genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.197.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  197  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58874840--58874869	2	15.0	2	92	0	51	46	0	0	53	1.00
58875473--58875499	4	6.8	4	100	0	54	0	22	0	77	0.76
58878114--58878148	17	2.0	18	88	5	54	11	5	14	68	1.37
58885977--58886035	23	2.6	21	77	15	64	27	22	15	35	1.94
58892360--58892402	21	2.0	21	86	0	59	32	0	23	44	1.54
58892746--58892968	25	8.9	25	66	12	95	21	26	19	33	1.97
58894997--58895041	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
58903252--58903418	25	6.6	25	70	13	76	19	29	17	32	1.95
58903251--58903370	50	2.4	49	78	12	122	18	28	19	34	1.95
58903285--58903470	49	3.7	50	73	13	141	21	27	18	32	1.97
58903434--58903516	25	3.4	24	81	1	76	22	27	20	28	1.99
58903303--58903492	100	1.9	101	82	9	246	21	27	18	32	1.96
58903459--58903528	25	2.8	25	84	0	77	21	25	20	32	1.97
58904772--58904825	20	2.7	19	83	11	63	25	29	0	44	1.54
58904779--58904828	20	2.5	20	90	0	73	26	26	0	48	1.52
58911250--58911274	7	3.6	7	100	0	50	76	0	12	12	1.04
58919212--58919252	21	1.9	22	85	5	57	31	24	4	39	1.76
58921322--58923621	383	6.0	383	98	0	4415	38	6	20	35	1.77
58921322--58923621	765	3.0	765	98	0	4438	38	6	20	35	1.77
58924567--58924604	18	2.1	18	90	0	58	39	5	10	44	1.61
58927141--58927234	23	4.1	23	87	5	136	29	19	19	31	1.96
58927152--58927255	23	4.4	24	83	7	74	27	20	21	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58927448--58927511	31	2.1	31	90	0	101	39	15	21	23	1.92
58935004--58935051	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
58935099--58935154	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
58935088--58935154	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
58935204--58935297	23	4.0	24	86	9	131	28	20	22	28	1.98
58935491--58935554	31	2.1	31	84	0	83	39	12	21	26	1.89
58940210--58940354	40	3.7	40	80	6	161	27	22	23	26	1.99
58940200--58940381	40	4.6	39	77	6	134	27	23	24	24	2.00
58948192--58948370	40	4.5	40	82	6	193	25	22	26	26	2.00
58948194--58948340	79	1.9	80	89	1	233	25	21	26	26	2.00
58948193--58948370	80	2.2	80	83	2	232	25	22	26	25	2.00
58956278--58956386	38	2.9	38	90	5	170	23	23	18	33	1.96
58960806--58960939	46	3.0	45	83	4	162	35	13	23	27	1.93
58966725--58966832	52	2.1	52	92	1	191	25	13	14	46	1.82
58968036--58968082	20	2.3	20	75	7	51	21	4	6	68	1.30
58968567--58968639	36	2.0	36	86	0	101	32	1	31	34	1.67
58974711--58974744	17	2.0	17	94	0	59	50	0	0	50	1.00
58976632--58976656	7	3.6	7	100	0	50	12	0	60	28	1.32
58976632--58976665	14	2.4	14	90	0	50	14	2	55	26	1.53
58983844--58983937	40	2.4	40	82	3	111	38	36	10	14	1.81
58984348--58984386	18	2.2	18	86	9	53	12	46	28	12	1.79
58994497--58995096	119	5.0	119	89	3	900	34	16	19	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58994500--58995096	241	2.5	238	90	2	930	33	16	19	30	1.94
58995020--58995289	83	3.2	83	84	1	342	33	18	18	28	1.95
58995044--58995276	84	2.8	83	88	0	331	35	19	18	26	1.95
58999844--58999884	18	2.3	18	87	4	57	41	0	4	53	1.22
58999852--58999894	18	2.3	19	88	4	61	34	0	4	60	1.17
58999852--58999930	16	4.6	16	74	14	59	32	2	3	60	1.28
58999961--59000012	12	4.3	12	76	16	54	36	0	1	61	1.07
58999964--59000025	12	5.3	12	72	18	51	33	1	1	62	1.14
59000048--59000107	25	2.6	23	79	10	61	25	1	3	70	1.12
59009603--59009631	14	2.1	14	100	0	58	0	20	0	79	0.74
59010138--59010305	63	2.7	63	89	0	237	29	19	23	27	1.98
59012973--59013145	46	3.8	46	79	14	214	20	21	29	28	1.98
59016089--59016157	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
59016080--59016167	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
59018520--59018695	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
59018516--59018687	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
59022700--59022759	26	2.3	26	91	0	93	30	13	18	38	1.89
59025527--59025681	40	3.9	40	87	5	224	13	16	27	42	1.86
59026216--59026249	5	6.6	5	93	6	59	20	0	0	79	0.73
59026216--59026246	16	1.9	16	100	0	62	19	0	0	80	0.71
59031179--59031203	12	2.1	12	100	0	50	52	8	8	32	1.60
59037486--59037533	20	2.4	21	82	10	64	39	14	10	35	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59037701--59037760	23	2.6	23	78	7	68	40	16	18	25	1.91
59037989--59038034	22	2.0	23	83	8	58	76	10	0	13	1.03
59049136--59049444	49	6.4	49	95	2	493	30	9	31	29	1.88
59049545--59049666	37	3.3	37	97	0	226	25	19	33	21	1.97
59051753--59051883	29	4.6	29	96	1	237	25	15	32	26	1.95
59051721--59051883	58	2.8	58	88	4	197	25	16	31	26	1.96
59055429--59055736	49	6.4	49	94	3	484	30	9	31	29	1.88
59055429--59055736	97	3.2	97	92	3	491	30	9	31	29	1.88
59055422--59055792	146	2.6	144	82	5	437	31	8	29	30	1.87
59055838--59055959	37	3.3	37	97	0	226	25	19	33	21	1.97
59058307--59058469	40	4.1	40	78	7	168	25	21	28	24	1.99
59061283--59061311	14	2.0	15	93	6	51	24	0	0	75	0.80
59061399--59061476	11	7.7	11	72	27	59	33	2	6	57	1.38
59075781--59075872	28	3.3	28	96	1	168	34	27	7	30	1.85
59075978--59076067	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
59075978--59076092	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
59077145--59077178	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
59083405--59083436	8	4.0	8	91	0	55	46	25	25	3	1.67
59083683--59083774	28	3.3	28	96	1	168	34	27	7	30	1.85
59083880--59083969	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
59083880--59083994	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
59084972--59085247	145	1.9	144	91	2	457	28	16	18	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59085245--59085493	86	2.9	88	80	4	276	26	15	19	37	1.92
59086632--59086656	10	2.5	10	100	0	50	92	0	8	0	0.40
59087346--59087396	22	2.3	22	86	10	68	21	0	3	74	0.98
59087478--59087533	9	5.7	10	80	16	64	35	0	3	60	1.14
59087477--59087556	11	7.7	11	75	22	68	33	2	6	57	1.37
59087480--59087556	18	4.4	17	74	14	59	33	2	5	58	1.34
59087477--59087533	20	2.9	20	80	15	66	35	0	5	59	1.20
59093183--59093284	43	2.3	45	84	3	136	34	16	20	28	1.95
59093360--59093455	43	2.2	45	85	7	135	31	15	23	29	1.96
59093156--59093982	177	4.7	177	87	3	1100	31	17	23	28	1.97
59093270--59093544	89	3.1	89	64	16	208	29	20	22	28	1.98
59093706--59093808	44	2.3	44	77	12	104	27	16	25	31	1.97
59094574--59094601	9	3.1	9	100	0	56	10	57	21	10	1.63
59095956--59096017	31	2.0	31	84	6	81	38	6	3	51	1.44
59106083--59106146	32	2.1	29	82	8	74	35	4	0	59	1.18
59106141--59106190	25	2.0	25	88	3	75	40	0	2	58	1.10
59118346--59118379	13	2.6	13	90	0	59	50	8	0	41	1.34
59120266--59120312	23	2.0	23	91	0	76	44	0	0	55	0.99
59120558--59120597	6	6.5	6	86	11	55	0	15	2	82	0.77
59122878--59122920	21	2.0	21	100	0	86	32	13	16	37	1.88
59124818--59124859	18	2.3	18	95	0	75	21	26	42	9	1.83
59128568--59128653	30	2.9	29	78	15	79	33	5	0	60	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59128599--59128655	3	19.0	3	89	7	89	31	3	0	64	1.10
59132755--59133028	86	3.1	86	68	13	250	31	22	17	28	1.97
59132898--59133719	164	5.0	164	95	0	1437	27	24	17	30	1.97
59132554--59133719	492	2.3	494	87	4	1595	27	25	16	29	1.97
59133956--59134147	64	3.0	64	91	0	303	37	15	16	30	1.90
59135235--59135281	22	2.1	22	88	0	67	6	10	6	76	1.15
59140783--59140821	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
59144138--59144177	15	2.7	15	84	3	55	50	2	0	47	1.14
59148787--59148829	18	2.4	18	92	0	68	58	2	0	39	1.11
59151686--59151718	4	8.2	4	90	10	50	21	3	0	75	0.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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