Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   

This is table  58  of  292  ( 35004 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
17121196--17121247
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1.9
27
100
0
104
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11
42
1.84
17123214--17123308
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2.2
43
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3
120
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15
30
1.94
17124422--17124446
13
1.9
13
100
0
50
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17126448--17126495
24
2.0
24
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0
60
12
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1.25
17131895--17131955
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2.0
30
83
0
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31
22
8
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1.84
17137640--17137672
2
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2
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0
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48
0
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48
1.17
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2.2
34
80
9
89
25
21
21
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1.98
17144427--17144482
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2.0
27
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21
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2.1
163
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491
22
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25
25
2.00
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3.5
29
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27
28
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40
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26
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24
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3.9
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0
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24
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48
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1
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65
2.2
65
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193
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10
22
37
1.87
17172757--17172901
33
4.4
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4
182
30
10
22
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1.87
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2.2
56
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2
131
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301
1.9
301
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20
33
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21
2.0
21
90
4
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51
14
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1.9
30
100
0
114
38
0
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40
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5.5
30
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8
213
33
14
25
26
1.94
17187302--17187461
59
2.8
57
88
4
214
33
14
25
26
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
17192135--17192159
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2.1
12
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0
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16
8
16
60
1.58
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47
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45
73
11
138
28
21
25
24
1.99
17192872--17193044
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1.8
93
83
3
231
28
20
26
23
1.99
17199523--17199553
16
1.9
16
93
0
53
16
35
0
48
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17199625--17199649
12
2.1
12
100
0
50
16
8
16
60
1.58
17199970--17200027
30
1.9
30
85
0
80
32
10
25
31
1.89
17200359--17200579
47
4.8
45
77
10
189
26
17
29
26
1.97
17200359--17200579
94
2.4
94
84
5
263
26
17
29
26
1.97
17201431--17201548
55
2.1
55
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0
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27
23
2.00
17202381--17202565
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4.5
41
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178
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25
16
24
1.96
17202381--17202565
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2.3
81
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244
32
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16
24
1.96
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2.2
37
100
0
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23
9
40
1.85
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3.6
27
81
5
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29
33
16
21
1.95
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3.8
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12
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20
21
29
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1.8
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96
0
317
20
21
29
27
1.98
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3.8
46
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12
216
20
21
29
28
1.98
17218888--17219059
93
1.8
93
96
0
317
20
21
29
27
1.98
17226889--17227067
40
4.4
40
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2
207
26
23
26
22
2.00
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2.0
33
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0
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93
96
0
315
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29
21
21
1.98
17236079--17236254
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3.8
46
80
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225
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28
21
21
1.98
17240299--17240483
79
2.3
82
83
7
229
24
24
27
23
2.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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7
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24
24
28
22
2.00
17240299--17240516
79
2.7
79
79
6
183
24
23
27
24
2.00
17241175--17241203
9
3.3
9
95
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51
48
10
17
24
1.78
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176
6.1
176
80
5
1063
31
17
23
27
1.97
17246596--17247592
351
2.8
350
86
3
1297
30
17
23
27
1.97
17250150--17250178
12
2.4
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100
0
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20
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13
2.1
13
100
0
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2.7
26
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18
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2.0
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238
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21
22
22
1.97
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1.98
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27
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14
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0
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12
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25
20
27
26
1.99
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28
29
14
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1.95
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2.6
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2
131
31
27
12
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1.93
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204
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29
16
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1.97
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2.0
155
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0
570
43
8
18
29
1.79
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
17339403--17339578
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3.8
46
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20
21
29
28
1.98
17339400--17339571
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1.8
93
96
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20
21
29
27
1.98
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3.8
46
79
12
216
20
21
29
28
1.98
17346981--17347152
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1.8
93
96
0
317
20
21
29
27
1.98
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2.2
30
91
2
103
32
21
18
26
1.97
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25
1.9
25
100
0
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25
25
25
25
2.00
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29
13
26
29
1.94
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3.5
28
86
6
114
29
13
26
29
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25
1.9
25
86
0
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25
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20
3.0
20
97
0
109
37
10
20
32
1.86
17370576--17370630
11
5.4
11
70
16
55
38
10
20
30
1.87
17370680--17370798
24
5.0
24
88
5
170
28
21
22
26
1.99
17370680--17370798
47
2.5
48
89
5
170
28
21
22
26
1.99
17370990--17371083
31
3.1
31
96
1
172
39
14
22
23
1.91
17378591--17378638
25
1.9
25
86
0
69
33
25
16
25
1.96
17378682--17378740
20
3.0
20
97
0
109
37
10
20
32
1.86
17378686--17378740
11
5.4
11
70
16
55
38
10
20
30
1.87
17378790--17378908
24
5.0
24
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5
170
28
21
22
26
1.99
17378790--17378908
47
2.5
48
89
5
170
28
21
22
26
1.99
17379100--17379193
31
3.1
31
96
1
172
39
14
22
23
1.91
17384616--17384650
14
2.5
14
100
0
70
11
40
17
31
1.85
17387031--17387145
29
4.0
28
85
10
137
26
28
13
31
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
17394613--17394762
67
2.2
67
81
8
171
32
17
28
21
1.96
17394637--17394820
67
2.8
64
77
8
194
29
17
29
22
1.97
17395897--17395930
2
17.0
2
100
0
68
50
0
0
50
1.00
17399062--17399211
67
2.2
67
81
8
171
32
17
28
21
1.96
17399086--17399269
67
2.8
64
77
8
194
29
17
29
22
1.97
17418321--17418367
24
1.9
24
86
4
67
31
25
17
25
1.97
17418411--17418469
20
3.0
20
94
0
100
35
11
22
30
1.90
17418521--17418664
24
6.1
23
94
3
234
27
22
21
28
1.99
17418519--17418685
24
7.0
24
91
3
232
27
22
22
27
1.99
17418876--17418939
31
2.1
31
90
0
101
35
15
25
23
1.94
17422148--17422297
40
3.8
39
78
11
162
24
27
24
24
2.00
17430195--17430426
80
2.9
78
78
5
221
24
27
24
23
2.00
17430236--17430426
40
4.8
40
85
5
235
24
27
24
24
2.00
17430236--17430466
80
2.9
79
83
5
252
24
26
23
25
2.00
17434949--17434996
25
1.9
25
82
0
60
35
25
14
25
1.94
17435044--17435098
20
2.8
20
94
0
92
36
12
21
29
1.91
17435150--17435340
24
8.1
23
94
2
292
27
21
21
29
1.99
17435150--17435340
47
4.1
47
91
2
303
27
21
21
29
1.99
17435553--17435616
31
2.1
31
90
0
101
35
15
25
23
1.94
17443830--17443909
31
2.6
31
87
0
124
23
26
17
32
1.97
17444129--17444223
25
3.8
25
92
0
154
24
22
26
27
2.00
17444104--17444223
50
2.4
50
81
5
145
24
22
25
28
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
17444269--17444303
10
3.4
10
88
7
52
31
20
17
31
1.95
17450358--17450438
31
2.6
31
92
0
135
22
28
19
29
1.98
17450657--17450726
25
2.8
25
93
0
113
24
22
25
27
2.00
17458053--17458224
93
1.8
93
96
0
317
27
29
21
20
1.98
17458046--17458221
46
3.8
46
79
12
216
28
29
21
20
1.98
17465631--17465802
93
1.8
93
96
0
317
27
29
21
20
1.98
17465624--17465799
46
3.8
46
79
12
216
28
29
21
20
1.98
17467997--17468026
2
15.0
2
100
0
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50
0
0
50
1.00
17468059--17468110
27
2.0
26
84
3
68
34
21
26
17
1.95
17468760--17468905
27
5.4
27
86
1
195
25
19
18
36
1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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          289   290   291   292