genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.207.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  207  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61426302--61426333	17	1.9	17	93	6	57	65	3	12	18	1.38
61429211--61429297	44	2.0	44	95	0	156	45	12	13	27	1.80
61432273--61432621	131	2.7	132	79	5	343	34	18	18	27	1.95
61442173--61442202	15	2.0	15	93	0	51	76	10	6	6	1.15
61447258--61447296	21	1.9	20	84	5	51	56	30	2	10	1.46
61448389--61448437	25	2.0	25	95	0	89	30	10	26	32	1.89
61449491--61449791	26	12.3	25	69	15	139	59	4	5	29	1.42
61450052--61450091	11	3.6	11	82	0	53	22	15	5	57	1.57
61451976--61452414	44	9.6	44	72	8	277	27	22	20	30	1.98
61452054--61452370	89	3.5	89	75	7	314	28	23	19	29	1.98
61451984--61452414	183	2.3	182	86	1	583	27	21	20	29	1.98
61452059--61452454	183	2.2	183	81	2	438	27	23	19	29	1.98
61452629--61453220	88	6.7	88	91	0	853	29	20	22	28	1.98
61453226--61454033	130	6.2	130	90	0	1121	26	22	20	31	1.98
61453277--61454057	44	18.0	44	71	8	242	26	21	20	31	1.98
61456054--61456095	21	2.0	21	100	0	84	14	19	4	61	1.49
61459642--61460024	26	15.7	23	68	16	177	60	4	6	29	1.41
61459642--61459870	47	4.7	50	70	21	143	58	3	7	30	1.42
61459649--61459991	73	4.6	71	72	15	180	59	4	6	29	1.43
61459757--61459970	76	2.9	74	76	9	181	58	4	6	30	1.42
61460019--61460044	12	2.2	12	100	0	52	76	7	7	7	1.15
61462211--61462279	35	2.0	35	91	5	113	39	11	10	39	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61463802--61463862	29	2.2	28	85	5	79	22	6	6	63	1.42
61465514--61465576	28	2.2	28	88	5	92	34	28	3	33	1.73
61466793--61466831	2	20.0	2	94	5	71	48	0	0	51	1.00
61468910--61468945	6	6.0	6	93	0	63	66	2	0	30	1.06
61471155--61471204	25	2.0	25	84	11	66	26	26	2	46	1.64
61472279--61472323	20	2.1	22	84	12	58	2	28	0	68	1.01
61476219--61476282	13	4.9	13	73	7	58	35	1	20	42	1.62
61478855--61478882	13	2.2	13	100	0	56	39	0	0	60	0.97
61491573--61491778	97	2.1	97	99	0	403	16	13	12	58	1.64
61494527--61494573	20	2.5	19	90	10	78	8	2	14	74	1.15
61495397--61495431	11	3.2	11	92	8	54	74	0	5	20	1.02
61495469--61495567	18	5.3	18	69	10	56	57	4	4	34	1.36
61498515--61498570	19	2.9	19	79	10	53	30	7	1	60	1.33
61501539--61501598	16	3.5	17	82	8	68	65	6	0	28	1.18
61501869--61502232	199	1.8	198	95	0	665	32	13	15	38	1.87
61502965--61502999	18	1.9	18	94	0	61	42	2	0	54	1.15
61503298--61503381	31	2.7	31	80	8	84	32	8	13	46	1.72
61505388--61505803	207	2.0	207	97	0	778	19	20	15	44	1.86
61506097--61506129	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
61507000--61507036	18	2.1	18	100	0	74	35	21	5	37	1.77
61509056--61509214	27	5.9	27	77	11	157	34	20	23	21	1.96
61509074--61509214	54	2.6	55	85	5	198	34	21	23	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61510810--61510916	26	4.2	26	90	1	171	35	24	8	31	1.85
61515100--61515131	16	2.0	16	93	0	55	25	3	12	59	1.48
61516088--61516246	27	5.9	27	83	11	193	33	22	25	18	1.96
61516106--61516249	54	2.7	54	95	2	254	34	23	25	17	1.96
61517860--61517967	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
61519024--61519057	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
61522168--61522251	26	3.2	26	94	0	141	33	3	25	38	1.73
61524035--61524321	137	2.1	137	95	0	511	24	19	24	31	1.98
61525702--61525764	7	9.4	7	73	16	53	49	1	0	49	1.10
61525711--61525753	20	2.2	20	86	0	59	53	0	0	46	1.00
61525703--61525797	39	2.6	36	75	18	97	50	1	1	47	1.15
61527130--61527176	3	15.7	3	95	0	85	68	0	0	31	0.90
61533067--61533145	29	2.6	30	86	9	99	48	6	3	41	1.47
61534110--61534176	31	2.2	31	100	0	134	23	16	5	53	1.65
61539764--61539848	44	1.9	44	83	9	111	28	29	12	29	1.94
61539763--61539857	44	2.2	43	80	12	104	31	26	14	27	1.95
61539918--61540002	44	1.9	44	81	9	102	28	22	15	34	1.94
61539621--61540128	176	2.9	177	87	0	694	27	24	17	30	1.97
61546750--61546853	48	2.1	49	86	10	151	29	35	15	19	1.92
61548609--61549070	88	5.2	86	63	11	209	27	24	17	29	1.98
61548608--61549118	176	2.9	177	89	0	763	27	24	17	30	1.97
61548908--61548992	44	1.9	44	81	9	102	28	22	15	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61561375--61561418	22	1.9	22	86	9	61	70	0	9	20	1.14
61561372--61561431	24	2.5	24	72	8	59	75	0	8	16	1.04
61562757--61562797	12	3.3	13	86	6	50	17	12	0	70	1.16
61564572--61564633	30	2.1	30	96	0	115	54	17	16	11	1.70
61566957--61567066	26	4.2	26	94	2	168	34	6	23	35	1.80
61568852--61569136	136	2.1	137	95	0	518	25	18	24	31	1.98
61575014--61575062	23	2.1	24	81	11	57	42	8	4	44	1.53
61575733--61575768	5	7.0	5	87	6	54	25	0	0	75	0.81
61575730--61575760	16	1.9	16	100	0	62	25	0	0	74	0.82
61581505--61581543	18	2.2	18	85	0	51	20	10	17	51	1.74
61586654--61586777	3	42.7	3	66	20	59	60	1	7	30	1.33
61586654--61586717	26	2.3	29	81	7	80	60	1	4	32	1.26
61587422--61587475	16	3.4	16	82	7	58	50	0	50	0	1.00
61587431--61587478	16	3.1	16	84	3	62	47	0	52	0	1.00
61587563--61587597	9	4.0	9	88	3	54	8	0	2	88	0.61
61588954--61589454	130	3.8	130	90	3	729	31	21	17	29	1.96
61589383--61589407	13	1.9	13	100	0	50	64	0	12	24	1.27
61589383--61589548	72	2.3	72	86	6	239	41	20	15	22	1.89
61589423--61589657	122	1.9	126	85	5	336	36	25	15	23	1.94
61589548--61589768	73	3.1	73	77	10	188	33	24	16	24	1.96
61589548--61589826	74	3.9	72	77	8	246	34	22	15	27	1.95
61599428--61599480	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61600966--61601049	26	3.2	26	96	0	150	35	23	5	34	1.80
61606742--61606825	26	3.2	26	94	0	141	36	22	5	34	1.79
61611448--61611555	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
61615421--61615499	38	2.1	38	97	0	149	24	21	16	37	1.93
61616822--61616858	19	1.9	19	100	0	74	43	0	0	56	0.99
61622843--61622950	3	35.7	3	86	3	146	62	2	1	32	1.20
61631992--61632021	14	2.1	15	93	6	53	63	6	10	20	1.47
61633460--61633508	15	3.3	15	82	0	53	48	0	16	34	1.46
61633628--61633845	3	73.3	3	76	12	200	61	1	5	30	1.28
61634380--61634404	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
61635486--61635515	15	2.0	15	93	0	51	0	23	6	70	1.11
61639376--61639997	44	13.9	44	71	9	150	30	20	16	32	1.95
61639398--61639997	89	6.7	89	74	7	423	30	20	17	32	1.95
61639527--61639994	133	3.5	133	88	2	620	30	20	16	32	1.95
61647240--61647295	26	2.1	27	78	15	64	39	25	3	32	1.73
61647423--61647581	46	3.5	45	91	3	237	19	22	12	45	1.84
61647562--61647672	45	2.5	46	83	4	136	23	24	17	35	1.95
61647691--61647843	33	4.6	33	70	12	107	25	25	17	31	1.97
61648074--61648191	52	2.3	52	85	1	157	27	22	15	34	1.94
61649482--61649766	80	3.5	81	80	5	274	38	20	8	31	1.83
61649482--61649766	81	3.5	80	79	6	263	38	20	8	31	1.83
61649506--61649766	27	9.7	27	78	2	202	38	20	8	32	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61649759--61649946	27	7.0	27	88	0	232	35	18	22	24	1.96
61649759--61649946	81	2.3	81	86	1	270	35	18	22	24	1.96
61651576--61651644	6	11.2	6	73	17	52	46	13	20	20	1.83
61651581--61651644	25	2.6	25	89	0	92	45	14	20	20	1.85
61651765--61651872	27	4.1	27	79	5	105	40	19	21	18	1.91
61652031--61652095	22	3.0	21	73	13	60	32	23	24	20	1.98
61652548--61652763	27	8.1	27	87	1	292	24	21	19	34	1.96
61652595--61652823	106	2.1	107	79	5	232	26	17	21	34	1.95
61652755--61653109	53	6.7	53	80	6	317	30	9	20	38	1.86
61652755--61652986	107	2.2	107	80	4	254	32	9	19	38	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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