
33552350--33552597	27	9.1	27	79	6	162	34	8	18	39	1.81
33552432--33552581	81	1.9	81	81	0	183	34	8	18	39	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33552548--33552677	27	4.9	27	85	1	172	41	8	21	28	1.82
33552548--33552671	53	2.3	54	87	1	178	42	8	19	29	1.81
33561234--33561301	28	2.5	28	92	7	113	19	8	26	45	1.79
33563119--33563162	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
33565541--33565609	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
33567387--33567411	12	2.1	12	100	0	50	52	8	0	40	1.31
33567425--33567468	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
33570816--33570921	43	2.5	43	85	3	151	26	27	17	28	1.98
33573751--33573840	27	3.3	27	85	3	119	40	17	10	32	1.83
33573751--33573857	54	2.0	54	81	7	128	38	20	10	30	1.86
33573835--33573895	27	2.3	27	79	0	68	32	27	8	31	1.86
33573846--33573985	54	2.6	54	81	2	183	27	27	7	37	1.84
33573846--33574037	27	7.2	27	80	2	163	27	24	8	39	1.84
33573951--33574056	27	4.0	28	75	14	91	31	17	7	43	1.77
33574033--33574263	27	8.5	27	75	10	148	38	19	9	32	1.83
33574033--33574172	54	2.6	54	82	4	183	40	20	7	32	1.80
33574048--33574202	81	1.9	81	85	7	217	40	20	9	30	1.83
33574316--33574375	26	2.3	26	82	2	75	35	20	25	20	1.96
33574324--33574374	26	1.9	27	88	4	77	29	23	25	21	1.99
33575615--33575671	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
33575613--33575675	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
33575728--33575917	24	8.0	24	89	3	269	28	23	22	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33575728--33575917	71	2.6	71	88	5	267	28	23	22	25	1.99
33575728--33575918	47	4.0	47	89	4	276	29	23	21	25	1.99
33576110--33576173	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
33578948--33579046	27	3.6	27	83	6	94	39	17	9	34	1.81
33579025--33579216	53	3.6	53	81	2	134	31	23	7	36	1.83
33579059--33579207	27	5.6	27	85	3	185	30	20	8	40	1.81
33579059--33579208	53	2.8	53	85	3	194	30	20	8	40	1.81
33579200--33579354	81	1.9	81	86	5	224	40	19	9	31	1.83
33579158--33579413	27	9.4	27	78	5	149	37	18	8	34	1.82
33579199--33579436	27	8.8	27	77	7	187	39	18	9	32	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292