Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   

This is table  21  of  292  ( 35004 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5572130--5572185
22
2.8
22
82
15
68
26
21
19
32
1.97
5574307--5574348
20
2.2
20
87
12
61
28
21
0
50
1.49
5575555--5575638
26
3.2
26
96
0
150
33
4
25
36
1.77
5585112--5585236
26
4.9
23
72
21
74
61
0
4
34
1.15
5585109--5585223
7
17.1
7
71
25
81
59
0
4
36
1.18
5585109--5585224
20
5.8
19
79
14
119
59
0
4
36
1.17
5585974--5586161
43
4.4
43
93
0
331
25
30
21
22
1.99
5586250--5586297
20
2.4
21
82
10
64
68
6
2
22
1.23
5590584--5590673
7
12.3
7
84
6
99
27
1
1
70
1.02
5590589--5590673
23
3.9
21
84
6
98
25
1
1
71
1.00
5590584--5590673
44
2.0
44
91
4
146
27
1
1
70
1.02
5590603--5590690
7
12.4
7
80
9
63
23
0
2
73
0.94
5590609--5590687
37
2.2
37
88
6
119
26
0
2
70
0.99
5591394--5591499
26
4.1
26
96
0
167
31
5
26
36
1.80
5593118--5593238
27
4.4
27
89
1
170
19
24
22
33
1.97
5593118--5593257
54
2.6
55
87
2
185
19
24
21
35
1.96
5593118--5593257
27
5.2
28
88
7
148
19
24
21
35
1.96
5593319--5593358
19
2.0
22
85
14
59
17
2
47
32
1.61
5594412--5594436
10
2.5
10
100
0
50
68
0
0
32
0.90
5595153--5595186
16
2.2
16
89
5
52
14
0
35
50
1.44
5595239--5595438
41
4.9
41
91
0
283
20
26
21
32
1.98
5599007--5599114
25
4.2
25
93
2
180
37
24
5
33
1.79
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5599007--5599114
51
2.1
51
96
3
200
37
24
5
33
1.79
5601605--5601653
22
2.2
23
82
10
57
34
6
4
55
1.44
5603276--5603339
31
2.0
32
82
14
80
48
7
0
43
1.32
5603614--5603675
3
19.3
3
78
18
63
61
4
0
33
1.17
5605273--5605325
26
2.0
27
85
7
74
24
15
22
37
1.92
5605663--5605728
13
5.1
13
84
0
96
27
7
28
36
1.84
5606278--5606312
18
1.9
18
100
0
70
28
17
25
28
1.97
5607456--5607520
32
2.0
32
100
0
130
38
24
6
30
1.80
5608534--5608808
137
2.0
136
94
0
487
32
25
18
24
1.97
5610586--5610667
26
3.2
26
96
0
146
35
24
7
32
1.83
5613633--5613663
16
1.9
16
100
0
62
29
19
19
32
1.96
5617894--5617941
7
6.7
7
92
4
78
22
0
2
75
0.91
5617902--5617941
7
5.7
7
100
0
80
25
0
0
75
0.81
5618507--5618548
7
6.0
7
85
0
57
50
28
0
21
1.49
5618507--5618548
14
3.0
14
85
0
66
50
28
0
21
1.49
5618567--5618611
14
3.2
14
87
6
65
51
24
0
24
1.49
5618705--5618752
14
3.4
14
77
13
53
41
33
0
25
1.55
5618808--5618839
11
2.9
11
95
0
55
37
40
0
21
1.54
5619044--5619101
31
1.9
31
82
10
75
29
6
3
60
1.39
5619267--5619565
115
2.6
116
89
1
431
30
20
21
27
1.98
5619382--5619758
155
2.4
155
92
0
628
31
21
21
26
1.98
5619497--5619604
40
2.7
40
85
1
137
29
23
23
24
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5619652--5619758
40
2.7
40
92
0
178
28
22
24
24
1.99
5621636--5621743
26
4.2
26
95
0
198
35
26
7
30
1.84
5622052--5622100
24
2.0
24
88
0
71
30
14
26
28
1.95
5623701--5623747
6
7.5
6
90
9
76
80
2
0
17
0.80
5623701--5623741
20
2.0
20
90
0
64
80
2
0
17
0.82
5623767--5623861
9
10.6
9
90
0
145
26
9
17
46
1.79
5624458--5625010
128
4.4
126
80
3
556
37
20
16
25
1.93
5626574--5626637
3
21.0
3
87
3
92
29
0
4
65
1.13
5626970--5627024
27
2.2
26
84
12
71
25
7
9
58
1.55
5626999--5627043
17
2.4
18
82
17
56
26
6
11
55
1.59
5627142--5627188
24
2.0
24
83
8
60
27
6
0
65
1.16
5628590--5628642
26
2.0
27
85
7
74
24
15
22
37
1.92
5630125--5630284
26
6.2
26
94
2
261
36
23
6
33
1.80
5630125--5630284
51
3.1
51
96
0
284
36
23
6
33
1.80
5630125--5630284
77
2.1
77
95
2
286
36
23
6
33
1.80
5634415--5634466
25
2.0
27
85
10
74
25
13
23
38
1.91
5635940--5636101
26
6.2
26
95
0
270
36
24
5
33
1.79
5635940--5636101
78
2.1
78
97
0
306
36
24
5
33
1.79
5636884--5636971
21
3.9
23
70
22
62
34
9
4
52
1.54
5637076--5637150
30
2.5
30
80
10
82
33
5
4
57
1.40
5637251--5637281
11
2.7
11
95
5
53
38
0
6
54
1.26
5639044--5639097
29
1.9
27
85
7
72
33
11
1
53
1.47
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5641048--5641089
21
2.0
21
90
0
66
40
2
4
52
1.35
5642498--5642538
20
2.0
21
90
4
66
26
2
4
65
1.25
5643860--5643901
22
2.0
21
85
4
57
64
2
2
30
1.19
5643977--5644032
19
3.2
17
76
20
53
60
1
3
33
1.24
5644019--5644123
29
3.6
28
71
13
79
60
0
3
35
1.22
5644479--5644512
18
1.9
18
88
5
52
26
8
0
64
1.22
5644470--5644528
26
2.2
27
81
3
66
25
5
1
67
1.20
5644488--5644525
18
2.2
18
85
4
51
21
7
2
68
1.28
5644770--5644794
13
1.9
13
100
0
50
88
0
12
0
0.53
5644891--5644938
25
1.9
25
83
8
62
45
2
4
47
1.33
5644941--5644983
20
2.2
20
91
4
70
34
0
2
62
1.08
5646663--5646708
19
2.3
20
85
10
60
17
19
43
19
1.88
5647450--5647483
7
4.9
7
100
0
68
70
14
0
14
1.17
5647865--5647923
9
6.1
10
75
15
52
27
0
5
67
1.11
5648014--5648071
20
2.9
18
76
18
53
31
8
0
60
1.27
5648770--5648848
31
2.6
30
84
6
97
41
5
6
46
1.51
5654436--5654467
2
16.0
2
100
0
64
50
0
0
50
1.00
5665859--5665915
26
2.2
26
96
0
105
12
54
26
7
1.63
5666277--5666352
26
2.9
28
84
7
88
3
3
22
69
1.21
5666287--5666352
26
2.5
27
90
4
100
4
4
21
69
1.24
5667180--5667241
30
2.1
30
90
6
99
41
29
9
19
1.83
5667390--5667584
77
2.5
78
89
1
293
32
17
17
32
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5667446--5667752
171
1.8
168
86
3
445
30
20
18
30
1.97
5667600--5667952
77
4.7
75
88
3
453
32
19
16
30
1.95
5667600--5667952
149
2.4
148
86
3
467
32
19
16
30
1.95
5667906--5668001
49
2.0
49
97
0
183
32
20
16
30
1.95
5667834--5668073
121
2.0
121
94
0
417
34
18
16
30
1.93
5667955--5668181
72
3.0
72
84
11
285
33
18
16
30
1.94
5668230--5668263
13
2.5
13
90
4
50
58
8
11
20
1.59
5668100--5668674
142
3.9
142
77
10
566
36
20
17
25
1.94
5668516--5668743
127
1.8
126
87
2
341
34
24
15
25
1.95
5668642--5668836
72
2.7
71
84
4
248
34
24
15
25
1.94
5668711--5668957
122
2.0
124
85
6
333
38
23
13
24
1.91
5668836--5669011
71
2.5
70
83
3
194
34
23
13
28
1.92
5669881--5669913
7
4.7
7
89
10
50
0
12
0
87
0.53
5681300--5681330
2
15.5
2
93
0
53
48
0
3
48
1.17
5687750--5687892
72
2.0
72
83
2
180
32
16
14
35
1.90
5691584--5691631
22
2.2
21
82
10
60
20
4
4
70
1.21
5692096--5692136
20
2.0
20
100
0
82
31
4
24
39
1.76
5693773--5693800
2
14.0
2
100
0
56
50
0
0
50
1.00
5694126--5694178
27
2.1
26
86
10
74
9
30
13
47
1.74
5696294--5696341
24
2.0
25
87
4
71
41
2
8
47
1.45
5701846--5701902
20
2.9
19
80
10
62
66
1
5
26
1.22
5702168--5702312
21
7.0
21
69
14
79
64
3
2
29
1.24
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5702181--5702382
10
19.7
11
67
19
52
61
2
2
33
1.24
5702764--5702819
9
6.0
9
73
22
53
30
3
0
66
1.09
5703623--5703657
13
2.5
15
81
18
56
22
8
0
68
1.16
5703628--5703657
13
2.3
13
100
0
60
20
6
0
73
1.05
5705203--5705272
34
2.0
35
86
2
97
30
15
7
47
1.72
5718858--5718926
31
2.2
31
89
5
104
39
15
15
28
1.89
5720578--5720869
149
2.0
149
97
0
550
31
10
7
50
1.64
5721000--5721121
62
2.0
61
93
1
208
38
9
19
32
1.83
5721627--5721658
17
1.9
17
93
6
57
28
12
0
59
1.34
5722503--5722542
21
1.9
21
85
10
55
47
32
5
15
1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292